Сантиморган

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Сантиморган (сокращенно: сМ) в генетике — единица измерения генетических расстояний между полиморфными фрагментами генома (локусами или маркерами), которая определена как расстояние, на котором вероятность рекомбинации генов в мейозе составляет 1 %.

Этимология[править | править код]

Название было дано Альфредом Генри Стуртевантом в честь его учителя: Томаса Ханта Моргана[1].

Отношение к физическому расстоянию[править | править код]

Число базовых пар, которым соответствует сантиморган, широко варьируется по всему геному — различные регионы хромосомы имеют различную склонность к перекресту.

Один сантиморган соответствует примерно одному миллиону пар оснований организма человека[2][3].

Plasmodium falciparum имеет среднее расстояние рекомбинации в ~15 кб на один сантиморган: маркеры, разделенные по 15 кб ДНК (15 тысяч нуклеотидов), имеют ожидаемый уровень перекрестов в 1 % на поколение.

Обратите внимание, что не-синтенные гены (гены, расположенные на разных хромосомах) отделены по своей сути и расстояния в сМ к ним не применимы.

Отношение к вероятности рекомбинации[править | править код]

Так как генетическая рекомбинация между двумя маркерами обнаруживается только в том случае, если имеется нечетное число перекрестов между ними, то расстояние, выраженное в сантимораганах, не вполне соотносится с вероятностью генетической рекомбинации.

Полагая картирующую функцию Холдейна, где количество перекрестов соотносится с распределением Пуассона[4], генетическое расстояние d приведет к нечетному числу перекрестов, а значит и обнаружит генетическую рекомбинацию, с вероятностью, вычисляемой по формуле:

где sinh — функция гиперболического синуса. Вероятность рекомбинации составляет около d/100 для малых значений d и достигает 50 % по мере того, как d стремится к бесконечности.

См. также[править | править код]

Примечания[править | править код]

  1. Сантиморган
  2. NIH ORDR — Glossary — C
  3. Harvey Lodish, Arnold Berk, Paul Matsudaira, Chris A. Kaiser, Monty Krieger, Matthew P. Scott, Lawrence Zipursky, and James Darnell. Molecular Cell Biology, Fifth Edition. — San Francisco : W. H. Freeman, 2004. — P. 396. — «"...in humans 1 centimorgan on average represents a distance of about 7.5x10E5 base pairs"». — ISBN 0-7167-4366-3.
  4. Department of Plant Sciences.

Литература[править | править код]

  • Su X; Ferdig, MT; Huang, Y; Huynh, CQ; Liu, A; You, J; Wootton, JC; Wellems, T.E. A genetic map and recombination parameters of the human malaria parasite Plasmodium falciparum (англ.) // Science : journal. — 1999. — November (vol. 286, no. 5443). — P. 1351—1353. — DOI:10.1126/science.286.5443.1351. — PMID 10558988.