Томас Перси был вторым сыном Генри Элджернона, 5-го графа Нортумберленда, и Кэтрин Спенсер. Он родился в замке Алник примерно в 1504 году. Родовые земли и титулы достались его старшему брату Генри, который был бездетен и имел слабое здоровье. Томас рассчитывал стать его преемником в качестве 7-го графа Нортумберленда, но тот начал распродавать поместья, а оставшиеся у него земли завещал короне. Младшие члены семьи, Томас и ещё один брат, Ингрэм, сочли себя обделёнными. По этой причине они примкнули к католической оппозиции: в 1536 году братья поддержали начавшееся в северных графствах восстание, известное как Благодатное паломничество, а позже — ещё одно выступление в Северном и Западном райдингах Йоркшира. Эти восстания были жестоко подавлены. Братьев Перси схватили и привезли в Лондон. Томаса за измену приговорили к мучительной казни — повешению, потрошению и четвертованию. Этот приговор был приведён в исполнение в Тайберне 2 июня 1537 года.
