Пангеном: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Строка 11: Строка 11:
В современной биоинформатике большое значение играют эталонные референсные геномы. Они служат основой в исследованиях по функциональной геномике и при изучении генетического разнообразия путем ресеквенирования. Парадигма единственного референсного генома приобрела большую популярность благодаря простоте работы и визуализации: в большинстве геномных браузеров референсные геномы представлены в виде линейных последовательностей. Недостаток этого подхода заключается в том, что в условиях все растущего числа секвенированных геномов единственный референсный геном не отражает всю полноту информации о сходстве, разнообразии, частоте и функциональном содержании геномов вида. Это послужило предпосылкой для переосмысления понятия референсного генома вида.
В современной биоинформатике большое значение играют эталонные референсные геномы. Они служат основой в исследованиях по функциональной геномике и при изучении генетического разнообразия путем ресеквенирования. Парадигма единственного референсного генома приобрела большую популярность благодаря простоте работы и визуализации: в большинстве геномных браузеров референсные геномы представлены в виде линейных последовательностей. Недостаток этого подхода заключается в том, что в условиях все растущего числа секвенированных геномов единственный референсный геном не отражает всю полноту информации о сходстве, разнообразии, частоте и функциональном содержании геномов вида. Это послужило предпосылкой для переосмысления понятия референсного генома вида.


Одна из идей заключается в том, чтобы использовать вместо одной последовательности референсного генома пангеном, который содержал бы информацию обо всем генетическом содержании вида, включая вариации в последовательностях за пределами генов. Есть даже предложения о создании пангенома человека <ref>{{Cite news|title=Scientists Look to Reboot Human Genome Map|first=Antonio|last=Regalado|url=https://www.technologyreview.com/s/537916/rebooting-the-human-genome/|work=MIT Technology Review|accessdate=2018-04-06|language=en}}</ref>. Развитие этой концепции сопряжено с рядом технических трудностей, так как, несмотря на большое количество пангеномных исследований, анализ в них осуществлен помощью разных подходов. Более того, для многих биологических задач до сих пор не выяснено, как наилучшим образом извлекать информацию из отдельных пангеномов. Для решения задач подобного характера сформировалась дисциплина '''вычислительная пангеномика'''. <ref>{{Статья|автор=Marschall, Tobias, Marz, Manja, Abeel, Thomas, Dijkstra, Louis, Dutilh, Bas E|заглавие=Computational pan-genomics: status, promises and challenges|ссылка=https://academic.oup.com/bib/article/19/1/118/2566735|язык=en|издание=Briefings in Bioinformatics|год=2018-01-01|том=19|выпуск=1|issn=1467-5463|doi=10.1093/bib/bbw089}}</ref>
Одна из идей заключается в том, чтобы использовать вместо одной последовательности референсного генома пангеном, который содержал бы информацию обо всем генетическом содержании вида, включая вариации в последовательностях за пределами генов. Есть даже предложения о создании пангенома человека <ref>{{Cite news|title=Scientists Look to Reboot Human Genome Map|first=Antonio|last=Regalado|url=https://www.technologyreview.com/s/537916/rebooting-the-human-genome/|work=MIT Technology Review|accessdate=2018-04-06|language=en}}</ref>. Развитие этой концепции сопряжено с рядом технических трудностей, так как, несмотря на большое количество пангеномных исследований, анализ в них осуществлен помощью разных подходов. Более того, для многих биологических задач до сих пор не выяснено, как наилучшим образом извлекать информацию из отдельных пангеномов. Для решения задач подобного характера сформировалась дисциплина '''вычислительная пангеномика'''. <ref name=":4">{{Статья|автор=Marschall, Tobias, Marz, Manja, Abeel, Thomas, Dijkstra, Louis, Dutilh, Bas E|заглавие=Computational pan-genomics: status, promises and challenges|ссылка=https://academic.oup.com/bib/article/19/1/118/2566735|язык=en|издание=Briefings in Bioinformatics|год=2018-01-01|том=19|выпуск=1|issn=1467-5463|doi=10.1093/bib/bbw089}}</ref>


== Визуализация пангенома ==
== Визуализация пангенома ==
Традиционно пангеном изображается в виде U-кривой - графика, показывающего зависимость между количеством штаммов и количеством групп генов, которые присутствуют ровно в этом числе штаммов <ref>{{Статья|автор=Evgeny N. Gordienko, Marat D. Kazanov, Mikhail S. Gelfand|заглавие=Evolution of Pan-Genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica|ссылка=http://jb.asm.org/content/195/12/2786|язык=en|издание=Journal of Bacteriology|год=2013-06-15|том=195|выпуск=12|страницы=2786–2792|issn=0021-9193, 1098-5530|doi=10.1128/jb.02285-12}}</ref>.
Традиционно пангеном изображается в виде U-кривой - графика, показывающего зависимость между количеством штаммов и количеством групп генов, которые присутствуют ровно в этом числе штаммов <ref name=":5">{{Статья|автор=Evgeny N. Gordienko, Marat D. Kazanov, Mikhail S. Gelfand|заглавие=Evolution of Pan-Genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica|ссылка=http://jb.asm.org/content/195/12/2786|язык=en|издание=Journal of Bacteriology|год=2013-06-15|том=195|выпуск=12|страницы=2786–2792|issn=0021-9193, 1098-5530|doi=10.1128/jb.02285-12}}</ref>.


== Структурные элементы пангенома ==
== Структурные элементы пангенома ==
Строка 58: Строка 58:


== Пангеномы в эволюционных исследованиях ==
== Пангеномы в эволюционных исследованиях ==
Построение пангеномов является популярным инструментом при изучении эволюции, так как анализ пангенома позволяет определить уровень генетического разнообразия в рассматриваемой группе организмов.
Построение пангеномов является популярным инструментом при изучении эволюции организмов методами сравнительной геномики. Анализ пангенома позволяет определить уровень генетического разнообразия в рассматриваемой группе организмов. Генетическое разнообразие вида бактерий или архей, как правило, является результатом горизонтального переноса генов. События горизонтального переноса зачастую позволяют сделать выводы об эволюции групп организмов.

Эволюция генов, переносящихся горизонтально, не совпадает с [[Филогенетическое дерево|филогенетическими деревьями]] организмов, отражающими передачу генетической информации от предков к потомкам, то есть вертикальный перенос генов. Это привело к появлению идеи о том, что эволюцию, прежде всего, микроорганизмов и некоторых высших организмов <ref>{{Статья|автор=Alastair Crisp, Chiara Boschetti, Malcolm Perry, Alan Tunnacliffe, Gos Micklem|заглавие=Expression of multiple horizontally acquired genes is a hallmark of both vertebrate and invertebrate genomes|ссылка=https://doi.org/10.1186/s13059-015-0607-3|издание=Genome Biology|год=2015-03-13|том=16|страницы=50|issn=1465-6906|doi=10.1186/s13059-015-0607-3}}</ref> более естественно представлять не в виде филогенетического дерева, а в виде филогенетической сети <ref>{{Статья|автор=Daniel H. Huson, Celine Scornavacca|заглавие=A Survey of Combinatorial Methods for Phylogenetic Networks|ссылка=https://academic.oup.com/gbe/article/doi/10.1093/gbe/evq077/571753|язык=en|издание=Genome Biology and Evolution|год=2011-01-01|том=3|страницы=23–35|doi=10.1093/gbe/evq077}}</ref>. Информацию, необходимую для построения таких филогенетических сетей, можно будет как раз извлекать из пангеномов <ref name=":4" />.

Известны примеры использования пангеномов для уточнения эволюционных отношений между организмами. Так, построение совместного пангенома кишечной палочки и бактерий рода ''[[Шигеллы|Shigella]]'' обнаружило отсутствие у шигелл специфичных для рода генов, которых не нашлось бы у кишечных палочек <ref name=":5" />. Это подтвердило предыдущие наблюдения, свидетельствовавшие о том, что ''Shigella'' не являются отдельным родом. Патогенное действие этих бактерий определяется генами инфекции, расположенными на [[Плазмиды|плазмиде]], то есть различия между шигеллой и кишечной палочкой не затрагивают геном.

=== Пангеномы в метагеномике ===
Пангеномы часто используются в [[Метагеномика|метагеномных]] исследованиях, в которых в помощью секвенирования определяется видовой и количественный состав организмов в определенном местообитании. При этом используется непривычное определение пангенома: он строится для организмов, объединенных не общим происхождением, а совместным пребыванием в одной экологической нише в одно время. Применение пангенома позволяет выявить общие адаптации к факторам окружающей среды в конкретном местообитании <ref name=":4" />. Подобные исследования ограничены сложностью сборки геномов при метагеномных исследованиях.


== Пангеномы в медицине ==
== Пангеномы в медицине ==

Версия от 15:39, 7 апреля 2018

В молекулярной биологии пангеном — способ описания всей совокупности генов рассматриваемой группы организмов [1], для которой характерно большое генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами. Иными словами, это объединение наборов генов всех штаммов, составляющих кладу (например, вид [1], род [2] или таксон более высокого порядка [3])[4]. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей, но в последнее время пангеномы обширно применяются для исследования генетики растений [5][6][7].

Концепция пангенома

Впервые термин "пан-геном" был использован для описания базы данных, содержащей оценки изменений генома и транскриптома в главных типах опухолей, в тканях и экспериментальных моделей. В привычном понимании термин «пангеном» и его определение были введены в 2005 году Херве Теттелином [1]. К этому времени были расшифрованы геномы многих модельных организмов, таких как гемофильная палочка (Haemophilus influenzae) - первый отсеквенированный геном [8], кишечная палочка (Escherichia coli), резушка Таля (Arabidopsis thaliana). Успехи этих исследований казались столь значительными, что расшифровка одного референсного (эталонного) генома для каждого вида считалась учеными достаточной для понимания всех биологических процессов. Однако развитие технологий секвенирования позволило быстро и недорого определять последовательности ДНК, в результате чего для многих видов было получено более одного прочитанного генома.[9]

Сравнив геномы шести штаммов одного из видов стрептококка (Streptococcus agalactiae), Теттелин обнаружил значительное различие между геномами разных штаммов: каждый новый штамм отличался от остальных в среднем на 33 гена. Так было показано существование значительного генетического разнообразия внутри видов. Потребность в описании и изучении всех генетических и связанных с ними функциональных возможностей, присущих каждому отдельному виду, и привела к идее исследования пангеномов, то есть генов всех имеющихся штаммов вида в совокупности. [1]

Ввиду быстрых скоростей эволюции проблема внутривидового генетического разнообразия особенно остро стоит для бактерий и архей. Так, известно, что три первых отсеквенированных штамма кишечной палочки совпали по составу генов лишь на 39% [10].

Новое определение референсного генома

В современной биоинформатике большое значение играют эталонные референсные геномы. Они служат основой в исследованиях по функциональной геномике и при изучении генетического разнообразия путем ресеквенирования. Парадигма единственного референсного генома приобрела большую популярность благодаря простоте работы и визуализации: в большинстве геномных браузеров референсные геномы представлены в виде линейных последовательностей. Недостаток этого подхода заключается в том, что в условиях все растущего числа секвенированных геномов единственный референсный геном не отражает всю полноту информации о сходстве, разнообразии, частоте и функциональном содержании геномов вида. Это послужило предпосылкой для переосмысления понятия референсного генома вида.

Одна из идей заключается в том, чтобы использовать вместо одной последовательности референсного генома пангеном, который содержал бы информацию обо всем генетическом содержании вида, включая вариации в последовательностях за пределами генов. Есть даже предложения о создании пангенома человека [11]. Развитие этой концепции сопряжено с рядом технических трудностей, так как, несмотря на большое количество пангеномных исследований, анализ в них осуществлен помощью разных подходов. Более того, для многих биологических задач до сих пор не выяснено, как наилучшим образом извлекать информацию из отдельных пангеномов. Для решения задач подобного характера сформировалась дисциплина вычислительная пангеномика. [12]

Визуализация пангенома

Традиционно пангеном изображается в виде U-кривой - графика, показывающего зависимость между количеством штаммов и количеством групп генов, которые присутствуют ровно в этом числе штаммов [13].

Структурные элементы пангенома

Пангеном состоит из трех частей. Первая часть — универсальный геном — гены, присутствующие во всех штаммах исследуемого таксона. Также используют понятие «мягкого» универсального генома, включающего гены, которые присутствуют у 92 — 95 % штаммов. Такую поправку делают из расчета на ошибки сборки и аннотации[14]. Второй структурный элемент — уникальные гены, имеющиеся в единственном экземпляре лишь у одного из штаммов. Значительную долю уникальных генов опять же составляют ошибки аннотации генов, поэтому во многих исследованиях этот элемент исключается из рассмотрения. Третья часть расположена между первыми двумя — это геном периферии (вариабельный геном)[4][15][16]. Его составляют гены, которые экспрессируются не у всех штаммов рассматриваемого таксона[1][17].

Типы пангенома по размеру

Важным показателем генетического разнообразия внутри таксона является понятие открытого и закрытого пангеномов.

  • Если при добавлении каждого нового штамма в рассмотрение общее количество генов в таксоне продолжает расти, то такой пангеном называют открытым.
  • Если, начиная с некоторого количества штаммов, добавление новых штаммов не приводит к увеличению общего количества генов, то такой пангеном называется закрытым.

Наличие у вида открытого пангенома позволяет судить о значительном внутривидовом генетическом разнообразии вида. Это, как правило, связано с большим количеством событий горизонтального переноса генов, происходящих внутри данного вида. У большинства видов бактерий открытый пангеном, в частности, у кишечной палочки [18].

Внешние изображения
Графическое изображение открытого и закрытого пангеномов.

У групп с закрытым пангеномом большая часть генов являются универсальными для всех рассматриваемых штаммов, поэтому и общее количество генов в закрытом пангеноме, как правило, меньше, чем в открытом. Примером вида бактерий с закрытым пангеномом является возбудитель сибирской язвы Bacillus anthracis. После рассмотрения четырех штаммов этого вида последующее добавление новых штаммов не приводит к увеличению размера пангенома. Это объясняется тем фактом, что этот вид возник сравнительно недавно, и его генетическое разнообразие заключено в основном на плазмиде, вызывающей инфекцию [19][20].

Факторы, определяющие размер пангенома

Размер пангенома может отражать взаимодействие рассматриваемой группы с факторами окружающей среды. Такое взаимодействие заключается в балансировании между процессами потери и приобретения генов. Например, значительное изменение экологической обстановки приводит к тому, что многие функции становятся ненужными, в результате чего происходит потеря этих генов. Утрата генов наблюдается у эндосимбионтов (организмов, живущих внутри чужих клеток) и других аллопатрических видов (живущих в изолированных географических нишах), для которых характерны небольшие закрытые пангеномы[21]. Наоборот, группы, обитающие в большом количестве разнообразных экологических ниш взаимодействуют со своими соседями, приобретая новые гены путем горизонтального переноса. Среди приобретенных участков генома значительную часть составляют «эгоистичные» мобильные элементы. Бактериофаги, интегразы, транспозазы и другие системы способствуют накоплению в геноме эгоистичных элементов. Вся их совокупность в геноме называется мобиломом. Чем больше количество видов-соседей, тем больше вероятность для вида приобрести паразитические мобильные элементы. В результате симпатричные виды бактерий, сосуществующие с большим количеством видов-соседей, имеют открытые пангеномы. [22]

Построение, анализ и хранение пангеномов

Создание и анализ пангеномов сопряжены с рядом трудностей, не в последнюю очередь связанных с объёмом используемых данных. Все методы для индексирования пангеномов и дальнейшего анализа можно разделить на две группы по принятому в них определению пангенома: основанные на аннотациях генов и основанные на последовательностях[23].

Методы, основанные на аннотациях генов

В данной группе методов за пангеном принимается совокупность генов как функциональных единиц, и работа проводится на наборе генных аннотаций для исследуемой группы организмов. В рабочем процессе в таком случае можно выделить три этапа:

  • построение ортологических рядов;
  • идентификация пангенома;
  • дальнейший анализ.

Структура построенного пангенома напрямую зависит от точности разбиения генов на ортологические группы. В подавляющем большинстве случаев для нахождения ортологов используются подходы, основанные на построении графов [24]: последовательности объявляются вершинами, ребра графа взвешиваются согласно попарному сходству последовательностей. Для выявления мульти-видовых ортологических групп последовательности кластеризуют [24], оценивая вхождение гена в группу по выбранному порогу. После этого строится сам пангеном. Методы дальнейшего анализа могут включать в себя множественное выравнивание последовательностей универсального генома, реконструкцию филогении, различные визуализации [23]. Ниже приведены примеры программ и сервисов, реализующих данный подход:

  • PGAT (The Prokaryotic-genome Analysis Tool) [25] - веб-сервис, основанный на базе данных геномов различных прокариот. Позволяет идентифицировать гены, присутствующие или отсутствующие в выбранной группе организмов, получать информацию о SNP для каждого такого гена, строить множественные выравнивания, обращаться к базе метаболических путей KEGG. Функционал сервиса ограничен имеющимися в базе геномами, загружать свою информацию нельзя.
  • PGAP (The Pan-genome Analysis Pipeline) [26] - набор Perl-скриптов для анализа пангеномов, состоящий из пяти модулей. Среди доступных функций есть кластерный анализ функциональных генов, анализ пагеномного профиля и генетической вариации.
  • PGAP-X [27] - расширенный вариант PGAP, в который были добавлены модули для дополнительного анализа и визуализации. Новые аналитические компоненты позволяют строить выравнивание последовательностей и кластеризацию генов по ортологии. Модули визуализации позволяют сравнивать структуры геномов, строить распределения генов по консервативности и вариабельности.
  • PanCoreGen [28] - программа с графическим интерфейсом. Процедура построения пангенома основана на итеративном использовании BLASTN. Позволяет генерировать файлы со списками генов по типам в форматах FASTA и Excel, имеет доступ к базе NCBI.
  • Pan-Tetris [29] - программа для интерактивной визуализации пангеномов, которые находятся через построение локальных выравниваний ортологических групп генов с предварительно построенным "супергеномом". Интерактивное взаимодействие с результатом призвано помочь пользователям в нахождении ошибок аннотации.

Методы, основанные на последовательностях генов

Иногда пангеном также определяют как набор последовательностей из геномов исследуемой группы [30]. С ростом числа известных последовательностей представление такого пангенома в "наивной" форме - в виде набора проиндексированных строк - становится не только неимоверно расточительным с точки зрения занимаемой памяти (в таком случае последовательности из универсальной и вариабельной части генома войдут в набор не большое количество раз), но и с точки зрения времени анализа.

Пангеномы в эволюционных исследованиях

Построение пангеномов является популярным инструментом при изучении эволюции организмов методами сравнительной геномики. Анализ пангенома позволяет определить уровень генетического разнообразия в рассматриваемой группе организмов. Генетическое разнообразие вида бактерий или архей, как правило, является результатом горизонтального переноса генов. События горизонтального переноса зачастую позволяют сделать выводы об эволюции групп организмов.

Эволюция генов, переносящихся горизонтально, не совпадает с филогенетическими деревьями организмов, отражающими передачу генетической информации от предков к потомкам, то есть вертикальный перенос генов. Это привело к появлению идеи о том, что эволюцию, прежде всего, микроорганизмов и некоторых высших организмов [31] более естественно представлять не в виде филогенетического дерева, а в виде филогенетической сети [32]. Информацию, необходимую для построения таких филогенетических сетей, можно будет как раз извлекать из пангеномов [12].

Известны примеры использования пангеномов для уточнения эволюционных отношений между организмами. Так, построение совместного пангенома кишечной палочки и бактерий рода Shigella обнаружило отсутствие у шигелл специфичных для рода генов, которых не нашлось бы у кишечных палочек [13]. Это подтвердило предыдущие наблюдения, свидетельствовавшие о том, что Shigella не являются отдельным родом. Патогенное действие этих бактерий определяется генами инфекции, расположенными на плазмиде, то есть различия между шигеллой и кишечной палочкой не затрагивают геном.

Пангеномы в метагеномике

Пангеномы часто используются в метагеномных исследованиях, в которых в помощью секвенирования определяется видовой и количественный состав организмов в определенном местообитании. При этом используется непривычное определение пангенома: он строится для организмов, объединенных не общим происхождением, а совместным пребыванием в одной экологической нише в одно время. Применение пангенома позволяет выявить общие адаптации к факторам окружающей среды в конкретном местообитании [12]. Подобные исследования ограничены сложностью сборки геномов при метагеномных исследованиях.

Пангеномы в медицине

Пангеномика в исследованиях растений

Литература

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Hervé Tettelin, Vega Masignani, Michael J. Cieslewicz, Claudio Donati, Duccio Medini. Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: Implications for the microbial “pan-genome” // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2005-09-27. — Т. 102, вып. 39. — С. 13950–13955. — doi:10.1073/pnas.0506758102.
  2. ↑ Lars Snipen, David W. Ussery. Standard operating procedure for computing pangenome trees (англ.) // Standards in Genomic Sciences. — 2010/01. — Т. 2, вып. 1. — С. 135. — ISSN 1944-3277. — doi:10.4056/sigs.38923.
  3. ↑ Estimating the size of the bacterial pan-genome (англ.) // Trends in Genetics. — 2009-03-01. — Vol. 25, iss. 3. — P. 107–110. — ISSN 0168-9525. — doi:10.1016/j.tig.2008.12.004.
  4. ↑ 1 2 Duccio Medini, Claudio Donati, Hervé Tettelin, Vega Masignani, Rino Rappuoli. The microbial pan-genome // Current Opinion in Genetics & Development. — Т. 15, вып. 6. — С. 589–594. — doi:10.1016/j.gde.2005.09.006.
  5. ↑ Agnieszka A. Golicz, Philipp E. Bayer, Guy C. Barker, Patrick P. Edger, HyeRan Kim. The pangenome of an agronomically important crop plant Brassica oleracea (англ.) // Nature Communications. — 2016-11-11. — Т. 7. — ISSN 2041-1723. — doi:10.1038/ncomms13390.
  6. ↑ Qiang Zhao, Qi Feng, Hengyun Lu, Yan Li, Ahong Wang. Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice (англ.) // Nature Genetics. — 2018/02. — Т. 50, вып. 2. — С. 278–284. — ISSN 1546-1718. — doi:10.1038/s41588-018-0041-z.
  7. ↑ Bruno Contreras-Moreira, Carlos P. Cantalapiedra, María J. García-Pereira, Sean P. Gordon, John P. Vogel. Analysis of Plant Pan-Genomes and Transcriptomes with GET_HOMOLOGUES-EST, a Clustering Solution for Sequences of the Same Species // Frontiers in Plant Science. — 2017. — Т. 8. — С. 184. — ISSN 1664-462X. — doi:10.3389/fpls.2017.00184.
  8. ↑ R. D. Fleischmann, M. D. Adams, O. White, R. A. Clayton, E. F. Kirkness. Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd (англ.) // Science. — 1995-07-28. — Vol. 269, iss. 5223. — P. 496–512. — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203. — doi:10.1126/science.7542800.
  9. ↑ The Pangenome: Are Single Reference Genomes Dead? The Scientist. Дата обращения: 5 апреля 2018.
  10. ↑ R. A. Welch, V. Burland, G. Plunkett, P. Redford, P. Roesch. Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence of uropathogenic Escherichia coli (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences. — 2002-12-24. — Vol. 99, iss. 26. — P. 17020–17024. — ISSN 1091-6490 0027-8424, 1091-6490. — doi:10.1073/pnas.252529799.
  11. ↑ Regalado, Antonio. "Scientists Look to Reboot Human Genome Map". MIT Technology Review (англ.). Дата обращения: 6 апреля 2018.
  12. ↑ 1 2 3 Marschall, Tobias, Marz, Manja, Abeel, Thomas, Dijkstra, Louis, Dutilh, Bas E. Computational pan-genomics: status, promises and challenges (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2018-01-01. — Vol. 19, iss. 1. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbw089.
  13. ↑ 1 2 Evgeny N. Gordienko, Marat D. Kazanov, Mikhail S. Gelfand. Evolution of Pan-Genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2013-06-15. — Vol. 195, iss. 12. — P. 2786–2792. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/jb.02285-12.
  14. ↑ Rolf S. Kaas, Carsten Friis, David W. Ussery, Frank M. Aarestrup. Estimating variation within the genes and inferring the phylogeny of 186 sequenced diverse Escherichia coli genomes // BMC Genomics. — 2012-10-31. — Т. 13. — С. 577. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/1471-2164-13-577.
  15. ↑ Yuri I. Wolf, Kira S. Makarova, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin. Updated clusters of orthologous genes for Archaea: a complex ancestor of the Archaea and the byways of horizontal gene transfer // Biology Direct. — 2012-12-14. — Т. 7. — С. 46. — ISSN 1745-6150. — doi:10.1186/1745-6150-7-46.
  16. ↑ George Vernikos, Duccio Medini, David R Riley, Hervé Tettelin. Ten years of pan-genome analyses // Current Opinion in Microbiology. — Т. 23. — С. 148–154. — doi:10.1016/j.mib.2014.11.016.
  17. ↑ Duccio Medini, Davide Serruto, Julian Parkhill, David A. Relman, Claudio Donati. Microbiology in the post-genomic era (англ.) // Nature Reviews Microbiology. — 2008/06. — Т. 6, вып. 6. — ISSN 1740-1534. — doi:10.1038/nrmicro1901.
  18. ↑ David A. Rasko, M. J. Rosovitz, Garry S. A. Myers, Emmanuel F. Mongodin, W. Florian Fricke. The Pangenome Structure of Escherichia coli: Comparative Genomic Analysis of E. coli Commensal and Pathogenic Isolates (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2008-10-15. — Vol. 190, iss. 20. — P. 6881–6893. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.00619-08.
  19. ↑ P. Keim, L. B. Price, A. M. Klevytska, K. L. Smith, J. M. Schupp. Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis Reveals Genetic Relationships within Bacillus anthracis (англ.) // Journal of Bacteriology. — 2000-05-15. — Vol. 182, iss. 10. — P. 2928–2936. — ISSN 1098-5530 0021-9193, 1098-5530. — doi:10.1128/JB.182.10.2928-2936.2000.
  20. ↑ Claudio T. Sacchi, Anne M. Whitney, Leonard W. Mayer, Roger Morey, Arnold Steigerwalt. Sequencing of 16S rRNA Gene: A Rapid Tool for Identification of Bacillus anthracis // Emerging Infectious Diseases. — 2002-10. — Т. 8, вып. 10. — С. 1117–1123. — ISSN 1080-6040. — doi:10.3201/eid0810.020391.
  21. ↑ Samuel K. Sheppard, Xavier Didelot, Keith A. Jolley, Aaron E. Darling, Ben Pascoe. Progressive genome-wide introgression in agriculturalCampylobacter coli (англ.) // Molecular Ecology. — 2013-02-01. — Vol. 22, iss. 4. — P. 1051–1064. — ISSN 1365-294X. — doi:10.1111/mec.12162.
  22. ↑ L. Rouli, V. Merhej, P.-E. Fournier, D. Raoult. The bacterial pangenome as a new tool for analysing pathogenic bacteria (англ.) // New Microbes and New Infections. — 2015-09-01. — Т. 7. — С. 72–85. — ISSN 2052-2975. — doi:10.1016/j.nmni.2015.06.005.
  23. ↑ 1 2 Tina Zekic, Guillaume Holley, Jens Stoye. Pan-Genome Storage and Analysis Techniques (англ.) // Comparative Genomics. — Humana Press, New York, NY, 2018. — P. 29–53. — ISBN 9781493974610, 9781493974634. — doi:10.1007/978-1-4939-7463-4_2.
  24. ↑ 1 2 Arnold Kuzniar, Roeland C.H.J. van Ham, Sándor Pongor, Jack A.M. Leunissen. The quest for orthologs: finding the corresponding gene across genomes // Trends in Genetics. — Т. 24, вып. 11. — С. 539–551. — doi:10.1016/j.tig.2008.08.009.
  25. ↑ M. J. Brittnacher, C. Fong, H. S. Hayden, M. A. Jacobs, Matthew Radey. PGAT: a multistrain analysis resource for microbial genomes (англ.) // Bioinformatics. — 2011-09-01. — Vol. 27, iss. 17. — P. 2429–2430. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btr418.
  26. ↑ Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao. PGAP: pan-genomes analysis pipeline (англ.) // Bioinformatics. — 2012-02-01. — Vol. 28, iss. 3. — P. 416–418. — ISSN 1367-4803. — doi:10.1093/bioinformatics/btr655.
  27. ↑ Yongbing Zhao, Chen Sun, Dongyu Zhao, Yadong Zhang, Yang You. PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline // BMC Genomics. — 2018-01-19. — Т. 19, вып. 1. — С. 36. — ISSN 1471-2164. — doi:10.1186/s12864-017-4337-7.
  28. ↑ Sandip Paul, Archana Bhardwaj, Sumit K. Bag, Evgeni V. Sokurenko, Sujay Chattopadhyay. PanCoreGen — Profiling, detecting, annotating protein-coding genes in microbial genomes // Genomics. — Т. 106, вып. 6. — С. 367–372. — doi:10.1016/j.ygeno.2015.10.001.
  29. ↑ André Hennig, Jörg Bernhardt, Kay Nieselt. Pan-Tetris: an interactive visualisation for Pan-genomes // BMC Bioinformatics. — 2015-08-13. — Т. 16, вып. 11. — С. S3. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-16-S11-S3.
  30. ↑ Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh. Computational pan-genomics: status, promises and challenges (англ.) // Briefings in Bioinformatics. — 2018-01-01. — Vol. 19, iss. 1. — P. 118–135. — ISSN 1467-5463. — doi:10.1093/bib/bbw089.
  31. ↑ Alastair Crisp, Chiara Boschetti, Malcolm Perry, Alan Tunnacliffe, Gos Micklem. Expression of multiple horizontally acquired genes is a hallmark of both vertebrate and invertebrate genomes // Genome Biology. — 2015-03-13. — Т. 16. — С. 50. — ISSN 1465-6906. — doi:10.1186/s13059-015-0607-3.
  32. ↑ Daniel H. Huson, Celine Scornavacca. A Survey of Combinatorial Methods for Phylogenetic Networks (англ.) // Genome Biology and Evolution. — 2011-01-01. — Vol. 3. — P. 23–35. — doi:10.1093/gbe/evq077.
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Пангеном&oldid=91964441