Bacteroidetes

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Bacteroidetes
Bacteroides biacutis 01.jpg
Bacteroides biacutis
Научная классификация
Международное научное название

Bacteroidetes Krieg et al. 2012

Классы[1]

Bacteroidetes (лат.) — тип грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.

На настоящий момент наиболее изучены бактерии, принадлежащие к классу Bacteroidia, включающему род Bacteroides (организмы, многочисленные в экскрементах теплокровных животных, включая человека) и Porphyromonas (организмы, обитающие в ротовой полости человека).

Бактерии, входящие в род Bacteroides, являются оппортунистическими патогенами. Члены двух других классов редко являются причиной заболевания у человека.

Систематика[править | править вики-текст]

Тип Bacteroidetes иногда группируют вместе с Chlorobi, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, Caldithrix и Морской группой A в группу FCB или надтип[2]. По альтернативной системе классификации, предложенной Кавалир-Смитом, этот таксон помещается в класс типа Sphingobacteria.

Родство типов Bacteroidetes, Chlorobi и Fibrobacteres[править | править вики-текст]

Виды типов Bacteroidetes и Chlorobi располагаются очень близко на филогенетических деревьях, указывая на близкое родство. Используя сравнительный генетический анализ, были определены три белка, которые имеются только у типов Bacteroidetes и Chlorobi[2]. Также были обнаружены консервативные таксонспецифичные инделы, подтверждающие общее происхождение этих двух типов[2][3]. В дополнение к этому, было показано, что тип Fibrobacteres является родственным данным двум типам. Существование клады, состоящей из этих трёх типов хорошо подтверждается филогенетическим анализом, основанном на последовательности нескольких различных белков[3]. Эти типы ответвляются от филогенетического дерева примерно в одной и той же позиции[4]. И, наконец, наиболее весомыми доводами в пользу родственных связей являются два консервативных таксонспецифичных индела: в RpoC (бета-субъединице РНК полимеразы) и серин гидроксиметилтрансферазе, а также один специфичный белок PG00081, которые разделяют все бактерии из этих трёх типов[2][3].

Семейства[править | править вики-текст]

На май 2015 г. тип Bacteroidetes включает таксоны до семейства включительно[1]:

Геномика[править | править вики-текст]

Сравнительный генетический анализ привёл к идентификации 27 белков, присутствующих у большинства организмов типа Bacteroidetes. Из них один белок был найден во всех секвестрированных геномах, в то время как ещё два — во всех, кроме бактерий рода Bacteroides. Отсутствие этих двух белков в данном роде скорее всего является результатом селективной потери[2]. Кроме того, были найдены ещё четыре белка, присутствующие во всех видах Bacteroidetes кроме Cytophaga hutchinsonii (опять-таки благодаря выборочной потере генов). Ещё восемь белков присутствуют во всех секвестрированных геномах sequenced Bacteroidetes кроме Salinibacter ruber. Отсутствие этих белков может быть связано либо, опять-таки, с выборочной потерей, либо, поскольку S. ruber ответвляется от остального родословного дерева группы очень рано, эти белки могли появиться уже после отделения S. ruber. Был также найден консервативный таксонспецифичный индел (вставка или делеция) («сonserved signature indel», CSIs) для этой группы бактерий: делеция трёх аминокислот в шапероне ClpB присутствует во всех видах типа Bacteroidetes, кроме S. ruber. Эта делеция также найдена в одном из видов Chlorobi и одном виде архей, по всей видимости попав туда в результате горизонтального переноса генов. Эти 27 белков и делеция трёх аминокислот служат молекулярными маркерами для Bacteroidetes[2].

Филогения[править | править вики-текст]

Принятая на сегодняшний день таксономия основана на List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[5] и данным Национального центра биотехнологической информации (NCBI)[6]. Филогения основана на анализе последовательностей 16S рРНК в 'The All-Species Living Tree' Project[7].



?Bifissio spartinaeXin & Zhou 2001



?‘Candidatus Amoebophilus asiaticusHorn et al. 2001



?‘Candidatus Cardinium hertigiiZchori-Fein et al. 2004



?‘Candidatus Paenicardinium endoniiNoel and Atibalentja 2006



?Toxothrix trichogenes(Cholodny 1924) Beger 1953



?Venteria marinaBae 2005



Rhodothermaceae




Balneola-Gracilimonas clade



Cytophagales

Cytophagaceae 2





Bacteroidetes Order III incertae sedis [incl. Flexibacter species group 2]



Flammeovirgaceae 1





Microscilla clade [incl. Flexibacter species group 3]




Flammeovirgaceae 2 [incl. Ekhidna lutea]




Fulvivirga-Reichenbachiella clade




Cesiribacter-Marivirga clade




Cytophagaceae 1




Cytophagaceae 3




Cytophagaceae 4



Cyclobacteriaceae [incl. Litoribacter ruber & Rhodonellum psychrophilum]













Sphingobacteriaceae [incl. Flavobacterium mizutaii]





Saprospiraceae



Chitinophagaceae





Cryomorphaceae 1 [incl. Schleiferia thermophila]



Flavobacteriales

?‘Candidatus Sulcia muelleriMoran et al. 2005



?‘Candidatus Uzinura diaspidicolaGruwell et al. 2007



?Phaeocystidibacter luteus



?Salinirepens amamiensis



?Blattabacteriaceae



Cryomorphaceae 2



Flavobacteriaceae



Bacteroidales

?‘Candidatus Armantifilum devescovinaeDesai et al. 2010



?‘Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae



?‘Candidatus Symbiothrix dinenymphaeHongoh et al. 2007



?‘Candidatus Vestibaculum illigatumStingl et al. 2004



?Alkalitalea saponilacus



?Thermophagus xiamenensis



Rikenellaceae





Cytophaga fermentans Bachmann 1955



Marinifilum fragile Na et al. 2009






Sunxiuqinia elliptica Qu et al. 2011





Meniscus glaucopis Irgens 1977



Prolixibacter bellariavorans Holmes et al. 2007







Alkaliflexus imshenetskii Zhilina et al. 2005




Marinilabiliaceae 1




Marinilabiliaceae 2 [incl. Cytophaga xylanolytica]




Porphyromonadaceae 2




Porphyromonadaceae 1



Bacteroidaceae [incl. Prevotellaceae]

















Примечания к кладограмме:
♠ Штаммы найдены в Национальном центре биотехнологической информации, но не указаны в List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
♪ Прокариоты, у которых не выделены чистые культуры, т. e. не культивированы или не могут быть поддержаны в культуре более чем несколько пересевов

См. также[править | править вики-текст]

Примечания[править | править вики-текст]

  1. 1 2 LPSN: Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria)
  2. 1 2 3 4 5 6 Gupta, R. S. and Lorenzini, E. (2007). Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species" BMC Evolutionary Biology 7:71. DOI:10.1186/1471-2148-7-71
  3. 1 2 3 Gupta, R. S. (2004). The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes. Critical Reviews in Microbiology. 30:123-140. DOI:10.1080/10408410490435133
  4. Griffiths E, Gupta RS. (2001) The use of signature sequences in different proteins to determine the relative branching order of bacterial divisions: evidence that Fibrobacter diverged at a similar time to Chlamydia and the Cytophaga- Flavobacterium-Bacteroides division" Microbiology147:2611-22.
  5. J.P. Euzéby. Bacteroidetes. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[1]. Проверено 20 марта 2013. Архивировано 13 июня 2011 года.
  6. Sayers et al. Bacteroidetes. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database [2]. Проверено 20 марта 2013.
  7. 'The All-Species Living Tree' Project.16S rRNA-based LTP release 111 (full tree). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database [3]. Проверено 20 марта 2013.

Ссылки[править | править вики-текст]