Википедия:Кандидаты в избранные статьи/Цитохром с-оксидаза

Кандидат в избранные статьи

Правила обсуждения На этой странице обсуждается кандидат в избранные статьи русской Википедии. В ходе обсуждения может быть принято решение о её номинации в хорошие. Вниманию обсуждающих От принимающих участие в обсуждении ожидается ответственность в своём выборе: перед голосованием прочитайте статью полностью. При обсуждении, пожалуйста, придерживайтесь следующих принципов: Не пишите, что статья или тема статьи не интересна вам или кому-то ещё — с этим ничего не поделаешь: у людей могут быть разные предпочтения. Неаргументированные голоса «против» являются неконструктивными и будут проигнорированы; Не пишите, что статья написана хорошо, но из-за темы ей не место на заглавной странице: важна не тема, а качество статьи; Обязательно подписывайтесь; Если вы хотите отозвать свои замечания (например, потому что недочёты были исправлены), зачеркните их (<s></s>), но не удаляйте; Если вы сделали замечание по поводу кандидата, посматривайте на его подстраницу, чтобы вовремя зачеркнуть своё замечание, когда недочёт будет устранён; Соблюдайте спокойствие и доброжелательное отношение к авторам статьи и участникам её обсуждения. Зачастую автор сильно привязан к своему творению, и излишне резкие и/или необоснованные замечания могут его задеть. Критика приветствуется, но будьте конструктивны и корректны. Вниманию номинаторов статей Для номинации статьи в Избранные добавьте в её конец (перед категориями) строку {{subst:КИС}}; Будьте внимательны к критике, прислушивайтесь к аргументам и старайтесь доработать статью в процессе обсуждения; Несмотря на стресс, постарайтесь избегать нападок на обсуждающих: за многократное нарушение ВП:ЭП в обсуждении оно может быть закрыто, а статья отправлена на доработку; Если статья уже являлась кандидатом, но была отправлена на доработку по любой причине, нужно предоставить ссылку на предыдущее обсуждение. Процедура обсуждения Если вы считаете, что статья достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «За», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{За}}, поясните причины вашего решения, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{За}}. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. ~~~~   → 1. За. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. Пьер Безухов 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы считаете, что статья не достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», укажите конкретные недочёты статьи, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. #. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. ~~~~   → 1. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. Наташа Ростова 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы хотите прокомментировать статью или ход её обсуждения, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», проставьте под заголовком (или под комментарием предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Комментарий}}, введите текст вашего комментария, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Комментарий}} Хочу заметить, что... ~~~~   → 1. Комментарий: Хочу заметить, что... Поручик Ржевский 23:59, 31 декабря 2011 (UTC)

Цитохром с-оксидаза

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Переписана мною практически с нуля. Старался использовать только самые последние источники.
P.S. Пожалуйста, проверьте текущую версию, а то до форума проверяющих не достучишься.--Эрг 15:18, 6 марта 2016 (UTC)

Простите, а что Вам мешает получить флаг патрулирующего? पाणिनि 15:33, 6 марта 2016 (UTC)

Лень и отсутствие времени на патрулирование большого количества статей.--Эрг 17:04, 6 марта 2016 (UTC)

Автору двух ИС любой админ вручит флаг без долгих слов. Кроме того, наличие флага Вас не обязывает вообще что-либо патрулировать. पाणिनि 17:17, 6 марта 2016 (UTC)

За

• За Отличная статья, соответствует статусу --Sirozha.ru 04:35, 7 марта 2016 (UTC)

Против

Комментарии

• Есть ли источники на русское написание названия именно в таком виде? სტარლესს 18:55, 25 апреля 2016 (UTC)
  • Да есть. Я. Кольман, К.Г. Рём. Наглядная биохимия = Taschenatlas der Biochemie / под редакцией канд. хим. наук П. Д. Решетова и канд. хим. наук Т. И. Соркиной; пер. с нем. профессора, д-ра биол. наук Л. В. Козлова, канд. биол. наук Е. С. Левиной и канд. хим. наук П. Д. Решетова. — 2-е изд.. — Москва: Мир, 2004. — С. 142-143. — 469 с. — ISBN 5-03-003304-1.--Эрг 18:41, 1 мая 2016 (UTC)
    • Мда, очередное подтверждение безграмотности русскоязычных источников. Источник, вычитанный хотя бы одним профессиональным в области русского языка редактором, найдётся? სტარლესს 19:25, 1 мая 2016 (UTC)
  • Мне тоже не очень нравится такое название. По-русски так не согласуется. Может быть, стоит пойти по тому же пути, что и цитохром-bc1-комплекс и цитохром-b6f-комплекс?--RoadTrain ^{(обс.)(вклад)} 13:39, 19 мая 2016 (UTC)
  • Так к сожалению нельзя. Название образовано от полного имени цитохром с-кислород-оксидоредуктаза. Цитохром с — название субстрата, оксидуредуктаза — класс фермента. Писать цитохром с через дефис будет ещё болльшим нарушением правил русского языка.--Эрг 21:59, 21 мая 2016 (UTC)

От Eruvanda

К сожалению, статья пока очень сырая, даже для ХС, не говоря уж об ИС. Ниже я подробно напишу о тех недостатках, которые, на мой взгляд, являются существенными.

• Цитохромоксидаза была открыта немецким учёным Отто Варбургом. В своей работе он ингибировал дыхание при помощи CO, а затем наблюдал снятие ингибирования по спектрам поглощения в разных длинах волн. Не указывается, сумел ли Варбург выделить цитохромоксидазу или только по спектрам предсказал её сущестование? И да, в чём именно была открыта цитохромоксидаза?
  • Нет, Варбург этот фермент не выделял, но он обнаружил его чисто спектроскопически и чётко связал с потреблением клеткой кислорода. В то время совершенно ничего не было известно, о том как (и зачем) клетки потребляют кислород, ещё не было ЯМР и кристаллографии, да и выделять мембранные комплексы в чистом виде не умели. А работал он с грубой суспензией дрожжей.
    • Тогда надо указать, что он с дрожжами работал, а то получается, что он какое-то абстрактное дыхание описывал :) Тогда вопрос: кто же выделил этот комплекс? Этой информации явно не хватает. --Eruvanda 09:28, 8 марта 2016 (UTC)
    • Уже указал. Насчёт того кто выделил и выделил ли вообще точных данных нет. Попытки выделить комплекс предпринимались приблизительно с 1970-х годов и если вбить запрос в поисковик, то на каждые 4-5 лет будет приходится по одной новой статье с новым, улучшенным методом выделения. Как точно подметил исторический обзор, на который я полагаюсь: «каждый заявляет, что его экстракт чище и правильнее». Большинство английских исторических обзоров вообще тактично обходят этот вопрос стороной. В принципе можно было бы приписать первое чистое выделение тем людям, которые получили первую трёхмерную структуру в 1995, но было ещё и двухмерное кристаллогрофическое изображение в 1970 - 72 и электронная микроскопия. Короче говоря лучше вообще про это ничего не писать, так как источника который бы чётко указывал на конкретные имена нет, а соврать не хотелось бы.--Эрг 12:16, 8 марта 2016 (UTC)
      • Так давайте тогда так и напишем, что невозможно установить, кто первым выделил комплекс, поскольку многие исследовательские группы предлагали различные протоколы, дававшие выход разной чистоты. На эту информацию, я так поняла, АИ есть, так что ориссом это никак не будет. --Eruvanda 19:58, 8 марта 2016 (UTC)
        • Написал короткийабзацв общих словах с опорой на источник. Особо ниченго больше скзать нельзя.--Эрг 20:40, 12 марта 2016 (UTC)
• Варбург и Кейлин длительное время спорили о природе циохромоксидазы: Варбург считал, что кофактором этого фермента может быть только железо, в то время как Кейлин полагал, что это медьсодержащий белок. По прошествии лет мы можем сказать, что оба великих учёных были правы: в состав цитохромоксидазы входит как железосодержащий гем, так и атом меди. Нет ссылки на АИ.
  • Исправлено--Эрг 00:13, 8 марта 2016 (UTC)
• Просто рекомендация: Неплохо бы в исторический раздел поместить фотографии учёных, внёсших значительный вклад в изучение цитохром с-оксидазы.
  • Во мне проснулся вики-минимализм: минимум картинок и минимум интервики - только необходимое. К тому же там на каждого есть ссылка.--Эрг 00:29, 8 марта 2016 (UTC)
• Комплекс IV из митохондрий млекопитающих и птиц[9] состоит из 13 белковых субъединиц, три из которых обладают каталитической активностью, связывают кофакторы и кодируются генами митохондрий (исключение составляет субъединица III у Chlamydomonas reinhardtii и Polytomella sp[en][10]). При чём тут хламидомонада, когда разговор идёт о цитохромоксидазе млекопитающих и птиц? Надо как-то переформулировать.
  • Исправлено Имелось в виду, что у хламидомонады митохондриальная субъединица кодируется в ядре. Добавил пояснение.--Эрг 00:13, 8 марта 2016 (UTC)
• голубого нативного электрофореза это устоявшийся термин?
  • Да. Это корректный перевод английского Blue Native Polyacrylamide Gel Electrophoresis или en:Gel electrophoresis of proteins#Blue native PAGE К сожалению, статьи про белковый форез в русской вики нет, поэтому не могу проставить интервики.--Эрг 00:01, 8 марта 2016 (UTC)
• Возможно, раздел «Субъединицы» лучше сделать подразделом в разделе о структурной организации? Так, мне кажется, будет логичнее.
  • Так он ведь и так подраздел раздела о Структурной организации, там заголовок третьего порядка стоит.--Эрг 00:24, 8 марта 2016 (UTC)
• Эти экспериментальные данные свидетельствуют о важности изоформы IV-2 для нормальной работы лёгких млекопитающих? Выше говорится, что у птиц ген этой субъединицы не функционален.
  • Исправлено --Эрг 00:24, 8 марта 2016 (UTC)
• Данные о генах, кодирующих субъединицы цитохромоксидазы, раскиданы по разделам. Я считаю, что эту информацию нужно собрать в один раздел и добавить информацию о том, на каких хромосомах расположены эти гены, какова их степень консервативности, как регулируется их экспрессия. Это очень важная информация, которая обязательно должна быть в статье, претендующей на статус избранной. (остальные замечания допишу позже) --Eruvanda 21:42, 7 марта 2016 (UTC)
  • Ну не совсем. В разделе структурная организация просто перечисляется в каких царствах у кого сколько субъединиц и где (в ядре или митохондриях) они кодируются. В разделе "субъединицы" говориться уже о конкретных субъединицах. Про расположение на хромосомах говорить не вижу смысла, так как у каждого организма они расположены по-разному. Про то как регулируется экспрессия субъединиц информации очень мало. Провёл поиск по источником, но всё что удаётся найти это про изменение экспресси в условиях гипоксии, а это в статье уже есть.--Эрг 13:28, 13 марта 2016 (UTC)
• Методами рентгеноструктурного анализа и сайтспецифичного мутагенеза структуре субъединицы I были выявлены пути, по которым протоны могут проникать через комплекс и пересекать мембрану. Согласование (что-то не так со словом структуре).
  • Исправлено--Эрг 10:45, 8 марта 2016 (UTC)
• Что такое «субстратный» протон? Я не нашла в статье пояснений.
  • Исправлено Субстратный - это тот, который соединяется с кислородом, образуя воду, называется так в противовес тем протонам, которые просто перекачиваются через мембрану. Добавил пояснение в раздел Механизм транспорта протонов.--Эрг 10:45, 8 марта 2016 (UTC)
• Зачем нужен раздел "Положение в системе классификации белков"? Насколько я поняла, из всего этого раздела к цитохромоксидазе относится только первое предложение.
  • Цитохромоксидазами применительно к прокариотам называют целое семейство А, в котором находятся очень структурно близки, похожие на митохондриальный комплекс IV. Я подумал, что имеет смысл упомянуть и о других семействах, в которых белки имеют такую же пространственную укладку и такой же механизм восстановления кислорода. Отличие только в типе гемов и дополнительных субъединицах.--Эрг 12:16, 8 марта 2016 (UTC)
    • Хорошо, согласна, эту информацию вряд ли можно поместить в какую-либо другую статью. --Eruvanda 19:59, 8 марта 2016 (UTC)
• Кроме субъединиц цитохром с-оксидазы вне митохондрий были обнаружены многие другие митохондриальные белки[33][34]. В связи с этими находками была высказана гипотеза о существовании неизвестного механизма транспорта белков из митохондрий в другие клеточные компартменты Опять же информация, не имеющая непосредственного отношения к предмету статьи, её лучше перенести в статью Митохондрия.
  • По сути да, но тут всего одно предложение и оно логически завершает абзац. Нужно же как-то объяснить откуда эти субъединицы в везикулах?--Эрг 12:16, 8 марта 2016 (UTC)
    • Согласна, вы правы. --Eruvanda 20:00, 8 марта 2016 (UTC)
• По состоянию на текущий момент удалось идентифицировать мутации в семи факторах сборки: SURF1, SCO1, SCO2, COX10, COX15, COX20, COA5 и LRPPRC. Мутации в этих белках могут приводить к изменению работы комплекса, не правильной сборке субкомплексов, нарушению транспорта меди или регуляции трансляции. Мутация в каждом из генов связана с этиологией определённого заболевания, некоторые из которых могут переходить в множественные расстройства. К такого рода генетическим нарушениям относятся синдром Лея, кардиомиопатия, энцефалопатия, лейкодистрофия[en], анемия и нейросенсорная тугоухость. Нет ссылки на АИ.
  • Исправлено--Эрг 10:58, 8 марта 2016 (UTC)
• Странный раздел «Гистохимия». Мне кажется, что его вместе с разделом о внутриклеточном распределении нужно объединить в раздел о тканевом распределении и активности комплекса.
  • Тканевое распределение и активность как-то логически не сочетаются. Но я думаю можно внести раздел Гистохимия как подраздел в Клиническое значение, а сам раздел переименовать в Клиническое и практическое значение.--Эрг 10:45, 8 марта 2016 (UTC)
  • Сделано--Эрг 08:32, 2 апреля 2016 (UTC)
• Минимум размера для ИС набран за счёт оформления источников и размещения в статье информации, не имеющей прямого отношения к предмету статьи. Если бы использовался шаблон {{cite pmid}}, то статья бы не дотянула до необходимых 60 кб. Надо дополнять. --Eruvanda 09:28, 8 марта 2016 (UTC)

  Минимум на ИС - 55 кб и 20 тысяч знаков.--Эрг 10:45, 8 марта 2016 (UTC)

К итогу

На этот раз пропускаю, чтобы не было 2 статьи по биологии подряд. Victoria 13:50, 23 мая 2016 (UTC)

Итог

Замечания исправлены, статья соответствует требованиям к избранным, статус присвоен. Victoria 11:13, 26 мая 2016 (UTC)