Филогенетическое прошлое ланцетников очень мало изучено за неимением достаточного количества окаменелых остатков. Потенциал фоссилизации головохордовых очень мал, так как животные мягкотелы[3]. Однако известно, как показали одни из немногочисленных окаменелостей, например, Pikaia и Cathaymyrus, отнесённые к нижнему кембрию и предкам головохордовых, ланцетники за последние сотни миллионов лет почти не изменились[4].
Семейство ланцетниковых рассматривают как ключевую позицию в эволюционных процессах, ведущих к возникновению позвоночныхживотных[5]. В особенности это касается личинок ланцетников, которые представляют большой интерес для изучения происхождения позвоночных животных от беспозвоночных, так как в течение личиночной стадии, они способны к плаванию посредством либо эпидермальныхресничек, либо мускульных ундуляций, что делает их уникальными[6].
Особый интерес к ланцетникам проявлялся в XIX веке, после появления ныне устаревшей теории рекапитуляцийЭрнста Геккеля, которая заявляла о микрокосмическом повторении филогенезаонтогенезом. Так, наличие хорды у отдельных низших животных было истолковано как доказательство роли этих животных в эволюции позвоночных[7]. Вторая волна изучения ланцетников поднялась примерно в 60-х годахXX века с прогрессом электронной микроскопии[8]. Сейчас вопросы касательно происхождения ланцетников и их филогенетического родства с позвоночными решаются методами молекулярной биологии и генетики[8].
↑ 12 M. Dale Stokes, Nicholas D. Holland. The Lancelet. // American Scientist. — Vol. 86. — Numb. 6. — P. 552. — DOI:10.1511/1998.6.552 на сайте научного журнала «American Scientist»(англ.)