В сезоне 2005/2006 он провёл один матч в форме «Йокерита» на скамейке запасных, но на льду так и не появился. Полноценный дебют во взрослом хоккее пришёлся на 23 ноября 2006 г. — Нико сыграл полный матч в чемпионате СМ-Лиги против «СайПы», пропустил четыре гола и вновь был отправлен в молодёжную команду.
Летом 2006 года Ховинена на драфтеНХЛ в пятом раунде под общим 132-м номером выбрал клуб «Миннесота Уайлд».
Сезон 2007/2008 Нико провёл за спиной более опытных голкиперов Юсси Маркканена и Йони Пуурулы, сыграл лишь в 4 матчах регулярного чемпионата и в межсезонье решил сменить клуб. Начиная с 2008 г. он выступает за «Пеликанс», и если в первые два года Ховинен играл не так много (21 и 18 матч соответственно), то в 2010/2011 он стал безоговорочным первым номером своей команды, сыграл 49 матчей с неплохим процентом отраженных бросков и, как следствие, был приглашен в национальную сборную Финляндии на чемпионат мира в Словакии, где не сыграл и минуты, однако наравне с остальными членами сборной получил золотую медаль чемпиона мира.
17 мая 2011 г. Нико подписал двухлетний контракт новичка с клубом НХЛ «Филадельфия Флайерз»[1], однако по договоренности с руководством клуба сезон 2011/2012 он проведёт в составе «Пеликанс»[2].