Качергине возник в 1933 году как курортный посёлок. В 1946 году получил статус посёлка городского типа. До 1950 года входил в Каунасский уезд, а потом был передан в Панемунский районКаунасской области. В 1953 году Каунасская область была упразднена и Панемунский район перешёл в прямое подчинение Литовской ССР. В 1955 году посёлок был передан в Каунасский район. В 1995 году Качергине был лишён статуса посёлка городского типа и стал местечком.