Пространственное выравнивание

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Пространственное выравнивание тиоредоксинов человека и мушки Drosophila melanogaster. Белки отображены в ленточном виде, белок человека — в красном, мушки — в жёлтом цвете. Получено из PDB 3TRX и 1XWC.

Пространственное выравнивание — это метод установления гомологии между двумя или более полимерными структурами, основанный на их форме и трехмерной (третичной) структуре. Этот процесс обычно применяется к третичной структуре белков, но может также использоваться и для больших молекул РНК. В противоположность простому наложению структур, когда известно по крайней мере несколько эквивалентных остатков, пространственное выравнивание не требует никаких предварительных данных кроме координат атомов.

Пространственное выравнивание подходит для сравнения белков с непохожими последовательностями, когда эволюционные отношения не могут быть установлены стандартными методами выравнивания последовательностей, но в этом случае необходимо принимать во внимание влияние конвергентной эволюции.

Пространственное выравнивание позволяет сравнивать две и более молекул, для которых известны трехмерные структуры. Существует несколько методов получения структур молекул: рентгеноструктурный анализ и ЯМР-спектроскопия. Для пространственного выравнивания можно использовать структуры, полученные методами предсказания структуры белка.