Обсуждение:Цикл трикарбоновых кислот

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Ферменты[править код]

Неужели в русской вики нет статей по ферментам цикла Кребса? Или ссылки расставлены неправильно... Mhc2 16:15, 4 января 2010 (UTC)mhc2Reply[ответить]

  • по многим ферментам цикла Кребса и по многим ферментам в общем статей нет --Sirozha.ru 17:11, 4 января 2010 (UTC)Reply[ответить]

2.5 АТФ[править код]

Откуда берется информация, что NADH эквивалентен 2.5 АТФ, а не 3? В англоязычной википедии это тоже толком не объясняется. XaeroX 13:22, 21 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]

  • например, из Lehninger principles of biochemistry, 4ed, 5ed --Sirozha.ru 15:50, 21 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]
    • зачем эта путаница? Если в русскоязычной литературе приняты значения 3 и 2, почему бы не использовать их (упомянув в соотв. статьях о возможной дробной стехиометрии)? Цитата из Lehninger principles of biochemistry, 4ed: "We use the P/O values of 2.5 and 1.5 throughout this book, but the values 3.0 and 2.0 are still common in the biochemical literature. The final word on proton stoichiometry will probably not be written until we know the full details of the FoF1 reaction mechanism." XaeroX 21:50, 21 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]
      • Хорошо, в оригинальном учебнике Ленинджера середины 1970х годов используются значения 3 и 2, в учебнике 2008 года - значения 2,5 и 1,5. Сколько мы должны подождать, чтобы использовать более новые данные? Следует ли считать разницу 30/36 АТР незначительной? --Sirozha.ru 01:11, 22 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]
        • А как сейчас учат студентов? Что по этому поводу говорит, например, Бунева? XaeroX 01:46, 22 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]
          • Студентов учат по старому, 3 и 2 --Sirozha.ru 02:07, 22 июня 2010 (UTC)Reply[ответить]
            • Я студент, меня учили 2.5 и 1.5 в 2009-2010 учебном году.Zinks 14:47, 26 августа 2010 (UTC)ZinksReply[ответить]
              • В каком вузе? --Sirozha.ru 14:49, 26 августа 2010 (UTC)Reply[ответить]
                • Белорусский Государственный Медицинский Университет. Кафедра биохимии.Zinks 08:45, 27 августа 2010 (UTC)ZinksReply[ответить]
                  • Понятно. К сожалению, не во всех вузах России (полагаю, что и в мире тоже) студентов учат по-новому --Sirozha.ru 09:27, 27 августа 2010 (UTC)Reply[ответить]

Вторая и третья стадия цикла[править код]

На второй стадии образуется не только цис-аконитат и вода, но ещё и цис-акониат (меньше 4 %).Иначе на следующей стадии получается путаница- получили цис-аконитат, а в реакцию идёт цис-акониат

83.149.45.132 09:51, 1 октября 2011 (UTC)Anonymous 83.149.45.132 10:05, 1 октября 2011 (UTC)AnonymousReply[ответить]

Щуку ацетил лимонил[править код]

Не нужно выделять слова заглавными буквами. Внимательный читатель поймет, кто такая "щук"а из контекста статьи --Sirozha.ru 10:29, 2 ноября 2011 (UTC)Reply[ответить]

Вы меня конечно извините за правку, не несущую полезной информации, но по-моему, само стихотворение сложнее запомнить.213.87.137.163 18:37, 9 апреля 2013 (UTC)Reply[ответить]

Рецензирование статьи Цикл трикарбоновых кислот[править код]

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.
Ещё одна статья о важнейшем биохимическом процессе. В дальнейшем планирую выставить статью КХС или КИС, в зависимости от того, что получится по итогам рецензирования. Как мне кажется, тема для КИС раскрыта достаточно полно, однако очень хотелось бы услышать мнения коллег о том, чего всё-таки не хватает и что ещё надо улучшить, какие проскакивают ляпы и неточности. Стиль, естественно, далеко не безупречен, поэтому замечания по стилю также очень приветствуются. Буду очень рада, если кто-нибудь поможет русифицировать картинки, потому что мои технические возможности в этом деле ограничены. С уважением, --Eruvanda 12:45, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]

Sirozha.ru[править код]

  • Еще одна отличная статья. Такая продуктивность вызывает у меня искренний восторг, Eruvanda! --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Если в гликолизе я полностью согласен с тем, чтобы разделы назывались Стадия 1, стадия 2... то в ЦИКЛЕ это, на мой взгляд, несколько некорректно. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • А как тогда лучше эти разделы назвать? По-английски то и в гликолизе, и в ЦТК это назвается просто step. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Может, никак и не называть? Раздел назвать "стадии" вместо "механизм" (вообще механизм может быть у конкретной реакции), и далее подразделы "образование цитрата" и так далее до "окисление малата до оксалоацетата"
        • Нет, никак не называть не получится, иначе на эти стадии никак не сошлёшься, если не пронумеровать их. А чем не подходит Стадия 1, стадия 2...? --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Учитывая то, что этот цикл играет КЛЮЧЕВУЮ роль в метаболизме, например, практически всех аминокислот. И информацию, изложенную в разделе "анаплеротические реакции", а также некоторые современные данные об особенностях цикла в разных клетках, не следует так вот объявлять его посредником между гликолизом и дыхательной цепью. --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • И можете указать, пожалуйста, где ЦТК называется «посредником между гликолизом и дыхательной цепью»? Что-то на мой замыленный взгляд они не попадаются... Мне кажется, наоборот тут и там говорится о неэнергетических функциях ЦТК. --Eruvanda 18:03, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Странно, но 26 июля у меня сложилось именно такое впечатление. Сегодня читаю и наоборот мне показалось, что с методической точки зрения во введении неплохо бы изложить значение ЦТК как промежуточного этапа между гликолизом и ЭТЦ. --Sirozha.ru 13:44, 27 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
        • ✔ Сделано, вкратце указала, так как подробнее это раскрывается по тексту статьи. --Eruvanda 14:49, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Кстати, гликолиз заканчивается пируватом, ЦТК начинается ацетатом (Ас-S-СоА). Вы планируете написать статью про ПДК, или может быть, добавить информацию об этой важной стадии между гликолизом и ЦТК в одну из этих статей? --Sirozha.ru 15:27, 26 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]

Virgilius[править код]

  • Могу помочь с русификацией изображений, если подробно напишите на каких картинках, какие надписи, как переводятся Virgilius 10:20, 28 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Спасибо за предложение, обязательно напишу перевод подписей, когда получу нормальный доступ к Интернету. С уважением, --Eruvanda 13:05, 29 июля 2014 (UTC)Reply[ответить]

Подписи к картинкам[править код]

Вот перевод подписей к картинкам:

Исходное изображение

1. Oxidation and... = Окисление и декарбоксилирование изоцитрата до α-кетоглутарата

Исходное изображение

2. Succinyl CoA = Сукцинил-CoA, Succinate = Сукцинат

Исходное изображение

3. Inter-membrane space = Межмебранное пространство, inner mitochondrial membrane = Внутренняя митохондриальная мембрана, Matrix = Матрикс, Heme = Гем, Complex II = Комплекс II.

Исходное изображение

4. Proton transfer = Перенос протонов, Fumarate = Фумарат, (S)-Malate = (S)-Малат

С уважением, --Eruvanda 14:58, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]

  • Ссылка на архив с отредактированными файлами, названия оставил такие же, только в конце добавил Rus https://yadi.1111sk/d/tcnMdLm9ZP4Ui , проверяйте (из ссылки удалите 1111, редактор не пропускает) Virgilius 17:21, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Ой, а может Вы сможете их на Викисклад загрузить? Я, в принципе, и сама могу сделать, но, если у Вас нет там аккаунта, то я не знаю, как указать, что именно Вы перевели подписи... --Eruvanda 18:27, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Можете меня нигде не указывать, к тому же перевод ваш, а я только подправил немного картинки и все ;) Virgilius 18:53, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Окей ;) Спасибо Вам огромное за помощь! --Eruvanda 19:24, 10 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Что-то у меня ссылка не открывается... Что-то в ней поломано. --Eruvanda 18:18, 13 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]

Shell[править код]

  • «Из α-кетоглутарата, образующегося в цикле трикарбоновых кислот, синтезируются аминокислоты глутамин, глутамат, пролин, аргинин, а также пурины.» --Shell 23:10, 17 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Ленинджер считает иначе. Приведите, пожалуйста, АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • См. раздел о биосинтезе пуринов в любом доступном учебнике по биохимии (в том же Ленинджере). --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
        • Альфа-кетоглутарат может быть превращён в глутамат, а уже из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • «Цитрат участвует в синтезе жирных кислот и стеролов.» Каким образом? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Оксалоацетат служит предшественником аргинина? --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Если верить Кольману и Рёму, то да. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • В таком случае нужно также прояснить, каким таким боком и коим образом оксалоацетат — предшественник аргинина. Кольман и Рём этот момент как-то объясняют? Описывают путь биосинтеза аргинина, отмечают прекурсорную роль в нём именно оксалоацетата? --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
        • Нет, у них нет пояснений на этот счёт. Удалила это, потому что иных подтверждений образованию аргинина из оксалоацетата мне найти не удалось. --Eruvanda (обс) 15:08, 29 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Очевидно, что глиоксилатный шунт способен выполнять анаплеротическую функцию. Почему же в подразделе «Анаплеротические пути» о нём не упоминается? ИМХО, нужно упомянуть. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • В разделе «Модификации и родственные пути» не увидел упоминания цикла Арнона — Бьюкенена?!. --Shell 23:26, 21 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • ✔ Сделано, написала, спасибо Вам большое, что указали! --Eruvanda 09:50, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • «цитратсинтазная реакция представляет собой конденсацию Клайзена» Цитратсинтазная реакция — не есть конденсация Кляйзена (!), более верно было бы написать так: «происходит по типу альдольной конденсации». --Shell 00:21, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • В статье Конденсация Клайзена написано, то можно и Клайзена, и Кляйзена. Пожалуйста, приведите АИ для Вашего варианта. Информация про конденсацию Клайзена в цитратсинтазной реакции есть в Ленинджере, т. е. она подтверждена АИ. --Eruvanda 08:51, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Эфир (AcCoA) выступает метиленовой компонентой, в качестве карбонильной компоненты — кетон (оксалоацетат). Это есть альдольная конденсация. Ну ладно, если думаете, что разница между альдольной конденсацией и конденсацией Кляйзена (хорошо характеризует конденсацию Кляйзена синоним: ацилирование по Кляйзену) неочевидна, я попробую подыскать подходящие АИ. --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC) P. S. 1, 2; «aldol-like condensation» на русском правильно будет «по типу альдольной конденсации». --Shell 15:43, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
      • Вот что пишет нам "Биохимия Ленинджера": по сути это конденсация Клайзена The reaction catalyzed by citrate synthase is essentially a Claisen condensation, involving a thioester (AcCoA) and ketone (Ox-Ac) Lehninger biochemistry, 4 Ed, 2005 p.608 --Sirozha.ru 02:30, 25 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
        • Не стоит игнорировать хорошо обоснованное мнение множества других авторов, которые считают, что цитратсинтазная, гомоцитратсинтазная, цитрамалатсинтазная, 2-изопропилмалатсинтазная и прочие подобные «carboxymethyl-forming» реакции происходят по типу альдольной конденсации (aldol-type reaction), а по типу конденсации Кляйзена — ацилтрансферазные реакции другого типа (тиоэфир в этих реакциях играет роль карбонильной компоненты), например, реакция, которую катализирует тиолаза (образование ацетоацетил-CoA из AcCoA). Показательно описание вот здесь мевалонатного пути, в котором первый и второй шаги как раз являются примерами разных типов коденсаций. И да, ещё. Когда ссылаются на фразу, когда цитируют, то хорошим тоном (в том числе и по отношению к автору цитаты) является дословное цитирование, без всяких мелких искажений. --Shell 13:41, 25 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
          • ✔ Сделано: оставила две точки зрения, про альдольную конденсацию как основную. --Eruvanda (обс) 15:23, 29 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
  • Почему все (за исключением одного) «CoA» набраны кириллицей? (см. также Окислительное декарбоксилирование пирувата, я там на СО уже задавал вопрос об этом) --Shell 13:18, 24 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Чисто для быстроты набора. Это вообще довольно принятая в ру-ВП практика — записываемые латинскими буквами названия писать кириллическими буквами, которые совпадают в латинице и кириллице. Мне кажется, что в нашем случае это необязательно исправлять (не название же статьи, в конце концов), и можно не тратить на это время. --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC)Reply[ответить]

Итог[править код]

Так как новых замечаний больше не поступало, а выявленные недостатки устранены, выставляю статью КИС. --Eruvanda (обс) 15:22, 3 сентября 2014 (UTC)Reply[ответить]

… из глутамата синтезируются пурины, нет разве? --Eruvanda (обс) 14:51, 29 августа 2014 (UTC) — Нетъ --Shell 15:21, 5 сентября 2014 (UTC)Reply[ответить]

  • Ленинджер: Through aspartate and glutamate, the carbons of oxaloacetate and α-ketoglutarate are then used to build other amino acids, as well as purine and pyrimidine nucleotides. --Eruvanda (обс) 17:22, 5 сентября 2014 (UTC)Reply[ответить]
    • Пуриновое ядро содержит 5 атомов углерода. Биогенетически: C4 и C5 — из глицина, C6 — из диоксида углерода, C2 и C8 — вводятся реакциями N-формилирования (одноуглеродная группа берётся из хорошо известных фолатных производных (N10-формил-THF, N5,N10-метенил-THF) или же её донором (у архей) может служить формиат, без участия фолатов). Утверждение о том, что из α-кетоглутарата синтезируются пурины остаётся странным, а для меня лично — крайне сомнительным. Проясните, пожалуйста, утверждение или же удалите его (как я предложил вначале). --Shell 16:56, 8 сентября 2014 (UTC)Reply[ответить]

Мнемонические правила[править код]

Эх... А я изучал цикл Кребса в Израиле. Какой пласт поэзии прошёл мимо меня :). Хорошо, что хоть здесь можно восполнить дыры в образовании. Sir Shurf (обс) 16:04, 23 сентября 2014 (UTC)Reply[ответить]

Ужасно сложный цикл Кребса[править код]

Неприлично поправлять нобелевского лауреата, но время идет и появляются мысли. Мне непонятны две вещи. Вот зачем надо простую молекулу пировироградной кислоты усложнять, чтобы ее окислить до углекислого газа и воды? Это также нелогично как делать фурнитуру из дров, чтобы потом бросить ее в топку. Навряд ли мир клеток настолько нелогичен. В митохондриальной днк нет ни одного фермента цикла Кребса, тогда откуда они берутся в митохондрии? Там другие ферменты. 93.181.255.20 13:58, 22 октября 2015 (UTC)Reply[ответить]

      • На мой не очень просвещенный взгляд, в митохондриальной ДНК осталось всего 13 белков по одной простой причине: защита от свободнорадикальных атак в процессе происходящих там реакций. Все коды успешно перебрались в ядро под более надежную защиту. Эти 13 не смогли просто потому, что (1) природе трудно перекодировать их из кольцевой логики в концевую и (2) все эти 13 белков - гидрофобны: если делать из ядра, то они не выдержат поход через цитоплазму в митохондрию.

А что касается сложности, то в статье вроде говорится о том, что это не просто ради окисления

Ilya.gmail (обс) 08:06, 6 июля 2016 (UTC)ilya.gmailReply[ответить]