Методы секвенирования нового поколения: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Строка 97: Строка 97:
== Применение секвенирования нового поколения ==
== Применение секвенирования нового поколения ==
Быстрота и дешевизна методов NGS, недоступная ранее, спровоцировала бум в индустрии геномных исследований. Благодаря NGS появилась возможность делать ранее технически недоступные эксперименты<ref>{{cite web|url=http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n10/full/nbt1486.html|title=Next-generation DNA sequencing : Article : Nature Biotechnology|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQVy3pa?url=http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n10/full/nbt1486.html|archivedate=2013-05-17|deadlink=no}}</ref><ref>{{cite web|url=http://mend.endojournals.org/content/early/2012/08/27/me.2012-1150?cited-by=yes&legid=mend;me.2012-1150v1|title=Minireview: Applications of Next-Generation Sequencing on Studies of Nuclear Receptor Regulation and Function|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQXnHUf?url=http://mend.endojournals.org/content/early/2012/08/27/me.2012-1150?cited-by=yes|archivedate=2013-05-17|deadlink=yes}}</ref><ref>{{cite web|url=http://ps.fass.org/content/92/2/562.short|title=Next-generation sequencing: The future of molecular genetics in poultry production and food safety|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQYRyg5?url=http://ps.fass.org/content/92/2/562.short|archivedate=2013-05-17|deadlink=yes}}</ref>.
Быстрота и дешевизна методов NGS, недоступная ранее, спровоцировала бум в индустрии геномных исследований. Благодаря NGS появилась возможность делать ранее технически недоступные эксперименты<ref>{{cite web|url=http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n10/full/nbt1486.html|title=Next-generation DNA sequencing : Article : Nature Biotechnology|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQVy3pa?url=http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n10/full/nbt1486.html|archivedate=2013-05-17|deadlink=no}}</ref><ref>{{cite web|url=http://mend.endojournals.org/content/early/2012/08/27/me.2012-1150?cited-by=yes&legid=mend;me.2012-1150v1|title=Minireview: Applications of Next-Generation Sequencing on Studies of Nuclear Receptor Regulation and Function|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQXnHUf?url=http://mend.endojournals.org/content/early/2012/08/27/me.2012-1150?cited-by=yes|archivedate=2013-05-17|deadlink=yes}}</ref><ref>{{cite web|url=http://ps.fass.org/content/92/2/562.short|title=Next-generation sequencing: The future of molecular genetics in poultry production and food safety|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQYRyg5?url=http://ps.fass.org/content/92/2/562.short|archivedate=2013-05-17|deadlink=yes}}</ref>.

=== ChiP-seq ===
⚫
{{main|ChIP-seq|Определение конформации хромосом|DNase-Seq|ChIA-PET}}
⚫
Использование NGS позволило определять места связывания белков с ДНК ([[ChIP-seq]]), взаимодействующие участки ДНК ([[Определение конформации хромосом]]) и участки [[Открытый хроматин|открытого хроматина]] на протяжении всего генома.

⚫
Удешевление и распространение NGS позволяет осуществлять проекты [[ENCODE]] и modENCODE.

ChiP-seq испольуется для картирования сайтов связывания ДНК-связывающих белков<ref>{{Статья|ссылка=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24244136|автор=Timothy Bailey, Pawel Krajewski, Istvan Ladunga, Celine Lefebvre, Qunhua Li|заглавие=Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data|год=2013|издание=PLoS computational biology|том=9|выпуск=11|страницы=e1003326|issn=1553-7358|doi=10.1371/journal.pcbi.1003326}}</ref>, что раньше достигалось методов иммунопреципитации хроматина и гибридизации на [[:en:ChIP-on-chip|микрочипах]].


=== Геномный анализ ===
=== Геномный анализ ===
Строка 103: Строка 111:
=== Направленное пересеквенирование геномов ===
=== Направленное пересеквенирование геномов ===
Секвенирование определенных регионов в геномах используется для выявления [[полиморфизм (биология)|полиморфизмов]] (в частности [[Однонуклеотидный полиморфизм|однонуклеотидных полиморфизмов]]) и мутаций в генах, задействованных в развитии опухолевых и других заболеваний. Примером одной из таких широкомасштабных работ может служить проект 1000 геномов.
Секвенирование определенных регионов в геномах используется для выявления [[полиморфизм (биология)|полиморфизмов]] (в частности [[Однонуклеотидный полиморфизм|однонуклеотидных полиморфизмов]]) и мутаций в генах, задействованных в развитии опухолевых и других заболеваний. Примером одной из таких широкомасштабных работ может служить проект 1000 геномов.

=== Применение в сочетании с другими методами ===
⚫
{{main|ChIP-seq|Определение конформации хромосом|DNase-Seq|ChIA-PET}}
⚫
Использование NGS позволило определять места связывания белков с ДНК ([[ChIP-seq]]), взаимодействующие участки ДНК ([[Определение конформации хромосом]]) и участки [[Открытый хроматин|открытого хроматина]] на протяжении всего генома.

⚫
Удешевление и распространение NGS позволяет осуществлять проекты [[ENCODE]] и modENCODE.


=== Метагеномика ===
=== Метагеномика ===
Строка 117: Строка 119:
{{main|Секвенирование РНК}}
{{main|Секвенирование РНК}}
На основе NGS создан новый подход [[Секвенирование РНК|РНК-секвенирования]] (RNA-seq)<ref>{{cite web|url=http://www.nature.com/nrg/journal/v11/n1/abs/nrg2626.html|title=Sequencing technologies — the next generation|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQZ3yAX?url=http://www.nature.com/nrg/journal/v11/n1/abs/nrg2626.html|archivedate=2013-05-17|deadlink=no}}</ref> для картирования и подсчёта транскриптов в биологических образцах. У этого метода есть преимущества над используемым ранее методом [[ДНК-микрочип]]ов. Например, ДНК-чипы зависят от перекрытия геномных последовательностей, в то время как RNA-seq позволяет охарактеризовать [[транскрипция (биология)|транскрипцию]] без предварительного знания места начала транскрипции.
На основе NGS создан новый подход [[Секвенирование РНК|РНК-секвенирования]] (RNA-seq)<ref>{{cite web|url=http://www.nature.com/nrg/journal/v11/n1/abs/nrg2626.html|title=Sequencing technologies — the next generation|accessdate=2013-05-01|archiveurl=https://www.webcitation.org/6GgQZ3yAX?url=http://www.nature.com/nrg/journal/v11/n1/abs/nrg2626.html|archivedate=2013-05-17|deadlink=no}}</ref> для картирования и подсчёта транскриптов в биологических образцах. У этого метода есть преимущества над используемым ранее методом [[ДНК-микрочип]]ов. Например, ДНК-чипы зависят от перекрытия геномных последовательностей, в то время как RNA-seq позволяет охарактеризовать [[транскрипция (биология)|транскрипцию]] без предварительного знания места начала транскрипции.

=== Картирование ДНК-связывающих белков и анализ хроматина ===
Идентификация регуляторных белков, ассоциированных с геномами, было значительно ускорено с помощью введения в лабораторную практику иммунопреципитации хроматина и гибридизации на [[:en:ChIP-on-chip|микрочипах]].


=== Перспективы применения секвенирования в медицине ===
=== Перспективы применения секвенирования в медицине ===

Версия от 14:25, 22 апреля 2020

Секвенирование нового поколения (СНП, англ. next generation sequencing, NGS) — техника определения нуклеотидной последовательности ДНК и РНК для получения формального описания её первичной структуры. Технология методов секвенирования нового поколения позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома, что является главным отличием от более ранних методов секвенирования. СНП осуществляется с помощью повторяющихся циклов удлинения цепи, индуцированного полимеразой, или многократного лигирования олигонуклеотидов. В ходе СНП могут генерироваться до сотен мегабаз и гигабаз нуклеотидных последовательностей за один рабочий цикл.[1]

История секвенирования

Первая концепция секвенирования была предложена Сэнгером в 1977 году[2]. Технология получила название «метод обрыва цепи». В том же году Максам и Гилберт предложили альтернативный метод, получивший название «метод химической деградации» - в его основе лежит расщепление меченого по одному концу фрагмента ДНК под действием специфических реагентов. Определение нуклеотидной последовательности проводится методом электрофореза в полиакриламидном геле с последующей авторадиографией.[3] Необходимость в массовом, качественном и быстром секвенировании стимулировала многочисленные модификации и всевозможные улучшения этих методов. В той или иной степени изменениям подверглись практически все составляющие этого процесса. Переломной точкой развития технологии стало появление ПЦР и автоматизация основных этапов «чтения» ДНК, давшие начало методам секвенирования следующего поколения. Платформы для методов нового поколения основываются на распараллеливании процесса «чтения» ДНК, и таким образом за один прогон работы секвенатора можно определить первичные структуры нескольких участков генома. Секвенаторы нового поколения стали значительно дешевле и гораздо эффективнее своих предшественников. На сегодняшний день производительность некоторых секвенаторов измеряется уже сотнями миллиардов пар оснований, что, например, позволяет подобным приборам сканировать индивидуальный геном человека всего за несколько дней.

Основные принципы всех методов

Секвенатор нового поколения Illumina HiSeq 2500.

Все основные принципы работы технологий NGS базируются на массовом одновременном секвенировании ДНК путем синтеза. Полученные данные используются для восстановления нуклеотидной последовательности или, как для технологии SOLiD, динуклеотидных «цветов». Несмотря на разные методы получения копий (амплификация) участков генома и на техническую разницу дифференциации различных нуклеотидов в прочтённых последовательностях, общая схема работы для всех секвенаторов одна. Первый этап секвенирования — создание библиотеки случайных последовательностей ДНК, которые можно будет сшить с общедоступными адаптерными последовательностями. Второй этап — создание ампликонов с помощью ПЦР, которые будут использованы как образцы. Третий этап — определение первичной структуры всех фрагментов.[4]

Методы

Сравнение различных методов NGS[5][6][7]
метод принцип масимальная длина прочтения, пар оснований стоимость секвенирования 1 млн пар оснований стоимость секвенатора время работы за цикл количество прочтений за цикл преимущества недостатки
454 Life Sciences пиросеквенирование и люцифераза 400 10$ 500 000$ 7 часов 1 000 000 длина прочтённых геномных участков; скорость стоимость; погрешность
Illumina-SOLEXA нуклеотиды с флюорофором и снимаемыми терминаторами 300 0,05—0,15$ 7 500 500$ (MiSeq) -

150 000 000$ (HiSeq)

1-3 дня до 3 000 000 000 эффективность, стоимость скорость
SOLiD лигирование олигонуклеотидных зондов с флюорофором 35—50 0,13$ 595 000$ 9 дней 1 300 000 000 стоимость скорость
Helicos нуклеотиды с флюорофором и снимаемыми терминаторами 2900 2$ 1 час 35 000—75 000 длина прочтённых геномных участков; скорость низкая производительность при желаемой малой погрешности; стоимость
IonTorrent изменение pH по ходу репликации 600 1$ 50 000$ до 5 000 000 стоимость; скорость погрешность
PacBio Sequel [8] нуклеотиды с флюорофором 20 000 2$ 600 000$ 30 часов До 500 000 длина прочтений, точность количество материала, цена
MinION Mk1C[9][10] изменение силы тока по мере прохождения цепи через нанопору длина всей НК, до 2 000 000 0,47-0,90$ 14 500$ 1 мин - 2 суток - длина прочтений, стоимость, отсутствие амплификации и сложных химических превращений погрешность

В связи со стремительным развитием методов секвенирования, параметры методов, такие как стоимость секвенаторов и их работы, время и длины прочтённых участков, могут меняться. Актуальная информация доступна в современных источниках.[11][12]

Массивно-параллельное опознавательное секвенирование (MPSS)

Массивно-параллельное опознавательное секвенирование (англ. massively parallel signature sequencing, MPSS) - одна из первых технологий NGS, которая была разработана в 1990-х компанией Lynx Therapeutics для секвенирования мРНК транскриптов и оценки генной экспрессии, основываясь на индивидуальных уровнях мРНК в отдельной клетке.[13] В методе MPSS транскрипты захватываются на отдельных микрогранулах с матрицей ДНК; мРНК прочитываются гибридизацией с флуоресцентной меткой, а затем удаляются, и так несколько раз подряд. В результате получаются последовательности длиной от 17 до 20 пар оснований (п.о.). Количество транскриптов, показывающих уровень экспрессии, определяется числом транскриптов на миллион молекул. Данный метод не требует идентификации генов перед началом анализа, а его чувствительность - несколько молекул мРНК на клетку.[14]

Развитие методов NGS.

Roche/454 Life Sciences

Основная статья: Пиросеквенирование

Первая эффективно используемая на коммерческой основе платформа NGS. Компания 454 Life Sciences основана в 2000 году Джонатаном Ротбергом (в производство запущена в 2005 году). Данная технология представляет собой последовательный синтез методов эмульсионного ПЦР и пиросеквенирования.[15]

Амплификация ДНК проходит в каплях воды в масляной эмульсии. В каждой капле воды находится одноцепочечная матрица ДНК, связанная с праймером на бусинке. Далее, каждая бусина помещается на чип, представляющий собой оптическое волокно. Туда же помещаются необходимые для секвенирования ферменты: ДНК-полимераза, люцифераза, АТФ-сульфурилаза[англ.]. В последней сборке реакция секвенирования идет в ячейках объемом 3,4·106 пкл, на стенках которых есть специальное металлическое покрытие, нивелирующее шум.

Illumina/Solexa

Основная статья: Illumina/Solexa method

Авторы метода — британские химики Шанкар Баласубраманиан и Дэвид Кленерман. Этот метод[16] секвенирования использует прикреплённые к микросферам единичные молекулы ДНК. В 2006 году была запущена Solexa Genome Analyzer 1G, первая платформа, генерирующая короткие участки генома. После её приобретения компанией Illumina Genome Analyzer использует оптически прозрачные ячейки с 8 индивидуальными поверхностями, где связываются олигонуклеотиды. В отличие от пиросеквенирования удлинение последовательности происходит постепенно, что позволяет за раз с помощью камеры снимать большие ДНК-чипы.

Applied Biosystems/SOLiD

Основная статья: SOLiD

Платформа SOLiD (Supported Oligonucleotide Ligation and Detection System 2.0), разработанная Applied Biosystems — технология секвенирования коротких чтений, основанная на лигировании. Метод был предложен в лаборатории Джорджа Черча и опубликован в 2005 году. Суть метода заключается в определении нуклеотидной последовательности небольших фрагментов (25–75 п.о.) геномной ДНК; к обоим концам предварительно фрагментированной ДНК лигируют адаптеры, необходимые для эмульсионной ПЦР на магнитных шариках и последующего секвенирования на проточной ячейке.

Полони-секвенирование

Основная статья: Полони-секвенирование

Технология NGS без электрофоретического разделения, позволяющая прочитывать миллионы коротких иммобилизованных последовательностей ДНК. Основная идея метода - генерация большого числа уникальных 'полоний' (молекулярных колоний, сгенерированных полимеразой), которые секвенируются в случайном порядке. Полони-секвенирование проводится для библиотеки парных концевых тэгов (paired-end tags): каждая молекула ДНК имеет длину 135 пар оснований (п.о.), содержит два тэга длиной 17-18 п.о., разделённых и фланкированных общей последовательностью. Текущая длина прочтения для этой методики составляет 26 п.о. для ампликона и 13 п.о. для тэга (на каждом тэге остается непрочитанный зазор 4-5 п.о.).[17][18]

Одномолекулярное секвенирование Helicos Biosciences

Основная статья: Helicos Biosciences

Первый метод секвенирования единичных молекул, разработанный HeliScope (Helicos BioSciences) имеет производительность около 1Gb/день. Принцип работы: после клональной амплификации образца происходит фрагментация ДНК с последующим полиаденилированием на 3'-конце с дальнейшим секвенированием, чередующимся с промыванием образцов нуклеотидами с флуоресцентной меткой.

DNA nanoball sequencing

Создание наношариков и их прикрепление на субстрат

В данном методе в секвенируемый фрагмент ДНК последовательно вносятся 4 адаптера, благодаря которым в ходе дальнейшей репликации Phi29 ДНК-полимеразой[англ.] (rolling circle replication) синтезируемая молекула ДНК сворачивается в ДНК-наношарики. Затем, наношарики наносятся на субстрат, имеющий многочисленные поля размером ~300 нм для связывания ДНК, организованные в виде решетки.[19] Организация этих полей позволяет уместить больше ДНК на субстрат и увеличить плотность информации в изображении по сравнению со случайным нанесением ДНК на субстрат (например, как в полони-секвенировании).

cPAL

Combinatorial probe anchor ligation - комбинированный метод секвенирования, использующий комбинацию гибридизации и лигирования пула зондов. Каждый зонд состоит из девяти оснований, которые вырождены (т.е. могут быть любыми из четырех) во всех, кроме одной позиции, которую собираются прочитать. Интересующая позиция помечена одним из четырех красителей, соответствующие каждому азотистому основанию. На матрицу гибридизируют якорную последовательность, комплементарную адаптеру и зонды. Зонды, гибридизованные напротив одного из концов якорной последовательности, затем лигируются. После гибридизации и лигирования избыток зондов смывают и снимают изображение. Затем смывают весь якорно-зондовый комплекс и процесс повторяют, используя зонды для других позиций. После считывания 5 смежных оснований процесс повторяется с использованием якорей с пятью дополнительными вырожденными основаниями, что позволяет секвенировать до 10 оснований с каждой стороны адаптера. В общей сложности секвенируется прочтение в 70 оснований из исходного фрагмента, по 35 оснований на каждом конце адаптера[19]. Из-за расстояния между адаптерами эти последовательности в 35 оснований не являются смежными, поскольку они содержат гэп в два основания и гэп в пять оснований.

Ion Torrent Sequencing

Основная статья: Ion semiconductor sequencing

Метод основан на связи между химической и цифровой информацией; эта технология также называется рН-индуцированным секвенированием. Процесс основан на детекции протонов, которые получаются при синтезе цепи ДНК как побочный продукт. Как следствие, рН раствора меняется, что и можно детектировать.

Платформа Ion Torrent отличается от остальных технологий секвенирования тем, что в ней не используются модифицированные нуклеотиды и оптические методы. Метод Ion Torrent позволяет исследовать транскриптомы, малые РНК, проводить ChIP-seq. Более того, с его помощью можно изучать геномы микробных сообществ.

Изображение процесса генерации электрического сигнала во время прохождения молекулы ДНК через нанопору в методе нанопорового секвенирования.

Одномолекулярное секвенирование в реальном времени Pacific Biosciences

Основная статья: Одномолекулярное секвенирование в реальном времени

Появление метода одномолекулярного секвенирования в реальном времени (англ. Single molecule real time sequencing, SMRT) дало возможность наблюдать за работой ДНК-полимеразы, наращивающей синтезируемую цепь, в реальном времени. Суть метода заключается в определении нуклеотидной последовательности фрагментов геномной ДНК с лигированными к их концам специфическими ДНК-адаптерами, необходимыми для последующего секвенирования. Смысл SMRT-секвенирования схож с описанными ранее методами NGS — ДНК-полимераза достраивает вторую цепь исследуемой молекулы ДНК, используя нуклеотиды, меченные различными флуоресцентными метками, которые регистрируют при помощи конфокальной микроскопии.

Нанопоровое секвенирование

Основная статья: Нанопоровое секвенирование

Метод основан на измерении тока ионов через единичную нанопору в непроводящей мембране. При прохождении через эту пору нуклеотидов ток падает. Время, на которое изменяется ток ионов, и величина этого падения зависят от того, какой нуклеотид в данный момент находится внутри поры.

Применение секвенирования нового поколения

Быстрота и дешевизна методов NGS, недоступная ранее, спровоцировала бум в индустрии геномных исследований. Благодаря NGS появилась возможность делать ранее технически недоступные эксперименты[20][21][22].

ChiP-seq

Основные статьи: ChIP-seq, Определение конформации хромосом, DNase-Seq и ChIA-PET

Использование NGS позволило определять места связывания белков с ДНК (ChIP-seq), взаимодействующие участки ДНК (Определение конформации хромосом) и участки открытого хроматина на протяжении всего генома.

Удешевление и распространение NGS позволяет осуществлять проекты ENCODE и modENCODE.

ChiP-seq испольуется для картирования сайтов связывания ДНК-связывающих белков[23], что раньше достигалось методов иммунопреципитации хроматина и гибридизации на микрочипах.

Геномный анализ

Стали доступны геномы разных по сложности живых систем от микроорганизмов до человека, включая геном цитогенетически находящихся в норме клеток миелоидной лейкемии. Увеличение длины чтений ускорило сборку целых геномов.

Направленное пересеквенирование геномов

Секвенирование определенных регионов в геномах используется для выявления полиморфизмов (в частности однонуклеотидных полиморфизмов) и мутаций в генах, задействованных в развитии опухолевых и других заболеваний. Примером одной из таких широкомасштабных работ может служить проект 1000 геномов.

Метагеномика

Основная статья: Метагеномика

NGS широко используется в исследованиях разнообразия микроорганизмов в различных образцах (например, микробные популяции в океане и почве, идентификация новых вирусов в органах, подлежащих трансплантации, описание характерной для ЖКТ микрофлоры и т. д.)

Секвенирование транскриптома

Основная статья: Секвенирование РНК

На основе NGS создан новый подход РНК-секвенирования (RNA-seq)[24] для картирования и подсчёта транскриптов в биологических образцах. У этого метода есть преимущества над используемым ранее методом ДНК-микрочипов. Например, ДНК-чипы зависят от перекрытия геномных последовательностей, в то время как RNA-seq позволяет охарактеризовать транскрипцию без предварительного знания места начала транскрипции.

Перспективы применения секвенирования в медицине

В недалеком будущем технологии секвенирования станут более быстрыми и менее дорогими, что позволит использовать их для идентификации мишеней для лекарственной терапии онкологических больных. Уже в 2013 году анализ по технологии секвенирования следующего поколения от момента биопсии до завершения NGS занимал менее 100 дней. Столько же времени занимает секвенирование всего генома (whole genome sequencing, WGS) и секвенирование всего транскриптома (whole transcriptome sequencing, WTS)[25].

См. также

Примечания

  1. ↑ Voelkerding Kv, Dames Sa, Durtschi Jd. Next-generation Sequencing: From Basic Research to Diagnostics (англ.). Clinical chemistry (2009 Apr). Дата обращения: 19 апреля 2020.
  2. ↑ Next-generation DNA sequencing techniques. N Biotechnol. 2009 - PubMed - NCBI. Дата обращения: 1 мая 2013.
  3. ↑ Maxam–Gilbert sequencing (англ.) // Wikipedia. — 2019-09-13.
  4. ↑ T. Rajesh, M. Jaya. 7 - Next-Generation Sequencing Methods (англ.) // Current Developments in Biotechnology and Bioengineering / Paramasamy Gunasekaran, Santosh Noronha, Ashok Pandey. — Elsevier, 2017-01-01. — P. 143–158. — ISBN 978-0-444-63667-6.
  5. ↑ Quail M. A., Smith M., Coupland P., Otto T. D., Harris S. R., Connor T. R., Bertoni A., Swerdlow H. P., Gu Y. A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion torrent, pacific biosciences and illumina MiSeq sequencers (англ.) // BMC Genomics[англ.] : journal. — 2012. — 1 January (vol. 13, no. 1). — P. 341. — doi:10.1186/1471-2164-13-341. — PMID 22827831. — PMC 3431227.публикация в открытом доступе
  6. ↑ Liu L., Li Y., Li S., Hu N., He Y., Pong R., Lin D., Lu L., Law M. Comparison of Next-Generation Sequencing Systems (англ.) // Journal of Biomedicine and Biotechnology[англ.] : journal. — Hindawi Publishing Corporation, 2012. — 1 January (vol. 2012). — P. 1—11. — doi:10.1155/2012/251364. — PMID 22829749.публикация в открытом доступе
  7. ↑ Marina Barba, Henryk Czosnek, Ahmed Hadidi. Historical Perspective, Development and Applications of Next-Generation Sequencing in Plant Virology (англ.) // Viruses. — 2014-01-06. — Vol. 6, iss. 1. — P. 106–136. — ISSN 1999-4915. — doi:10.3390/v6010106.
  8. ↑ PacBio Sequel Systems. www.pacb.com. Дата обращения: 19 апреля 2020.
  9. ↑ Product comparison (англ.). Oxford Nanopore Technologies. Дата обращения: 19 апреля 2020.
  10. ↑ Daniel Branton, David W Deamer, Andre Marziali, Hagan Bayley, Steven A Benner. The potential and challenges of nanopore sequencing // Nature biotechnology. — 2008-10. — Т. 26, вып. 10. — С. 1146–1153. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/nbt.1495.
  11. ↑ Comparison of Next-Generation Sequencing Systems. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано 17 мая 2013 года.
  12. ↑ An Error Occurred Setting Your User Cookie. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано 17 мая 2013 года.
  13. ↑ Massively parallel signature sequencing (англ.) // Wikipedia. — 2020-04-11.
  14. ↑ S. Brenner, M. Johnson, J. Bridgham, G. Golda, D. H. Lloyd. Gene expression analysis by massively parallel signature sequencing (MPSS) on microbead arrays // Nature Biotechnology. — 2000-06. — Т. 18, вып. 6. — С. 630–634. — ISSN 1087-0156. — doi:10.1038/76469.
  15. ↑ 454 Life Sciences (англ.) // Wikipedia. — 2020-04-14.
  16. ↑ http://www.illumina.com/Documents/products/Illumina_Sequencing_Introduction.pdf
  17. ↑ Robi D. Mitra, Jay Shendure, Jerzy Olejnik, null Edyta-Krzymanska-Olejnik, George M. Church. Fluorescent in situ sequencing on polymerase colonies // Analytical Biochemistry. — 2003-09-01. — Т. 320, вып. 1. — С. 55–65. — ISSN 0003-2697. — doi:10.1016/s0003-2697(03)00291-4.
  18. ↑ Jay Shendure, Gregory J. Porreca, Nikos B. Reppas, Xiaoxia Lin, John P. McCutcheon. Accurate multiplex polony sequencing of an evolved bacterial genome // Science (New York, N.Y.). — 2005-09-09. — Т. 309, вып. 5741. — С. 1728–1732. — ISSN 1095-9203. — doi:10.1126/science.1117389.
  19. ↑ 1 2 R. Drmanac, A. B. Sparks, M. J. Callow, A. L. Halpern, N. L. Burns. Human Genome Sequencing Using Unchained Base Reads on Self-Assembling DNA Nanoarrays (англ.) // Science. — 2010-01-01. — Vol. 327, iss. 5961. — P. 78–81. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.1181498.
  20. ↑ Next-generation DNA sequencing : Article : Nature Biotechnology. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано 17 мая 2013 года.
  21. ↑ Minireview: Applications of Next-Generation Sequencing on Studies of Nuclear Receptor Regulation and Function. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано из оригинала 17 мая 2013 года.
  22. ↑ Next-generation sequencing: The future of molecular genetics in poultry production and food safety. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано из оригинала 17 мая 2013 года.
  23. ↑ Timothy Bailey, Pawel Krajewski, Istvan Ladunga, Celine Lefebvre, Qunhua Li. Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data // PLoS computational biology. — 2013. — Т. 9, вып. 11. — С. e1003326. — ISSN 1553-7358. — doi:10.1371/journal.pcbi.1003326.
  24. ↑ Sequencing technologies — the next generation. Дата обращения: 1 мая 2013. Архивировано 17 мая 2013 года.
  25. ↑ Weiss G. J., Liang W. S., Demeure M. J., Kiefer J. A., Hostetter G. et al. (2013) A Pilot Study Using Next-Generation Sequencing in Advanced Cancers: Feasibility and Challenges. PLoS ONE 8(10): e76438. doi:10.1371/journal.pone.0076438

Литература

  • G. A. Pavlopoulos, A. Oulas, E. Iacucci, et al. (2013) Unraveling genomic variation from next generation sequencing data. BioData Mining, 6:13 doi:10.1186/1756-0381-6-13.
  • Next-Generation DNA Sequencing Informatics by Stuart Brown, Cold Spring Harbor, 2013.
  • Ребриков Д.В., Коростин Д.О., Шубина Е.С., Ильинский В.В. NGS. Высокопроизводительное секвенирование. — М.: Бином 2014. — 232 с. — ISBN 978-5-9963-1784-4
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Методы_секвенирования_нового_поколения&oldid=106515893