Википедия:Рецензирование/Гликолиз

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Рецензирование статьи Гликолиз[править код]

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.
Статья об одном из самых важных метаболических путей, была целиком переписана мной (от первоначального варианта остались только картинки). В дальнейшем планирую выставить статью КХС или КИС, в зависимости от того, что получится по итогам рецензирования. Как мне кажется, тема для КИС раскрыта достаточно полно, однако очень хотелось бы услышать мнения коллег о том, чего всё-таки не хватает и что ещё надо улучшить, какие проскакивают ляпы и неточности. Стиль, естественно, далеко не безупречен, поэтому замечания по стилю также очень приветствуются. Буду очень рада, если кто-нибудь поможет русифицировать картинки, потому что мои технические возможности в этом деле ограничены. С уважением, --Eruvanda 17:00, 17 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • По полноте и стилю изложения - это ИС. Но для ИС нужны картинки на русском языке. И очень желательно, чтобы все они были в одном стиле... Возможно, я чем-то смогу помочь, но только переводом, а не перерисовыванием в одном стиле --Sirozha.ru 16:54, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • Русифицировать картинки в векторном формате в принципе несложно с помощью {{translation possible}}, а вот для того, чтобы их перерисовать в едином стиле, наверно, без помощи участников проекта Графическая мастерская не обойтись. Однако там, по-видимому, сейчас мало тех, у кого есть возможность помочь, потому что на мою прошлую заявку, поданную около 3 недель назад (картинки для статьи Анатомия и физиология млекопитающих), ответа так и не последовало. Вы уверены, что все рисунки надо сделать в одном стиле? Мне кажется, того, что стадии гликолиза и общий обзор гликолиза сделаны в одном стиле, вполне достаточно... --Eruvanda 18:41, 21 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • Вы правы, требования, чтобы картинки были в одном стиле, нет. Но когда в разных формулах используется разный шрифт и всякие другие мелочи -- это не айс, согласитесь. ИС достойна и одного стиля всех картинок и схем, а реакций в этой статье ой как немало. --Sirozha.ru 12:07, 23 июля 2014 (UTC)[ответить]
        • Не знаю, лично меня как-то не раздражает, что картинки не в одном стиле. Постараюсь разобраться с переводом их на русский язык, а вот в одном стиле, думаю, вряд ли удастся их сделать. --Eruvanda 13:26, 26 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Я рекомендовал бы выдвигать в КХС, не КИС. Стиль, опечатки. --Shell 23:01, 17 августа 2014 (UTC)[ответить]
    • Так подправляйте, если видите стилевые огрехи и опечатки, правьте смело! Для того статья на рецензировании и стоит. И вообще, впервые сталкиваюсь с мнением, что статью лучше выдвигать в КХС, а не КИС, не из-за недостаточного раскрытия темы/плохой проверяемости и т. п., а опечаток. --Eruvanda 09:35, 18 августа 2014 (UTC)[ответить]

Sirozha.ru[править код]

  • Немного странно выглядит сочетание 2НАД+ + 2АДФ + 2Pi почему NAD и ADP русскими буквами, а Фн латиницей. В научной русскоязычной литературе принято обозначать коферменты латиницей. В самом деле, фосфорную же кислоту никто не пишет H3ФO4, почему тогда на конце ATP оказалась буква Ф? Она обозначает фосфор? Тогда это АТР! Ни в один научный журнал уже лет двадцать как АДФ проникнуть не может. То же касается и монографий. Энциклопедический стиль — это в первую очередь — научный стиль --Sirozha.ru 17:01, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • пируват далее соединяется с коферментом А и вовлекается в цикл Кребса если мне не изменяет память, то пируват сперва декарбоксилируется... --Sirozha.ru 17:02, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Подскажите, пожалуйста, в какой литературе первые и вторые пять стадий обозначают как "подготовительный этап" и "этап синтеза АТР"? Это же явно вы не сами придумали... --Sirozha.ru 17:04, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • К сожалению, в моей библиотеке книги по биохимии только на английском, а в единственной найденной мной книге «Биологическая химия» под редакцией Северина (2011) эти стадии (Preparatory phase и Pay-off phase на английском) называются подготовительным этапом и этапом, сопряжённым с образованием ATP. Поскольку эта книга — единственная из доступных мне свежих книг по биохимии на русском, то и я воспользовалась этими названиями. Если есть другие, более адекватные названия, — буду рада исправить. --Eruvanda 13:28, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • ОК, Северин - вполне себе АИ, так что пусть останется так, как есть. Но мне не нравится термин "подготовительный". В обмене веществ тоже есть (общепринятый, кстати) подготовительный этап - в широком смысле, пищеварение, расщепление сложных молекул до мономеров. Вот в гликолизе никакого такого "подготовительного" в том, широком смысле нет. Скорее это реакции, в которых не_происходит_синтез_АТР. --Sirozha.ru 16:32, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • В разделе "Общий обзор" повторяется общее уравнение из введения --Sirozha.ru 17:04, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • 9 промежуточных соединений на пути от глюкозы к пирувату фосфорилировано подразумевается ли то, что ЭТО ЖЕ СОЕДИНЕНИЕ МОЖЕТ БЫТЬ ДЕФОСФОРИЛИРОВАНО? Или правильнее сказать, что все девять промежуточных соединений содержат фосфор или содержат остатки ортофосфорной кислоты? --Sirozha.ru 17:06, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • фосфорилированная глюкоза она сбежала из зоопарка? --Sirozha.ru 17:07, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • что же такое Фосфатные группы необходимы для ферментативного запасания метаболической энергии метаболическая энергия? --Sirozha.ru 17:07, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • В новом Ленинджере под "metabolic energy" по-видимому подразумевается энергия, образующаяся при метаболических процессах. --Eruvanda 13:28, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • В таком случае, мне непонятно вот что: в фосфатной группе ФЕП запасается метаболическая энергия? если да, то почему тогда "энергетической валютой клетки" является АТР? любая фосфатная группа - это запасник такой энергии, или все-таки только восстановленные коферменты и АТР? --Sirozha.ru 16:42, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • или запасать и хранить -- это разные вещи в данном контексте? --Sirozha.ru 16:52, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Энергия связывания фосфатных групп с активными центрами ферментов снижает энергию активации и увеличивает специфичность lost in translation? звучит это крайне странно... энергия снижает энергию? энергия увеличивает специфичность? специфичность фермента в таком случае имеет термодинамическую или кинетическую природу? эти же ферменты способны связывать родственную молекулу без остатка фосфата? связывают ли эти ферменты фосфат? почти все известные метаболические ферменты не имеют сродства к фосфату, так как они иначе ингибировались бы фосфатом и были бы нереакционноспособны --Sirozha.ru 17:12, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • В оригинале было Binding energy resulting from the binding of phosphate groups to the active sites of enzymes lowers the activation energy and increases the specificity if the enzymatic reactions. --Eruvanda 13:32, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Mg и подобные катионы обычно не называют кофакторами. --Sirozha.ru 17:17, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • В en-wiki очень даже называют. --Eruvanda 13:28, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • А если посмотреть статью кофакторы, то говорят, что Mg и прочие катионы металлов являются КОФАКТОРАМИ МЕТАЛЛОПРОТЕАЗ. Потому что в протеазах они реально режут, а вот в других ферментах они в составе активного центра играют другую роль. Все-таки они слишком низкомолекулярные для кофакторов. А как их называет Lehninger's biochemistry (у меня эту книгу забрал почитать аспирант) --Sirozha.ru 16:42, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
        • А никак не называет. Везде, где говорится об этих ионах, написано что-то в духе "This enzyme requires Mg2+ for it's activity". И как же тогда быть?.. Может, всё-таки оставить "Кофакторы"? --Eruvanda 18:41, 21 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • неудачное словосочетание регуляторными свойствами --Sirozha.ru 17:19, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • название Стадия 2: преобразование глюкозо-6-фосфата в фруктозо-6-фосфат зачем сложное слово "преобразование", когда это просто называют "изомеризацией" Sirozha.ru 17:20, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • неплохо бы описать в тексте статьи, что же такое Изменение свободной энергии (ΔG) и с чем его едят биохимики. И почему это дельта-же, а не дельта-же-нулевое или равновесное. --Sirozha.ru 17:24, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • ✔ Исправлено на дельта-же-нулевое. Я не совсем понимаю, зачем писать, что такое изменение свободной энергии в этой статье, ведь есть же статья Свободная энергия Гиббса, на которую проставлена вики-ссылка. --Eruvanda 13:50, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • Ну в этой статье конкретно написано, что Характер изменения энергии Гиббса позволяет судить о принципиальной возможности осуществления процесса. При \Delta G<0 процесс может протекать, при \Delta G>0 процесс протекать не может а в статье у разных реакций дельта_же и больше, и меньше ноля. Как же эти реакции протекают, если по Гиббсу они невозможны??? Вот Ленинджер в соответствующей главе объясняет, почему такие реакции возможны (не могу указать точные страницы, но это в начале книги). --Sirozha.ru 16:42, 20 июля 2014 (UTC)[ответить]
        • ✔ Сделано, добавила. --Eruvanda 19:35, 21 июля 2014 (UTC)[ответить]
          • ИМХО, пояснение получилось не очень (довольно некорректно сформулировано). Может быть просто пояснить, что ΔGɵ связано с Kɵ известным соотношением ()? Чем больше ΔGɵ отличется от 0, тем сильнее сдвинуто равновесие (знак говорит о том в какую сторону). А за счёт связывания с ферментом понижается энергия активации, что сказывается на скорости реакции и сокращает время установления равновесия (разумеется, если реакция у нас in vitro, так как живые организмы, пока они ещё живы, — неравновесные системы), но не приводит к сдвигу равновесия. И да, такой значок ɵ, а не буквочка о. Опять со своими значками гыгы). P. S. Можно, конечно, написать про сопряжение с экзэргоническими процессами, но зачем это излишество нужно в комментарии к альдолазной реакции, для меня лично неочевидно. --Shell 15:15, 25 июля 2014 (UTC)[ответить]
            • На мой взгляд, это пояснение вообще не нужно: оно должно быть к статье Энергия Гиббса, а здесь в нём нужды нет. Поэтому я старалась написать всё «на пальцах»; может быть, что получилось некорректно. Но уж в формулах и соотношениях тут точно нужды нет. Да, и разве в этом пояснении есть что-то про сдвиг равновесия? Там, кажется, написано только про понижение энергии активации. А насчёт значка — в Ленинджере, например, не ɵ, а о, поэтому both variants are possible. Впрочем, буду очень признательна, если Вы сможете написать более корректное и ёмкое пояснение. С уважением, --Eruvanda 13:26, 26 июля 2014 (UTC)[ответить]
              • А как насчет такого объяснения (по-моему, оно не из Lehninger's Biochemistry...) что термодинамическая константа "дельта-же" измеряется/вычисляется/приводится к концентрации субстрата и продукта 1 М (1 моль на литр). В клетке концентрации субстратов ну очень сильно отличаются от 1 М, поэтому при реальной концентрации в клетке реакции вполне осуществима. --Sirozha.ru 15:14, 26 июля 2014 (UTC)[ответить]
                • Может быть, Вы включите это в статью? А то я что-то совсем запуталась, что, по-Вашему, должно быть в этом пресловутом пояснении ;) --Eruvanda 17:46, 26 июля 2014 (UTC)[ответить]
              • Ну или совсем снести пресловутое пояснение. Или, раз подняли тему, предлагаю так: «Величина ΔG определяет константу равновесия реакции, что позволяет оценить глубину прошедшей реакции по достижению системой равновесия. Стоит отметить, что с позиции термодинамики любая реакция не доходит количественно до конца, а только до состояния равновесия (когда G системы становится минимальной).» Думаю, что более детальный комментарий будет излишеством для данной статьи. В остальных местах (кроме комментария) в статье, про ΔG очень даже неплохо написано. --Shell 13:12, 28 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Это утверждение Эта реакция, необратимая в клеточных условиях, катализируется ферментом гексокиназой, равно как и это Эта реакция в клеточных условиях необратима, и она является первой реакцией, продукт которой (фруктозо-1,6-бифосфат) представляются неверными, так как в глюконеогенезе, который протекает в клетках, эти реакции очень даже идут в другую сторону, благодаря соответствующим ферментам --Sirozha.ru 17:29, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • атомы С-1, С-2 и С-3 изначальной молекулы глюкозы химически неотличимы от атомов С-6, С-5 и С-4 соответственно. возможно, лучше так? атомы С1, С2 и С3 изначальной молекулы глюкозы химически неотличимы от атомов С6, С5 и С4 соответственно. Sirozha.ru 17:49, 19 июля 2014 (UTC)[ответить]

Shell[править код]

  • Определение в самом начале — мне оно в двух местах не нравится. Во-первых, «процесс окисления глюкозы до двух молекул пировиноградной кислоты (пирувата)» — надо как-то типа «процесс окисления глюкозы, при котором из одной молекулы глюкозы образуется две молекулы пировиноградной кислоты (пирувата)». Во-вторых, концовка… лучше как-то типа: «сопровождающийся выделением энергии в форме субстратным фосфорилированием ADP до ATP и восстановлением NAD до NADH». Да, вот ещё: «катализируемых ферментами» → «ферментативных». --Shell 13:12, 28 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Частично ✔ Исправлено: всё-таки я оставила про запасание энергии в виде ATP и NADP, поскольку для несведущего читателя (а преамбула всё-таки должны быть понятна и ему) будет не совсем понятно, что на самом деле означает субстратное фосфорилирование и восстановление NADH. --Eruvanda 12:54, 29 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • В литературе гликолиз иногда называют «дихотомический путь распада глюкозы». Может включим это, как синоним, в преамбулу? --Shell 13:12, 28 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • А в чем дихотомия? В том что в реакции альдольной конденсации получаются два продукта, один из которых изомеризуется в другой и на этом дихотомия заканчивается? --Sirozha.ru 14:13, 28 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • Филиппович Ю. Б. Основы биохимии. — 4-е изд., перераб. и доп.. — М.: «Агар», 1999. — С. 341. — 512 с. — ISBN 5-89218-046-8.
  • Полева Н. В. Биохимия / Рецензенты: Киршина Е. Д., канд. пед. наук, доцент, Наймушина Л. В., канд. хим. наук, доцент. — Красноярск, 2009. — С. 168, 191. — 316 с. — 150 экз. — ISBN 978-5-85981-321-6.
  • [1] с 10, 2 абзац.
  • [2] с. 73, п. 5. --Shell 17:23, 29 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • Ну это какой-то очевидный нафталин, придуманный давным-давно в Советском союзе. Логики в этих названиях нет никакой. Описывать или даже упоминать эти рудименты в приличной энциклопедии не следует. Если бы эти термины использовались не в мурзилках сельхоз академий и не в методичках местечковых педвузов, а, например, в учебнике Северинова или Кнорре-Мызиной, то стоило бы уделить этим понятиям внимание. А в данном случае -- забыть и не сожалеть. Пруфы подтверждают, что эти термины существуют, но никаким образом не доказывают, что эта информация достойна внимания читателя статьи в ВП --Sirozha.ru 16:57, 30 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • Во времена совка отечественные ученые придумывали много самобытных терминов, которые нигде за рубежом не прижились. Вспомним тот же биогеоценоз... если бы не школьные учебники, которые с середины 1960х транслируют этот термин, о нем бы никто и не слышал. Так и с этими путями - дихотомическим и как там его... -- про них помнят только преподаватели, которые не имеют никакого отношения к современной науке, которые стали профессорами сорок лет назад, да их несчастные студенты (ничего личного). И таких примеров полно. Sirozha.ru 17:04, 30 июля 2014 (UTC)[ответить]
      • Термин употребляется в методичках местеч в учебниках, пусть эти учебники и не самые крутые, но по ним тоже люди учатся, причём эти учебники кем-то утверждались и были допущены. По этой причине, на мой взгляд, это название должно быть упомянуто. Если это возможно (есть АИ), нужно также пояснить почему этот термин нежелателен и «лишён всякой логики». ИМХО. --Shell 00:04, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
        • А ошибки из местечковых учебников и методичек, а также вестников аграрных университетов мы тоже будем переписывать в статью, указывая на то, что "в некоторых источниках неверно сообщается о том, что..." --Sirozha.ru 02:19, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
          • По поводу ошибочности. Ну пока что в качестве доказательств ошибочности терминов я вижу только ваши личные рассуждения. Кстати, существует ещё альтернативное название — «фруктозодифосфатный путь». --Shell 13:31, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
            • Ну я в свою очередь не вижу ВП:АИ, которые доказывали бы значимость этих синонимов --Sirozha.ru 13:51, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
              • Два учебных пособия, где встречается «дихотомический путь», я в пример привёл (см. выше). Можно ещё, но я не буду заниматься. То же самое по синонимичному названию «фруктозодифосфатный путь». --Shell 15:14, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
                • Какие учебники по биохимии можно считать АИ: Комов-Шведова, Северин, Биохимия Ленинджера. Методички пединститутов - не стоит. ВП - это энциклопедия, стремиться надо к тому, чтобы показывать актуальное состояние науки. А если говорить о том, что было раньше -- нужны серьезные аргументы. Очевидно, что никакого методического интереса эти архаичные синонимы не представляют. --Sirozha.ru 15:41, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • В источниках описание отдельных стадий так и называется «механизм»? --Shell 17:23, 29 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • Ну да, у Ленинджера то и дело фигурирует "Reaction mechanism" и всё в этом духе. --Eruvanda 14:40, 10 августа 2014 (UTC)[ответить]
      • Верю. Но гликолиз, как и прочие длинные метаболические пути, обычно не называют «реакцией», отчасти поэтому несколько смущает название раздела «Механизм». Может быть, название «Стадии» будет не менее ёмким и годным? --Shell 04:17, 13 августа 2014 (UTC)[ответить]
  • «Гликолиз других углеводов»? --Shell 00:04, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • Просто я не знала, как иначе назвать раздел, описывающий, как другие углеводы, кроме глюкозы, вовлекаются в гликолиз. Может, у Вас есть более подходящий вариант названия? --Eruvanda 14:40, 10 августа 2014 (UTC)[ответить]
      • Думаю, можно так и назвать «Вовлечение других углеводов в гликолиз». В пункте про фруктозу можно отметить, что есть такой термин «Фруктолиз». --Shell 04:17, 13 августа 2014 (UTC)[ответить]
        • ✔ Сделано, изменила название раздела. Не могли бы Вы, пожалуйста, привести АИ, где упоминается термин «фруктолиз», а то мне таких найти не удалось. --Eruvanda 17:35, 13 августа 2014 (UTC)[ответить]
          • Право, не я всякие этакие словечки[en] выдумываю. ;) PMID: 955564, PMID: 8330752, PMID: 4571697, PMID: 14322147 … --Shell 16:34, 15 августа 2014 (UTC)[ответить]
            • ✔ Сделано, дополнила. Да ведь никто Вас и не пытается обвинить, что вы этакие словечки выдумываете ;) Просто гугление на русском термина «фруктолиз» дало, мягко говоря, странные результаты, а загуглить по-английски я почему-то забыла. Спасибо за замечание! --Eruvanda 17:41, 16 августа 2014 (UTC)[ответить]
              • Правильно сказать, что такой термин БЫЛ. последняя статья с термином фруктолиз в названии была опубликована в 1993 году. Это снова нафталин. Алексей, вы хотите сделать из статьи сборник старых фактов о которых все забыли, а вы нет, потому что вас так учили? Зачем читателю знать о том, как это называли двадцать, а скорее тридцать лет назад?! Или учебники и методички, издаваемые в агроинститутах и прочих педвузах Иркутска до сих пор используют этот "термин"? --Sirozha.ru 17:08, 17 августа 2014 (UTC)[ответить]
  • «В ходе обеих этих реакций фосфорилирования донором фосфатной группы является ATP.» Донор фосфорильной группы, а не фосфатной. --Shell 00:04, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • «Энергия, высвобождаемая при разрыве фосфоангидридных связей» Собственно разрыв любой связи происходит с поглощением энергии. --Shell 00:04, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
    • У Ленинджера написано так: Energy released in the breakage of phosphoanhydride bonds (such as those in ATP) --Eruvanda 14:42, 10 августа 2014 (UTC)[ответить]
      • Всё же авторитет Ленинджера не придаёт корректности этой формулировке. «Энергия, высвобождаемая которая потенциально может быть высвобождена при разрыве в результате гидролиза фосфоангидридных[en] связей … … …» Там дальше тоже лучше подправить, так как «отдают» не фосфатную, а опять же фосфорильную группу. --Shell 04:17, 13 августа 2014 (UTC)[ответить]
  • Следуя логике АТФATP, получается нужно и ФЕПPEP. --Shell 00:04, 31 июля 2014 (UTC)[ответить]
  • ИМХО, нежелательно использовать в уравнениях обратимых реакций символ «↔», так как этим символом в химии принято связывать резонансные структуры. Лучше «⇌» (верхняя полустрелка направлена вправо). Также желаю ещё раз напомнить про правильный минус (−), правильный штрих (′). Хотелось бы, чтобы опытные участники не пренебрегали «правильными» символами, тем более что этот момент уже был недавно высвечен, а статья качества избранной просто обязана использовать правильную типографику. --Shell 04:17, 13 августа 2014 (UTC)[ответить]

КИС[править код]

Поскольку новых замечаний не поступило, а выявленные недостатки устранены, выставляю статью КИС. --Eruvanda (обс) 12:26, 1 сентября 2014 (UTC)[ответить]