Список программ для работы с филогенетическими деревьями: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[отпатрулированная версия][отпатрулированная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
уточнение
дополнение
Строка 10: Строка 10:
| [[Archaeopteryx (программа)|Archaeopteryx]] (ранее ATV)
| [[Archaeopteryx (программа)|Archaeopteryx]] (ранее ATV)
| Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев<ref>{{cite journal |doi=10.1093/bioinformatics/17.4.383 |author=Zmasek, CM and Eddy, SR|title=TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees |journal=Bioinformatics |volume=17 |pages=383–384 |year=2001 |pmid=11301314 |issue=4}}</ref>
| Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев<ref>{{cite journal |doi=10.1093/bioinformatics/17.4.383 |author=Zmasek, CM and Eddy, SR|title=TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees |journal=Bioinformatics |volume=17 |pages=383–384 |year=2001 |pmid=11301314 |issue=4}}</ref>
||[https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx]
| [https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx]
| [[Java]]
| [[Java]]
|-
|-
Строка 41: Строка 41:
| iTOL — interactive Tree Of Life
| iTOL — interactive Tree Of Life
| annotate trees with various types of data and export to various graphical formats; scriptable through a batch interface<ref>{{cite journal |author=Letunic, I and Bork, P|title=Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation. |journal=Bioinformatics |volume=23 |pages=127–128 |year=2007 |pmid=17050570 |issue=1 |doi=10.1093/bioinformatics/btl529}}</ref>
| annotate trees with various types of data and export to various graphical formats; scriptable through a batch interface<ref>{{cite journal |author=Letunic, I and Bork, P|title=Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation. |journal=Bioinformatics |volume=23 |pages=127–128 |year=2007 |pmid=17050570 |issue=1 |doi=10.1093/bioinformatics/btl529}}</ref>
||[http://itol.embl.de]
| [http://itol.embl.de]
|-
|-
| TreeVector
| TreeVector
| генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG форматеref>{{cite journal |author=Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. |title=TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web |journal=PLoS ONE |volume=5 |pages=e8934 |year=2010 |doi=10.1371/journal.pone.0008934}}</ref>
| генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG форматеref>{{cite journal |author=Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. |title=TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web |journal=PLoS ONE |volume=5 |pages=e8934 |year=2010 |doi=10.1371/journal.pone.0008934}}</ref>
|[http://supfam.cs.bris.ac.uk/TreeVector/]
| [http://supfam.cs.bris.ac.uk/TreeVector/]
| [[Java]]
| [[Java]]
|-
|-
Строка 104: Строка 104:
|-
|-
|}
|}

== Прошраммы ==
{| class="wikitable"
! Название
! Описание
! Лицензия
! Язык программирования
! ОС
! Сайт
|-
| BayesTrees
| A program designed to display, analyse and manipulate samples of trees, in particular Bayesian samples.
|
| Mono
| [[Кроссплатформенное программное обеспечение|все]]
| [http://www.evolution.rdg.ac.uk/BayesTrees.html]
|-
| [[BioNumerics]]
| Universal platform for the management, storage and analysis of all types of biological data, including tree and network inference of sequence data.
| [[EULA]]
|
| Windows
| [http://www.applied-maths.com/applications/phylogenetic-typing-internal-transcribed-spacers-its]
|-
| Bio::Phylo
| A collection of Perl modules for manipulating and visualizing phylogenetic data. Bio::Philo is one part of a comprehensive suite of [[BioPerl | Perl biology tools]].<ref>{{cite doi|10.1186/1471-2105-12-63}}</ref>
| perl_5
| [[Perl]]
| все
| [https://metacpan.org/pod/Bio::Phylo]
|-
| [[Dendroscope]]
| An interactive viewer for large phylogenetic trees and networks<ref>{{cite doi|10.1186/1471-2105-8-460}}</ref>
| Freeware
|
| все
| [http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscope/welcome.html]
|-
| ETE
| A toolkit that assists in the visualization of custom phylogenetic tree images (exports as PNG, PDF and SVG).<ref>{{cite journal
|doi=10.1186/1471-2105-11-24
|last1=Huerta-Cepas |first1=Jaime |last2=Dopazo |first2=Joaquin | last3=Gabaldon |first3=Toni
|title=ETE: a python Environment for Tree Exploration
|url=http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/24
|journal=BMC Bioinformatics
|volume=11 |year=2010 |pages=24 |pmid=20070885 |pmc=2820433
}}</ref>
|
| [[Python]]
| все
| [http://ete.cgenomics.org]
|-
| FigTree
| Modern treeviewer with coloring and collapsing
|
| Java
| все
| [http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/]
|-
| [[Geneious|Geneious Pro]]
| All-in-one sequence analysis, phylogenetics and molecular cloning application with modern treeviewer
|
|
| все
| [http://www.geneious.com]
|-
| JEvTrace
| A multivalent browser for sequence alignment, phylogeny, and structure. Performs an interactive [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8609628 Evolutionary Trace] and other phylogeny inspired analysis<ref>{{
cite journal
|doi=10.1186/gb-2002-3-12-research0077
|last1=Joachimiak |first1=Marcin P. |last2=Cohen |first2=Fred E.
|title=JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java.
|url=http://genomebiology.com/content/3/12/RESEARCH0077
|journal=Genome Biology
|volume=3 |year=2002
|issue=12
}}</ref>.
|
|
| все
| [http://compbio.berkeley.edu/people/marcin/jevtrace/index.html]
|-
| MultiDendrograms
| Application to calculate and plot phylogenetic trees<ref>{{cite journal
|doi=10.1007/s00357-008-9004-x
|last1=Fern&aacute;ndez |first1=Alberto |last2=G&oacute;mez |first2=Sergio
|title=Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms
|url=http://www.springerlink.com/content/c8795u6232184423/
|journal=Journal of Classification
|volume=25 |year=2008
|issue=1 |pages=43&ndash;65
}}</ref>
|
|
| все
| [http://deim.urv.cat/~sergio.gomez/multidendrograms.php]
|-
| NJplot
| Interactive tree plotter, re-roots, exports as PDF
|
|
| все
| [http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html]
|-
| TreeDyn
| Very powerful open-source software for tree manipulation and annotation allowing incorporation of meta information<ref>{{cite doi|10.1186/1471-2105-7-439}}</ref>
|
|
| все
| [http://www.treedyn.org/]
|-
| TreeGraph 2
| Open-source tree editor with numerous editing and formatting operations including combining different phylogenetic analyses<ref>{{cite doi|10.1186/1471-2105-11-7}}</ref>
|
|
| все
| [http://treegraph.bioinfweb.info/]
|-
| TreeView
| Classic treeviewing software that is very highly cited<ref>[http://www.lab-times.org/labtimes/issues/lt2008/lt03/lt_2008_03_34_36.pdf]</ref><ref>{{cite journal |author=Page, RDM |title=Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers |journal=Computer Applications in the Biosciences |volume=12 |pages=357–358 |year=1996 |pmid=8902363 |issue=4 |doi=10.1093/bioinformatics/12.4.357}}</ref>
|
|
| все
| [http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html]
|-
| [[UGENE]]
| An opensource visual interface for Phylip 3.6 package
|
|
| все
| [http://ugene.unipro.ru]
|-
| VectorFriends
| An integrated sequence analysis software with viewer for phylogenetic trees
|
|
| Windows
| [http://www.vectorfriends.com]
|}

<sup>1</sup> "All" refers to Microsoft Windows, Apple OSX and Linux; L=Linux, M=Apple Mac, W=Microsoft Windows


== Примечания ==
== Примечания ==

Версия от 17:48, 29 января 2015

В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.

Сетевые ресурсы

Название Описание Сайт Технология
Archaeopteryx (ранее ATV) Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев[1] [3] Java
EvolView an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees[2] [4]
ETE toolkit Окружение для визуализации дерева[3] [5] Python
Hypergeny Просмотрщик гиперболических деревьев больших филогений [6]
InfoViz Tree Tools набор утилит, поддерживающий гиперболические, space и icicle деревья [7] Javascript
iTOL — interactive Tree Of Life annotate trees with various types of data and export to various graphical formats; scriptable through a batch interface[4] [8]
TreeVector генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG форматеref>Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. (2010). "TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web". PLoS ONE. 5: e8934. doi:10.1371/journal.pone.0008934.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)</ref> [9] Java
jsPhyloSVG библиотека с открытым исходным кодом для отображения расширяемых и настраиваемых деревьев[5] [10] JavaScript
JStree библиотека с открытым исходным кодом для просмотра и редактирования деревьев [11] JavaScript и HTML5 canvas
OneZoom uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail[6] [12]
Phylodendron different tree styles, branch styles and output graphical formats [13]
PhyloExplorer a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database[7] [14]
Phyloviewer web-based integrated environment for phylogenomic analysis based on the Bioinformatics Portal System [15]
PhyloWidget view, edit, and publish phylogenetic trees online; interfaces with databases[8] [16]
TRED утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael. [17] Javascript клиент и Python (web2py) сервер
Treedraw Отображение филогенетических деревьев [18] HTML5 canvas based
TreeViz Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт [19] Java
T-REX Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети[9] [20]

Прошраммы

Название Описание Лицензия Язык программирования ОС Сайт
BayesTrees A program designed to display, analyse and manipulate samples of trees, in particular Bayesian samples. Mono все [21]
BioNumerics Universal platform for the management, storage and analysis of all types of biological data, including tree and network inference of sequence data. EULA Windows [22]
Bio::Phylo A collection of Perl modules for manipulating and visualizing phylogenetic data. Bio::Philo is one part of a comprehensive suite of Perl biology tools.[10] perl_5 Perl все [23]
Dendroscope An interactive viewer for large phylogenetic trees and networks[11] Freeware все [24]
ETE A toolkit that assists in the visualization of custom phylogenetic tree images (exports as PNG, PDF and SVG).[12] Python все [25]
FigTree Modern treeviewer with coloring and collapsing Java все [26]
Geneious Pro All-in-one sequence analysis, phylogenetics and molecular cloning application with modern treeviewer все [27]
JEvTrace A multivalent browser for sequence alignment, phylogeny, and structure. Performs an interactive Evolutionary Trace and other phylogeny inspired analysis[13]. все [28]
MultiDendrograms Application to calculate and plot phylogenetic trees[14] все [29]
NJplot Interactive tree plotter, re-roots, exports as PDF все [30]
TreeDyn Very powerful open-source software for tree manipulation and annotation allowing incorporation of meta information[15] все [31]
TreeGraph 2 Open-source tree editor with numerous editing and formatting operations including combining different phylogenetic analyses[16] все [32]
TreeView Classic treeviewing software that is very highly cited[17][18] все [33]
UGENE An opensource visual interface for Phylip 3.6 package все [34]
VectorFriends An integrated sequence analysis software with viewer for phylogenetic trees Windows [35]

1 "All" refers to Microsoft Windows, Apple OSX and Linux; L=Linux, M=Apple Mac, W=Microsoft Windows

Примечания

  1. ↑ Zmasek, CM and Eddy, SR (2001). "TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees". Bioinformatics. 17 (4): 383—384. doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. PMID 11301314.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  2. ↑ Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu, and Wei-Hua Chen (Jul 2012). "EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees". Nucleic Acids Research. 40 (W1): W569—W572. doi:10.1093/nar/gks576. PMID 22695796.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  3. ↑ Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni (2010). "ETE: a python Environment for Tree Exploration". BMC Bioinformatics. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC 2820433. PMID 20070885.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  4. ↑ Letunic, I and Bork, P (2007). "Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation". Bioinformatics. 23 (1): 127—128. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. PMID 17050570.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  5. ↑ Smits, SA and Ouverney, CC (2010). Poon, Art F. Y. (ed.). "jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web". PLoS ONE. 5 (8): e12267. doi:10.1371/journal.pone.0012267. PMC 2923619. PMID 20805892.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  6. ↑ Rosindell, J and Harmon, LJ (2012). "OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life". PLoS Biology. 10. doi:10.1371/journal.pbio.1001406.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  7. ↑ Ranwez, V et al., WH (2009). "PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees". BMC Evolutionary Biology. 9. 9: 108. doi:10.1186/1471-2148-9-108.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  8. ↑ Jordan, EG and Piel, WH (2008). "PhyloWidget: web-based visualizations for the tree of life". Bioinformatics. 24 (14): 1641—1642. doi:10.1093/bioinformatics/btn235. PMID 18487241.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  9. ↑ Boc A, Diallo Alpha B, Makarenkov V (2012). "T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks". Nucleic Acids Research. 40 (W1) (Web Server issue): W573–W579. doi:10.1093/nar/gks485. PMC 3394261. PMID 22675075.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  10. ↑ Vos Rutger A, Caravas Jason, Hartmann Klaas, Jensen Mark A, Miller Chase. BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 63. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-63. [исправить]
  11. ↑ Huson Daniel H, Richter Daniel C, Rausch Christian, Dezulian Tobias, Franz Markus, Rupp Regula. Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8, no. 1. — P. 460. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-8-460. [исправить]
  12. ↑ Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni (2010). "ETE: a python Environment for Tree Exploration". BMC Bioinformatics. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC 2820433. PMID 20070885.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  13. ↑ Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. (2002). "JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java". Genome Biology. 3 (12). doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0077.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  14. ↑ Fernández, Alberto; Gómez, Sergio (2008). "Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms". Journal of Classification. 25 (1): 43—65. doi:10.1007/s00357-008-9004-x.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  15. ↑ Chevenet François, Brun Christine, Bañuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard. [1] (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 439. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-439. [исправить]
  16. ↑ Stöver Ben C, Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2010. — Vol. 11, no. 1. — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-11-7. [исправить]
  17. ↑ [2]
  18. ↑ Page, RDM (1996). "Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers". Computer Applications in the Biosciences. 12 (4): 357—358. doi:10.1093/bioinformatics/12.4.357. PMID 8902363.

Ссылки

Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Список_программ_для_работы_с_филогенетическими_деревьями&oldid=68247611