В Лиге чемпионов КОНКАКАФ 2016/17 принимали участие 24 команды из Северной, Центральной Америки и Карибского бассейна. 9 команд представляют Северную Америку, 12 — Центральную Америку и 3 — Карибский бассейн. Команды могли быть дисквалифицированы и заменены командой из другой страны, если у клуба нет доступного стадиона, который отвечает требованиям безопасности КОНКАКАФ. Если клубный стадион не отвечает списку требований, то клуб может использовать другой подходящий стадион в своей стране. Однако, если по-прежнему установлено, что клуб не способен обеспечить соответствующие удобства, он рискует потерять своё место в турнире и быть заменённым.
Североамериканский футбольный союз делегировал в Лигу чемпионов 9 команд. Мексике и США были выделены по четыре места (больше всего среди стран из КОНКАКАФ), тогда как Канаде было выделено одно.
От Мексики в групповом этапе участвуют победители Апертуры и Клаусуры и финалисты этих турниров (место в корзине 3 при жеребьёвке группового этапа).
Для США три из четырёх мест определялись в регулярном сезоне и плей-офф MLS, тогда как четвёртая позиция досталась обладателю Открытого кубка США. Все команды из США попали при жеребьёвке в корзину 3.
Единственную путёвку от Канады в корзину 2 в сезоне 2016/17 получил чемпион этой страны 2015 года.
От Центральноамериканского футбольного союза в Лиге чемпионов участвовали 12 команд. Если один или несколько клубов исключаются, то он заменяется другим клубом из Центральной Америки. Замена основывается на результатах в предыдущих розыгрышах Лиги чемпионов.
Гватемала, Гондурас, Коста-Рика, Панама и Сальвадор получили 2 места в Лиге чемпионов, Никарагуа и Белиз по одному. Страны, получившие по две путёвки в Лигу чемпионов, представляют победители Апертуры и Клаусуры или команды, занявшие второе место, если оба турнира в стране выиграл один и тот же клуб. Путёвки от Никарагуа и Белиза получали чемпионы этих стран по итогам обоих турниров. Клубы из Коста-Рики, Гватемалы, Гондураса и победитель Апертуры Панамы при жеребьёвке попали в корзину 2, команды из Белиза, Никарагуа, Сальвадора и победитель Клаусуры Панамы — в корзину 1.
Жеребьёвка группового этапа состоялась 30 мая 2016 года в городе Майами-Бич, США.
На групповом этапе 24 команды делятся на 8 групп по 3 команды, в каждой группе по одной команде из каждой из трёх корзин. Команды из одной ассоциации не могут попасть в одну группу, и гарантировано, что в каждой группе будет по одному представителю от США и Мексики, что означает, что американские и мексиканские команды не сыграют между собой на групповом этапе.
Матчи в каждой группе игрались по круговой схеме, где каждая команда играет друг с другом дома и на выезде. Победитель каждой из групп попадал в раунд плей-офф.