ImageJ

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
ImageJ
ImageJLogo.png
ImageJScreenshot.png
Скриншот ImageJ
Тип

Image processing

Разработчик

Wayne Rasband (NIH)

Операционная система

Any (Java-based)

Последняя версия

1.48d (28 сентября 2013) (28 сентября 2013)

Лицензия

Public Domain

Сайт

rsb.info.nih.gov/ij/

ImageJ на Викискладе

ImageJ — это программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health[1] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функционал за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[2]. ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трехмёрную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений[3], автоматические сравнения[4] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии[5]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[6][7].

ImageJ может работать как онлайн апплет, загружаемое приложение. Использование приложения возможно во всех операционных системах, для которых существует Java Virtual Machine версии 1.4 или более поздней: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ также находится в свободном доступе[8].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности[править | править вики-текст]

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, такие как TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также raw форматы. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, которые объединены в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади, статистические показатели пиксельных значений различных выделенных областей интереса на изображениях, которые выделены вручную или при помощи пороговых функций. Программа может измерять расстояния и углы. Она может создавать гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, Фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет производить различные геометрические преобразования, такие как масштабирование, поворот или отражение. Программа поддерживает любое количество одновременно используемых изображений, ограничение связано только с объёмом доступной памяти.

История[править | править вики-текст]

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа, известная как NIH Image, которая была разработана для компьютеров Macintosh и работала на до-Mac OS X операционных системах. Дальнейшее развитие этого кода продолжалось в направлении использования изображений SXM, вариантах специально разработанных для физических исследований изображений сканирующих микроскопов. Также была разработана Windows версия поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[9].

Примечания[править | править вики-текст]

  1. Collins TJ (July 2007). «ImageJ for microscopy». BioTechniques 43 (1 Suppl): 25–30. DOI:10.2144/000112517. PMID 17936939.
  2. Girish V, Vijayalakshmi A (2004). «Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ». Indian J Cancer 41 (1): 47. PMID 15105580.
  3. Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J (2005). «Creation of DICOM-aware applications using ImageJ». J Digit Imaging 18 (2): 91–9. DOI:10.1007/s10278-004-1879-4. PMID 15827831.
  4. Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J (2004). «AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit». Microsc Res Tech 64 (2): 176–84. DOI:10.1002/jemt.20067. PMID 15352089.
  5. Gering E, Atkinson C (2004). «A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis». J Parasitol 90 (4): 879–81. DOI:10.1645/GE-222R. PMID 15357090.
  6. Burger W, Burge M Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java. — Springer. — ISBN 1846283795.
  7. Dougherty, G Digital Image Processing for Medical Applications. — Cambridge University Press. — ISBN 9780521860857.
  8. Rueden CT, Eliceiri KW (July 2007). «Visualization approaches for multidimensional biological image data». BioTechniques 43 (1 Suppl): 31, 33–6. DOI:10.2144/000112511. PMID 17936940.
  9. NIH Image: About. Проверено 18 ноября 2008. Архивировано из первоисточника 20 апреля 2012.

Ссылки[править | править вики-текст]

Дистрибутивы[править | править вики-текст]

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

  • Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
  • MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули[править | править вики-текст]

Программа NIH Image[править | править вики-текст]