Docking@Home: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
[отпатрулированная версия][отпатрулированная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Нет описания правки
Строка 31: Строка 31:
'''Docking@Home''' — проект [[распределённые вычисления|распределённых вычислений]], работающий на платформе [[BOINC]]. Проект организован [[Университет Делавэра|университетом Делавэра]]. Основной задачей проекта является моделирование взаимодействия потенциальных лекарственных средств с белками ([[докинг]]).<ref name=Taufer 03-2007>http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?arnumber=4228396 [http://gcl.cis.udel.edu/publications/conferences/007pcgrid_mtaufer.pdf pdf]</ref>
'''Docking@Home''' — проект [[распределённые вычисления|распределённых вычислений]], работающий на платформе [[BOINC]]. Проект организован [[Университет Делавэра|университетом Делавэра]]. Основной задачей проекта является моделирование взаимодействия потенциальных лекарственных средств с белками ([[докинг]]).<ref name=Taufer 03-2007>http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?arnumber=4228396 [http://gcl.cis.udel.edu/publications/conferences/007pcgrid_mtaufer.pdf pdf]</ref>
== Докинг ==
== Докинг ==
Молекулярный докинг представляет собой поиск лиганд-белковых комплексов, имеющих минимальную [[свободная энергия|свободную энергию]], то есть таких, компоненты которых оптимальным образом «подходят» друг к другу. Поиск таких комплексов — задача, которая хорошо [[параллельный алгоритм|распараллеливается]], и поэтому подходит для распредёленных вычислений.<ref name=Childs2008>{{cite book |author=Stephen Childs; Luc Bouge; Martti Forsell; Träff, Jesper; Achim Streit; Ziegler, Wolfgang; Alexander, Michael Van Cleave |title=Euro-Par 2007 Workshops: Parallel Processing: HPPC 2007, UNICORE Summit 2007, and VHPC 2007, Rennes, France, August 28-31, 2007, Revised Selected Papers (Lecture Notes in Computer Science) |publisher=Springer |location=Berlin |year=2008 |pages= 85 |isbn=3-540-78472-1 |oclc= |doi= |accessdate=| url = http://books.google.com/books?id=9PXiDZyjLywC&lpg=PA85&dq=%22Docking%40Home%22&hl=ru&pg=PA85#v=onepage&q=%22Docking@Home%22&f=false}}</ref>

Моделирование связывания [[лиганд]]а с сайтом связывания белка проводится при помощи программного модуля [[CHARMM]]. Процесс состоит из нескольких независимых попыток со случайной пространственной ориентацией и [[Конформация|конформацией]] лиганда.<ref name=Taufer 03-2007/>
В проекте Docking@Home моделирование связывания [[лиганд]]а с сайтом связывания белка проводится при помощи программного модуля [[CHARMM]]. Процесс состоит из нескольких независимых попыток с различной пространственной ориентацией и [[Конформация|конформацией]] лиганда.<ref name=Taufer 03-2007/>



== Детали проекта и статистика ==
== Детали проекта и статистика ==

Версия от 21:12, 13 октября 2010

Docking@Home
Скриншот программы Docking@Home
Тип Распределённые вычисления
Операционная система Кроссплатформенное ПО
Аппаратная платформа x86
Последняя версия • Charmm 34a2: 6.23
Состояние Активное
Сайт docking.cis.udel.edu
Логотип Викисклада Медиафайлы на Викискладе

Шаблон:Карточка программы для распределенных вычислений

Docking@Home — проект распределённых вычислений, работающий на платформе BOINC. Проект организован университетом Делавэра. Основной задачей проекта является моделирование взаимодействия потенциальных лекарственных средств с белками (докинг).Ошибка в сносках?: Неправильный вызов: неверные ключи, например было указано слишком много ключей или ключ был неправильным

Докинг

Молекулярный докинг представляет собой поиск лиганд-белковых комплексов, имеющих минимальную свободную энергию, то есть таких, компоненты которых оптимальным образом «подходят» друг к другу. Поиск таких комплексов — задача, которая хорошо распараллеливается, и поэтому подходит для распредёленных вычислений.[1] В проекте Docking@Home моделирование связывания лиганда с сайтом связывания белка проводится при помощи программного модуля CHARMM. Процесс состоит из нескольких независимых попыток с различной пространственной ориентацией и конформацией лиганда.Ошибка в сносках?: Неправильный вызов: неверные ключи, например было указано слишком много ключей или ключ был неправильным

Детали проекта и статистика

Графика из программы-клиента

Научные достижения

Примечания

  1. ↑ Stephen Childs; Luc Bouge; Martti Forsell; Träff, Jesper; Achim Streit; Ziegler, Wolfgang; Alexander, Michael Van Cleave. Euro-Par 2007 Workshops: Parallel Processing: HPPC 2007, UNICORE Summit 2007, and VHPC 2007, Rennes, France, August 28-31, 2007, Revised Selected Papers (Lecture Notes in Computer Science). — Berlin : Springer, 2008. — P. 85. — ISBN 3-540-78472-1.

См. также

Ссылки

Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Docking@Home&oldid=28532532