Прибнов-бокс

Прибнов-бокс (также известен как Прибнов-Шаллер-бокс (англ. Pribnow-Schaller box)) — специфическая нуклеотидная последовательность, обязательная для промоторного участка бактерий, с которой связывается РНК-полимераза^[1]^[2]. Последовательность нуклеотидов Прибнов-бокса — ТАТААТ — считают консенсусной последовательностью, поскольку она встречается у многих организмов с небольшими различиями. Эта последовательность названа в честь Дэвида Прибнова и Хайнца Шаллера^[1]^[2].

Прибнов-бокс называют также −10-последовательностью, так как она располагается приблизительно на 10 пар нуклеотидов выше точки начала транскрипции.

Функции данной последовательности сходны с ТАТА-боксом, встречающимся у эукариот и архей: он распознаётся и связывается участком РНК-полимеразы во время инициации транскрипции. Она также является первой точкой, где комплементарные цепи ДНК расходятся, чтобы дать возможность начаться синтезу РНК на матрице ДНК. Это облегчается большим количеством АТ-пар, поскольку связи между аденином и тимином менее прочны, чем между гуанином и цитозином^[3].

Вероятность нахождения каждого нуклеотида

T	A	T	A	A	T
82 %	89 %	52 %	59 %	49 %	89 %^[4]

Примечания

↑ ¹ ² Pribnow D. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 3. — P. 784—788. — PMID 1093168. [исправить]
↑ ¹ ² Schaller H., Gray C., Herrmann K. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of bacteriophage fd. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 2. — P. 737—741. — PMID 1054851. [исправить]
↑ Yakovchuk P., Protozanova E., Frank-Kamenetskii M. D. Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. (англ.) // Nucleic acids research. — 2006. — Vol. 34, no. 2. — P. 564—574. — doi:10.1093/nar/gkj454. — PMID 16449200. [исправить]
↑ Harley C. B., Reynolds R. P. Analysis of E. coli promoter sequences. (англ.) // Nucleic acids research. — 1987. — Vol. 15, no. 5. — P. 2343—2361. — PMID 3550697. [исправить]

[Pribnow1975-1] ¹ ² Pribnow D. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 3. — P. 784—788. — PMID 1093168. [исправить]

[Schaller1975-2] ¹ ² Schaller H., Gray C., Herrmann K. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of bacteriophage fd. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1975. — Vol. 72, no. 2. — P. 737—741. — PMID 1054851. [исправить]

[Yakovchuk2006-3] Yakovchuk P., Protozanova E., Frank-Kamenetskii M. D. Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix. (англ.) // Nucleic acids research. — 2006. — Vol. 34, no. 2. — P. 564—574. — doi:10.1093/nar/gkj454. — PMID 16449200. [исправить]

[4] Harley C. B., Reynolds R. P. Analysis of E. coli promoter sequences. (англ.) // Nucleic acids research. — 1987. — Vol. 15, no. 5. — P. 2343—2361. — PMID 3550697. [исправить]

[1]

[2]

[3]

[4]

Прибнов-бокс

Вероятность нахождения каждого нуклеотида

Примечания

Навигация

Поиск