Просмотр кода страницы Классификация вирусов по Балтимору

'''Классификация вирусов по Балтимору''' ({{lang-en|Baltimore classification}}) основана на различиях генетических систем [[вирусы|вирусов]] в отношении используемого способа синтеза смысловой мРНК. Предложена американским учёным [[Балтимор, Дэвид|Дэвидом Балтимором]] в [[1971 год]]у. Необходимость синтеза смысловой мРНК в жизненном цикле вируса связана с использованием рибосом клеточных хозяев — [[Бактерии|бактерий]], [[Археи|архей]] и [[Эукариоты|эукариот]]. В классификации учитываются тип геномной [[нуклеиновые кислоты|нуклеиновой кислоты]] ([[ДНК]] или [[РНК]]), количество цепочек в геномной нуклеиновой кислоте (одноцепочечная или двуцепочечная), а также направление цепи в случае с вирусами, генетический материал которых представлен одноцепочечной РНК (смысловая или антисмысловая)<ref name="pmid4329869">{{статья |заглавие=Expression of animal virus genomes |издание={{Нп3|Microbiology and Molecular Biology Reviews}} |том=35 |номер=3 |страницы=235—241 |pmid=4329869 |ссылка=http://mmbr.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=4329869 |pmc=378387 |язык=en |автор=Baltimore D. |год=1971 |тип=journal |издательство={{Нп3|American Society for Microbiology}} |archivedate=2020-05-28 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20200528044015/https://mmbr.asm.org/content/35/3/235.long }}</ref>.

== Значение для таксономии вирусов ==
Классификация по Балтимору полезна для понимания репликации вирусов, но сильно расходится с их эволюционными отношениями, которые лежат в основе таксономии. Представители [[Реалм|реалмов]] ''[[Adnaviria]]'', ''[[Duplodnaviria]]'', большинство вирусов ''[[Varidnaviria]]'' и некоторые ''[[Monodnaviria]]'' принадлежат к классу I. Однако геномы части представителей ''[[Varidnaviria]]'' и ''[[Monodnaviria]]'' состоят из одноцепочечной ДНК и, соответственно, принадлежат к классу II. В реалме РНК-содержащих вирусов ''[[Riboviria]]'' можно найти представителей классов с III по VII. Также, один представитель ''[[Ribozyviria]]'' относится к классу V<ref name="Simmonds2023">{{cite journal |author1=Simmonds P |author2=Adriaenssens EM |author3=Zerbini FM |author4=Abrescia NGA |author5=Aiewsakun P |author6=Alfenas-Zerbini P |display-authors=etal  |title=Four principles to establish a universal virus taxonomy |journal=PLoS Biology |volume=21 |issue=2 |pages=e3001922 |year=2023 |pmid=36780432 |doi=10.1371/journal.pbio.3001922}}</ref>.

== Классификация ==

=== Класс I: вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК ===
Вирусы, содержащие двуцепочечную [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]], для [[репликация ДНК|репликации]] попадают в [[ядро клетки]], так как им требуется клеточная [[ДНК-полимераза]]. Также репликация ДНК этих вирусов сильно зависит от стадии клеточного цикла. В некоторых случаях вирус может вызывать деления клетки, что может приводить к раковому перерождению. Примерами таких вирусов являются ''[[Herpesvirales]]'', ''[[Adenoviridae]]'', ''[[Papillomaviridae]]'' и ''[[Polyomaviridae]]''.

У представителей семейства ''[[Поксвирусы|Poxviridae]]'' геномная ДНК реплицируется не в ядре.

=== Класс II: вирусы, содержащие одноцепочечную ДНК ===
Вирусы семейств ''[[Circoviridae]]'' и ''[[Parvoviridae]]'' реплицируют геномную ДНК в ядре и в ходе репликации образуют интермедиат — двуцепочечную ДНК.

=== Класс III: вирусы, в которых РНК способна к репликации (редупликации) ===
Как и большинство РНК-вирусов, представители класса III реплицируют геномную РНК в цитоплазме и используют полимеразы хозяина в меньшей степени, чем ДНК-вирусы. Класс III включает в себя два крупных семейства — ''[[Reoviridae]]'' и ''[[Birnaviridae]]''. [[Моноцистронная репликация|Репликация моноцистронная]], геном сегментирован, каждый ген кодирует один белок.

=== Классы IV и V: вирусы, содержащие одноцепочечную РНК ===
Классы IV и V включают вирусы двух типов, репликация которых не зависит от стадии клеточного цикла. Наряду с вирусами, содержащими двуцепочечную ДНК, эти вирусы наиболее изучены ([[коронавирусы]], [[вирус клещевого энцефалита]]; [[вирус бешенства]])

==== Класс IV: вирусы, содержащие одноцепочечную (+)РНК ====
Непосредственно на (+) геномной РНК вирусов IV класса может идти синтез белка на рибосомах клетки хозяина. Вирусы классифицируют на две группы, в зависимости от особенностей РНК:
* у вирусов с [[цистрон|полицистронной]] [[Матричная РНК|мРНК]] трансляция приводит к образованию [[Полипротеин|полипротеина]], который затем разрезается на зрелые белки. С одной цепи РНК может синтезироваться несколько разных белков, что снижает длину генов.
* вирусы со сложной трансляцией — синтез белка идет со сдвигом рамки считывания, также используется протеолитический процессинг полипротеинов. Эти механизмы обеспечивают синтез разных белков с одной цепи РНК.

Вирусы данного класса включают в таксоны: ''[[Nidovirales]]'', ''[[Picornavirales]]'' (''[[Picornaviridae]]''), ''[[Tymovirales]]'', ''[[Astroviridae]]'', ''[[Caliciviridae]]'', ''[[Flaviviridae]]'', ''[[Togaviridae]]'', ''[[Virgaviridae]]'' и др.

==== Класс V: вирусы, содержащие одноцепочечную (−)РНК ====
Геномные РНК вирусов класса V не могут быть транслированы на рибосомах клетки хозяина, предварительно требуется транскрипция вирусными РНК-полимеразами в (+)РНК. Вирусы пятого класса классификации по Балтимору классифицируют на две группы:
* вирусы, содержащие несегментированный геном, на первом этапе репликации происходит транскрипция (−)РНК вирусной РНК-зависимой РНК-полимеразой в моноцистронную мРНК, и далее синтезируются дополнительные копии (+)РНК, служащие матрицами для синтеза геномных (−)РНК. Репликация геномных РНК таких вирусов осуществляется в цитоплазме.
* вирусы с сегментированными геномами, репликация геномных РНК которых происходит в клеточном ядре, вирусная РНК-зависимая РНК-полимераза синтезирует моноцистронные мРНК с каждого сегмента генома. Наибольшим отличием данной группы вирусов от другой группы пятого класса состоит в том, что репликация осуществляется в двух местах.

Представители данного класса входят в состав таксонов: ''[[Bunyavirales]]'', ''[[Mononegavirales]]'', ''[[Arenaviridae]]'', ''[[Ophioviridae]]'', ''[[Orthomyxoviridae]]'' и ''[[Deltavirus]]''.

=== Класс VI: вирусы, содержащие одноцепочечную (+)РНК, реплицирующиеся через стадию ДНК ===
Наиболее хорошо изученным семейством данного класса вирусов, являются [[Retroviridae|ретровирусы]]. Вирусы класса VI используют фермент [[обратная транскриптаза|обратную транскриптазу]] для превращения (+)РНК в ДНК. Вместо использования РНК в качестве матрицы для синтеза белков вирусы этого класса используют РНК как матрицу ДНК, которая встраивается в геном хозяина ферментом [[интеграза|интегразой]]. Дальнейшая репликация происходит при помощи полимераз клетки хозяина. Наиболее хорошо изученным представителем данной группы вирусов является [[ВИЧ]].

=== Класс VII: вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК, реплицирующиеся через стадию одноцепочечной РНК ===
Небольшая группа вирусов, в состав которой входят семейства ''[[Caulimoviridae]]'' и ''[[Hepadnaviridae]]'', в том числе [[вирус гепатита B]]. Имеют двуцепочечную геномную ДНК, которая ковалентно замкнута в форме кольца и является матрицей для синтеза мРНК вируса, а также субгеномных РНК. Субгеномная РНК служит матрицей для синтеза ДНК-генома ферментом обратной транскриптазой вируса. В некоторых источниках группу называют [[Параретровирусы|параретровирусами]].

== Примечания ==
{{примечания}}

== Ссылки ==
* [https://web.archive.org/web/20070914222932/http://athena.bioc.uvic.ca/bioDoc/cuptonclass/virus-taxonomy «Virus Taxonomy Portal»] (Website.) ''Viral Bioinformatics Resource Center & Viral Bioinformatics — Canada''. Retrieved on 2007-09-27
* [http://www.virology.net/Big_Virology/BVFamilyGroup.html Family Groups — The Baltimore Method] {{Архивировано|url=https://www.webcitation.org/6GCys7Xa7?url=http://www.virology.net/Big_Virology/BVFamilyGroup.html |date=2013-04-28 }}
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ The Universal Virus Database of the International Committee on Taxonomy of Viruses] {{Wayback|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ |date=20100313153114 }}
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Viruses The taxonomy portal of the Genbank database] {{Wayback|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?name=Viruses |date=20180409161350 }}
* [http://www.expasy.org/viralzone/all_by_species/254.html ViralZone] {{Wayback|url=http://www.expasy.org/viralzone/all_by_species/254.html |date=20110621234416 }}
* Идентификация вирусов с помощью VirCapSeq-VERT смотри статью: Briese, T., Kapoor, A., Mishra, N., Jain, K., Kumar, A., Jabado, O. J., & Lipkin, W. I. (2015). [https://mbio.asm.org/content/6/5/e01491-15 Virome Capture Sequencing Enables Sensitive Viral Diagnosis and Comprehensive Virome Analysis] {{Wayback|url=https://mbio.asm.org/content/6/5/e01491-15 |date=20181024192255 }}. MBio, 6(5), e01491-15. {{doi|10.1128/mBio.01491-15}} {{PMC|4611031}}
{{Нет иллюстрации}}

[[Категория:Систематика вирусов]]
[[Категория:Исторически значимые классификации организмов]]