Ascalaph Designer: различия между версиями
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Содержимое удалено Содержимое добавлено
P99am (обсуждение | вклад) ← Новая страница: «thumb|Модель ДНК на Ascalaph Designer '''Ascalaph Designer''' это программа моле...» |
(нет различий)
|
Версия от 17:02, 20 марта 2010
Ascalaph Designer это программа молекулярного моделирования общего назначения. Она предоставляет графическое окружение для консольных программ квантовой и классической механики Firefly, CP2K и MDynaMix[1] [2], имеет возможности для конструирования молекулярных моделей, конформационной оптимизации и молекулярной динамики. Firefly/PC GAMESS[3][4][5] предоставляет широкий ряд квантовохимических методов.
Основные возможности
- Построение молекулярной модели (полимеры, наноструктуры, белки, нуклеиновые кислоты)
- Cиловые поля AMBER/OPLS
- Оптимизация конформации
- Молекулярная динамика
- Квантовая химия
- Гибкая SPC модель воды[6]
Область применения
- Нуклеиновые кислоты [7]
- Белки
- Моделирование липидных мембран[8]
- Полиэлектролиты[9]
- Ионные жидкости[10][11]
- Термодинамические свойства жидкостей [12]
- Разработка молекулярно-механических силовых полей[13]
Ссылки
- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures". Computer Physics Communications. 128: 565—589.
- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems. — Heidelberg : Springer Berlin, 1998. — Vol. 1541. — P. 296–303. — ISBN 978-3-540-65414-8. — doi:10.1007/BFb0095310.
- ↑ Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS
- ↑ M.W. Schmidt; et al. (1993). "General Atomic and Molecular Electronic Structure System". J. Comput. Chem. 14: 1347—1363. doi:10.1002/jcc.540141112.
{{cite journal}}: Явное указание et al. в:|author=(справка) - ↑ M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
- ↑ Toukan K and Rahman A (1985). "Molecular-dynamics study of atomic motions in water". Physical Review B. 31: 2643—2648.
- ↑ Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld (2006). "Similarities and differences in interaction of K+ and Na+ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study". Nucleic Acids Research. 34: 686—696.
- ↑ C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev (2008). "Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer". Journal of Computational Chemistry. 29: 2359—2369.
- ↑ A. Vishnyakov and A.V. Neimark (2008). "Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study". J. Chem. Phys. 128: 164902.
- ↑ G. Raabe and J. Köhler (2008). "Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation". J. Chem. Phys. 128: 154509.
- ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang (2005). "Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field". Phys. Chem. Chem. Phys. 7: 2771—2779.
{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) - ↑ T. Kuznetsova and B. Kvamme (2002). "Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system". Phys. Chem. Chem. Phys. 4: 937—941.
- ↑ A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev (2007). "A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture". J. Comp. Chem. 28: 2020—2026.