На протяжении своей футбольной карьеры выступал за клубы «Хонда» и «Касима Антлерс». К своей первой команде Хонда присоединился после окончания средней школы в 1988 году. А в 1992 году он перешел в «Касима Антлерс». В составе клуба он становился чемпионом страны четыре раза, трижды выигрывал Кубок Джей-лиги, дважды — Кубок Императора. В конце сезона 2006 года он завершил игровую карьеру, сыграв 400 матчей и забив 6 голов.