Protein Data Bank

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск

Protein Data Bank, PDB — банк данных 3-D структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет.

PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии. Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит, в основном, первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.[1]

История[править | править вики-текст]

Protein Data Bank был создан обычными учёными.[1] В 1971 году, Уолтер Хэмилтон (англ. Walter Hamilton) в Национальной лаборатории Брукхавена (англ. Brookhaven National Laboratory)) создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году, PDB управлял Том Кэцтл (англ. Tom Koeztle). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман (англ. Joel Sussman).

В октябре 1998 года[2] Protein Data Bank был перенесён в Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман (англ. Helen M. Berman) из Университета Рутгерса.[3] В 2003 году, после образования wwPDB (англ. Worldwide Protein Data Bank), Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data Bank in Japan (PDBj) и Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB).

База данных[править | править вики-текст]

База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени, UTC, по средам). По состоянию на февраль 2015, база данных содержит:

Метод
исследования
Белки Нуклеиновые кислоты Комплексы белков
и нуклеиновых кислот
Другое Всего
Дифракция рентгеновских лучей 88692 1606 4386 4 94688
ЯМР 9501 1107 223 8 10839
Электронная микроскопия 532 29 171 0 732
Смешанный 68 3 2 1 74
Другое 161 4 6 13 184
Всего: 98954 2749 4788 26 106517
84262 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
8154 структуры имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями
1911 структур имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определенные химические сдвиги
707 структуры имеют файл с 3DEM картой

Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.

Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года, прирост несколько пригас.


Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.

Программное обеспечение[править | править вики-текст]

Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source, так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам.[4]

  • Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb

Примечания[править | править вики-текст]

  1. 1 2 Berman, H. M. (January 2008). «The Protein Data Bank: a historical perspective». Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88–95. DOI:10.1107/S0108767307035623.
  2. Berman, H. M.; et al. (January 2000). «The Protein Data Bank». Nucleic Acids Res. 28 (1): 235–242. DOI:10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235.
  3. RCSB PDB Newsletter Archive. RCSB Protein Data Bank. Архивировано из первоисточника 13 апреля 2012.
  4. см. en:Category:Molecular_modelling_software

Внешние ссылки[править | править вики-текст]