Первый сезон в чемпионате Армении, команда провела неважно, ей не хватило всего трёх очков, чтобы спастись, выбравшись из зоны вылета. Команда должны была провести следующий сезонлигой ниже, но после последовало воссоединение с клубом «Киликия» (не путать с клубом «Киликия» Ереван, который к тому моменту назывался АОСС), который в отличие от «Малатии» сохранил себе место в высшей лиге. Команда стала называться «Малатия-Киликия» Ереван. Сезон 1993 года стал повторением предыдущего. Команда опять заняла место в зоне вылета, на сей раз заняла последнее место. После окончания чемпионата клуб расформировался. Второе восхождение клуба датируется сезоном 2001. Команда играла в первой лиге и в предварительных, и в финалных играх за 1-4 места, заняла первое место. Однако по завершении чемпионата клуб отказался от участия в следующем сезоне Премьер-Лиги. Клуб потерял профессиональный статус став любительским.
В сентября 2010 года в отборочном турнире чемпионата Европы среди любительских команд — Region's Cup Армению представляла «Малатия». Командой руководил Армен Санамян, под руководством которого потерепела 3 поражения от: израильского «Кармел Сафедом» – 0:5, венгерской «Вест Хунгарии» – 1:2 и румынской «Прагова Мунтениа» – 1:3. В итоге Малатия заняла последнее, 4-е место и выбыла из дальнейшей борьбы.[1]
Малатия
Самвел Дарбинян (1990)
Вагаршак Асланян (1992 — 1993)
