Bioconductor

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Bioconductor
Bioconductor logo rgb.jpg
Bioconductors packs plot.png
Тип Биоинформатика
Операционная система Linux, Mac OS X, Windows
Языки интерфейса R
Последняя версия 3.6
Лицензия Artistic License 2.0
Сайт bioconductor.org

Bioconductor — это масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.

Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаютсся в виде ежегодного отчёта[1].

На данный момент содержит более 2000 пакетов.

Цели проекта[править | править код]

Основными целями Bioconductor’а являются:

  • Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
  • Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
  • Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
  • Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
  • Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.

История проекта[править | править код]

Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.[2]

Значение проекта[править | править код]

Пакеты[править | править код]

Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).

В скобках указано количество пакетов в группе.

Релизы[править | править код]

Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.

График роста количества пакетов Biocondactor’а
Версия Дата релиза Количество пакетов
(в разделе «Software»)
Зависимость
1.0 1 мая 2001 15 R 1.5
1.1 19 ноя 2002 20 R 1.6
1.2 29 мая 2003 30 R 1.7
1.3 30 окт 2003 49 R 1.8
1.4 17 мая 2004 81 R 1.9
1.5 25 окт 2004 100 R 2.0
1.6 18 мая 2005 123 R 2.1
1.7 14 окт 2005 141 R 2.2
1.8 27 апр 2006 172 R 2.3
1.9 4 окт 2006 188 R 2.4
2.0 26 апр 2007 214 R 2.5
2.1 8 окт 2007 233 R 2.6
2.2 1 мая 2008 260 R 2.7
2.3 22 окт 2008 294 R 2.8
2.4 21 апр 2009 320 R 2.9
2.5 28 окт 2009 352 R 2.10
2.6 23 апр 2010 389 R 2.11
2.7 18 окт 2010 418 R 2.12
2.8 14 апр 2011 466 R 2.13
2.9 1 ноя 2011 517 R 2.14
2.10 2 ноя 2012 554 R 2.15
2.11 3 окт 2012 610 R 2.15
2.12 4 апр 2013 671 R 3.0
2.13 15 окт 2013 749 R 3.0
2.14 14 апр 2014 824 R 3.1
3.0 14 окт 2014 934 R 3.1

Примеры использования[править | править код]

См. также[править | править код]

Примечания[править | править код]

  1. Ежегодные отчёты проекта на официальном сайте.
  2. R. Gentleman. [http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf 2002 Annual Report for the Bioconductor. Project, DFCI]. — May 29, 2008.

Ссылки[править | править код]

Официальный сайт — http://www.bioconductor.org/