Cas9

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Кристаллическая структура S. aureus Cas9 в комплексе с сгРНК и её целевой ДНК в разрешении 2.6 A˚. (Nishimasu, et al. 2015)

Cas9 (англ. CRISPR associated protein 9, CRISPR-ассоциированный белок) — это управляемая при помощи РНК-гидов эндонуклеаза, связанная с адаптивной иммунной системой CRISPR (англ. Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats) у ряда бактерий, в частности Streptococcus pyogenes. S. pyogenes использует Cas9 для запоминания[1], последующей проверки и разрезания чужеродной ДНК[2], например, ДНК бактериофагов или плазмид.

Cas9 выполняет проверку посредством раскручивания инородной ДНК и определения её комплементарности с двадцатью спаренными основаниями спейсера управляющей РНК. Если субстрат комплементарен управляющей РНК, Cas9 расщепляет чужую ДНК. В этом смысле механизм CRISPR-Cas9 имеет ряд параллелей с механизмом РНК-интерференции (RNAi) у эукариот. Безопасность практического применения данного метода определяется в том числе и тем фактом, является ли искомая последовательность двадцати спаренных оснований уникальной в модифицируемой ДНК.

Использование Cas9 в генной инженерии[править | править код]

Механизм избирательного ингибирования транскрипции с помощью dCas9 путём стерического препятствия
Варианты Cas9, которые связываются с ДНК, но не расщепляют её могут быть использованы для создания искусственных факторов транскрипции для избирательного регулирования транскрипционной активации и репрессии

Кроме изначальной функции в бактериальном иммунитете, белок Cas9 активно используют для создания точечных разрывов в двойной спирали ДНК, такие разрывы могут приводить к инактивации генов или созданию гетерологичных генов посредством соединения негомологичных концов и соответствующей гомологичной рекомбинации. Вместе с белками ZFN и TALEN, Cas9 становится значимым инструментом редактирования генома.[3] За создание новых технологий, позволяющих проводить с помощью CRISPR-Cas9 редактирование генома Эмманюэль Шарпантье и Дженнифер Даудна получили Нобелевскую премию по химии 2020 года.[4]

К 2012 году Cas9 приобрёл популярность, потому что он позволяет расщеплять практически любую нуклеотидную последовательность, комплементарную управляющей РНК[2]. Поскольку избирательность Cas9 является следствием комплементарности управляющей РНК и ДНК, а не модификации самого белка (в отличие от случаев TALEN и ZFN), для новых ДНК-мишеней возможна выработка специфических Cas9[5]. Варианты Cas9, которые связывают ДНК, но не расщепляют её (dCas9), могут быть использованы для доставки транскрипционных активаторов или репрессоров к специфичным последовательностям ДНК с целью регулирования транскрипционной активации и репрессии[6][7]. Хотя природный Cas9 требует составления управляющей РНК из двух в корне различных РНК — CRISPR-РНК (crRNA), и транс-активационную РНК (tracrRNA)[2], нацеливание Cas9 было упрощено при помощи выработки единой химерной управляющей РНК. Предполагается, что Cas9 можно будет использовать для изменения генома целых популяций организмов[8]. В 2015 году посредством Cas9 впервые был модифицирован геном человеческого эмбриона[9]. Разработана технология иммуногеномной инженерии гибридом, позволяющая быстро перепрограммировать специфичность их антител с помощью Cas9[10].

Создана технология, которая позволяет редактировать отдельные «буквы» ДНК и РНК, не разрезая цепь ДНК, а путём преобразования одного нуклеотидного основания в другое[11], что позволит лечить врожденные заболевания, вызванные точечными мутациями.[12][13][14]

Используя цитидин-деаминазы или же аденозин-деаминазы соединенные с dCas9 можно выключить экспрессию (путем введения преждевременных стоп-кодонов[15]) или поменять сплайсинг необходимые для синтеза тех или иных белков[16][17]

Создана технология MAGESTIC (multiplexed accurate genome editing with short, trackable, integrated cellular barcodes), которая не только расщепляет ДНК, но ещё и доставляет к месту разрыва кусок ДНК необходимый для точной замены (с помощью гибридного связывающего ДНК белка LexA-Fkh1p), что повышает точность и эффективность редактирования[18][19]. Еще одним инструментом для целевой вставки ДНК может стать CRISPR-ассоциированная транспозаза CAST (CRISPR-associated transposase) цианобактерии Scytonema hofmanni. ShCAST катализирует РНК-управляемую транспозицию ДНК путем однонаправленной вставки ниже протоспейсера сегментов ДНК размером в 60-66 пар нуклеотидов [20].

Использование dCas9[править | править код]

Соединив инактивированную молекулу dCas9, которая связывает ДНК, но не расщепляет её, с нуклеазой FokI, удается получить нуклеазы и рестриктазы для высокоселективного разрезания ДНК[21][22][23]. Разработан также способ избирательного эпигенетического перепрограммирования активности генов с помощью инактивированной молекулы dCas9, соединенной с ферментом, осуществляющим деметилирование ДНК[24]. Причём такое перепрограммирование эпигенома можно проводить даже in vivo[25][26]. Позднее выяснилось, что если укоротить управляющую РНК до 14-15 нуклеотидов, то молекула Cas9 теряет способность разрезать ДНК[27][28]. Используя это свойство удалось создать систему для избирательной активации определённых генов in vivo и проверить её эффективность путем лечения мышей со смоделированными заболеваниями[29]. У этого метода есть только одна проблема: обычно система CRISPR загружается в безвредный вирус, называемый аденоассоциированным вирусом (AAV), который переносит систему в клетку. Но весь белок, состоящий из dCas9 и направляющей РНК, слишком велик, чтобы поместиться в один AAV. Чтобы обойти эту проблему, исследователи загрузили dCas9 в один вирус, а управляющую РНК — в другой[29].

Использование системы Suntag позволяет нескольким антителам, слитым с активатором транскрипции VP64, связываться с dCas9-Suntag. Это, в свою очередь, задействует РНК-полимеразу и увеличивает экспрессию генов. смотри также рис 1 в ссылке[30]

Повысить эффективность молекулы dCas9 позволяет повторяющийся полипептидный массив из повторяющихся антигенов, называемый SunTag, который может привлекать несколько копий антител, связанных с ферментом, осуществляющим эпигенетическое редактирование, или же с носителем флуоресцентной метки.[31][30]

Еще одно применение dCas9 это программируемая модификация аминокислот в белках хроматина. Например искусственная гистон-протеинкиназа dCas9-dMSK1 позволяет осуществить гиперфосфорилирование серина 28 в гистоне H3 (H3S28ph), играющего роль "пусковой кнопки" в избирательной активации промоторов, и таким образом, повысить экспрессию выбранных генов.[32][33]

Новые способы доставки Cas9 в клетку[править | править код]

Основными требованиями к системе доставки Cas9 помимо высокой эффективности доставки является: (1) конструкция синтезирующая Cas9 не должна встраиваться в геном клетки и не должна быть в клетке постоянно чтобы не мешать работе клетки и не спровоцировать иммунных реакций; (2) средство доставки должно быть способно вместить достаточно большие по размерам фермент Cas9 или кодирующую его мРНК, а также одну или несколько направляющих РНК; (3) оно должно быть удобно для использования в виде инъекций; (4) такое средство вместе с Cas9 и направляющими РНК должно быть достаточно легко воспроизводимым для крупномасштабного производства лекарственного препарата для борьбы с распространенными болезнями. Таким критериям в отличие от вирусных систем доставки, отвечают липидные наночастицы. Так, например, была создана биодеградируемая система доставки Cas9 липидной наночастицей, которая позволила после однократного введения достичь in vivo более 97 % ингибирования уровня одного из белков сыворотки крови. При этом такое однократное введение, несмотря на временный характер системы доставки и компонентов системы редактирования, приводило к долговременному ингибированию продолжавшемуся в течение 12 месяцев[34].

Тем не менее продолжается разработка вирусных частиц для доставки Cas9 и sgРНК. Одной из таких разработок является NanoMEDIC (nanomembrane-derived extracellular vesicles for the delivery of macromolecular cargo)[35] NanoMEDIC эффективно индуцировал редактирование генома в различных типах клеток человека, таких как Т-клетки, моноциты, ИПСК, корковые нейроны, полученные из ИПСК, и миогенные клетки.

Легче переносить в клетки для редактирования генома более компактные белки Cas, поскольку они могут быть упакованы в небольшие по объему средства доставки, такие как дезактивированный аденоассоциированный вирус (AAV). В качестве таких компактных белков можно использовать варианты Cas, обнаруженные в бактериофагах, например CRISPR-CasΦ, который вдвое меньше по молекулярной массе по сравнению с Cas9[36]

Модификация Cas9[править | править код]

Модификация Cas9 путем её слияния с хроматин-модулирующими пептидами, полученными из белков группы высокой подвижности HMGN1 и HMGB1, гистона H1 и комплексов ремоделирования хроматина, повышает её активность в несколько раз, особенно в отношении рефрактерных для неё участков хроматина. Эта стратегия слияния, называемая CRISPR-хром (англ. CRISPR-chrom), может быть использована для улучшения эффективности работы нуклеаз Cas9 при модификации генома[37].

Первичное редактирование - в этом методе используется нуклеаза Cas9 (модифицированная в никазу, так что может создавать разрыв только в одной цепи ДНК) соединенная с обратной транскриптазой и вместо обычной направляющей РНК используется так называемая pegРНК (prime editing guid RNA), которая имеет помимо участка узнающего и связывающегося с надрезанной цепью ДНК еще и участок редактирующей последовательности (на ней с помощью обратной транскриптазы синтезируется отредактированная ДНК начиная от места надреза ДНК). Хотя первичное редактирование не может делать очень большие вставки или делеции ДНК, на которые способен CRISPR-Cas9, этот метод, по мнению авторов, является более точным и универсальным, чем все разработанные до сих пор альтернативы CRISPR[38][39][40].

Использование dCas9 для визуализации геномных последовательностей in situ[править | править код]

Исследователи разработали новый метод молекулярной визуализации с помощью РНК-направляемой эндонуклеазы CRISPR/dCas9 связанной с меткой. Технология позволила метить выбранные геномные последовательности в ядрах и хромосомах in situ. Метод назван RGEN-ISL. В отличие от классической флуоресцентной гибридизации in situ, RGEN-ISL не требует денатурации ДНК и, следовательно, обеспечивает лучшую сохранность структуры хроматина[41]. Аналогичную функцию выполняет генетический инструмент, названный CRISPR-HOT (CRISPR–Cas9-mediated homology-independent organoid transgenesis), для цветной маркировки определенных генов в органоидах человека[42][43][44].

См. также[править | править код]

Ссылки[править | править код]

  1. Heler R., Samai P., Modell J. W., Weiner C., Goldberg G. W., Bikard D., Marraffini L. A. Cas9 specifies functional viral targets during CRISPR-Cas adaptation. (англ.) // Nature. — 2015. — Vol. 519, no. 7542. — P. 199—202. — doi:10.1038/nature14245. — PMID 25707807. [исправить]
  2. 1 2 3 Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J. A., Charpentier E. A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity // Science. — 2012. — 28 июня (т. 337, № 6096). — С. 816—821. — ISSN 0036-8075. — doi:10.1126/science.1225829. [исправить]
  3. Carlaw, T. M., Zhang, L. H., & Ross, C. J. (2020). CRISPR/Cas9 Editing: Sparking Discussion on Safety in Light of the Need for New Therapeutics. Human Gene Therapy, 31(15-16), 794-807. doi:10.1089/hum.2020.111
  4. Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING
  5. Mali Prashant, Esvelt Kevin M, Church George M. Cas9 as a versatile tool for engineering biology // Nature Methods. — 2013. — Vol. 10. — P. 957-963. — ISSN 1548-7091. — doi:10.1038/nmeth.2649.
  6. Mali Prashant, Aach John, Stranges P Benjamin, Esvelt Kevin M, Moosburner Mark, Kosuri Sriram, Yang Luhan, Church George M. CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering // Nature Biotechnology. — 2013. — 1 августа (т. 31, № 9). — С. 833—838. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/nbt.2675. [исправить]
  7. Gilbert Luke A., Larson Matthew H., Morsut Leonardo, Liu Zairan, Brar Gloria A., Torres Sandra E., Stern-Ginossar Noam, Brandman Onn, Whitehead Evan H., Doudna Jennifer A., Lim Wendell A., Weissman Jonathan S., Qi Lei S. CRISPR-Mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transcription in Eukaryotes // Cell. — 2013. — Июль (т. 154, № 2). — С. 442—451. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2013.06.044. — PMID 23849981. [исправить]
  8. Esvelt Kevin M, Smidler Andrea L, Catteruccia Flaminia, Church George M. Concerning RNA-guided gene drives for the alteration of wild populations // eLife. — 2014. — 17 июля (т. 3). — ISSN 2050-084X. — doi:10.7554/eLife.03401. [исправить]
  9. Cyranoski David, Reardon Sara. Chinese scientists genetically modify human embryos // Nature. — 2015. — 22 апреля. — ISSN 1476-4687. — doi:10.1038/nature.2015.17378. [исправить]
  10. Pogson M., Parola C., Kelton W. J., Heuberger P., Reddy S. T. Immunogenomic engineering of a plug-and-(dis)play hybridoma platform. (англ.) // Nature communications. — 2016. — Vol. 7. — P. 12535. — doi:10.1038/ncomms12535. — PMID 27531490. [исправить]
  11. Komor A. C., Kim Y. B., Packer M. S., Zuris J. A., Liu D. R. Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. (англ.) // Nature. — 2016. — doi:10.1038/nature17946. — PMID 27096365. [исправить]
  12. Gaudelli, N. M., Komor, A. C., Rees, H. A., Packer, M. S., Badran, A. H., Bryson, D. I., & Liu, D. R. (2017). Programmable base editing of A• T to G• C in genomic DNA without DNA cleavage. Nature, 551(7681), 464-471. doi:10.1038/nature24644 PMC 5726555 PMID 29160308
  13. Xie, J., Huang, X., Wang, X., Gou, S., Liang, Y., Chen, F., ... & Jin, Q. (2020). ACBE, a new base editor for simultaneous C-to-T and A-to-G substitutions in mammalian systems. BMC biology, 18(1), 1-14. doi:10.1186/s12915-020-00866-5 PMC 7510086 PMID 32967664
  14. Liu, Z., Chen, S., Shan, H., Jia, Y., Chen, M., Song, Y., ... & Li, Z. (2020). Precise base editing with CC context-specificity using engineered human APOBEC3G-nCas9 fusions. BMC biology, 18(1), 111 doi:10.1186/s12915-020-00849-6 PMC 7461344 PMID 32867757
  15. Billon, P., Bryant, E. E., Joseph, S. A., Nambiar, T. S., Hayward, S. B., Rothstein, R., & Ciccia, A. (2017). CRISPR-mediated base editing enables efficient disruption of eukaryotic genes through induction of STOP codons. Molecular cell, 67(6), 1068-1079. doi:10.1016/j.molcel.2017.08.008 PMC 5610906 PMID 28890334
  16. Kluesner, M. G., Lahr, W. S., Lonetree, C. L., Smeester, B. A., Claudio-Vázquez, P. N., Pitzen, S. P., ... & Webber, B. R. (2020). CRISPR-Cas9 cytidine and adenosine base editing of splice-sites mediates highly-efficient disruption of proteins in primary cells. bioRxiv. doi:10.1101/2020.04.16.045336
  17. Levy, J. M., Yeh, W. H., Pendse, N., Davis, J. R., Hennessey, E., Butcher, R., ... & Liu, D. R. (2020). Cytosine and adenine base editing of the brain, liver, retina, heart and skeletal muscle of mice via adeno-associated viruses. Nature Biomedical Engineering, 4(1), 97-110. doi:10.1038/s41551-019-0501-5 PMC 6980783 PMID 31937940
  18. Roy K. R., Smith J. D., Vonesch S. C., Lin G., Tu C. S., Lederer A. R., Chu A., Suresh S., Nguyen M., Horecka J., Tripathi A., Burnett W. T., Morgan M. A., Schulz J., Orsley K. M., Wei W., Aiyar R. S., Davis R. W., Bankaitis V. A., Haber J. E., Salit M. L., St Onge R. P., Steinmetz L. M. Multiplexed precision genome editing with trackable genomic barcodes in yeast. (англ.) // Nature Biotechnology. — 2018. — July (vol. 36, no. 6). — P. 512—520. — doi:10.1038/nbt.4137. — PMID 29734294. [исправить]
  19. Taking CRISPR from clipping scissors to word processor. New platform transforms gene editor into precision tool
  20. Strecker J., Ladha A., Gardner Z., et al., (2019). RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases. Science, eaax9181 doi:10.1126/science.aax9181
  21. Tsai S. Q., Wyvekens N., Khayter C., Foden J. A., Thapar V., Reyon D., Goodwin M. J., Aryee M. J., Joung J. K.  Dimeric CRISPR RNA-guided FokI nucleases for highly specific genome editing // Nature Biotechnology. — 2014. — Vol. 32, no. 6. — P. 569—576. — doi:10.1038/nbt.2908. — PMID 24770325. [исправить]
  22. Guilinger J. P., Thompson D. B., Liu D. R. Fusion of catalytically inactive Cas9 to FokI nuclease improves the specificity of genome modification. (англ.) // Nature biotechnology. — 2014. — Vol. 32, no. 6. — P. 577—582. — doi:10.1038/nbt.2909. — PMID 24770324. [исправить]
  23. Wyvekens N., Topkar V. V., Khayter C., Joung J. K., Tsai S. Q. Dimeric CRISPR RNA-Guided FokI-dCas9 Nucleases Directed by Truncated gRNAs for Highly Specific Genome Editing. (англ.) // Human gene therapy. — 2015. — Vol. 26, no. 7. — P. 425—431. — doi:10.1089/hum.2015.084. — PMID 26068112. [исправить]
  24. Xu X., Tao Y., Gao X., Zhang L., Li X., Zou W., Ruan K., Wang F., Xu G. L., Hu R. A CRISPR-based approach for targeted DNA demethylation. (англ.) // Cell discovery. — 2016. — Vol. 2. — P. 16009. — doi:10.1038/celldisc.2016.9. — PMID 27462456. [исправить]
  25. Morita S., Noguchi H., Horii T., Nakabayashi K., Kimura M., Okamura K., Sakai A., Nakashima H., Hata K., Nakashima K., Hatada I. Targeted DNA demethylation in vivo using dCas9-peptide repeat and scFv-TET1 catalytic domain fusions. (англ.) // Nature biotechnology. — 2016. — doi:10.1038/nbt.3658. — PMID 27571369. [исправить]
  26. Xu, X.; Hulshoff, M.S.; Tan, X.; Zeisberg, M.; Zeisberg, E.M. CRISPR/Cas Derivatives as Novel Gene Modulating Tools: Possibilities and In Vivo Applications. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21(9), 3038; https://doi.org/10.3390/ijms21093038
  27. Dahlman J. E., Abudayyeh O. O., Joung J., Gootenberg J. S., Zhang F., Konermann S. Orthogonal gene knockout and activation with a catalytically active Cas9 nuclease. (англ.) // Nature Biotechnology. — 2015. — November (vol. 33, no. 11). — P. 1159—1161. — doi:10.1038/nbt.3390. — PMID 26436575. [исправить]
  28. Kiani S., Chavez A., Tuttle M., Hall R. N., Chari R., Ter-Ovanesyan D., Qian J., Pruitt B. W., Beal J., Vora S., Buchthal J., Kowal E. J., Ebrahimkhani M. R., Collins J. J., Weiss R., Church G. Cas9 gRNA engineering for genome editing, activation and repression. (англ.) // Nature Methods. — 2015. — November (vol. 12, no. 11). — P. 1051—1054. — doi:10.1038/nmeth.3580. — PMID 26344044. [исправить]
  29. 1 2 Liao H. K., Hatanaka F., Araoka T., Reddy P., Wu M. Z., Sui Y., Yamauchi T., Sakurai M., O'Keefe D. D., Núñez-Delicado E., Guillen P., Campistol J. M., Wu C. J., Lu L. F., Esteban C. R., Izpisua Belmonte J. C. In Vivo Target Gene Activation via CRISPR/Cas9-Mediated Trans-epigenetic Modulation. (англ.) // Cell. — 2017. — 14 December (vol. 171, no. 7). — P. 1495—1507. — doi:10.1016/j.cell.2017.10.025. — PMID 29224783. [исправить]
  30. 1 2 Morita, S., Horii, T., Kimura, M., & Hatada, I. (2020). Synergistic Upregulation of Target Genes by TET1 and VP64 in the dCas9–SunTag Platform. International journal of molecular sciences, 21(5), 1574. doi:10.3390/ijms21051574 PMC 7084704 PMID 32106616
  31. Tanenbaum, M. E., Gilbert, L. A., Qi, L. S., Weissman, J. S., & Vale, R. D. (2014). A protein-tagging system for signal amplification in gene expression and fluorescence imaging. Cell, 159(3), 635-646. doi:10.1016/j.cell.2014.09.039 PMC 4252608 PMID 25307933
  32. Li, J., Mahata, B., Escobar, M. et al. (2021). Programmable human histone phosphorylation and gene activation using a CRISPR/Cas9-based chromatin kinase. Nat Commun 12, 896, https://doi.org/10.1038/s41467-021-21188-2
  33. New CRISPR tech targets human genome's complex code. Programmable CRISPR/Cas9-based kinase offers insights into, control over regulatory histone proteins. ScienceDaily, 9 February 2021
  34. Finn J. D., Smith A. R., Patel M. C., Shaw L., Youniss M. R., van Heteren J., Dirstine T., Ciullo C., Lescarbeau R., Seitzer J., Shah R. R., Shah A., Ling D., Growe J., Pink M., Rohde E., Wood K. M., Salomon W. E., Harrington W. F., Dombrowski C., Strapps W. R., Chang Y., Morrissey D. V. A Single Administration of CRISPR/Cas9 Lipid Nanoparticles Achieves Robust and Persistent In Vivo Genome Editing. (англ.) // Cell Reports. — 2018. — 27 February (vol. 22, no. 9). — P. 2227—2235. — doi:10.1016/j.celrep.2018.02.014. — PMID 29490262. [исправить]
  35. Gee, P., Lung, M. S., Okuzaki, Y., Sasakawa, N., Iguchi, T., Makita, Y., ... & Wang, X. H. (2020). Extracellular nanovesicles for packaging of CRISPR-Cas9 protein and sgRNA to induce therapeutic exon skipping. Nature Communications, 11(1), 1-18. PMC 7070030 PMID 32170079 doi:10.1038/s41467-020-14957-y
  36. Pausch P., Al-Shayeb1 B., Bisom-Rapp E, et al. (2020). CRISPR-CasΦ from huge phages is a hypercompact genome editor. Science. 369(6501), 333-337 doi:10.1126/science.abb1400
  37. Ding X., Seebeck T., Feng Y., Jiang Y., Davis G. D., Chen F. Improving CRISPR-Cas9 Genome Editing Efficiency by Fusion with Chromatin-Modulating Peptides. (англ.) // The CRISPR Journal. — 2019. — February (vol. 2). — P. 51—63. — doi:10.1089/crispr.2018.0036. — PMID 31021236. [исправить]
  38. Anzalone, A. V., Randolph, P. B., Davis, J. R., Sousa, A. A., Koblan, L. W., Levy, J. M., ... & Liu, D. R. (2019). Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature, 1-1. doi:10.1038/s41586-019-1711-4
  39. Ledford, H. (2019). Super-precise new CRISPR tool could tackle a plethora of genetic diseases. Nature, 574(7779), 464-465 doi:10.1038/d41586-019-03164-5
  40. New “Prime Editing” Method Makes Only Single-Stranded DNA Cuts. The Scientist
  41. Ishii T., Schubert V., Khosravi S., Dreissig S., Metje-Sprink J., Sprink T., Fuchs J., Meister A., Houben A. RNA-guided endonuclease - in situ labelling (RGEN-ISL): a fast CRISPR/Cas9-based method to label genomic sequences in various species. (англ.) // The New Phytologist. — 2019. — May (vol. 222, no. 3). — P. 1652—1661. — doi:10.1111/nph.15720. — PMID 30847946. [исправить]
  42. Artegiani, B., Hendriks, D., Beumer, J. et al. (2020). Fast and efficient generation of knock-in human organoids using homology-independent CRISPR–Cas9 precision genome editing. Nat Cell Biol
  43. Yang, Q., Oost, K.C. & Liberali, P. (2020). Engineering human knock-in organoids. Nat Cell Biol
  44. CRISPR-HOT: a new tool to “color” specific genes and cells

Литература[править | править код]

  1. Джагаров Д. Э. (2014). Умные ножницы для ДНК. «Химия и жизнь -XXI век» № 7
  2. Джагаров Д. Э. (2014). Новый метод генной инженерии — CRISPR/Cas9. Academia.edu
  3. Дарья Спасская (2018). CRISPR-активация одного гена превратила «взрослые» клетки обратно в стволовые. N+1
  4. Монография (2020). “Методы редактирования генов и геномов”. под ред. С.М. Закияна, С.П. Медведева, Е.В. Дементьевой, В.В. Власова. Монография состоит из 26 глав, в которых авторы детально описывают протоколы применения CRISPR‐опосредованных систем для модификации геномов различных организмов: от дрожжей до культивируемых клеток человека.
  5. Гоглева А. А., Артамонова И. И. (2014). CRISPR-системы: структура и гипотетические функции. Природа 6 (2014), 16-21;
  6. Гоглева А. А., Артамонова И. И. (2014). CRISPR-системы: механизм действия и применения. Природа 7 (2014), 3-9.
  7. Артамонова И.(2014). CRISPR-системы: иммунизация прокариот «биомолекула.ру»
  8. Руководство по пониманию и использованию CRISPR (на англ) Загрузите бесплатную электронную книгу здесь http://powered.synthego.com/crispr-101 или здесь https://www.synthego.com/resources/gene-knockout-ebook?
  9. How To Conduct Successful CRISPR Experiments eBook Загрузите бесплатную электронную книгу здесь http://powered.synthego.com/how-to-conduct-successful-crispr-experiments-ebook
  10. Watters, K. E., Kirkpatrick, J., Palmer, M. J., & Koblentz, G. D. (2021). The CRISPR revolution and its potential impact on global health security. Pathogens and Global Health, 1-13. PMID 33590814 doi:10.1080/20477724.2021.1880202
  11. Liu, H., Wang, L., & Luo, Y. Blossom of CRISPR technologies and applications in disease treatment (англ.) // Synth Syst Biotechnol : journal. — 2018. — Vol. 3, no. 4. — P. 217—228. — doi:10.1016/j.synbio.2018.10.003. — PMID 30370342.
  12. Li, B., Niu, Y., Ji, W., & Dong, Y. Strategies for the CRISPR-Based Therapeutics (англ.) // Trends in Pharmacological Sciences : journal. — 2020. — Vol. 41, no. 1. — P. 55-65. — doi:10.1016/j.tips.2019.11.006.
  13. Kazuto Yoshimi, Yayoi Kunihiro, Takehito Kaneko, Hitoshi Nagahora, Birger Voigt, Tomoji Mashimo. ssODN-mediated knock-in with CRISPR-Cas for large genomic regions in zygotes (англ.) // Nature Communications (англ.) : journal. — Nature Publishing Group, 2016. — Vol. 7. — P. 10431. — doi:10.1038/NCOMMS10431. — PMID 26786405.
  14. CRISPR: gene editing is just the beginning. The real power of the biological tool lies in exploring how genomes work. Nature 531, 156—159 (10 March 2016) doi:10.1038/531156a(на англ.) Обзор разных способов применения Cas9. Хорошие иллюстрации.
  15. CRISPR-Cas: A Laboratory Manual Edited by Jennifer Doudna, University of California, Berkeley; Prashant Mali, University of California, San Diego
  16. Slaymaker, I. M., Gao, L., Zetsche, B., Scott, D. A., Yan, W. X., & Zhang, F. Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity (англ.) // Science : journal. — 2016. — Vol. 351, no. 6268. — P. 84—88. — doi:10.1126/science.aad5227.
  17. Kleinstiver B. P., Pattanayak V., Prew M. S., , & J. Keith Joung et al. High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects (англ.) // Nature : journal. — 2016. — doi:10.1038/nature16526.
  18. Mandegar M. A., Huebsch N., Frolov E. B., , & Conklin B. R. et al. CRISPR Interference Efficiently Induces Specific and Reversible Gene Silencing in Human iPSCs (англ.) // Cell Stem Cell (англ.) : journal. — 2016. — doi:10.1016/j.stem.2016.01.022.
  19. Davis, K. M., Pattanayak, V., Thompson, D. B., Zuris, J. A., & Liu, D. R. Small molecule–triggered Cas9 protein with improved genome-editing specificity (англ.) // Nature chemical biology : journal. — 2015. — Vol. 11, no. 5. — P. 316—318. — doi:10.1038/nchembio.1793.
  20. Zetsche, B., Volz, S. E., & Zhang, F. A split-Cas9 architecture for inducible genome editing and transcription modulation (англ.) // Nature biotechnology : journal. — 2015. — Vol. 33, no. 2. — P. 139—142. — doi:10.1038/nbt.3149.
  21. Zlotorynski, E. Genome engineering: Structure-guided improvement of Cas9 specificity (англ.) // Nature Reviews Molecular Cell Biology : journal. — 2016. — P. 3—3.
  22. Chu, V. T., Weber, T., Wefers, B., Wurst, W., Sander, S., Rajewsky, K., & Kühn, R. (2015). Increasing the efficiency of homology-directed repair for CRISPR-Cas9-induced precise gene editing in mammalian cells. Nature biotechnology. doi:10.1038/nbt.3198
  23. van Erp PB et al.(2015). The history and market impact of CRISPR RNA-guided nucleases. Curr Opin Virol.;12:85-90. PMID 25914022
  24. Cong, L., & Zhang, F. (2015). Genome Engineering Using CRISPR-Cas9 System. In Chromosomal Mutagenesis. Methods in Molecular Biology Vol. 1239, 2015, pp 197–217. Springer New York.
  25. Belhaj, K., Chaparro-Garcia, A., Kamoun, S., Patron, N. J., & Nekrasov, V. (2015). Editing plant genomes with CRISPR/Cas9. Current opinion in biotechnology, 32, 76-84. doi:10.1016/j.copbio.2014.11.007
  26. Kennedy E.M., Cullen B.R. (2015). Bacterial CRISPR/Cas DNA endonucleases: A revolutionary technology that could dramatically impact viral research and treatment. Virology, 479—480, 213—220 doi:10.1016/j.virol.2015.02.024
  27. Junwei Shi, Eric Wang, Joseph P Milazzo, Zihua Wang, Justin B Kinney, Christopher R Vakoc.(2015). Discovery of cancer drug targets by CRISPR-Cas9 screening of protein domains. Nature Biotechnology,; doi:10.1038/nbt.3235
  28. Michael Boettcher, Michael T. McManus (2015). Choosing the Right Tool for the Job: RNAi, TALEN, or CRISPR. Molecular Cell, 58(4), p575-585 DOI https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2015.04.028
  29. Heidi Ledford. A powerful gene-editing technology is the biggest game changer to hit biology since PCR. But with its huge potential come pressing concerns. (англ.) // NATURE : journal. — 2015. — Vol. 522. — P. 20—24. — doi:10.1038/522020a.
  30. CasFinder: Flexible algorithm for identifying specific Cas9 targets in genomes см. также: Chari R, Mali P, Moosburner M, Church GM (2015). Unraveling CRISPR-Cas9 genome engineering parameters via a library-on-library approach. Nature Methods (in press).
  31. Amanda Andersson-Rolf , & Bon-Kyoung Koo et al. One-step generation of conditional and reversible gene knockouts. (англ.) // Nature Methods : journal. — 2017. — doi:10.1038/nmeth.4156.CRISPR-FLIP, a strategy that provides an efficient, rapid and scalable method for biallelic conditional gene knockouts in diploid or aneuploid cells.
  32. SØREN HOUGH (2017). COMPARING DNA, RNA AND RNP-BASED CRISPR DELIVERY. DESKGEN
  33. Nakajima, K., Zhou, Y., Tomita, A., Hirade, Y., Gurumurthy, C. B., & Nakada, S. (2018). Precise and efficient nucleotide substitution near genomic nick via noncanonical homology-directed repair. Genome research, 28(2), 223—230. PMC 5793786 doi:10.1101/gr.226027.117
  34. Qiu, X. Y., Zhu, L. Y., Zhu, C. S., Ma, J. X., Hou, T., Wu, X. M., … & Zhu, L. (2018). Highly Effective and Low-Cost MicroRNA Detection with CRISPR-Cas9. ACS synthetic biology, 7(3), 807—813. doi:10.1021/acssynbio.7b00446 PMID 29486117
  35. Ting Wang, Yong Liu, Huan-Huan Sun, Bin-Cheng Yin, Bang-Ce Ye.(2019). An RNA-Guided Cas9 Nickase-Based Method for Universal Isothermal DNA Amplification. Angewandte Chemie International Edition, doi:10.1002/anie.201901292
  36. Smith, C. J., Castanon, O., Said, K., Volf, V., Khoshakhlagh, P., Hornick, A., ... & Myllykallio, H. (2019). Enabling large-scale genome editing by reducing DNA nicking. bioRxiv 574020 doi:10.1101/574020 Метод позволяет одновременно редактировать более 10 000 локусов в клетках человека.
  37. Hirosawa, M., Fujita, Y., & Saito, H. (2019). Cell-type-specific CRISPR activation with microRNA-responsive AcrllA4 switch. ACS synthetic biology. 8(7), 1575-1582 PMID 31268303
  38. Wang, D., Zhang, F., & Gao, G. (2020). CRISPR-Based Therapeutic Genome Editing: Strategies and In Vivo Delivery by AAV Vectors. Cell, 181(1), 136-150. PMID 32243786 doi:10.1016/j.cell.2020.03.023
  39. Alagoz, M., & Kherad, N. (2020). Advance genome editing technologies in the treatment of human diseases: CRISPR therapy. International Journal of Molecular Medicine. https://doi.org/10.3892/ijmm.2020.4609
  40. STEVEN LEVY (2020). Could Crispr Be Humanity's Next Virus Killer?. WIRED
  41. Timothy R. Abbott, Girija Dhamdhere, Yanxia Liu et al., (2020). Development of CRISPR as an Antiviral Strategy to Combat SARS-CoV-2 and Influenza. Cell https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.04.020
  42. Xie H, Ge X, Yang F, Wang B, Li S, Duan J, et al. (2020). High-fidelity SaCas9 identified by directional screening in human cells. PLoS Biol 18(7): e3000747. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000747
  43. Armando Casas-Mollano J., Zinselmeier M. H. , Erickson S.E. , and Smanski M.J. (2020). CRISPR-Cas Activators for Engineering Gene Expression in Higher Eukaryotes. CRISPR J.; 3(5): 350–364 doi:10.1089/crispr.2020.0064 PMC 7580621

Ссылки[править | править код]

  • 1CRISPR/Cas9 Genome Editing : Application Guide : [англ.] : [арх. 5 сентября 2015]. — OriGene. — 53 p.