Клуб был основан в 1990 году под названием «Сосьедад Депортива Маласитана» и был второй командой «Атлетико Малагеньо» (с 1948 по 1994 год под таким названием выступала «Малага»). В 1994 году «Атлетико Малагеньо» стал «Малагой», а «Сосьедад Депортива Маласитана» был переименован в «Малага Б». С 2003 по 2006 год «Малага Б» играла в Сегунде, но затем вылетела в Сегунду Б, а ещё через сезон вылетела в Терсеру, где сейчас и выступает. С 2009 года клуб имеет название «Атлетико Малагеньо»[1][2].