Chemical Markup Language

cml
Расширение	.cml
MIME-тип	chemical/x-cml
Разработчик	Мюррей-Руст, Питер и Henry S. Rzepa[d]
Тип формата	Язык описания химических соединений
Расширен из	XML
Сайт	xml-cml.org cml.sourceforge.net

CML (Chemical Markup Language) — это язык описания химических соединений, основанный на универсальном языке разметки XML и Java.Это была первая реализация, специфичная для предметной области, основанная исключительно на XML , сначала на основе DTD  , а затем на схеме XML ,  наиболее надежной и широко используемой системы для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет компаниями Murray-Rust , Rzepa и другими и был протестирован во многих областях и на различных машинах.

Химическая информация традиционно хранится в файлах различных типов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам создавать совместимые документы. Существует ряд инструментов, которые могут создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химические данные в документах XML с помощью CML, например, в документах RSS .

CML способен поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:

• молекулы
• реакции
• спектры и аналитические данные
• вычислительная химия
• химическая кристаллография и материалы

Подробности о ХМЛ и обсуждаемые в настоящее время вопросы теперь публикуются в блоге XML.

Управление версиями

Версии схемы доступны на SourceForge . По состоянию на апрель 2012 г. последней замороженной схемой является CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 объявлены устаревшими.

Инструменты

JUMBO начинал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь представляет собой библиотеку Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на анимированное представление SVG . реакции. [7] JUMBO превратился в обширную Java-библиотеку CMLDOM, [8] поддерживающую все элементы схемы. [9] Хотя раньше JUMBO был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом Jmol и JChemPaint , некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML. [10] См. Синий обелиск .

Поддержка программного обеспечения

Программное обеспечение, импортирующее и экспортирующее действительный формат CML

• Bioclipse
• CDK
• JOELib
• OpenBabel
• Avogadro
• XDrawChem

Литература

• Adams, Nico and Winter, Jerry and Murray-Rust, Peter and Rzepa, Henry S. Chemical Markup, XML and the World-Wide Web. 8. Polymer Markup Language (англ.) // Journal of Chemical Information and Modeling. — 2008. — Vol. 48, no. 11. — P. 2118--2128. — doi:10.1021/ci8002123.
• Holzner, S. Real World XML. — New Riders, 2003. — P. 34-35. — 1162 p. — ISBN 9780735712867.
• Harold, E.R. XML 1.1 Bible. — Wiley, 2004. — P. 17-20. — 1056 p. — ISBN 9780764569302.

Ссылки

• Chemical Markup Language (CML)
• Список обсуждения
• CML блог
• Старый сайт