Петлевая изотермическая амплификация
Петлевая изотермическая амплификация (англ. Loop mediated isothermal amplification, LAMP) — техника амплификации ДНК в одной пробирке[1]. Метод LAMP позволяет проводить молекулярную диагностику существенно дешевле и быстрее, по сравнению с ПЦР. При диагностике РНК-вирусов метод LAMP позволяет проводить обратную транскрипцию и амплификацию одновременно. Для дизайна праймеров наиболее часто используются программы PrimerExplorer, MorphoCatcher[2], а также NEB LAMP Primer Design Tool. Для дизайна видоспецифичных праймеров особенно полезно совместное использование программы MorphoCatcher и PrimerExplorer, поскольку первая позволяет найти в гене-мишени видоспецифичные и консервативные нуклеотидные полиморфизмы (в сравнении с генами-ортологами), а вторая поместить эти нуклеотидные полиморфизмы на 3'-концах праймеров для увеличения аналитической специфичности тест-системы.
Подробный обзор возможностей метода LAMP и особенностей разработки тест-систем для диагностики патогенов дан в обзоре[3].
См. также[править | править код]
- К. А. Мирошников. Петлевая изотермическая амплификация ДНК[4].
Примечания[править | править код]
- ↑ Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., Hase T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA (англ.) // Nucleic Acids Res.[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 28, no. 12. — P. E63. — doi:10.1093/nar/28.12.e63. — PMID 10871386. — PMC 102748.
- ↑ Fedor V. Shirshikov, Yuri A. Pekov, Konstantin A. Miroshnikov. MorphoCatcher: a multiple-alignment based web tool for target selection and designing taxon-specific primers in the loop-mediated isothermal amplification method (англ.) // PeerJ. — 2019-04-26. — Vol. 7. — P. e6801. — ISSN 2167-8359. — doi:10.7717/peerj.6801.
- ↑ F. V. Shirshikov, J. A. Bespyatykh. Loop-Mediated Isothermal Amplification: From Theory to Practice // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. — 2022. — Т. 48, вып. 6. — С. 1159–1174. — ISSN 1068-1620. — doi:10.1134/S106816202206022X. Архивировано 7 марта 2023 года.
- ↑ К. Мирошников. Петлевая изотермическая амплификация ДНК (08.I.2014) - YouTube. Дата обращения: 30 сентября 2017. Архивировано 23 сентября 2016 года.