Протеом: различия между версиями
[отпатрулированная версия] | [отпатрулированная версия] |
Нет описания правки |
Sirozha (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
Строка 1: | Строка 1: | ||
'''Протеом''' |
'''Протеом''' — термин для обозначения всей совокупности [[белок|белков]] организма, производимых клеткой, тканью или организмом в определённый период времени. Или, более строго, это совокупность [[экспрессия генов|экспрессированных]] белков в данном типе [[клетка (биология)|клеток]] или в организме, в данный период времени при данных условиях. Термин является производным слова «протеин» (белок), аналогичным по происхождению слову «[[геном]]» (совокупность всех генов организма). |
||
Термин применялся к нескольким разным типам биологических систем. '' |
Термин применялся к нескольким разным типам биологических систем. ''Протеом клетки'' — совокупность белков, найденных в определённой клетке при определённых внешних условиях, как например под действием определенных гормон]]ов. ''Полный протеом'' организма — совокупный набор протеомов всех клеток. Термином «протеом» также обозначают набор белков субклеточного организма, например [[вирус]]а (вирусный протеом). |
||
Протеом, особенно у [[эукариота|эукариот]], больше, чем геном, то есть количество белков превышает количество [[ген]]ов. Это связано с [[альтернативный сплайсинг|альтернативным сплайсингом]], а также с [[посттрансляционная модификация|посттрансляционной модификацией]] белков, например, их [[гликозилирование]]м |
Протеом, особенно у [[эукариота|эукариот]], больше, чем геном, то есть количество белков превышает количество [[ген]]ов. Это связано с [[альтернативный сплайсинг|альтернативным сплайсингом]], а также с [[посттрансляционная модификация|посттрансляционной модификацией]] белков, например, их [[гликозилирование]]м и [[фосфорилирование]]м. |
||
В то время как геном определяется последовательностью [[нуклеотид]]ов, протеом не сводится к сумме последовательностей [[аминокислота|аминокислот]]. Протеом |
|||
включает в себя также пространственные структуры всех содержащихся в нём белков (см. [[Вторичная структура#Вторичная структура белка|вторичная структура белка]], [[Третичная структура#Третичная структура белков|третичная структура белков]]) и функционального взаимодействия между ними. |
|||
[[Протеомика]] |
[[Протеомика]] — наука о протеомах, развивалась в значительной степени путём разделения белков методом двумерного [[электрофорез белков|электрофореза]]. Первое измерение — разделение белков на основе их электрического заряда методом [[изоэлектрическое фокусирование|изоэлектрического фокусирования]]. Второе измерение — разделение белков на основе их молекулярного веса методом [[:en:SDS-PAGE]]. |
||
⚫ | |||
Дополнительную информацию о белках даёт [[масс-спектрометрия]]. [[:en:Peptide mass fingerprinting|Отпечатки пептидных масс]] - метод, позволяющий идентифицировать белок путём разделения его на короткие [[пептид]]ы и сравнения наблдаемых пептидных масс с [[:en:sequence database|базой данных последовательностей]]. Другой способ идентифицировать белок - [[:en:Tandem mass spectrometry|тандемная масс-спектрометрия]] (см. [[Масс-спектрометрия#Масс-анализатор|масс-анализатор]]), при которой индивидуальные пептиды изолируются, соударяются с [[молекула]]ми [[инертный газ|инертного газа]], а затем получившиеся [[ион]]ы фрагментов каталогизируются. |
|||
⚫ | Термин «протеом» предложил в [[1994 год]]у [[Австралия|австралийский]] генетик [[Уилкинс, Марк|Марк Уилкинс]]<ref>{{cite journal |last=Wilkins |first=Marc |authorlink= |year=2009|month=Dec. |title=Proteomics data mining |journal=[[Expert review of proteomics]] |volume=6 |issue=6 |pages=599–603 |publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606 |doi = 10.1586/epr.09.81 | bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote = }}</ref> на симпозиуме 2D Electrophoresis: from protein maps to genomes" в городе [[Сиена]], [[Италия]]. В печать термин появился в [[1995 год]]у<ref>{{cite journal| author=Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, Yan JX, Gooley AA, Wilkins MR, Duncan MW, Harris R, Williams KL, Humphery-Smith I.| journal=Electrophoresis| year=1995| title= Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium| pmid = 7498152| volume=7| pages=1090–94| issue=7| doi=10.1002/elps.11501601185}}</ref> в публикации части кандидатской диссертации Уилкинса. |
||
⚫ | |||
⚫ | |||
Термин "протеом" предложил в 1994 году [[Австралия|австралийский]] генетик [[Уилкинс, Марк|Марк Уилкинс]] <ref>{{cite journal |
|||
|last=Wilkins |
|||
|first=Marc |
|||
|authorlink= |
|||
|year=2009|month=Dec. |
|||
|title=Proteomics data mining |
|||
|journal=[[Expert review of proteomics]] |
|||
|volume=6 |
|||
|issue=6 |
|||
|pages=599–603 |
|||
|publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606 |
|||
|doi = 10.1586/epr.09.81 |
|||
| bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote = |
|||
⚫ | |||
⚫ | |||
== См. также == |
== См. также == |
||
* [[Протеомика]] |
* [[Протеомика]] |
||
* [[:en:Metabolome]] |
|||
* [[:en:Cytome]] |
|||
* [[Биоинформатика]] |
|||
* [[:en:List of omics topics in biology]] |
|||
* [[:en:Plant Proteome Database]] |
|||
* [[Транскриптом]] |
* [[Транскриптом]] |
||
==Ссылки== |
== Ссылки == |
||
{{примечания}} |
|||
{{Reflist}} |
|||
== Ссылки == |
|||
== Внешние ссылки == |
|||
* [http://bioinformatics.oupjournals.org/ Bioinformatics Journal] |
* [http://bioinformatics.oupjournals.org/ Bioinformatics Journal] |
||
* Базы данных: PIR | Swissprot | Pfam |
* Базы данных: PIR | Swissprot | Pfam |
Версия от 12:50, 3 сентября 2013
Протеом — термин для обозначения всей совокупности белков организма, производимых клеткой, тканью или организмом в определённый период времени. Или, более строго, это совокупность экспрессированных белков в данном типе клеток или в организме, в данный период времени при данных условиях. Термин является производным слова «протеин» (белок), аналогичным по происхождению слову «геном» (совокупность всех генов организма).
Термин применялся к нескольким разным типам биологических систем. Протеом клетки — совокупность белков, найденных в определённой клетке при определённых внешних условиях, как например под действием определенных гормон]]ов. Полный протеом организма — совокупный набор протеомов всех клеток. Термином «протеом» также обозначают набор белков субклеточного организма, например вируса (вирусный протеом).
Протеом, особенно у эукариот, больше, чем геном, то есть количество белков превышает количество генов. Это связано с альтернативным сплайсингом, а также с посттрансляционной модификацией белков, например, их гликозилированием и фосфорилированием.
В то время как геном определяется последовательностью нуклеотидов, протеом не сводится к сумме последовательностей аминокислот. Протеом включает в себя также пространственные структуры всех содержащихся в нём белков (см. вторичная структура белка, третичная структура белков) и функционального взаимодействия между ними.
Протеомика — наука о протеомах, развивалась в значительной степени путём разделения белков методом двумерного электрофореза. Первое измерение — разделение белков на основе их электрического заряда методом изоэлектрического фокусирования. Второе измерение — разделение белков на основе их молекулярного веса методом en:SDS-PAGE.
История
Термин «протеом» предложил в 1994 году австралийский генетик Марк Уилкинс[1] на симпозиуме 2D Electrophoresis: from protein maps to genomes" в городе Сиена, Италия. В печать термин появился в 1995 году[2] в публикации части кандидатской диссертации Уилкинса.
Исследование протеома — крупный международный научный проект. В 2001 году для работы над ним была создана международная Организация протеома человека (англ. Human Proteome Organization/HUPO). Особое внимание участников проекта вызывают белки крови, печени и головного мозга.
См. также
Ссылки
- ↑ Wilkins, Marc (2009). "Proteomics data mining". Expert review of proteomics. 6 (6). England: 599—603. doi:10.1586/epr.09.81. PMID 19929606.
{{cite journal}}
: Неизвестный параметр|month=
игнорируется (справка); Шаблон цитирования имеет пустые неизвестные параметры:|laydate=
,|laysummary=
, and|laysource=
(справка) - ↑ Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, Yan JX, Gooley AA, Wilkins MR, Duncan MW, Harris R, Williams KL, Humphery-Smith I. (1995). "Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium". Electrophoresis. 7 (7): 1090—94. doi:10.1002/elps.11501601185. PMID 7498152.
{{cite journal}}
: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
Ссылки
- Bioinformatics Journal
- Базы данных: PIR | Swissprot | Pfam