По пути к финалу «Сантос» уверенно преодолел групповой раунд, оказавшись на голову сильнее парагвайского «Серро Портеньо» и боливийского «Депортиво Мунисипаля», в полуфинале же он в двухматчевом противостоянии переиграл чилийскую «Универсидад Католику» (2:1 по итогам двух встреч).
«Пеньяроль» же как действующий победитель Кубка Либертадорес был освобождён от прохождения группового этапа. Однако для попадания в финал ему пришлось провести 3 встречи против принципиальнейшего соперника уругвайского «Насьоналя».
В первом финальном матче 28 августа на «Сентенарио» «Сантос» одержал волевую победу (2:1) благодаря двум голам Коутиньо на 29-й и 70-й минутах. Первыми же счёт открыли уругвайцы: отличился нападающий Альберто Спенсер на 18-й минуте.
В ответном матче 2 сентября на стадионе «Вила Белмиро» Спенсер вновь открыл счёт в матче: на 14-й минуте. Однако бразильцы уже через 3 минуты сравняли его: отличился Дорвал, а на перерыв команды вышли и вовсе при преимуществе «Сантоса»: гол на 35-й минуте забил Менгалвио. Во втором тайме уругвайцам удалось переломить ход матча и добиться волевой победы (3:2) благодаря мячам Спенсера и Хосе Сасии.
Понадобился третий дополнительный матч для выявления победителя: он был сыгран на нейтральном поле стадиона Монументаль в Буэнос-Айресе. Здесь бразильцы одержали уверенную победу (3:0) благодаря автоголу уругвайского защитника Омара Каэтано и дублю Пеле, который не принимал участия в двух предыдущих играх финала. Таким образом по итогам трёх встреч бразильский «Сантос» стал вторым в истории после «Пеньяроля» обладателем Кубка Либертадорес. В качестве победителя «Сантос» представлял КОНМЕБОЛ на Межконтинентальном кубке 1962, где в двухматчевом противостоянии он переиграл португальскую «Бенфику» с общим счётом 8:4.