Clustal

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Clustal Omega
Тип

Биоинформатика

Разработчик

Des Higgins, Fabian Sievers, David Dineen и Andreas Wilm (Conway Institute, UCD)

Написана на

C++

Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows

Последняя версия

1.1.0 (25.04.2012)

Сайт

http://www.clustal.org/omega/

ClustalW/ClustalX
Тип

Биоинформатика

Разработчик

Gibson T. (EMBL), Thompson J. (CNRS), Higgins D. (UCD)

Написана на

C++

Операционная система

UNIX, Linux, Mac, Windows

Последняя версия

2.1 (17.11.2010)

Сайт

http://www.clustal.org

Clustal (англ. Cluster alignment) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей[1].

Программа представлена в трех версиях:

  • ClustalW — с интерфейсом командной строки[2].
  • ClustalX — с графическим интерфейсом[3].
  • Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течение нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности[4]. В этой разновидности используется только интерфейс командной строки.

Примечания[править | править вики-текст]

  1. Frédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54
  2. Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). «ClustalW and ClustalX version 2». Bioinformatics 23 (21): 2947–2948. DOI:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID 17846036.
  3. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). «The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools». Nucleic Acids Research 25 (24): 4876–4882. DOI:10.1093/nar/25.24.4876. PMID 9396791.
  4. Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). «Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega». Mol Syst Biol 7 7 (539). DOI:10.1038/msb.2011.75.

Ссылки[править | править вики-текст]