Виртуальная ПЦР: различия между версиями
Rkalendar (обсуждение | вклад) ← Новая страница: «'''''Виртуальная''''' '''Полимеразная цепная реакция'''<ref>Синонимы: in silico ПЦР, цифров…» |
(нет различий)
|
Версия от 22:41, 28 марта 2012
Виртуальная Полимеразная цепная реакция[1] относится к вычислительным средствам для расчета теоретической полимеразной цепной реакции (ПЦР) с помощью списка праймеров (или проб) для виртуальной амплификации ДНК на исследуемом геноме или хромосомы, а также на кольцевым молекулам ДНК или любом другом участке ДНК. [2][3][4]
Этот инструмент используют для оптимизации подбора праймеров или проб к ДНК мишени. Праймеры анализируются на наличие участков связывания и их степень комплементарности к ДНК мишени.
Не комплементарные основания в участке связывания праймера с ДНК мишенью снижают стабильность праймера так как снижают температуру плавления, а также не комплементарные основания в 3' конце праймера ингибируют инициализацию синтеза ДНК в ПЦР с помощью Taq ДНК-полимеразой, которая не обладает корректирующей экзонуклеазной активностью от 3' к 5' концу. Если же не комплементарные основания находятся только на 5' конце праймера и праймер стабилен в конкретной температуре отжига, тов этом случае Taq ДНК-полимераза будет использовать данный праймер как затравку для начала синтеза ДНК комплементарной ДНК мишени.
Потенциально любая последовательность праймера находит комплементарные участки связывания на любой геномной ДНК бактерий или эукариот. Однако, полимеразная цепная реакция не будет проходить эффективно и синтез ПЦР продукта будет проходить либо линейно, либо не будет проходить вообще. Это связано во-первых, с тем что описано выше, для не комплементарных оснований на 3' конце и стабильностью парймера; и во-вторых, для ПЦР необходимы два близко расположенных праймеров комплементарных обоим цепям и ориентированых 3' концами друг к другу.
in silico (виртуальный) ПЦР помогает в подборе и анализе пар праймеров для прогнозирования продуктов ПЦР для линейно или кольцевой ДНК молекулы. [5][6]
Многие пакеты программ предлагают набор различных функций, простота их использования, эффективность и стоимость. [7][8][9][10]
Возможно, наиболее широко используемый будет электронная ПЦР [9], в свободном доступе из Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) на сайте, а также бесплатная программа компании PrimerDigital [11]. С другой стороны, FastPCR, [7] полукоммерческая программа, позволяет одновременное тестирование один праймер или набор праймеров на одной или на списке последовательностей ДНК мишеней или на хромосомах. Вероятные ПЦР продукты или потенциальные комплементарные сайты связывания для праймеров или проб могут быть найдены как для линейной так и для кольцевой ДНК для стандартной или обратной ПЦР, а также для мультиплексной ПЦР.
Ссылки
- ↑ Синонимы: in silico ПЦР, цифровая ПЦР, електронная ПЦР, е-ПЦР
- ↑ PMID 9149949 (PMID 9149949)
Библиографическое описание появится автоматически через некоторое время. Вы можете подставить цитату вручную или используя бота. - ↑ PMID 15215361 (PMID 15215361)
Библиографическое описание появится автоматически через некоторое время. Вы можете подставить цитату вручную или используя бота. - ↑ PMID 14752001 (PMID 14752001)
Библиографическое описание появится автоматически через некоторое время. Вы можете подставить цитату вручную или используя бота. - ↑ PMID 21569836 (PMID 21569836)
Библиографическое описание появится автоматически через некоторое время. Вы можете подставить цитату вручную или используя бота. - ↑ PMID 21779992 (PMID 21779992)
Библиографическое описание появится автоматически через некоторое время. Вы можете подставить цитату вручную или используя бота. - ↑ 1 2 FastPCR. PrimerDigital Ltd. Дата обращения: 29 марта 2012.
- ↑ Oligomer Web Tools. Oligomer Oy, Finland. Дата обращения: 29 марта 2012.
- ↑ 1 2 Electronic PCR. NCBI - National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 13 марта 2012.
- ↑ UCSC Genome Bioinformatics. UCSC Genome Bioinformatics Group. Дата обращения: 29 марта 2012.
- ↑ jPCR. PrimerDigital. Дата обращения: 29 марта 2012.