Во втором чемпионате участвовало 18 команд. Чемпионат проходил в одной группе по двухкруговой системе. По окончании сезона две команды, занявшие последние места переходили в первую лигу, а, занявшие места с 14 по 16 участвовали в переходном турнире вместе с тремя командами-победительницами зон первой лиги. В высшей лиге оставались команды, занявшие первые три места в переходном турнире.
Матч последнего, 36-го тура, между командами «Локомотив-Спортсмен» (Нижний Новгород) и «Жемчужина» (Сочи) вошёл в историю как один из самых артистично разыгранных футбольных «спектаклей» в чемпионатах России. Благодаря опоздавшей на поединок пожарной машине, вследствие чего игра началась позже запланированного времени, и хитроумным действиям футболистов, достоверно изображавшим боль после столкновений, игра была закончена уже после завершения матчей в Камышине и Волгограде, где прямые конкуренты игравших в Нижнем Новгороде команд — «Океан» и «Луч» потерпели поражения. В результате «Жемчужине» к тому моменту очки уже оказались не нужны, а «Локомотив-Спортсмен» в самом конце матча забил мяч и, победив 2:1, вместе с сочинцами сохранил прописку в Высшей лиге на будущий сезон[2].
Переходный турнир прошёл с 23 ноября по 4 декабря в трёх московских манежах («Динамо», «Спартак» и ЦСКА) между командами, занявшими места с 14 по 16 в высшей лиге и командами-победительницами зон первой лиги.
По регламенту турнира право выступать в высшей лиге на следующий год получали команды, занявшие первые три места в переходном турнире. Ими стали «Крылья Советов» (Самара), «Лада» (Тольятти) и «Динамо-Газовик» (Тюмень). В первую лигу вылетели «Луч» (Владивосток), «Черноморец» (Новороссийск) и «Океан» (Находка).
Переходный турнир был признан многими специалистами договорным. Команды, не желавшие летать на Дальний Восток играть с «Океаном» и «Лучом», играли откровенно договорные матчи, а игрок «Океана» Олег Кокарев обвинил вратаря собственной команды Юрия Шишкина в сдаче игры и в знак протеста ушёл с поля ещё до окончания игры[3].