Открытые биомедицинские онтологии
Открытые биомедицинские онтологии (OБO, англ. Open Biomedical Ontologies, ранее использовался термин англ. Open Biological Ontologies — Открытые Биологические Онтологии) — инициатива научного сообщества по выработке единого понятийного аппарата в различных отраслях биологии и медицины.
OBO Foundry
[править | править код]Основу библиотеки биомедицинских онтологий составляет OBO Foundry[1] — совместный эксперимент с участием группы разработчиков онтологий, которые согласовали набор принципов, обобщающий лучшие практики разработки онтологий. Эти принципы призваны способствовать интероперабельности онтологий в более широких рамках биомедицинских онтологий, а также обеспечить постепенное повышение качества и формальной строгости в дальнейшей разработке онтологий.
Другие проекты в сфере биомедицинских онтологий
[править | править код]Ontology Lookup Service
[править | править код]Ontology Lookup Service[2] является спин-оффом проекта PRIDE, который требует централизованного интерфейса для запроса онтологии и поиска по ключевым словам. Хотя многие онтологии доступны в онлайновых сервисах, каждый из этих сервисов имеет собственный формат интерфейса запроса и вывода данных. Ontology Lookup Service предоставляет интерфейс веб-сервиса для запроса многих онтологий из одного места с унифицированным форматом вывода данных.
Консорциум генной онтологии
[править | править код]Целью Консорциума генной онтологии является создание базы терминов, которые могут быть применены ко всем организмам при условии, что знания о генах и роли белка в клетках постоянно накапливаются и изменяются. Генная онтология поддерживает три структурированных сети терминов для описания атрибутов генетических продуктов.
Онтологии секвенирования
[править | править код]«Онтологии секвенирования»[3] является частью проекта «Генная онтология», целью которого является разработка онтологии, подходящей для описания биологических последовательностей. Это результат совместных усилий ряда центров генетических исследований, таких как WormBase, the Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, the Mouse Genome Informatics group и Sanger Institute.
Generic Model Organism Database
[править | править код]Generic Model Organism Database (GMOD) — результат совместных усилий по моделированию баз данных организма со стороны WormBase, FlyBase, MGI, SGD, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc и TAIR с целью разработки многократно используемых компонентов для создания новых баз данных в сфере биомедицины.
Стандарты и онтологии для функциональной геномики (SOFG)
[править | править код]SOFG[4] является веб-сайтом и коммуникационной площадкой для объединения усилий биологов, биоинформатиков и специалистов в области компьютерных наук для разработки и использования стандартов и онтологий, с упором на описание высокотехнологичных экспериментов в области геномики.
FGED
[править | править код]Сообщество «Данные функциональной геномики» (англ. Functional Genomics Data, FGED) является международной организацией биологов, ученых-компьютерщиков и аналитиков, целью которой является содействие обмену данными, полученными в результате экспериментов по функциональной геномике.
Онтология для биомедицинских исследований
[править | править код]«Онтология для медико-биологических исследований» (Ontology for Biomedical Investigations, OBI) является открытым ресурсом, объединяющим онтологии для описания биологических и клинических исследований. OBI предлагает форматы для исследования, протоколы, форматы данных и используемых материалов. Проект разрабатывается в рамках OBO Foundry и, таким образом, придерживается всех его принципов, в частности, ортогонального покрытия (то есть четкого разграничения между используемыми онтологиями) и использования общих формальных языков. Общей формальный язык в OBI — это Web Ontology Language (OWL).
Plant ontology
[править | править код]Консорциум Plant ontology[5] ориентирован на создание, развитие и обмен данными в сфере онтологий, которые описывают растения и живые структуры в стадии роста/развития. Проект способствует получению данных по запросам из многомерных баз данных, способствуя последовательному использованию этих онтологий в описании тканей, генов, белков и фенотипов в стадии роста организмов.
Phenoscape
[править | править код]Phenoscape — проект по созданию базы данных по фенотипу вида Osteriophysi (большой группы костистых рыб). Данные получены с помощью описаний, которые объединяют термины из Онтологии анатомии, Таксономической Онтологии и качественные термины из the PATO ontology of phenotype qualities[6]. Используется также ряд других онтологий OBO. Онтология анатомии была разработана на основе онтологий информационной сети Zebrafish Information Network.[7]
Открытые биомедицинские онтологии и семантический Web
[править | править код]OBO и OWL Roundtrip преобразования
[править | править код]Благодаря усилиям сообщества был разработан общий стандарт отображения информации, позволяющий осуществлять преобразование данных из формата OBO в OWL без существенных потерь.[8]
См. также
[править | править код]Примечания
[править | править код]- ↑ The Open Biological and Biomedical Ontologies. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 22 мая 2012 года.
- ↑ Ontology Lookup Service (OLS). Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 17 мая 2012 года.
- ↑ The Sequence Ontology — Index. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 15 апреля 2012 года.
- ↑ SOFG — Standards and Ontologies for Functional Genomics Home. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 30 апреля 2012 года.
- ↑ Plant Ontology Consortium web site at http://www.plantontology.org. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 26 февраля 2009 года.
- ↑ Phenotypic quality | NCBO BioPortal. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 25 июля 2011 года.
- ↑ ZFIN: The Zebrafish Model Organism Database. Дата обращения: 23 мая 2012. Архивировано 18 марта 2021 года.
- ↑ [https://web.archive.org/web/20160526161135/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18245124?dopt=Abstract Архивная копия от 26 мая 2016 на Wayback Machine ONTO-PERL: an API for supporting the developm… [Bioinformatics. 2008] — PubMed — NCBI]