Обсуждение:Биоортогональные реакции

Замечания по статье

Здесь были написаны замечания, но раз статья не в инкубаторе, то они, скорее всего, не актуальны. AJZBot 03:00, 20 ноября 2012 (UTC)

Статья замечательная! Виден огромный объём проделанной работы. Но хотелось бы видеть больше внутренних ссылок на статьи википедии (особенно по сложным терминам). --Oboroten by 06:01, 5 декабря 2012 (UTC)

Вы намеренно или случайно указываете интервики на несуществующую статью en:Bioortogonal chemistry вместо en:Bioorthogonal chemistry?Oboroten by 5 декабря 2012 (UTC)

Виноват, исправил на существующую. — Maksim Fomich 09:41, 5 декабря 2012 (UTC)

Бот заметил у вас ошибку в имени сноски. Это ограничение движка википедии, ознакомьтесь: ВП:Сноски#Ошибки в оформлении сносок. --Oboroten by 18:43, 6 декабря 2012 (UTC)

Да, мне приходилось уже читать такое. Меня смутило, что из десятков сносок, начинающихся с цифры, бот заметил и исправил только одну. Лучше я вручную поисправляю все неправильные. — Maksim Fomich 19:06, 6 декабря 2012 (UTC)

минимальная доработка

Уточнил категории, но поскольку я в теме полный дятел - прошу проверить. Ссылки на статью тоже поставил. На мой взгляд, вполне можно на рецензию отправлять - и номинировать в Хорошие статьи.--Pessimist 18:35, 9 января 2013 (UTC)

• Тезис гликаны не закодированы генетически представляется не совсем верным. --Sirozha.ru 04:38, 24 января 2013 (UTC)
  • А разве закодированы? Или что Вы имеете в виду? — Maksim Fomich 04:42, 24 января 2013 (UTC)
    • Есть гены, кодирующие ферменты, которые синтезируют гликаны. Да, напрямую они не закодированы в ДНК. Но то, что они не закодированы в геноме, - не совсем правда. --Sirozha.ru 05:00, 24 января 2013 (UTC)
      • Ага, вот оно что. Хорошо, исправим. — Maksim Fomich 05:17, 24 января 2013 (UTC)

Рецензирование статьи Биоортогональные реакции

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Планирую выставить статью на КХС. Интересует любая критика, особенно, касающаяся стилистики текста. — Maksim Fomich 13:37, 11 января 2013 (UTC)

Нет ли какой общей базовой литературы по теме? Имело бы смысл дополнить статью разделом «Литература» с парочкой монографий - при наличии таковых.--Pessimist 18:14, 11 января 2013 (UTC)

Поищу. А обзорные статьи из научных журналов годятся в «Литературу»? — Maksim Fomich 19:35, 11 января 2013 (UTC)

Да, обзорные статьи по теме вполне годятся. Обычно в раздел Литература ставят либо книги, на которые идут ссылки через обычную систему «автор, год, страница» (см шаблон {{sfn}}) или дополнительную литературу для чтения по теме.--Pessimist 12:14, 12 января 2013 (UTC)

Отлично, тогда я над этим поработаю. Сделано — Maksim Fomich 14:32, 12 января 2013 (UTC)

• Прекрасная статья. Автору могу посоветовать шире использовать в статье в Википедии обзор «Chemistry in living systems», опубликованный в Nature Chemical Biology. В том числе, для расстановки ссылок на источники, там где это будет уместно. --Sirozha.ru 11:10, 12 января 2013 (UTC)
  • Спасибо. Почитал, хорошая статья. — Maksim Fomich 14:55, 13 января 2013 (UTC)
• Комментарий: Неплохо бы объяснить в тексте статьи (например, в разделе Этимология или История) происхождение термина. Мне, например, не сразу стало понятно, почему биоортогональную методологию назвали именно так. Для меня это совершенно новый термин и хотелось бы понимать его суть и его происхождение прямо из введения. --Sirozha.ru 11:11, 12 января 2013 (UTC)
  • Посмотрите, я кое-как слепил (мне не очень нравится). — Maksim Fomich 14:32, 12 января 2013 (UTC)
    • Сделано — Maksim Fomich 14:55, 13 января 2013 (UTC)
• Хотелось бы видеть ссылки ко всем фактам, истинность которых может быть поставлена под сомнение, некоторые разделы в настоящий момент практически без ссылок на источники. Если в этом есть необходимость, могу проставить запросы источников. --Sirozha.ru 11:15, 12 января 2013 (UTC)
  • Да, пожалуйста, это существенно облегчит мне задачу. — Maksim Fomich 14:32, 12 января 2013 (UTC)
    • Запросы источников я расставил. Это не требование, но руководство к действию. Если какие-то факты покажутся вам крайне очевидными и не требующими ссылки, вы всегда можете убрать запрос. Разделов вообще без источников в ХС быть не должно. --Sirozha.ru 16:37, 12 января 2013 (UTC)
      • Сделано. Вроде бы всё позакрывал. — Maksim Fomich 14:55, 13 января 2013 (UTC)
        • Да, все в порядке. Это легко проверить по отсутствию внизу категории Википедия:Нет источников с января 2013. --Pessimist 15:59, 13 января 2013 (UTC)
          • По источникам все прекрасно. На мой взгляд, рецензирование получилось весьма удачное. Если и будут мелкие возражения, их можно будет решить в ходе обсуждения статьи на ВП:ХС. Получите статус ХС, можно будет попробовать и ИС. --Sirozha.ru 17:54, 14 января 2013 (UTC)
• Также было бы совсем замечательно сделать раздел "история" и осветить вклад конкретных ученых в данную тему --Sirozha.ru 11:16, 12 января 2013 (UTC)
  • Не уверен, что получится. История, как видите по источникам, достаточно коротка, а основная фамилия одна — Бертоцци... — Maksim Fomich 14:32, 12 января 2013 (UTC)
    • Это не проблема, можно просто сделать дайджест его исследований. Энциклопедия - штука разносторонняя. Тем более, что проблем с размером нет, - можно частично сделать повтор информации --Sirozha.ru 16:37, 12 января 2013 (UTC)
      • Пока что я добавил раздел "Background", за неимением фантазии назвав его "Разработка". Дайджест можно оформить в виде списка реакций? — Maksim Fomich 14:55, 13 января 2013 (UTC)
        • Наверное, реакции не лучший вариант. Хотелось бы видеть историю развития этой идеи - реакции, которая идет в клетке и не мешает ферментам клетки... Возможно, подобные идеи давно были в научном мире? Полинг (гипотетически) на эту тему ничего не предлагал? --Sirozha.ru 17:54, 14 января 2013 (UTC)
          • Не знаю, надо книжки читать... — Maksim Fomich 18:10, 14 января 2013 (UTC)
          • Сделано — Maksim Fomich 20:09, 23 января 2013 (UTC)
• Методология описано прекрасно, но не хватает акцента на практическое применение этих биоортогональных реакций. --Sirozha.ru 11:18, 12 января 2013 (UTC)
  • Да, вот тут согласен. Подтянем статью к потенциальной ИС. --Pessimist 12:17, 12 января 2013 (UTC)
    • Я подумаю. — Maksim Fomich 14:32, 12 января 2013 (UTC)
  • В общем и целом - статья после добавления немногочисленных ссылок на источники вполне соответствует статусу ХС. Для того, чтобы тема статьи была без сомнений раскрыта, требуется добавление информации по применению обсуждаемой в статье методологии. Достаточно раздела с двумя-тремя абзацами текста. Тем более, что статья входит в категорию "методы молекулярной биологии". В настоящем виде из статьи никаким образом не понятно, каким же образом эти реакции используют в молекулярной биологии (примеры). --Sirozha.ru 16:58, 12 января 2013 (UTC)
    • Делаю Сделано — Maksim Fomich 18:10, 14 января 2013 (UTC)
• Если публикации (даже в научно-популярных блогах на научно-популярных сайтах вроде elementy.ru, membrana.ru и им подобных) и обзоры по этой теме есть на русском языке, необходимо сослаться на них, либо упомянуть в разделе "Литература" --Sirozha.ru 11:18, 12 января 2013 (UTC)
  • Ссылки на блоги? В естественно-научной статье. No way... Разве что блог ведет очень известный специалист.--Pessimist 12:17, 12 января 2013 (UTC)
    • Возможно я неправ, но сайты вроде membrana.ru или elementy.ru я бы считал блогами. По стилю изложения очень похоже. Если это не блоги, то пусть будут электронные СМИ. Хотя такое определение мне представляется менее удачным, чем научно-популярный блог. Переформулировал --Sirozha.ru 12:34, 12 января 2013 (UTC)
      • Вот, я кое-что нарыл. Пожалуйста, оцените, уместно ли это здесь [1], [2], [3]. — Maksim Fomich 15:58, 13 января 2013 (UTC)
        • На фоне научных источников, на которых написана статья - это конечно ноль авторитетности... Даже и не знаю. Пусть Sirozha.ru также оценит. --Pessimist 17:10, 13 января 2013 (UTC)
          • Я тоже так думаю, но это же вторичный источник, т. е. он всего лишь пересказывает, разве к нему такие же требования по авторитетности, как к научным источникам? — Maksim Fomich 17:26, 13 января 2013 (UTC)
            • Смотря кто и смотря что пересказывает. Тут иногда такие чудеса естественнонаучные публиковали с опорой на СМИ, что волосы дыбом вставали. А когда проверяешь по научным источникам эти сенсации - фуфло, все не так, не то и смысл искажен в угоду скандальной информации или просто по невежеству. А тут вообще анонимный форум.--Pessimist 17:33, 13 января 2013 (UTC)
              • Пересказ абстракта статьи в этих случаях ([4], [5], [6]) совершенно неинтересен в контексте обсуждаемой статьи. Подразумеваемые мной научно-популярные сайты гипотетически рассказывали бы в совершенно другом стиле и немного о другом. Так что, - на нет и суда нет. Статья в настоящем виде представляет собой уникальный материал на русском языке. Возможно, на нее когда-нибудь будут ссылаться авторы хороших науч.-поп. сайтов. Так что это предложение можно смело закрывать --Sirozha.ru 17:54, 14 января 2013 (UTC)
• неудачный стиль Медленная скорость реакции в разделе "Ограничения" --Sirozha.ru 16:42, 12 января 2013 (UTC)
  • Исправлено — Maksim Fomich 17:49, 12 января 2013 (UTC)
• жаргон? имеет улучшенную кинетику - химическая кинетика - это раздел химии. улучшенная кинетика - это что? Sirozha.ru 16:47, 12 января 2013 (UTC)
  • калька с английского закралась при переводе. Исправлено — Maksim Fomich 17:48, 12 января 2013 (UTC)
• заменил кальку "промотированное" на "облегченное", возможно, это не совсем тот смысл? --Sirozha.ru 16:49, 12 января 2013 (UTC)
  • это вопрос номенклатуры, которая пока не установилась. я сомневаюсь в наличии русскоязычных статей с использованием данной реакции, поэтому решительно невозможно проверить, как её называют другие люди. Посему пока оставим "облегчённое". — Maksim Fomich 17:47, 12 января 2013 (UTC)
• можно ли викифицировать "реакционноспособных кислородсодержащих соединений" как активные формы кислорода? --Sirozha.ru 16:54, 12 января 2013 (UTC)
  • Да-да, это как раз то же самое. Исправлено — Maksim Fomich 17:42, 12 января 2013 (UTC)
• в тексте часто встречаются термодинамические характеристики реакций 7,0 ккал/моль, что меньше, чем в циклооктане (12,4 ккал/моль)... сильно увеличивает напряжение цикла (17,9 ккал/моль)... мне не очень понятно, зачем они нужны, так как я не вижу обсуждения этих характеристик в тексте статьи --Sirozha.ru 16:54, 12 января 2013 (UTC)
  • Поскольку в тексте описаны несколько реакций, облегчаемых напряжением, то энергия напряжения реагентов сказывается на их реакционной способности (чем она больше, тем выгоднее и быстрее реакция). В случае реакции тетразинов с циклооктенами на основании этих значений (7,0 и 17,9 ккал/моль) можно сделать вывод, почему циклооктены с одной конфигурацией двойной связи используются в данной реакции, а с другой — нет. — Maksim Fomich 17:56, 12 января 2013 (UTC)

Нарыл кое-что на русском.

• [7] оно же [8] - это явно авторитетно, но релевантно ли?
  • не совсем. думаю, я вставлю это в Азид-алкиновое циклоприсоединение - там ему место. — Maksim Fomich 14:37, 14 января 2013 (UTC)
• [9] - вроде релевантно, но опять какой-то блог...
  • Это копия одной из тех статей, что я приводил выше. — Maksim Fomich 14:37, 14 января 2013 (UTC)
• Мысль: не написать ли вам попутно заготовочку о Бертоцци? Обычно когда пишешь ХС или ИС, то попутно две-три статейки кропаешь по смежной тематике. --Pessimist 13:58, 14 января 2013 (UTC)
  • На самом деле, эта статья уже пустила кое-какие ветки в виде реакции Штаудингера, азид-алкинового циклоприсоединения, квадрициклана. А Бертоцци это не квадрициклан - тут надо всякие критерии значимости изучить, минимальные требования к заготовке. С полтыка мне не осилить. — Maksim Fomich 14:34, 14 января 2013 (UTC)
    • Из преамбулы статьи о Бертоцци в англовики значимость очевидна. Заготовка - это минимум 5-6 фраз с источниками, показывающими значимость. В данном случае перевод преамбулы и списка важных публикаций.--Pessimist 15:29, 14 января 2013 (UTC)
    • Буквально пара абзацев - и будет достаточно. Про значимость вопросов нет, можно просто скопировать раздел "Awards and honors" из англовики --Sirozha.ru 17:54, 14 января 2013 (UTC)
      • В данный момент меня это и смущает: названия премий переводить не надо? А то надрать с сайта группы можно и больше — Maksim Fomich 18:19, 14 января 2013 (UTC)
        • Ох, мама мия… Это надо список наград делать. Примерно вот так. Что касается перевода, то в идеале надо так.
          • Если о награде есть статья — привести название статьи о награде с викификацией, например, Международная премия Гайрднер.
          • Если о награде есть статья на английском перевести и поставить шаблон со ссылкой на англовики, например .
          • Если статьи о награде нет и там, то оформить так: Премия Мейенбурга (англ. Meyenburg Prize). --Pessimist 20:07, 14 января 2013 (UTC)
        • На самом деле для того чтобы статья осталась переводить все награды совершенно необязательно. Можно вставить как есть, только в список оформить. А уж потом дошлифовывать, причём не обязательно вам.--Pessimist 20:10, 14 января 2013 (UTC)
• Вопрос по авторскому праву. Скажем, я увидел рисунок, который хорошо символизирует предмет статьи, здесь (Figure 1A) и перерисовал его в редакторе химических формул (конечно, не до тонкостей, но в общем идея та же), то я нарушу что-нибудь, если помещу такую иллюстрацию в статью? — Maksim Fomich 14:34, 14 января 2013 (UTC)
  • Сама схема не охраняется авторским правом. Поэтому самостоятельный рисунок вполне свободный. --Pessimist 15:26, 14 января 2013 (UTC)
• В разделе "История" хотелось бы видеть подобный текст: В своих работах ... основоположник биоортогональной химии ... Бертоцци ... впервые предложил ... что позволило получить ... было использовано на ... моделях ... в настоящее время используется для ... в таком то году за эти исследования получил такую то премию ... И последний абзац введения я бы вставил в конец раздела "История". Sirozha.ru 18:00, 14 января 2013 (UTC)
  • Уфф, передышка. Почитайте, покритикуйте. Если проблемы со стилем, то ВП:ПС. — Maksim Fomich 15:03, 18 января 2013 (UTC)
• Maksim Fomich, конечно, статья РНК-интерференция - не самый лучший образец для подражания (в основном из-за неидеальности текста). Но она содержит и некоторую предысторию, и примеры применения описываемой методологии. Sirozha.ru 18:08, 14 января 2013 (UTC)
  • Про применение я допишу в скором времени. Поставлю шаблон специально — Maksim Fomich 18:10, 14 января 2013 (UTC)

• Быстро просмотрела статью, вроде всё выглядит очень прилично. Всего несколько замечаний: хотелось бы более понятной подписи к рисунку (можно, например, добавить тот же текст, что относился к этому рисунку в оригинальной статье). Пока я не прошла по ссылке, которую вы дали выше в обсуждении, вообще было не понятно что к чему. Тем более, что кажется, что в результате реакции куда-то пропадают синие облачка. Во-вторых, как уже было сказано выше, в статье о методе молекулярной биологии хочется увидеть пример практического применения. После третьего абзаца введения у меня возник вопрос «А зачем?», который так и остался по сути без ответа. Приведите хотя бы один, но подробный пример и покажите на нём, какие новые возможности даёт этот метод по сравнению с другими, и в чём вообще смысл. К тому же раздел о примерах примения сделает статью логически завершённой, а то сейчас она заканчивается, в общем-то, ничем --OpossumK 19:10, 17 января 2013 (UTC)
  • Спасибо, что посмотрели! Грустно, что по рисунку кажется, что облачка исчезают. Даже если их разместить более равномерно, будет казаться, что одни облачка превращаются в другие. А ведь облачка там совсем не участвуют. Они типа зрители, поэтому и реакции биоортогональные. На вопрос "зачем" частично и без картинок отвечает раздел "История". Сейчас я планирую его дописать в более литературной форме. А более-менее объёмный раздел про применение я допишу. Мне нужно некоторое время, чтобы структурировать информацию. — Maksim Fomich 19:30, 17 января 2013 (UTC)
    • Раздел История я читала, но яснее не стало. Вопросы у меня такие: 1) все ли этапы модификации биомолекул происходят в клетке? 2) если да, то как обеспечивается селективность? 3) если нет, то чем это принципиально отличается от того, что уже делают? (например, существуют относительно небольшие флуоресцентные метки и аминокислотные таги) 4) как можно следить за такими метками в клетке? --OpossumK 20:04, 17 января 2013 (UTC)
      • Кстати, вопрос №2 интересный. Ответьте на него Вы мне, как биолог химику. Если я введу в клетку аминокислоту, содержащую неприродную функцию, например, азид (скажем, я синтезировал её в колбе). Предположим также, что азид настолько мал, что клетка его не "видит" и считает аминокислоту природной. Есть ли в клетке механизмы, позволяющие встроить данную аминокислоту в конкретный белок, но не встраивать её во все-все-все белки клетки? Хотя бы теоретически. — Maksim Fomich 06:15, 18 января 2013 (UTC)
      • Посмотрите, понятно ли сейчас. — Maksim Fomich 18:10, 18 января 2013 (UTC)
        • Мне кажется, что если без каких-то особых извращений, то вряд ли. Сейчас, после того как вы дополнили статью, всё прояснилось немного, так что можете на вопросы особенно внимания не обращать. А качество статьи, конечно, впечатляет --OpossumK 06:40, 19 января 2013 (UTC)
  • А, да, и про название рисунка: Figure 1. A. Generic representation of bioorthogonal chemical reaction between X and Y. Так в статье, примерно так я и передрал. — Maksim Fomich 19:31, 17 января 2013 (UTC)
    • Я имела ввиду текст типа «Химические группы, участвующие в биоортогональных реакциях, должны быстро и селективно реагировать друг с другом и при этом быть инертными по отношению к другим соединениям, которые присутствуют в клетках». Так сразу будет понятно, что облачка не при чём --OpossumK 20:04, 17 января 2013 (UTC)
      • Сделано — Maksim Fomich 18:10, 18 января 2013 (UTC)
      • Я что-нибудь такое напишу в текст статьи, чтобы стало более понятно. — Maksim Fomich 06:15, 18 января 2013 (UTC)
• Чисто оформительское: нечитаемый капслок надо переоформить, даже в сносках. "AZIDE-SPECIFIC LABELLING OF BIOMOLECULES BY STAUDINGER-BERTOZZI LIGATION: PHOSPHINE DERIVATIVES OF FLUORESCENT PROBES SUITABLE FOR SINGLE-MOLECULE FLUORESCENCE SPECTROSCOPY". --Pessimist 11:19, 18 января 2013 (UTC)
  • Сделано — Maksim Fomich 18:10, 18 января 2013 (UTC)

• Понимаю, что профессионалу трудно спуститься на уровень дилетанта, но тем не менее. Каждый профессор должен уметь объяснить семилетнему ребенку чем он занимается . В разделе Применение нужно объяснить зачем это вообще нужно. В народном, так сказать, хозяйстве. А не просто что !@#$% позволяет сделать &*^%. ВП:ПРОЩЕ. --Pessimist 20:11, 22 января 2013 (UTC)
  • Прочитав ВП:ПРОЩЕ, я сделал вывод, что пояснять дилетанту лучше в преамбуле, потому что до применения вряд ли кто долистает. Соответственно, я дописал абзац, посмотрите, пожалуйста, делает ли он предмет статьи понятнее. Ещё один вопрос: я должен наставить в него ссылок, чтобы не смахивало на орисс, или сойдёт отмазка, что в абзаце описаны общепояснительные вещи, которые источниками можно не подкреплять? — Maksim Fomich 19:11, 23 января 2013 (UTC)
    • В преамбуле — это как минимум. Да, ссылки лучше поставить чтобы «вахтёры» не придирались. --Pessimist 19:16, 23 января 2013 (UTC)
      • Сделано — Maksim Fomich 20:09, 23 января 2013 (UTC)

Ну, раз все замечания устранены — можно закрывать рецензию и выносить на ВП:КХС.--Pessimist 20:48, 23 января 2013 (UTC)

• Пора! --Sirozha.ru 04:31, 24 января 2013 (UTC)