Клуб был основан в 1993 году под названием «Звягель-93». В том же году, в дебютном сезоне клуб стал победителем чемпионата области в клубном зачёте (где учитывались результаты основной и юношеской команд), а также дошёл до финала кубка Житомирщины. Уже в следующем году команда стала серебряным призёром чемпионата области, а в 1996 году впервые выиграла кубок Житомирской области, в финале обыграв малинский «Бумажник». Также коллектив участвовал в любительском кубке Украины, наивысшим достижением в котором стал выход в 1/8 финала в сезоне 1997/98. В 2002 году команда была расформирована
В 2016 году, по инициативе тренеров новоград-волынской ДЮФШ и бывших игроков «Звягеля-93» Руслана Скидана и Валерия Близниченко, при финансовой поддержке местных бизнесменов и городской администрации, команда была возрождена. Уже в следующем году воссозданный клуб снова вышел в финал кубка области. В 2018 году «Звягель» стал серебряным призёром чемпионата Житомирщины, а также повторил свой прошлогодний успех в кубке. В 2019 году клуб сделал «золотой дубль», став обладателем кубка области, а также впервые победив в областном первенстве. В сезоне 2019/20 команда впервые после возрождения приняла участие в любительском кубке Украины, а в 2021 году «Звягель» впервые заявился для участия в любительском чемпионате страны. В прерванном из-за российского вторжения в Украину, дебютном сезоне на всеукраинском уровне, команда стала шестой в своей группе. В 2022 году коллектив прошёл аттестацию для участия во второй лиге чемпионата Украины, получив поддержку от народного депутата Дмитрия Костюка, который стал президентом клуба[1]. Дебютную игру на профессиональном уровне «Звягель» провёл 12 сентября 2022 года, на выезде сыграв вничью с николаевским «Вастом» со счётом 0:0[2]