Обсуждение:Цикл трикарбоновых кислот
Статья «Цикл трикарбоновых кислот» входит в общий для всех языковых разделов Википедии расширенный список необходимых статей. Её развитие вплоть до статуса избранной является важным направлением работы русского раздела Википедии. |
Эта статья была кандидатом в избранные статьи русской Википедии. См. страницу номинации (не избрана 3 сентября 2014 года). |
Ферменты[править код]
Неужели в русской вики нет статей по ферментам цикла Кребса? Или ссылки расставлены неправильно... Mhc2 16:15, 4 января 2010 (UTC)mhc2
- по многим ферментам цикла Кребса и по многим ферментам в общем статей нет --Sirozha.ru 17:11, 4 января 2010 (UTC)
2.5 АТФ[править код]
Откуда берется информация, что NADH эквивалентен 2.5 АТФ, а не 3? В англоязычной википедии это тоже толком не объясняется. XaeroX 13:22, 21 июня 2010 (UTC)
- например, из Lehninger principles of biochemistry, 4ed, 5ed --Sirozha.ru 15:50, 21 июня 2010 (UTC)
- зачем эта путаница? Если в русскоязычной литературе приняты значения 3 и 2, почему бы не использовать их (упомянув в соотв. статьях о возможной дробной стехиометрии)? Цитата из Lehninger principles of biochemistry, 4ed: "We use the P/O values of 2.5 and 1.5 throughout this book, but the values 3.0 and 2.0 are still common in the biochemical literature. The final word on proton stoichiometry will probably not be written until we know the full details of the FoF1 reaction mechanism." XaeroX 21:50, 21 июня 2010 (UTC)
- Хорошо, в оригинальном учебнике Ленинджера середины 1970х годов используются значения 3 и 2, в учебнике 2008 года - значения 2,5 и 1,5. Сколько мы должны подождать, чтобы использовать более новые данные? Следует ли считать разницу 30/36 АТР незначительной? --Sirozha.ru 01:11, 22 июня 2010 (UTC)
- А как сейчас учат студентов? Что по этому поводу говорит, например, Бунева? XaeroX 01:46, 22 июня 2010 (UTC)
- Студентов учат по старому, 3 и 2 --Sirozha.ru 02:07, 22 июня 2010 (UTC)
- Я студент, меня учили 2.5 и 1.5 в 2009-2010 учебном году.Zinks 14:47, 26 августа 2010 (UTC)Zinks
- В каком вузе? --Sirozha.ru 14:49, 26 августа 2010 (UTC)
- Белорусский Государственный Медицинский Университет. Кафедра биохимии.Zinks 08:45, 27 августа 2010 (UTC)Zinks
- Понятно. К сожалению, не во всех вузах России (полагаю, что и в мире тоже) студентов учат по-новому --Sirozha.ru 09:27, 27 августа 2010 (UTC)
- Белорусский Государственный Медицинский Университет. Кафедра биохимии.Zinks 08:45, 27 августа 2010 (UTC)Zinks
- В каком вузе? --Sirozha.ru 14:49, 26 августа 2010 (UTC)
- Я студент, меня учили 2.5 и 1.5 в 2009-2010 учебном году.Zinks 14:47, 26 августа 2010 (UTC)Zinks
- Студентов учат по старому, 3 и 2 --Sirozha.ru 02:07, 22 июня 2010 (UTC)
- А как сейчас учат студентов? Что по этому поводу говорит, например, Бунева? XaeroX 01:46, 22 июня 2010 (UTC)
- Хорошо, в оригинальном учебнике Ленинджера середины 1970х годов используются значения 3 и 2, в учебнике 2008 года - значения 2,5 и 1,5. Сколько мы должны подождать, чтобы использовать более новые данные? Следует ли считать разницу 30/36 АТР незначительной? --Sirozha.ru 01:11, 22 июня 2010 (UTC)
- зачем эта путаница? Если в русскоязычной литературе приняты значения 3 и 2, почему бы не использовать их (упомянув в соотв. статьях о возможной дробной стехиометрии)? Цитата из Lehninger principles of biochemistry, 4ed: "We use the P/O values of 2.5 and 1.5 throughout this book, but the values 3.0 and 2.0 are still common in the biochemical literature. The final word on proton stoichiometry will probably not be written until we know the full details of the FoF1 reaction mechanism." XaeroX 21:50, 21 июня 2010 (UTC)
Вторая и третья стадия цикла[править код]
На второй стадии образуется не только цис-аконитат и вода, но ещё и цис-акониат (меньше 4 %).Иначе на следующей стадии получается путаница- получили цис-аконитат, а в реакцию идёт цис-акониат
83.149.45.132 09:51, 1 октября 2011 (UTC)Anonymous 83.149.45.132 10:05, 1 октября 2011 (UTC)Anonymous
- Что за «цис-акониат»? --Shell 00:53, 24 августа 2014 (UTC)
Щуку ацетил лимонил[править код]
Не нужно выделять слова заглавными буквами. Внимательный читатель поймет, кто такая "щук"а из контекста статьи --Sirozha.ru 10:29, 2 ноября 2011 (UTC)
Вы меня конечно извините за правку, не несущую полезной информации, но по-моему, само стихотворение сложнее запомнить.213.87.137.163 18:37, 9 апреля 2013 (UTC)
Рецензирование статьи Цикл трикарбоновых кислот[править код]
Sirozha.ru[править код]
- Еще одна отличная статья. Такая продуктивность вызывает у меня искренний восторг, Eruvanda! --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- Спасибо, стараемся :) --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Если в гликолизе я полностью согласен с тем, чтобы разделы назывались Стадия 1, стадия 2... то в ЦИКЛЕ это, на мой взгляд, несколько некорректно. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
- Нет, никак не называть не получится, иначе на эти стадии никак не сошлёшься, если не пронумеровать их. А чем не подходит Стадия 1, стадия 2...? --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
- А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Учитывая то, что этот цикл играет КЛЮЧЕВУЮ роль в метаболизме, например, практически всех аминокислот. И информацию, изложенную в разделе "анаплеротические реакции", а также некоторые современные данные об особенностях цикла в разных клетках,
не следует так вот объявлять его посредником между гликолизом и дыхательной цепью. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)- И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- Сделано, вкратце указала, так как подробнее это раскрывается по тексту статьи. --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Кстати, гликолиз заканчивается пируватом, ЦТК начинается ацетатом (Ас-S-СоА). Вы планируете написать статью про ПДК, или может быть, добавить информацию об этой важной стадии между гликолизом и ЦТК в одну из этих статей? --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)
- На эту тему я недавно написала статью Окислительное декарбоксилирование пирувата. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
- Комментарий: Странно, что я ее не заметил, когда искал про пируватдегидрогеназный комплекс. Статья о ПДК находится в зачаточно-плачевном состоянии. Обе эти статьи в формате энциклопедии не обязательно нужны, может, стоит сделать редирект с ПДК на Окислительное декарбоксилирование? Но это так, оффтоп. -Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- Думая, лучше просто доработать статью про ПДК :) Может, на днях займусь. --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)
- Комментарий: Странно, что я ее не заметил, когда искал про пируватдегидрогеназный комплекс. Статья о ПДК находится в зачаточно-плачевном состоянии. Обе эти статьи в формате энциклопедии не обязательно нужны, может, стоит сделать редирект с ПДК на Окислительное декарбоксилирование? Но это так, оффтоп. -Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)
- На эту тему я недавно написала статью Окислительное декарбоксилирование пирувата. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)
Virgilius[править код]
- Могу помочь с русификацией изображений, если подробно напишите на каких картинках, какие надписи, как переводятся Virgilius 10:20, 28 июля 2014 (UTC)
- Спасибо за предложение, обязательно напишу перевод подписей, когда получу нормальный доступ к Интернету. С уважением, --Eruvanda 13:05, 29 июля 2014 (UTC)
Подписи к картинкам[править код]
Вот перевод подписей к картинкам:
1. Oxidation and... = Окисление и декарбоксилирование изоцитрата до α-кетоглутарата
2. Succinyl CoA = Сукцинил-CoA, Succinate = Сукцинат
3. Inter-membrane space = Межмебранное пространство, inner mitochondrial membrane = Внутренняя митохондриальная мембрана, Matrix = Матрикс, Heme = Гем, Complex II = Комплекс II.
4. Proton transfer = Перенос протонов, Fumarate = Фумарат, (S)-Malate = (S)-Малат
С уважением, --Eruvanda 14:58, 10 августа 2014 (UTC)
- Ссылка на архив с отредактированными файлами, названия оставил такие же, только в конце добавил Rus https://yadi.1111sk/d/tcnMdLm9ZP4Ui , проверяйте (из ссылки удалите 1111, редактор не пропускает) Virgilius 17:21, 10 августа 2014 (UTC)
- Ой, а может Вы сможете их на Викисклад загрузить? Я, в принципе, и сама могу сделать, но, если у Вас нет там аккаунта, то я не знаю, как указать, что именно Вы перевели подписи... --Eruvanda 18:27, 10 августа 2014 (UTC)
- Можете меня нигде не указывать, к тому же перевод ваш, а я только подправил немного картинки и все ;) Virgilius 18:53, 10 августа 2014 (UTC)
- Окей ;) Спасибо Вам огромное за помощь! --Eruvanda 19:24, 10 августа 2014 (UTC)
- Что-то у меня ссылка не открывается... Что-то в ней поломано. --Eruvanda 18:18, 13 августа 2014 (UTC)
Shell[править код]
- «Из α-кетоглутарата, образующегося в цикле трикарбоновых кислот, синтезируются аминокислоты глутамин, глутамат, пролин, аргинин
, а также пурины.» --Shell 23:10, 17 августа 2014 (UTC)- Ленинджер считает иначе. Приведите, пожалуйста, АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- См. раздел о биосинтезе пуринов в любом доступном учебнике по биохимии (в том же Ленинджере). --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Альфа-кетоглутарат может быть превращён в глутамат, а уже из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)
- См. раздел о биосинтезе пуринов в любом доступном учебнике по биохимии (в том же Ленинджере). --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Ленинджер считает иначе. Приведите, пожалуйста, АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- «Цитрат участвует в синтезе жирных кислот и стеролов.» Каким образом? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- https://mcb.berkeley.edu/labs/krantz/mcb102/lect_S2008/MCB102-SPRING2008-LECTURE14-FATTY_ACID_CHOLESTEROL_BIOSYNTH_REG.pdf. Эта информация есть также в Ленинджере, но если у Вас есть АИ, говорящие об обратном, — приведите, пожалуйста. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Хорошо, теперь я понял. :) Я имею в виду, что нужно обязательно уточнить, что из цитрата образуется AcCoA и то, что цитрат — регулятор. Это всё резко проясняет. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Сделано, уточнила --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)
- Хорошо, теперь я понял. :) Я имею в виду, что нужно обязательно уточнить, что из цитрата образуется AcCoA и то, что цитрат — регулятор. Это всё резко проясняет. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- https://mcb.berkeley.edu/labs/krantz/mcb102/lect_S2008/MCB102-SPRING2008-LECTURE14-FATTY_ACID_CHOLESTEROL_BIOSYNTH_REG.pdf. Эта информация есть также в Ленинджере, но если у Вас есть АИ, говорящие об обратном, — приведите, пожалуйста. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Оксалоацетат служит предшественником аргинина? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Нет, у них нет пояснений на этот счёт. Удалила это, потому что иных подтверждений образованию аргинина из оксалоацетата мне найти не удалось. --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)
- В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Очевидно, что глиоксилатный шунт способен выполнять анаплеротическую функцию. Почему же в подразделе «Анаплеротические пути» о нём не упоминается? ИМХО, нужно упомянуть. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Сделано --Eruvanda 09:50, 24 августа 2014 (UTC)
- В разделе «Модификации и родственные пути» не увидел упоминания цикла Арнона — Бьюкенена?!. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)
- Сделано, написала, спасибо Вам большое, что указали! --Eruvanda 09:50, 24 августа 2014 (UTC)
- «цитратсинтазная реакция представляет собой конденсацию Клайзена» Цитратсинтазная реакция — не есть конденсация Кляйзена (!), более верно было бы написать так: «происходит по типу альдольной конденсации». --Shell 00:21, 24 августа 2014 (UTC)
- В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Эфир (AcCoA) выступает метиленовой компонентой, в качестве карбонильной компоненты — кетон (оксалоацетат). Это есть альдольная конденсация. Ну ладно, если думаете, что разница между альдольной конденсацией и конденсацией Кляйзена (хорошо характеризует конденсацию Кляйзена синоним: ацилирование по Кляйзену) неочевидна, я попробую подыскать подходящие АИ. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC) P. S. 1, 2; «aldol-like condensation» на русском правильно будет «по типу альдольной конденсации». --Shell 15:43, 24 августа 2014 (UTC)
- Вот что пишет нам "Биохимия Ленинджера": по сути это конденсация Клайзена
The reaction catalyzed by citrate synthase is essentially a Claisen condensation, involving a thioester (AcCoA) and ketone (Ox-Ac)
Lehninger biochemistry, 4 Ed, 2005 p.608 --Sirozha.ru 02:30, 25 августа 2014 (UTC)- Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)
- Сделано: оставила две точки зрения, про альдольную конденсацию как основную. --Eruvanda (обс) 15:23, 29 августа 2014 (UTC)
- Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)
- В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)
- Почему все (за исключением одного) «CoA» набраны кириллицей? (см. также Окислительное декарбоксилирование пирувата, я там на СО уже задавал вопрос об этом) --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)
- Чисто для быстроты набора. Это вообще довольно принятая в ру-ВП практика — записываемые латинскими буквами названия писать кириллическими буквами, которые совпадают в латинице и кириллице. Мне кажется, что в нашем случае это необязательно исправлять (не название же статьи, в конце концов), и можно не тратить на это время. --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)
Итог[править код]
Так как новых замечаний больше не поступало, а выявленные недостатки устранены, выставляю статью КИС. --Eruvanda (обс) 15:22, 3 сентября 2014 (UTC)
… из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC) — Нетъ --Shell 15:21, 5 сентября 2014 (UTC)
- Ленинджер: Through aspartate and glutamate, the carbons of oxaloacetate and α-ketoglutarate are then used to build other amino acids, as well as purine and pyrimidine nucleotides. --Eruvanda (обс) 17:22, 5 сентября 2014 (UTC)
- Пуриновое ядро содержит 5 атомов углерода. Биогенетически: C4 и C5 — из глицина, C6 — из диоксида углерода, C2 и C8 — вводятся реакциями N-формилирования (одноуглеродная группа берётся из хорошо известных фолатных производных (N10-формил-THF, N5,N10-метенил-THF) или же её донором (у архей) может служить формиат, без участия фолатов). Утверждение о том, что из α-кетоглутарата синтезируются пурины остаётся странным, а для меня лично — крайне сомнительным. Проясните, пожалуйста, утверждение или же удалите его (как я предложил вначале). --Shell 16:56, 8 сентября 2014 (UTC)
- Сделано, убрала. --Eruvanda (обс) 17:13, 8 сентября 2014 (UTC)
- Пуриновое ядро содержит 5 атомов углерода. Биогенетически: C4 и C5 — из глицина, C6 — из диоксида углерода, C2 и C8 — вводятся реакциями N-формилирования (одноуглеродная группа берётся из хорошо известных фолатных производных (N10-формил-THF, N5,N10-метенил-THF) или же её донором (у архей) может служить формиат, без участия фолатов). Утверждение о том, что из α-кетоглутарата синтезируются пурины остаётся странным, а для меня лично — крайне сомнительным. Проясните, пожалуйста, утверждение или же удалите его (как я предложил вначале). --Shell 16:56, 8 сентября 2014 (UTC)
Мнемонические правила[править код]
Эх... А я изучал цикл Кребса в Израиле. Какой пласт поэзии прошёл мимо меня :). Хорошо, что хоть здесь можно восполнить дыры в образовании. Sir Shurf (обс) 16:04, 23 сентября 2014 (UTC)
Ужасно сложный цикл Кребса[править код]
Неприлично поправлять нобелевского лауреата, но время идет и появляются мысли. Мне непонятны две вещи. Вот зачем надо простую молекулу пировироградной кислоты усложнять, чтобы ее окислить до углекислого газа и воды? Это также нелогично как делать фурнитуру из дров, чтобы потом бросить ее в топку. Навряд ли мир клеток настолько нелогичен. В митохондриальной днк нет ни одного фермента цикла Кребса, тогда откуда они берутся в митохондрии? Там другие ферменты. 93.181.255.20 13:58, 22 октября 2015 (UTC)
- На мой не очень просвещенный взгляд, в митохондриальной ДНК осталось всего 13 белков по одной простой причине: защита от свободнорадикальных атак в процессе происходящих там реакций. Все коды успешно перебрались в ядро под более надежную защиту. Эти 13 не смогли просто потому, что (1) природе трудно перекодировать их из кольцевой логики в концевую и (2) все эти 13 белков - гидрофобны: если делать из ядра, то они не выдержат поход через цитоплазму в митохондрию.
А что касается сложности, то в статье вроде говорится о том, что это не просто ради окисления
Ilya.gmail (обс) 08:06, 6 июля 2016 (UTC)ilya.gmail