На протяжении своей футбольной карьеры выступал за клуб «Иокогама Маринос» (ранее — «Ниссан Моторс»), к которому присоединился после окончания университета Мэйдзи в 1981 году. С 1982 года взял себе игровой номер 10. В 1983 и 1985 году в составе клуба становился обладателем Кубка Императора. С 1988 по 1990 год «Иокогама Маринос» выиграл все три главных титула в Японии: национальный чемпионат, Кубок лиги и два Кубка Императора. В 1990-х годах клуб выиграл Кубок лиги в 1990 и 1991 и Кубок Императора в 1992 году, а также Азиатский Кубок обладателей кубков 1991-92 и 1992-93. Кимура был центральным игроком в золотую эру в истории клуба, и трижды признавался футболистом года в Японии — в 1983, 1984 и 1989 годах. В 1994 году он завершил карьеру, сыграв 251 матч и забив 51 гол в чемпионате. Был включен в символическую сборную лиги пять раз.
Кимура стал главным тренером «Иокогама Маринос» в 2010 году. В 2011 году команда боролась за чемпионство и лидировала по ходу турнира, но в итоге заняла лишь пятое место. После такого результата тренер был уволен.
.svg){kind=small}
