PRPF8

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Обрабатывающий сплайсинг пре-мРНК фактор 8
Protein PRPF8 PDB 3E9L.png
Прорисовка основана на PDB 3E9L.
Доступные структуры
PDB Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Идентификаторы
СимволPRPF8 ; HPRP8; PRP8; PRPC8; RP13; SNRNP220
Внешние IDOMIM: 607300 MGI2179381 HomoloGene4706 GeneCards: PRPF8 Gene
Профиль экспрессии РНК
PBB GE PRPF8 200001 at tn.png
PBB GE PRPF8 200003 s at tn.png
PBB GE PRPF8 200004 at tn.png
Больше информации
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez10594192159
EnsemblENSG00000174231ENSMUSG00000020850
UniProtQ6P2Q9Q99PV0
RefSeq (мРНК)NM_006445NM_138659
RefSeq (белок)NP_006436NP_619600
Локус (UCSC)Chr 17:
1.55 – 1.59 Mb
Chr 11:
75.49 – 75.51 Mb
Поиск в PubMed[1][2]

Обрабатывающий сплайсинг пре-мРНК фактор 8 (англ. «Pre-mRNA-processing-splicing factor 8) — белок, который у человека кодируется геном PRPF8.[1][2]

Сплайсинг пре-мРНК проходит две последовательные стадии трансэтерификации. Белок, кодируемый этим геном, является компонентом как U2- так и U12- зависимых сплайсосом, и создаёт что необходимо для катализа стадии II процесса сплайсинга пре-мРНК. Он производит несколько повторов WD, которые функционируют в межбелковых взаимодействиях. Этот белок имеет некоторое сходство с дрожжевым белком Prp8. Этот ген является кандидатом для аутосомно-доминантного пигментного ретинита.[3]

Взаимодействия[править | править код]

PRPF8, как было выявлено, взаимодействует с WDR57[4][5] и EFTUD2.[5]

Примечания[править | править код]

  1. McKie AB, McHale JC, Keen TJ, Tarttelin EE, Goliath R, van Lith-Verhoeven JJ, Greenberg J, Ramesar RS, Hoyng CB, Cremers FP, Mackey DA, Bhattacharya SS, Bird AC, Markham AF, Inglehearn CF (Jul 2001). «Mutations in the pre-mRNA splicing factor gene PRPC8 in autosomal dominant retinitis pigmentosa (RP13)». Hum Mol Genet 10 (15): 1555–62. DOI:10.1093/hmg/10.15.1555. PMID 11468273.
  2. Luo HR, Moreau GA, Levin N, Moore MJ (Jul 1999). «The human Prp8 protein is a component of both U2- and U12-dependent spliceosomes». RNA 5 (7): 893–908. DOI:10.1017/S1355838299990520. PMID 10411133.
  3. Entrez Gene: PRPF8 PRP8 pre-mRNA processing factor 8 homolog (S. cerevisiae).
  4. Ewing, Rob M; Chu Peter, Elisma Fred, Li Hongyan, Taylor Paul, Climie Shane, McBroom-Cerajewski Linda, Robinson Mark D, O'Connor Liam, Li Michael, Taylor Rod, Dharsee Moyez, Ho Yuen, Heilbut Adrian, Moore Lynda, Zhang Shudong, Ornatsky Olga, Bukhman Yury V, Ethier Martin, Sheng Yinglun, Vasilescu Julian, Abu-Farha Mohamed, Lambert Jean-Philippe, Duewel Henry S, Stewart Ian I, Kuehl Bonnie, Hogue Kelly, Colwill Karen, Gladwish Katharine, Muskat Brenda, Kinach Robert, Adams Sally-Lin, Moran Michael F, Morin Gregg B, Topaloglou Thodoros, Figeys Daniel (2007). «Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry». Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. DOI:10.1038/msb4100134. PMID 17353931.
  5. 1 2 Achsel, T (Nov 1998). «The Human U5-220kD Protein (hPrp8) Forms a Stable RNA-Free Complex with Several U5-Specific Proteins, Including an RNA Unwindase, a Homologue of Ribosomal Elongation Factor EF-2, and a Novel WD-40 Protein». Mol. Cell. Biol. 18 (11): 6756–66. ISSN 0270-7306. PMID 9774689.

Ссылки[править | править код]

Литература[править | править код]

  • Grainger RJ, Beggs JD (2005). «Prp8 protein: At the heart of the spliceosome». RNA 11 (5): 533–57. DOI:10.1261/rna.2220705. PMID 15840809.
  • Garcia-Blanco MA, Anderson GJ, Beggs J, Sharp PA (1990). «A mammalian protein of 220 kDa binds pre-mRNAs in the spliceosome: a potential homologue of the yeast PRP8 protein». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87 (8): 3082–6. DOI:10.1073/pnas.87.8.3082. PMID 2139226.
  • Pinto AL, Steitz JA (1989). «The mammalian analogue of the yeast PRP8 splicing protein is present in the U4/5/6 small nuclear ribonucleoprotein particle and the spliceosome». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (22): 8742–6. DOI:10.1073/pnas.86.22.8742. PMID 2479028.
  • Bach M, Winkelmann G, Lührmann R (1989). «20S small nuclear ribonucleoprotein U5 shows a surprisingly complex protein composition». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (16): 6038–42. DOI:10.1073/pnas.86.16.6038. PMID 2527369.
  • Anderson GJ, Bach M, Lührmann R, Beggs JD (1990). «Conservation between yeast and man of a protein associated with U5 small nuclear ribonucleoprotein». Nature 342 (6251): 819–21. DOI:10.1038/342819a0. PMID 2532307.
  • Umen JG, Guthrie C (1996). «Prp16p, Slu7p, and Prp8p interact with the 3' splice site in two distinct stages during the second catalytic step of pre-mRNA splicing». RNA 1 (6): 584–97. PMID 7489518.
  • Goliath R (1995). «Fine localization of the locus for autosomal dominant retinitis pigmentosa on chromosome 17p». Am. J. Hum. Genet. 57 (4): 962–4. PMID 7573060.
  • Greenberg J, Goliath R, Beighton P, Ramesar R (1994). «A new locus for autosomal dominant retinitis pigmentosa on the short arm of chromosome 17». Hum. Mol. Genet. 3 (6): 915–8. DOI:10.1093/hmg/3.6.915. PMID 7951236.
  • Maruyama K, Sugano S (1994). «Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides». Gene 138 (1–2): 171–4. DOI:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
  • Kojis TL (1996). «Map refinement of locus RP13 to human chromosome 17p13.3 in a second family with autosomal dominant retinitis pigmentosa». Am. J. Hum. Genet. 58 (2): 347–55. PMID 8571961.
  • Reyes JL, Kois P, Konforti BB, Konarska MM (1996). «The canonical GU dinucleotide at the 5' splice site is recognized by p220 of the U5 snRNP within the spliceosome». RNA 2 (3): 213–25. PMID 8608445.
  • Hinz M, Moore MJ, Bindereif A (1996). «Domain analysis of human U5 RNA. Cap trimethylation, protein binding, and spliceosome assembly». J. Biol. Chem. 271 (31): 19001–7. DOI:10.1074/jbc.271.31.19001. PMID 8702566.
  • Chiara MD, Palandjian L, Feld Kramer R, Reed R (1997). «Evidence that U5 snRNP recognizes the 3' splice site for catalytic step II in mammals». EMBO J. 16 (15): 4746–59. DOI:10.1093/emboj/16.15.4746. PMID 9303319.
  • Suzuki Y (1997). «Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library». Gene 200 (1–2): 149–56. DOI:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
  • Achsel T (1998). «The Human U5-220kD Protein (hPrp8) Forms a Stable RNA-Free Complex with Several U5-Specific Proteins, Including an RNA Unwindase, a Homologue of Ribosomal Elongation Factor EF-2, and a Novel WD-40 Protein». Mol. Cell. Biol. 18 (11): 6756–66. PMID 9774689.
  • Reyes JL (1999). «The C-terminal region of hPrp8 interacts with the conserved GU dinucleotide at the 5' splice site». RNA 5 (2): 167–79. DOI:10.1017/S1355838299981785. PMID 10024169.
  • Makarov EM, Makarova OV, Achsel T, Lührmann R (2000). «The human homologue of the yeast splicing factor prp6p contains multiple TPR elements and is stably associated with the U5 snRNP via protein-protein interactions». J. Mol. Biol. 298 (4): 567–75. DOI:10.1006/jmbi.2000.3685. PMID 10788320.
  • Le Hir H, Moore MJ, Maquat LE (2000). «Pre-mRNA splicing alters mRNP composition: evidence for stable association of proteins at exon–exon junctions». Genes Dev. 14 (9): 1098–108. PMID 10809668.
  • McHale JC, McKie AB, Tarttelin EE, Inglehearn CF (2000). «Expression map of human chromosome region 17p13.3, spanning the RP13 dominant retinitis pigmentosa locus, the Miller-Dieker lissencephaly syndrome (MDLS) region, and a putative tumour suppressor locus». Cytogenet. Cell Genet. 88 (3–4): 225–9. DOI:10.1159/000015556. PMID 10828595.