AutoDock: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Строка 197: Строка 197:


</syntaxhighlight>
</syntaxhighlight>

== Применение ==
Autodock широко применяется в научном сообществе как программа для виртуального докинга, так и для [[Виртуальный скрининг|скрининга]] больших библиотек соединений

С его помощью нашли ингибиторы ВИЧ протеазы<ref>{{Статья|автор=Julie R. Schames, Richard H. Henchman, Jay S. Siegel, Christoph A. Sotriffer, Haihong Ni|заглавие=Discovery of a Novel Binding Trench in HIV Integrase|ссылка=http://dx.doi.org/10.1021/jm0341913|издание=Journal of Medicinal Chemistry|год=2004-04-01|том=47|выпуск=8|страницы=1879–1881|issn=0022-2623|doi=10.1021/jm0341913}}</ref>.

Autodock (в основном Vina) широко применяется в большом числе автоматических систем виртуального скрининга<ref>{{Статья|автор=Maciej Wójcikowski, Piotr Zielenkiewicz, Pawel Siedlecki|заглавие=Open Drug Discovery Toolkit (ODDT): a new open-source player in the drug discovery field|ссылка=http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/s13321-015-0078-2|язык=En|издание=Journal of Cheminformatics|год=2015-06-22|том=7|выпуск=1|issn=1758-2946|doi=10.1186/s13321-015-0078-2}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://autodock.scripps.edu/resources/raccoon2|title=AutoDock {{!}} Raccoon2|publisher=autodock.scripps.edu|accessdate=2016-05-15}}</ref><ref>{{Статья|автор=Vikas Sharma, Kiran Kumar Pattanaik, Venkatesan Jayprakash, Arijit Basu, Nibha Mishra|заглавие=A utility script for automating and integrating AutoDock and other associated programs for virtual screening.|ссылка=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2825580/|издание=Bioinformation|год=2009-09-06|том=4|выпуск=2|страницы=84–86|issn=0973-2063}}</ref>.


== Примечания ==
== Примечания ==
Строка 203: Строка 210:
== Ссылки ==
== Ссылки ==
{{reflist}}
{{reflist}}
AutoDock's role in developing the first clinically approved HIV integrase inhibitor
* AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading
* http://www.nsf.gov/discoveries/disc_summ.jsp?cntn_id=104280 Molecules in Motion: Computer Simulations Lead to a Better Understanding of Protein Structures
* http://www.nsf.gov/discoveries/disc_summ.jsp?cntn_id=104280 Molecules in Motion: Computer Simulations Lead to a Better Understanding of Protein Structures
* http://www3.interscience.wiley.com/journal/113321513/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0
* http://www3.interscience.wiley.com/journal/113321513/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0

==External links==
Сайт разработчиков.
Сайт разработчиков.
*http://autodock.scripps.edu/
*http://autodock.scripps.edu/

Версия от 15:12, 15 мая 2016

Autodock — программа, позволяющая осуществлять молекулярный докинг. В основном ее применяют для белок-лигандного докинга, в т.ч. с подвижными белковыми остатками. Версия AutoDock 4 доступна под GNU General Public License. AutoDock Vina доступна под Apache license.

О программе

AutoDock - одна из самых цитируемых программ докинга. На 2009 год количество цитирований основных статей превысило 1200. AutoDock поддерживается и разрабатывается лабораториями The Scripps Research Institute и Olson Laboratory.

История

Autodock 1

Первая версия базируется на силовом поле Amber. Скоринг функция является суммой потенциала леннарда-джонса, энергии водородных связей, электростатических взаимодействий. Начиная с самой первой версии Autodock представляет из себя совокупность 2х программ: Autodock - собственно программа, проводящая докинг и Autogrid - программа, позволяющая рассчитывать сетки потенциалов. Для каждой макромолекулы (рецептора) достаточно рассчитать сетки потенциалов для каждого типа атомов один раз, что позволяет запускать расчеты для любого лиганда, состоящего из этих атомов. В реализации доступны алгоритмы монте карло и метод имитации отжига[1].

Autodock 2.4

Появилось много улучшений, сопутствующих программ для параллельных запусков. Новый алгоритм для улучшения поиска в случае лигандов с большим количеством степеней свободы на основе принципа разделяй и властвуй. Улучшены алгоритм локальной оптимизации [2]

Autodock 3

Для оптимизации поиска впервые был применен комбинированный генетический алгоритм LGA [3]. Новая скоринг функция, калибрующаяся на 30 белок-лигандных комплексах[4].

Autodock 4, 4.2

Появляется белок-белковый докинг, возможность учета подвижных остатков рецептора. Улучшена скоринг функция. Калибровка на 250 структурах из PDBBind. Появился autodocktols[5] - специальное программное обеспечение для подготовки файлов к докингу[6].

Autodock Vina

Разрабатывается совместно с сообществом ученых. Принципиально новая функция, основанная на алгоритме X-Score[7]. Показывает результаты существенно лучше, чем autodock 4.2[8].

Механизм работы

Показан docking box - кубическая область захватывающая активный центр белка 3NTB. В центре находится нативный лиганд T1N

Докинг проводится в кубическую область внутри рецептора (docking box).

С помощью AutoGrid для рецептора создается набор бинарных файлов - сеток потенциалов. Они описывают для каждого атома, входящего в docking box, его потенциал взаимодействия с пробным атомом определенного химического элемента. Сколько нужно элементов определяется химическим составом лигандов, с которыми требуется провести докинг. На каждый вид химического элемента создается по 1-2 файла.

AutoDock, используя эти файлы, проводит докинг. Лиганд, помимо совокупности атомов, связей и зарядов, внутри autodock описывается набором чисел - положением в docking box, поворотом всех активных торсионных углов. Autodock оптимальным образом перебирает все возможные комбинации этих чисел, чтобы в итоге найти самое оптимальное с точки зрения энергии взаимодействия с рецептором положение лиганда в docking box. Поэтому в качестве docking box обычно выбирают куб со стороной 10-30 ангстрем таким образом, чтобы он включал в себя активный центр рецептора.

Полный перебор всех возможных положений в активном центре и всех конформаций лиганда - очень время- и ресурсо-затратная задача. Для этого в Autodock применяются алгоритмы поиска глобального минимума: монте карло, имитации отжига, генетические алгоритмы: LGA.

Пример работы Autodock 4.2:

  1. Генерируется популяция лигандов определенного размера (300 по умолчанию)
  2. Для них рассчитывается энергия взаимодействия с рецептором
  3. Для каждого лиганда генерируется новое положение путем изменения некоторых параметров, описывающих его по определенному алгоритму (доступно несколько). Для него рассчитывается энергия, если она лучше прошлой - новые параметры лиганда сохраняются и он заменяет исходный
  4. Шаг 3 повторяется определенное большое количество раз (или пока изменения не перестанут происходить)
  5. Вся последовательность шагов выполняется несколько раз (независимые запуски)
  6. Результаты множественных запусков кластеризуются по положению в docking box с отсечкой по RMSD 1 ангстрем.
  7. Для всех находок в кластере считается энергия взаимодействия с рецептором. Энергией кластера считается самая лучшая в этом кластере
  8. Финальная энергия рассчитывается для лучщих кластеров как разность между разностями энергий перехода из несвязанного положения в связанное рецептора с лигандом.[9]

Интерпретация результатов

В результате работы Autodock для одного лиганда получается dlg файл. В нем записан подробный отчет о работе программы. Он содержит в себе результаты каждого конкретного запуска с конечным положением лиганда (структура лиганда записана в формате pdbqt), определенной энергией затраченным на расчет временем:

	BEGINNING GENETIC ALGORITHM DOCKING
Run:	9 / 10
Date:	Tue Jul  8 12:51:52 2014
Beginning LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM (LGA), with a maximum of 2500000 energy evaluations.

Final-Value: -16.178
Real= 1m 12.96s,  CPU= 1m 12.96s,  System= 0.00s


	FINAL GENETIC ALGORITHM ALGORITHM DOCKED STATE
	_______________________________________________


Detailed state:  trans 2.723 5.933 -7.988 quatxyzw 0.475648 -0.504518 -0.345426 0.632378 center 0.369 -0.215 -4.986 ntor 6 -138.1935 -74.0495 -10.2542 -13.7849 11.7543 8.5173
State:	  2.723   5.933  -7.988   0.614 -0.651 -0.446 101.548   -138.19  -74.05  -10.25  -13.78   11.75    8.52

DOCKED: MODEL        9
DOCKED: USER    Run = 9
DOCKED: USER    DPF = ind.dpf
DOCKED: USER  
DOCKED: USER    Estimated Free Energy of Binding    =  -11.16 kcal/mol  [=(1)+(2)+(3)-(4)]
DOCKED: USER    Estimated Inhibition Constant, Ki   =    6.64 nM (nanomolar)  [Temperature = 298.15 K]
DOCKED: USER    
DOCKED: USER    (1) Final Intermolecular Energy     =  -15.00 kcal/mol
DOCKED: USER        vdW + Hbond + desolv Energy     =  -14.46 kcal/mol
DOCKED: USER        Electrostatic Energy            =   -0.53 kcal/mol
DOCKED: USER    (2) Final Total Internal Energy     =   -1.18 kcal/mol
DOCKED: USER    (3) Torsional Free Energy           =   +3.84 kcal/mol
DOCKED: USER    (4) Unbound System's Energy         =   -1.18 kcal/mol
DOCKED: USER    
DOCKED: USER    
DOCKED: USER    NEWDPF move ind.pdbqt
DOCKED: USER    NEWDPF about 0.368900 -0.214800 -4.986500
DOCKED: USER    NEWDPF tran0 2.723278 5.933329 -7.987825
DOCKED: USER    NEWDPF quaternion0 0.475648 -0.504518 -0.345426 0.632378
DOCKED: USER    NEWDPF axisangle0 0.614009 -0.651276 -0.445906 101.548461
DOCKED: USER    NEWDPF quat0 0.614009 -0.651276 -0.445906 101.548461
DOCKED: USER    NEWDPF dihe0 -138.19 -74.05 -10.25 -13.78 11.75 8.52 
DOCKED: USER  keepresnum = 1 
DOCKED: USER  
DOCKED: REMARK  6 active torsions:
DOCKED: REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
DOCKED: REMARK    1  A    between atoms: N1_1  and  C31_39 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C2_3  and  C3_4 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C3_4  and  N2_6 
DOCKED: REMARK    2  A    between atoms: N2_6  and  C4_7 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: N3_11  and  C10_14 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C10_14  and  C11_15 
DOCKED: REMARK    3  A    between atoms: C11_15  and  O2_16 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C11_15  and  C12_17 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C12_17  and  C13_18 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C13_18  and  C14_19 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C13_18  and  C21_26 
DOCKED: REMARK    4  A    between atoms: C14_19  and  C15_20 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: C21_26  and  N4_28 
DOCKED: REMARK       I    between atoms: N4_28  and  C22_29 
DOCKED: REMARK    5  A    between atoms: C23_30  and  O4_31 
DOCKED: REMARK    6  A    between atoms: C31_39  and  C32_40 
DOCKED: USER                              x       y       z     vdW  Elec       q    Type
DOCKED: USER                           _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____
DOCKED: ROOT
DOCKED: ATOM      1  N1  IND I 201       4.009   6.467  -3.277 -0.22 -0.02    +0.096 N 
DOCKED: ATOM      2  C1  IND I 201       2.687   6.785  -3.882 -0.15 -0.07    +0.307 C 
DOCKED: ATOM      3  C2  IND I 201       1.818   5.702  -4.489 -0.18 -0.09    +0.200 C 
DOCKED: ATOM      4  C3  IND I 201       0.588   6.349  -5.065 -0.20 -0.07    +0.242 C 
DOCKED: ATOM      5  O1  IND I 201       0.675   7.072  -6.050 -0.21 +0.04    -0.271 OA
DOCKED: ATOM      6  N2  IND I 201      -0.557   6.110  -4.455 -0.10 +0.10    -0.351 N 
DOCKED: ATOM      7  N3  IND I 201       2.731   5.129  -5.539 -0.06 +0.29    -0.395 N 
DOCKED: ATOM      8  C8  IND I 201       4.167   4.939  -5.215 -0.29 -0.12    +0.148 C 
DOCKED: ATOM      9  C9  IND I 201       4.816   5.947  -4.288 -0.21 -0.10    +0.292 C 
DOCKED: ATOM     10  C10 IND I 201       2.258   3.981  -6.285 -0.35 -0.21    +0.149 C 
DOCKED: ATOM     11  C11 IND I 201       2.374   4.128  -7.802 -0.34 -0.20    +0.136 C 
DOCKED: ATOM     12  C12 IND I 201       1.313   4.804  -8.689 -0.32 -0.05    +0.047 C 
DOCKED: ATOM     13  C13 IND I 201       1.526   4.935 -10.204 -0.29 -0.06    +0.084 C 
DOCKED: ATOM     14  C14 IND I 201       0.345   5.628 -10.902 -0.35 -0.02    +0.052 C 
DOCKED: ATOM     15  C21 IND I 201       2.808   5.688 -10.538 -0.19 -0.09    +0.222 C 
DOCKED: ATOM     16  O3  IND I 201       3.067   6.768  -9.985 -0.20 +0.04    -0.273 OA
DOCKED: ATOM     17  N4  IND I 201       3.532   5.172 -11.527 -0.09 +0.17    -0.350 N 
DOCKED: ATOM     18  C22 IND I 201       4.584   5.934 -12.179 -0.26 -0.04    +0.147 C 
DOCKED: ATOM     19  C23 IND I 201       4.685   5.613 -13.660 -0.29 -0.06    +0.149 C 
DOCKED: ATOM     20  C24 IND I 201       6.098   5.982 -14.050 -0.37 -0.03    +0.073 C 
DOCKED: ATOM     21  C25 IND I 201       7.039   5.782 -12.890 -0.42 +0.01    -0.047 A 
DOCKED: ATOM     22  C26 IND I 201       8.391   5.615 -12.702 -0.52 -0.00    +0.008 A 
DOCKED: ATOM     23  C27 IND I 201       8.860   5.414 -11.399 -0.53 -0.00    +0.001 A 
DOCKED: ATOM     24  C28 IND I 201       7.973   5.385 -10.311 -0.47 -0.00    +0.001 A 
DOCKED: ATOM     25  C29 IND I 201       6.603   5.541 -10.472 -0.35 -0.00    +0.010 A 
DOCKED: ATOM     26  C30 IND I 201       6.045   5.738 -11.696 -0.32 +0.01    -0.027 A 
DOCKED: ATOM     27  H4  IND I 201      -0.480   5.541  -3.600 +0.09 -0.05    +0.163 HD
DOCKED: ATOM     28  H32 IND I 201       3.342   4.208 -11.839 -0.36 -0.15    +0.163 HD
DOCKED: ENDROOT
DOCKED: BRANCH   1  29
DOCKED: ATOM     29  C31 IND I 201       4.643   7.510  -2.461 -0.23 -0.01    +0.312 C 
DOCKED: BRANCH  29  30
DOCKED: ATOM     30  C32 IND I 201       4.097   7.882  -1.077 -0.27 -0.00    -0.013 A 
DOCKED: ATOM     31  C33 IND I 201       4.044   6.978  -0.007 -0.20 +0.04    +0.125 A 
DOCKED: ATOM     32  N5  IND I 201       3.579   7.250   1.290 -0.48 -0.17    -0.273 NA
DOCKED: ATOM     33  C34 IND I 201       3.161   8.575   1.397 -0.11 +0.03    +0.116 A 
DOCKED: ATOM     34  C35 IND I 201       3.186   9.527   0.373 -0.22 +0.00    +0.020 A 
DOCKED: ATOM     35  C36 IND I 201       3.664   9.177  -0.888 -0.29 -0.00    +0.012 A 
DOCKED: ENDBRANCH  29  30
DOCKED: ENDBRANCH   1  29
DOCKED: BRANCH   6  36
DOCKED: ATOM     36  C4  IND I 201      -1.884   6.513  -4.792 -0.41 -0.00    +0.022 C 
DOCKED: ATOM     37  C5  IND I 201      -2.818   5.912  -3.725 -0.49 -0.01    +0.037 C 
DOCKED: ATOM     38  C6  IND I 201      -2.275   6.111  -6.058 -0.44 -0.01    +0.037 C 
DOCKED: ATOM     39  C7  IND I 201      -2.100   7.960  -4.696 -0.50 -0.00    +0.037 C 
DOCKED: ENDBRANCH   6  36
DOCKED: BRANCH  11  40
DOCKED: ATOM     40  O2  IND I 201       2.345   2.757  -8.064 -0.26 +1.10    -0.394 OA
DOCKED: ATOM     41  H21 IND I 201       2.902   2.260  -7.354 -0.30 -0.83    +0.210 HD
DOCKED: ENDBRANCH  11  40
DOCKED: BRANCH  14  42
DOCKED: ATOM     42  C15 IND I 201       0.550   5.763 -12.367 -0.26 +0.01    -0.057 A 
DOCKED: ATOM     43  C16 IND I 201       0.630   4.662 -13.219 -0.31 -0.00    +0.007 A 
DOCKED: ATOM     44  C17 IND I 201       0.860   4.834 -14.577 -0.29 +0.00    +0.001 A 
DOCKED: ATOM     45  C18 IND I 201       1.012   6.130 -15.074 -0.24 +0.00    +0.000 A 
DOCKED: ATOM     46  C19 IND I 201       0.925   7.238 -14.223 -0.29 +0.00    +0.001 A 
DOCKED: ATOM     47  C20 IND I 201       0.692   7.049 -12.859 -0.32 -0.00    +0.007 A 
DOCKED: ENDBRANCH  14  42
DOCKED: BRANCH  19  48
DOCKED: ATOM     48  O4  IND I 201       4.361   4.250 -13.891 -0.68 +0.24    -0.393 OA
DOCKED: ATOM     49  H35 IND I 201       3.851   3.875 -13.078 -0.33 -0.15    +0.210 HD
DOCKED: ENDBRANCH  19  48
DOCKED: TORSDOF 14
DOCKED: TER
DOCKED: ENDMDL
________________________________________________________________________________

Результаты определенной энергии доступны в виде совокупности слагаемых скоринг функции, а также конечной энергии взаимодействия ΔG ккал/моль, а также константы ингибирования Ki.

DOCKED: USER    Estimated Free Energy of Binding    =  -11.16 kcal/mol  [=(1)+(2)+(3)-(4)]
DOCKED: USER    Estimated Inhibition Constant, Ki   =    6.64 nM (nanomolar)  [Temperature = 298.15 K]
DOCKED: USER    
DOCKED: USER    (1) Final Intermolecular Energy     =  -15.00 kcal/mol
DOCKED: USER        vdW + Hbond + desolv Energy     =  -14.46 kcal/mol
DOCKED: USER        Electrostatic Energy            =   -0.53 kcal/mol
DOCKED: USER    (2) Final Total Internal Energy     =   -1.18 kcal/mol
DOCKED: USER    (3) Torsional Free Energy           =   +3.84 kcal/mol
DOCKED: USER    (4) Unbound System's Energy         =   -1.18 kcal/mol

После этого показан результат кластеризации, и далее отдельно вынесен результат для каждого кластера показана населенность (Num in cluster), лучшая энергия (Lowest binding energy), к какому конкретно запуску она относится (Run):

	CLUSTERING HISTOGRAM
	____________________

________________________________________________________________________________
     |           |     |           |     |                                    
Clus | Lowest    | Run | Mean      | Num | Histogram                          
-ter | Binding   |     | Binding   | in  |                                    
Rank | Energy    |     | Energy    | Clus|    5    10   15   20   25   30   35
_____|___________|_____|___________|_____|____:____|____:____|____:____|____:___
   1 |     -3.44 | 150 |     -3.44 |   2 |##
   2 |     -3.42 |  63 |     -3.41 |  42 |#x42
   3 |     -3.42 | 187 |     -3.40 |  83 |#x82
   4 |     -3.38 | 115 |     -3.36 |  33 |#x32
   5 |     -3.32 | 128 |     -3.31 |  37 |#x36
   6 |     -3.28 | 122 |     -3.27 |   3 |###
_____|___________|_____|___________|_____|______________________________________

Применение

Autodock широко применяется в научном сообществе как программа для виртуального докинга, так и для скрининга больших библиотек соединений

С его помощью нашли ингибиторы ВИЧ протеазы[10].

Autodock (в основном Vina) широко применяется в большом числе автоматических систем виртуального скрининга[11][12][13].

Примечания

  1. ↑ Goodsell, D. S. and Olson, A. J. (1990), "Automated Docking of Substrates to Proteins by Simulated Annealing.", Proteins:Structure, Function and Genetics., 8 (3): 195—202, doi:10.1002/prot.340080302{{citation}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  2. ↑ Morris, G. M., Goodsell, D. S., Huey, R. and Olson (1996), "Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: Parallel applications of AutoDock 2.4.", J. Computer-Aided Molecular Design., 10 (4): 293–304, doi:10.1007/BF00124499{{citation}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  3. ↑ Jan Fuhrmann, Alexander Rurainski, Hans-Peter Lenhof, Dirk Neumann. A new Lamarckian genetic algorithm for flexible ligand-receptor docking // Journal of Computational Chemistry. — 2010-07-15. — Т. 31, вып. 9. — С. 1911–1918. — ISSN 1096-987X. — doi:10.1002/jcc.21478.
  4. ↑ Morris, G. M., Goodsell, D. S., Halliday, R.S., Huey, R., Hart, W. E., Belew, R. K. and Olson, A. J. (1998), "Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function", J. Computational Chemistry., 19: 1639–1662, doi:10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B{{citation}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  5. ↑ ADT / AutoDockTools. autodock.scripps.edu. Дата обращения: 15 мая 2016.
  6. ↑ Morris, G. M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell, D. S. and Olson, A. J. (2009), "Autodock4 and AutoDockTools4: automated docking with selective receptor flexiblity", J. Computational Chemistry., 16: 2785–2791, doi:10.1002/jcc.21256{{citation}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  7. ↑ Wang R, Lai L, Wang S. (2002), "Further development and validation of empirical scoring functions for structure-based binding affinity prediction.", Journal of Computer-Aided Molecular Design., vol. (16): 11–26. {{citation}}: |volume= имеет лишний текст (справка)Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  8. ↑ Trott, O.; Olson, A.J. (2010), "AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading", Journal of Computational Chemistry, 31 (2): 455–461, doi:10.1002/jcc.21334{{citation}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  9. ↑ Garrett M. Morris, Ruth Huey, William Lindstrom, Michel F. Sanner, Richard K. Belew. AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated Docking with Selective Receptor Flexibility // Journal of computational chemistry. — 2009-12-01. — Т. 30, вып. 16. — С. 2785–2791. — ISSN 0192-8651. — doi:10.1002/jcc.21256.
  10. ↑ Julie R. Schames, Richard H. Henchman, Jay S. Siegel, Christoph A. Sotriffer, Haihong Ni. Discovery of a Novel Binding Trench in HIV Integrase // Journal of Medicinal Chemistry. — 2004-04-01. — Т. 47, вып. 8. — С. 1879–1881. — ISSN 0022-2623. — doi:10.1021/jm0341913.
  11. ↑ Maciej Wójcikowski, Piotr Zielenkiewicz, Pawel Siedlecki. Open Drug Discovery Toolkit (ODDT): a new open-source player in the drug discovery field (англ.) // Journal of Cheminformatics. — 2015-06-22. — Т. 7, вып. 1. — ISSN 1758-2946. — doi:10.1186/s13321-015-0078-2.
  12. ↑ AutoDock | Raccoon2. autodock.scripps.edu. Дата обращения: 15 мая 2016.
  13. ↑ Vikas Sharma, Kiran Kumar Pattanaik, Venkatesan Jayprakash, Arijit Basu, Nibha Mishra. A utility script for automating and integrating AutoDock and other associated programs for virtual screening. // Bioinformation. — 2009-09-06. — Т. 4, вып. 2. — С. 84–86. — ISSN 0973-2063.

Ссылки

Сайт разработчиков.

Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=AutoDock&oldid=78371834