Acidobacteria

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Acidobacteria
Acidobacterium.jpg
Представитель рода Acidobacterium
Научная классификация
Международное научное название

Acidobacteria Thrash and Coates 2012

Acidobacteria (лат.)тип бактерий. Представители типа широко распространены и имеют разнообразный метаболизм, особенно много их обнаруживается в почве. Однако лишь немногих представителей удалось культивировать[1][2][3].

Первый представитель типа, Acidobacterium capsulatum[en], был описан в 1991 году[4]. Однако в самостоятельным тип Acidobacteria были выделены лишь в 2012 году[5].

Описание[править | править код]

Acidobacteria физиологически разнообразны и могут встречаться в самых разнообразных местообитаниях: почве (в том числе почвах, загрязнённых металлами), горячих источниках, океанах, пещерах[6]. Многие представители Acidobacteriaацидофилы, в том числе и первый описанный вид, Acidobacterium capsulatum[7]. Недавно описанные виды типа Acidobacteria: Holophaga foetida[en][8], Geothrix fermentans[en][9], Acanthopleuribacter pedis[10] и Bryobacter aggregatus[11] — чрезвычайно многочисленны в почвах, поэтому могут играть важную роль во многих экосистемах[12]. Однако большинство представителей Acidobacteria практически не поддаются культивированию, поэтому их физиология и экология изучены плохо[2]. ДНК двух неклассифицированных бактерий типа Acidobacteria были обнаружены в наборах для выделения ДНК, что могло исказить метагеномные данные и данные о составе микробиоты[13].

Филогения[править | править код]

На следующем филогенетическом дереве представлена филогения Acidobacteria согласно List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[en] (LPSN)[14][15]. Филогенетическое дерево было построено на основе последовательностей 16S рРНК, предоставленных проектом The All-Species Living Tree Project[en][16].

Acidobacteria
Holophagae
Acanthopleuribacteraceae

Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008


Holophagaceae

Geothrix fermentans[en] Coates et al. 1999



Holophaga foetida[en] Liesack et al. 1995





"Solibacteres"

Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010



Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014



Acidobacteriaceae[en]


Acidobacterium capsulatum[en] Kishimoto et al. 1991




Telmatobacter bradus Pankratov and Dedysh 2012


Acidicapsa[en]

A. borealis[en] Kulichevskaya et al. 2012 (типовой вид)



A. ligni[en] Kulichevskaya et al. 2012








Bryocella elongata[en] Dedysh et al. 2012


Edaphobacter

E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012



E. modestus[en] Koch et al. 2008 (типовой вид)






"Granulicella" mallensis Männistö et al. 2012



Terriglobus

T. aquaticus Baik et al. 2013




T. roseus Eichorst et al. 2007 (типовой вид)




T. saanensis Männistö et al. 2011



T. tenax Whang et al. 2014





Granulicella


G. cerasi Yamada et al. 2014



G. paludicola Pankratov and Dedysh 2010 (типовой вид)





G. pectinivorans Pankratov and Dedysh 2010




G. sapmiensis Männistö et al. 2012




G. aggregans Pankratov and Dedysh 2010




G. tundricola Männistö et al. 2012




G. arctica Männistö et al. 2012



G. rosea Pankratov and Dedysh 2010














Примечания:
♠ Штаммы, указанные в NCBI, но отсутствующие в LSPN.

Примечания[править | править код]

  1. Barns S. M., Cain E. C., Sommerville L., Kuske C. R. Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — May (vol. 73, no. 9). — P. 3113—3116. — DOI:10.1128/AEM.02012-06. — PMID 17337544. [исправить]
  2. 1 2 Quaiser A., Ochsenreiter T., Lanz C., Schuster S. C., Treusch A. H., Eck J., Schleper C. Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. (англ.) // Molecular Microbiology. — 2003. — October (vol. 50, no. 2). — P. 563—575. — PMID 14617179. [исправить]
  3. Rappé M. S., Giovannoni S. J. The uncultured microbial majority. (англ.) // Annual Review Of Microbiology. — 2003. — Vol. 57. — P. 369—394. — DOI:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. — PMID 14527284. [исправить]
  4. Kishimoto Noriaki, Kosako Yoshimasa, Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment (англ.) // Current Microbiology. — 1991. — January (vol. 22, no. 1). — P. 1—7. — ISSN 0343-8651. — DOI:10.1007/BF02106205. [исправить]
  5. List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published - Validation List No. 143 (англ.) // INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. — 2012. — 1 April (vol. 62, no. Pt 4). — P. 1016—1016. — ISSN 1466-5026. — DOI:10.1099/ijs.0.68147-0. [исправить]
  6. Thrash J. Cameron, Coates John D. Acidobacteria phyl. nov. (англ.) // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. — 2015. — 14 September. — P. 1—5. — ISBN 9781118960608. — DOI:10.1002/9781118960608.pbm00001. [исправить]
  7. Kuske C. R., Barns S. M., Busch J. D. Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 1997. — September (vol. 63, no. 9). — P. 3614—3621. — PMID 9293013. [исправить]
  8. Liesack W., Bak F., Kreft J. U., Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds. (англ.) // Archives Of Microbiology. — 1994. — Vol. 162, no. 1-2. — P. 85—90. — PMID 8085918. [исправить]
  9. Coates J. D., Ellis D. J., Gaw C. V., Lovley D. R. Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer. (англ.) // International Journal Of Systematic Bacteriology. — 1999. — October (vol. 49 Pt 4). — P. 1615—1622. — DOI:10.1099/00207713-49-4-1615. — PMID 10555343. [исправить]
  10. Fukunaga Y., Kurahashi M., Yanagi K., Yokota A., Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2008. — November (vol. 58, no. Pt 11). — P. 2597—2601. — DOI:10.1099/ijs.0.65589-0. — PMID 18984699. [исправить]
  11. Kulichevskaya I. S., Suzina N. E., Liesack W., Dedysh S. N. Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2010. — February (vol. 60, no. Pt 2). — P. 301—306. — DOI:10.1099/ijs.0.013250-0. — PMID 19651730. [исправить]
  12. Eichorst S. A., Breznak J. A., Schmidt T. M. Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — April (vol. 73, no. 8). — P. 2708—2717. — DOI:10.1128/AEM.02140-06. — PMID 17293520. [исправить]
  13. Salter S. J., Cox M. J., Turek E. M., Calus S. T., Cookson W. O., Moffatt M. F., Turner P., Parkhill J., Loman N. J., Walker A. W. Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. (англ.) // BMC Biology. — 2014. — 12 November (vol. 12). — P. 87—87. — DOI:10.1186/s12915-014-0087-z. — PMID 25387460. [исправить]
  14. J.P. Euzéby. Acidobacteria. Дата обращения 9 сентября 2016. Архивировано 27 января 2013 года.
  15. Sayers. NCBI Taxonomy Browser. National Center for Biotechnology Information. Дата обращения 9 сентября 2016.
  16. 16S rRNA-based LTP release 123 (full tree). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Дата обращения 9 сентября 2016.