Список программ для работы с филогенетическими деревьями: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Следующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
создание
(нет различий)

Версия от 10:07, 29 января 2015

В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.

Сетевые ресурсы

Название Описание Сайт Технология
Archaeopteryx (ранее ATV) Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев[1] [1] Java
EvolView an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees[2] [2]
ETE toolkit Окружение для демонстрации дерева[3] [3] Python
Hypergeny visualise large phylogenies with this hyperbolic tree browser [4]
InfoViz Tree Tools the generic InfoViz toolkit supports hyperbolic, space and icicle trees [5] Javascript
iTOL - interactive Tree Of Life annotate trees with various types of data and export to various graphical formats; scriptable through a batch interface[4] [6]
TreeVector scalable, interactive, phylogenetic trees for the web, produces dynamic SVG or PNG output[5] [7] Java
jsPhyloSVG open-source javascript library for rendering highly-extensible, customizable phylogenetic trees[6] [8] JavaScript
JStree open-source javascript library for viewing and editing phylogenetic trees with HTML5 canvas [9] JavaScript и HTML5
OneZoom uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail[7] [10]
Phylodendron different tree styles, branch styles and output graphical formats [11]
PhyloExplorer a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database[8] [12]
Phyloviewer web-based integrated environment for phylogenomic analysis based on the Bioinformatics Portal System [13]
PhyloWidget view, edit, and publish phylogenetic trees online; interfaces with databases[9] [14]
TRED утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael. [15] Javascript клиент и Python (web2py) сервер
Treedraw Отображение филогенетических деревьев [16] HTML5 canvas based
TreeViz Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт [17] Java
T-REX Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети[10] [18]

Примечания

  1. ↑ Zmasek, CM and Eddy, SR (2001). "TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees". Bioinformatics. 17 (4): 383—384. doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. PMID 11301314.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  2. ↑ Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu, and Wei-Hua Chen (Jul 2012). "EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees". Nucleic Acids Research. 40 (W1): W569—W572. doi:10.1093/nar/gks576. PMID 22695796.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  3. ↑ Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni (2010). "ETE: a python Environment for Tree Exploration". BMC Bioinformatics. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC 2820433. PMID 20070885.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  4. ↑ Letunic, I and Bork, P (2007). "Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation". Bioinformatics. 23 (1): 127—128. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. PMID 17050570.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  5. ↑ Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. (2010). "TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web". PLoS ONE. 5: e8934. doi:10.1371/journal.pone.0008934.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  6. ↑ Smits, SA and Ouverney, CC (2010). Poon, Art F. Y. (ed.). "jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web". PLoS ONE. 5 (8): e12267. doi:10.1371/journal.pone.0012267. PMC 2923619. PMID 20805892.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  7. ↑ Rosindell, J and Harmon, LJ (2012). "OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life". PLoS Biology. 10. doi:10.1371/journal.pbio.1001406.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  8. ↑ Ranwez, V et al., WH (2009). "PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees". BMC Evolutionary Biology. 9. 9: 108. doi:10.1186/1471-2148-9-108.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  9. ↑ Jordan, EG and Piel, WH (2008). "PhyloWidget: web-based visualizations for the tree of life". Bioinformatics. 24 (14): 1641—1642. doi:10.1093/bioinformatics/btn235. PMID 18487241.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  10. ↑ Boc A, Diallo Alpha B, Makarenkov V (2012). "T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks". Nucleic Acids Research. 40 (W1) (Web Server issue): W573–W579. doi:10.1093/nar/gks485. PMC 3394261. PMID 22675075.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)

Ссылки

Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Список_программ_для_работы_с_филогенетическими_деревьями&oldid=68237298