Атлас ракового генома: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Обновлена информация в таблице
Редактирование и дополнение таблицы
Строка 42: Строка 42:


== Ситуация на апрель 2015 года ==
== Ситуация на апрель 2015 года ==
АРГ уже включает в себя образцы от более чем 11 000 пациентов для 33 типов рака, и на сегодняшний день это самая большая коллекция опухолей. Все эти образцы анализируются на наличие ключевых геномных и молекулярных особенностей. Для 13 типов рака уже опубликованы результаты в крупных научных журналах. К концу 2014 года ученые АРГ уже практически закончили секвенирование экзомов для большинства типов опухолей и полногеномное секвенирование для более чем 1000 образцов раковых тканей. Более чем 2700 научных статей ссылаются на работы АРГ, доказывая огромную роль данного проекта в развитии представлений о раковых заболеваниях.<ref>[http://cancergenome.nih.gov/newsevents/newsannouncements/TCGA_The_Next_Stage The Cancer Genome Atlas (TCGA): The next stage — TCGA<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref>
АРГ уже включает в себя образцы от более чем 11 000 пациентов для 33 типов рака, и на сегодняшний день это самая большая коллекция опухолей. Все эти образцы анализируются на наличие ключевых геномных и молекулярных особенностей. Для 13 типов рака уже опубликованы результаты в крупных научных журналах. К концу 2014 года ученые АРГ уже практически закончили секвенирование экзомов для большинства типов опухолей и полногеномное секвенирование для более чем 1000 образцов раковых тканей. Более чем 2700 научных статей ссылаются на работы АРГ, доказывая огромную роль данного проекта в развитии представлений о раковых заболеваниях.<ref>[http://cancergenome.nih.gov/newsevents/newsannouncements/TCGA_The_Next_Stage The Cancer Genome Atlas (TCGA): The next stage — TCGA<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref> Все данные доступны и есть возможность публикации.<ref>{{Cite web|url=https://cancergenome.nih.gov/publications|title=TCGA Network Publications|publisher=The Cancer Genome Atlas - National Cancer Institute|lang=en|accessdate=2017-04-13}}</ref>


{|border="1" class="wikitable"
{|border="1" class="wikitable"
|+ Информация на апрель 2015 года
|+ Информация на апрель 2015 года<ref>[https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/ The Cancer Genome Atlas — Data Portal<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref><ref>[http://cancergenome.nih.gov/publications/publicationguidelines Publication Guidelines — TCGA<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref>
!Тип рака
!Тип рака
!Количество проанализированных образцов
!Количество проанализированных образцов<ref>[https://portal.gdc.cancer.gov/projects/t The Cancer Genome Atlas — Data Portal<!-- Заголовок добавлен ботом -->]</ref>
!Некоторые идентифицированные мутации
!Некоторые идентифицированные мутации
|-
|-
! [[Острый миелоидный лейкоз|Острая миелоидная лейкемия]] || 200 ||
! [[Острый миелоидный лейкоз|Острая миелоидная лейкемия]] || 200 ||
|-
|-
! Аденокортикальная карцинома ||92||
! [[Адренокортикальный рак|Аденокортикальная карцинома]] ||92||
|-
|-
! Уротелиальная карцинома мочевого пузыря || 412 ||
! [[Рак мочевого пузыря|Уротелиальная карцинома мочевого пузыря]] || 412 ||
|-
|-
! Глиома головного мозга 2 степени || 516 || IDH1, IDH2, TP53, FUBP1, CIC, 1p/19q делеция<ref>{{cite journal | author = Noushmehr, H., Weisenberger, D.J., Diefes, K., Phillips, H.S., Pujara, K., Berman, B.P., Pan F., Pelloski, K.E., Suhmar, E.P., Bhat, K.P., et al.| title = Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma. | journal = Cancer Cell | year = 2010 | pages= 510-522 | pmid = 20399149}}</ref>
! [[Глиома]] головного мозга 2 степени || 516 || IDH1, IDH2, TP53, FUBP1, CIC, 1p/19q делеция<ref>{{cite journal | author = Noushmehr, H., Weisenberger, D.J., Diefes, K., Phillips, H.S., Pujara, K., Berman, B.P., Pan F., Pelloski, K.E., Suhmar, E.P., Bhat, K.P., et al.| title = Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma. | journal = Cancer Cell | year = 2010 | pages= 510-522 | pmid = 20399149}}</ref>
|-
|-
! Инвазивная карцинома груди || 1098 || ESR1, GATA3, FOXA1, XBP1, и cMYB<ref>{{cite journal | author = The Cancer Genome Atlas Network| title = Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. | journal = Nature| year = 2012 | pages= 61-70 | pmid = 23000897 }}</ref>
! [[Рак молочной железы|Инвазивная карцинома молочной железы]] || 1098 || ESR1, GATA3, FOXA1, XBP1, и cMYB<ref>{{cite journal | author = The Cancer Genome Atlas Network| title = Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. | journal = Nature| year = 2012 | pages= 61-70 | pmid = 23000897 }}</ref>PTEN, TBX3<ref>{{Статья|автор=Ciriello, Giovanni, et al.|заглавие=Comprehensive molecular portraits of invasive lobular breast cancer|ссылка=|язык=|издание=Cell|тип=|год=2015|месяц=|число=|том=163|номер=2|страницы=|issn=}}</ref>
|-
|-
!Рак шейки матки
![[Рак шейки матки]]
!307
!307
!
!
Строка 66: Строка 66:
! [[Холангиокарцинома]] ||51||
! [[Холангиокарцинома]] ||51||
|-
|-
! Аденокарцинома толстой кишки || 461 || Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути<ref name=autogenerated2>{{cite journal | author = Muzny DM, Bainbridge MN, et al.| title = Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. | journal = Nature | year = 2012 | pages= 330-337 | pmid = 22810696}}</ref>
! [[Колоректальный рак|Аденокарцинома толстой кишки]] || 461 || Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути<ref name=autogenerated2>{{cite journal | author = Muzny DM, Bainbridge MN, et al.| title = Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. | journal = Nature | year = 2012 | pages= 330-337 | pmid = 22810696}}</ref>
|-
|-
! [[Рак пищевода]] || 185 ||
! [[Рак пищевода]] || 185 ||
Строка 74: Строка 74:
! Сквамозная клеточная карцинома головы и шеи || 528 ||
! Сквамозная клеточная карцинома головы и шеи || 528 ||
|-
|-
! Хромофобная карцинома почки ||113|| мутация в промоторной области гена TERT, увеличивается экспрессия этого гена<ref>{{cite journal | author = Davis, Ricketts et al.| title = The somatic genomic landscape of chromophobe renal cell carcinoma.| journal = Cancer Cell | year = 2014 | Volume = 26 | Issue=3 | pages= 319-330 | pmid = 25155756}}</ref>
! Хромофобная карцинома почки ||113|| мутация в промоторной области гена TERT, увеличение экспрессии этого гена<ref>{{cite journal | author = Davis, Ricketts et al.| title = The somatic genomic landscape of chromophobe renal cell carcinoma.| journal = Cancer Cell | year = 2014 | Volume = 26 | Issue=3 | pages= 319-330 | pmid = 25155756}}</ref>
|-
|-
! Гипернефроидный рак || 537 ||
! Гипернефроидный рак || 537 ||
|-
|-
! Папиллярный рак почки || 291 ||мутации MET или SETD2, замалчивание CDKN2A,слияния TFE3, повышенная экспрессия NRF2 – компонента ARE сигнального пути<ref>{{Статья|автор=The Cancer Genome Atlas Research Network|заглавие=Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma|ссылка=http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa1505917|издание=New England Journal of Medicine|год=2016-01-14|том=374|выпуск=2|страницы=135–145|issn=0028-4793|doi=10.1056/NEJMoa1505917}}</ref>
! Папиллярный рак почки || 291 ||
|-
|-
! [[Гепатоцеллюлярная карцинома]] || 377 ||
! [[Гепатоцеллюлярная карцинома]] || 377 ||
Строка 96: Строка 96:
! Ферохромоцитома и параганглиома || 179 ||
! Ферохромоцитома и параганглиома || 179 ||
|-
|-
! [[Аденокарцинома предстательной железы]] ||500||слияние генов ERG, ETV1/4 и FLI1 или мутации генов SPOP, FOXA1 и IDH1 выявлены в 74% случаев, в 25% случаях рака предполагается нарушения в PI3K или MAPK сигнальных путях, также наблюдается инактивация генов репарации ДНК в 19%<ref>{{Статья|автор=Cancer Genome Atlas Research Network.|заглавие=The Molecular Taxonomy of Primary Prostate Cancer|ссылка=|язык=|издание=Cell|тип=|год=2015|месяц=|число=|том=163|номер=4|страницы=|issn=}}</ref>
! [[Аденокарцинома предстательной железы]] ||500||
|-
|-
! Аденокарцинома прямой кишки ||172|| Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути<ref name=autogenerated2 />
! Аденокарцинома прямой кишки ||172|| Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути<ref name=autogenerated2 />

Версия от 10:17, 13 апреля 2017

Атлас ракового генома (АРГ, The Cancer Genome Atlas, TCGA) — проект, целью которого является систематизация данных о генетических мутациях, приводящих к возникновению рака[1]. Систематизация проводится с помощью секвенирования и методов биоинформатики. Лучшее понимание молекулярных особенностей онкологических заболеваний сделает возможным более точное и раннее диагностирование болезней, предотвращение их развития, а также послужило бы основой для новых альтернативных методов лечения. Данный проект — это совместная работа Национального Института Рака (National Cancer Institute) и Института Исследований Генома Человека (National Human Genome Research Institute), США[2].

АРГ стартовал в 2005 году как пробная попытка, рассчитанная на 3 года, так как были сомнения по поводу целесообразности и возможности реализации подобного проекта[3]. На финансирование стартовой версии АРГ было выделено почти 100 миллионов долларов. Сначала ученые взялись за характеристику мультиформной глиобластомы, рака легкого и рака яичников, так как эти заболевания уносят много жизней в США каждый год[4]. Первый этап работы был пройден успешно, и была поставлена цель охарактеризовать 20-25 типов рака к 2014 году. Систематизация генетических мутаций обеспечивалась двумя типами центров: стадия секвенирования — центрами описания геномов, а биоинформатический анализ данных — центрами по анализу геномных данных[5].

Чтобы полноценно исследовать каждый вариант ракового заболевания, соответствующий образец проходит широкомасштабное исследование с применением методов секвенирования и биоинформатики: количественный анализ экспрессии генов, количественный анализ числа вариаций копий генов, генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов, полногеномный анализ паттернов метилирования ДНК, секвенирование экзонов. Полученные данные помещаются в открытый доступ, так что любой исследователь может с ними ознакомиться и использовать их в своих работах. Проект АРГ показал, что активное и масштабное сотрудничество исследователей из разных институтов может быть плодотворным, а данные, полученные в результате работы, могут использоваться учеными по всему миру.

Цели

Порядок работы[6]

Получение и обработка тканей

У пациентов с диагностированным раком с их разрешения берётся часть раковой и нормальной ткани (как правило, кровь). Ткани и жидкости, используемые для анализа, называются образцом или биоматериалом.

Образцы тканей пациентов, которые будут использоваться для геномных исследований, должны пройти строгий контроль качества, чтобы генетический материал (ДНК и РНК) из этих образцов мог быть использован в сложном генетическом анализе с применением технологий секвенирования нового поколения. Проверкой, обработкой и подготовкой тканей к дальнейшим анализам, а также непосредственно выделением ДНК и РНК занимаются лаборатории по анализу образцов при АРГ (Biospecimen Core Resources)[7].. Вся информация о пациентах является конфиденциальной. К образцам предъявляются строгие критерии качества, например, содержание раковых клеток в биоматериале должно быть не менее 60 %. Ранее этот критерий был равен 80 %, но его удалось понизить с началом использования секвенирования нового поколения.

Исследования и открытия

Для каждого типа рака анализируются опухолевые и нормальные ткани сотен пациентов. Большое количество образцов нужно для статистической значимости определения полного геномного профиля соответствующего заболевания. Составление геномного профиля необходимо для выявления тех изменений, которые приводят к развитию опухоли. В данной работе задействованы центры описания геномов[8], центры высокопроизводительного секвенирования[9], а также центры по анализу геномных данных[10]. Первые анализируют множество генетических изменений (такие, например, как число вариаций копий генов), которые потенциально вовлечены в развитии опухоли, а также изменения в уровнях экспрессии генов в раковых тканях по сравнению с нормальными, которые выступают в качестве контроля. Затем центры высокопроизводительного секвенирования определяют изменения в ДНК, ассоциированные с определенным типом рака. Достигается это с помощью секвенирования экзомов (полная совокупность экзонов ДНК данного образца), 10 % тканей проходит полногеномное секвенирование с целью выявления изменений, не затрагивающих экзоны, но потенциально влияющих на раковую трансформацию. В результате получается огромное количество информации, которое обрабатывают центры по анализу геномных данных. Эти же центры предоставляют различные инструменты для визуализации и анализа данных в АРГ, чтобы содействовать их более широкому использованию среди ученых по всему миру.

Обмен данными

Вся информация, полученная в ходе работы исследователей, хранится в координирующем центре АРГ (TCGA Data Coordinating Center)[11] и поступает в открытые базы данных. Исследователи ищут, скачивают и анализируют данные АРГ с помощью соответствующего портала (TCGA Data Portal)[12], в котором содержатся геномные профили соответствующих типов рака.

Члены и компоненты АРГ

  • Лаборатория по анализу образцов (Biospecimen Core Resource, BCR)  — занимается классификацией, обработкой, проверкой на качество образцов, хранением всей важной медицинской информации о пациенте.
  • Центры определения генов (Genome Characterization Centers, GCCs)  — используют современные технологии для анализа геномных изменений, вовлеченных в развитии опухоли (например, хромосомные перестройки). Выявленные изменения в дальнейшем исследуются в центрах высокопроизводительного секвенирования.
  • Центры высокопроизводительного секвенирования (Genome Sequencing Centers, GSCs)  — занимаются непосредственным определением изменений в последовательностях ДНК, которые ассоциированы с определенным типом рака.
  • Центры анализа протеома (Proteome Characterization Centers, PCCs) [13] — занимаются установлением и анализом общего белкового состава для образцов АРГ.
  • Координирующий центр АРГ (Data Coordinating Center, DCC)  — заведует всей информацией, получаемой в ходе работы, остальных центров, входящих в АРГ, а также занимается её распространением на портал данных АРГ и в центр раковой геномики, когда она становится доступной.
  • Центр раковой геномики (Cancer Genomics Hub, CGHub) [13] — в этой базе данных хранятся последовательности раковых геномов и выравнивания последовательностей ДНК из опухолевых и нормальных тканей.
  • Центры анализа геномных данных (Genome Data Analysis Centers, GDACs)  — предоставляют возможность для использования данных АРГ; занимаются обработкой информации, поступающей с центров секвенирования и описания геномов.

Примеры некоторых результатов работы АРГ

Глиобластома

В 2008 году команда исследователей АРГ сообщила о некоторых результатах в исследовании опухоли мозга, глиобластомы; они открыли новые генетические мутации в ДНК, которые можно использовать для диагностики и лечения[14]. Ученые достигли такого результата благодаря масштабному исследованию геномов, выделенных из опухолевых тканей 206 пациентов с диагностированной глиобластомой. Данные включают в себя информацию о точечных мутациях, хромосомных перестройках (например, вариации числа копий генов), уровнях экспрессии генов, об эпигеномике. Сотрудники АРГ отсеквенировали 601 ген из образцов опухолевых тканей и сравнили эти результаты с контрольными образцами. Им удалось выявить значимые и статистически достоверные мутации, которые отличают клетки глиобластомы от нормальных, и которые ранее не были охарактеризованы. Исследователи смогли определить четыре подтипа глиобластомы, которые отличаются друг от друга по своим геномным характеристикам, уровню выживаемости, возрасту пациентов и их реакции на лечение[15]. Данные подтипы были названы проневральной, невральной, классической и мезенхимальной глиобластомой. Ранжирование пациентов важно для развития индивидуальной терапии, что может привести к повышению эффективности медицинского вмешательства.

Рак яичников

Данное заболевание занимает пятое место по количеству смертей среди женщин в США. Из-за нехватки эффективных методов лечения женщины с таким диагнозом имеют довольно негативные прогнозы: только 31 % от всех пациенток проживает больше пяти лет с момента диагностирования заболевания. Проблема с этой болезнью стояла столь актуально, что ученые АРГ решили охарактеризовать её одной из первых и предложить потенциальные новые мишени для терапии. Исследователям удалось найти сотни генов в опухолевых тканях, которые были делетированы, либо дуплицированы. Среди этих генов есть 68 дуплицированных, для продуктов которых уже известны соответствующие ингибиторы. Это достаточно оптимистичное начало, и оно дает стартовую точку в поиске новых лекарств для терапии рака яичников. Исследователи выяснили, что в зависимости от того, какие гены чрезмерно экспрессируются в опухолевых клетках яичника, можно предсказать продолжительность жизни пациента. Были определены 108 и 85 генов, которые, соответственно, ассоциированы с хорошей и плохой выживаемостью. Люди, у которых повышена экспрессия соответствующих 108 генов, живут на 23 % дольше, чем те, у кого чрезмерно экспрессируются другие 85 генов. По сравнению с раком яичника, глиобластома имеет принципиально другой геномный паттерн: она больше характеризуется генетическими мутациями, как правило, в одних и тех же генах, а вариация числа копий генов, в отличие от рака яичника, представлена куда в меньшей степени. Это позволяет сделать предположение, что разные типы рака отличаются между собой как раз характером изменений в ДНК. А если это так, то можно говорить об отдельных геномных профилях для каждого ракового заболевания[16].

Финансирование

Тестовую версию проекта АРГ на три года профинансировали Национальный Институт Рака (NCI) и Институт Исследований Генома Человека (NHGRI), предоставив по 50 миллионов долларов. После этого NCI направлял по 25 миллионов долларов в год на поддержание второй фазы АРГ на протяжении пяти лет, а NHGRI — по 25 миллионов долларов в год на протяжении двух лет. В 2009 году был заключен акт (American Recovery and Reinvestment Act, ARRA), обеспечивающий АРГ дополнительное финансирование в сумме 153,5 миллионов долларов от NCI. После подписания этого документа началась вторая фаза существования АРГ. Совет директоров NCI предоставил ещё 25 миллионов долларов в первый год после ARRA, направленных на анализ последовательностей, и ещё 25 миллионов долларов во второй год второй фазы АРГ. В общей сложности, на секвенирование образцов было выделено 150 миллионов долларов, а также 70 миллионов было направлено на сбор образцов, контроль их качества и выделение ДНК и РНК.

Ситуация на апрель 2015 года

АРГ уже включает в себя образцы от более чем 11 000 пациентов для 33 типов рака, и на сегодняшний день это самая большая коллекция опухолей. Все эти образцы анализируются на наличие ключевых геномных и молекулярных особенностей. Для 13 типов рака уже опубликованы результаты в крупных научных журналах. К концу 2014 года ученые АРГ уже практически закончили секвенирование экзомов для большинства типов опухолей и полногеномное секвенирование для более чем 1000 образцов раковых тканей. Более чем 2700 научных статей ссылаются на работы АРГ, доказывая огромную роль данного проекта в развитии представлений о раковых заболеваниях.[17] Все данные доступны и есть возможность публикации.[18]

Информация на апрель 2015 года
Тип рака Количество проанализированных образцов[19] Некоторые идентифицированные мутации
Острая миелоидная лейкемия 200
Аденокортикальная карцинома 92
Уротелиальная карцинома мочевого пузыря 412
Глиома головного мозга 2 степени 516 IDH1, IDH2, TP53, FUBP1, CIC, 1p/19q делеция[20]
Инвазивная карцинома молочной железы 1098 ESR1, GATA3, FOXA1, XBP1, и cMYB[21]PTEN, TBX3[22]
Рак шейки матки 307
Холангиокарцинома 51
Аденокарцинома толстой кишки 461 Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути[23]
Рак пищевода 185
Мультиформная глиобластома 617 EGFR, NF1, TP53, PlK3R1, PIK3CA, IDH1, PTEN, RB1, LZTR1[24]
Сквамозная клеточная карцинома головы и шеи 528
Хромофобная карцинома почки 113 мутация в промоторной области гена TERT, увеличение экспрессии этого гена[25]
Гипернефроидный рак 537
Папиллярный рак почки 291 мутации MET или SETD2, замалчивание CDKN2A,слияния TFE3, повышенная экспрессия NRF2 – компонента ARE сигнального пути[26]
Гепатоцеллюлярная карцинома 377
Легочная аденокарцинома 585 RIT1, MGA, абберации в NF1, MET, ERBB2 и RIT1 происходят в 13 % случаев[27]
Сквамозно-клеточная карцинома легких 504
Диффузная лимфома из больших В-клеток 58
Мезотелиома 87
Серозная цистаденокарцинома яичника 608 мутации в TP53 происходят в 96 % изученных случаях; мутации в BRCA1 и BRCA2 происходят в 21 % случаев[28]
Аденокарцинома поджелудочной железы 185
Ферохромоцитома и параганглиома 179
Аденокарцинома предстательной железы 500 слияние генов ERG, ETV1/4 и FLI1 или мутации генов SPOP, FOXA1 и IDH1 выявлены в 74% случаев, в 25% случаях рака предполагается нарушения в PI3K или MAPK сигнальных путях, также наблюдается инактивация генов репарации ДНК в 19%[29]
Аденокарцинома прямой кишки 172 Новые потенциальные различия: ARlD1A, SOX9, FAM123B/WTX; гиперэкспрессия: ERBB2, IGF2; мутации в WNT пути[23]
Саркома 261
Кожная меланома 470
Аденокарцинома желудка 443 PIK3CA, повышенный уровень метилирования ДНК, амплификация генов JAK2, CD274 и PDCD1LG2[30]
Опухоли тестикулярных эмбриональных клеток 150
Тимома 124
Тиреоидная карцинома 507 EIF1AX, PPM1D, CHEK2, а также различные слияния генов[31]
Маточная карциносаркома 57
Саркома эндометрия матки 560
Увеальная меланома 80

Примечания

  1. ↑ Home — The Cancer Genome Atlas — Cancer Genome — TCGA
  2. ↑ http://www.nih.gov/news/pr/dec2005/nci-13a.htm
  3. ↑ NIH Launches Cancer Genome Project
  4. ↑ National Institutes of Health to Map Genomic Changes of Lung, Brain, and Ovarian Cancers — TCGA
  5. ↑ NHGRI Funds Large-Scale Sequencing Centers — TCGA
  6. ↑ How It Works — TCGA
  7. ↑ Biospecimen Core Resource — TCGA
  8. ↑ Genome Characterization Centers — TCGA
  9. ↑ Genome Sequencing Centers — TCGA
  10. ↑ Genome Data Analysis Centers — TCGA
  11. ↑ Data Sharing and Data Management — TCGA
  12. ↑ The Cancer Genome Atlas — Data Portal
  13. ↑ 1 2 Proteome Characterization Centers — TCGA
  14. ↑ The Cancer Genome Atlas Reports First Results Of Comprehensive Study of Brain Tumors, September 4, 2008 News Release — National Institutes of Health (NIH)
  15. ↑ Four Subtypes of Glioblastoma Discovered — TCGA
  16. ↑ The Cancer Genome Atlas Research Network. (2011) Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma. Nature. 474(7353): 609—615
  17. ↑ The Cancer Genome Atlas (TCGA): The next stage — TCGA
  18. ↑ TCGA Network Publications (англ.). The Cancer Genome Atlas - National Cancer Institute. Дата обращения: 13 апреля 2017.
  19. ↑ The Cancer Genome Atlas — Data Portal
  20. ↑ Noushmehr, H., Weisenberger, D.J., Diefes, K., Phillips, H.S., Pujara, K., Berman, B.P., Pan F., Pelloski, K.E., Suhmar, E.P., Bhat, K.P.; et al. (2010). "Identification of a CpG island methylator phenotype that defines a distinct subgroup of glioma". Cancer Cell: 510–522. PMID 20399149. {{cite journal}}: Явное указание et al. в: |author= (справка)Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  21. ↑ The Cancer Genome Atlas Network (2012). "Comprehensive molecular portraits of human breast tumours". Nature: 61–70. PMID 23000897.
  22. ↑ Ciriello, Giovanni, et al. Comprehensive molecular portraits of invasive lobular breast cancer // Cell. — 2015. — Т. 163, № 2.
  23. ↑ 1 2 Muzny DM, Bainbridge MN; et al. (2012). "Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer". Nature: 330–337. PMID 22810696. {{cite journal}}: Явное указание et al. в: |author= (справка)
  24. ↑ Verhaak, R.G., Hoadley, K.A., Purdom, E., Wang, V., Qi, Y., Wilkerson, M.D., Miller, C.R., Ding, L., Golub, T., Mesirov, J.P., Alexe, G.; et al. (2010). "Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1". Cancer Cell: 98–110. PMID 20129251. {{cite journal}}: Явное указание et al. в: |author= (справка)Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  25. ↑ Davis, Ricketts; et al. (2014). "The somatic genomic landscape of chromophobe renal cell carcinoma". Cancer Cell: 319–330. PMID 25155756. {{cite journal}}: Неизвестный параметр |Issue= игнорируется (|issue= предлагается) (справка); Неизвестный параметр |Volume= игнорируется (|volume= предлагается) (справка); Явное указание et al. в: |author= (справка)
  26. ↑ The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma // New England Journal of Medicine. — 2016-01-14. — Т. 374, вып. 2. — С. 135–145. — ISSN 0028-4793. — doi:10.1056/NEJMoa1505917.
  27. ↑ Collisson EA, Campbell JD; et al. (2014). "Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma". Nature: 543–550. PMID 25079552. {{cite journal}}: Явное указание et al. в: |author= (справка)
  28. ↑ Creighton CJ1, Hernandez-Herrera A, Jacobsen A, Levine DA, Mankoo P, Schultz N, Du Y, Zhang Y, Larsson E, Sheridan R, Xiao W, Spellman PT, Getz G, Wheeler DA, Perou CM, Gibbs RA, Sander C, Hayes DN, Gunaratne PH; Cancer Genome Atlas Research Network. (2012). "Integrated analyses of microRNAs demonstrate their widespread influence on gene expression in high-grade serous ovarian carcinoma". PLoS One: e34546. PMID 22479643.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка) Википедия:Обслуживание CS1 (числовые имена: authors list) (ссылка)
  29. ↑ Cancer Genome Atlas Research Network. The Molecular Taxonomy of Primary Prostate Cancer // Cell. — 2015. — Т. 163, № 4.
  30. ↑ Bass AJ, Thorsson V; et al. (2014). "Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma". Nature: 202–209. PMID 25079317. {{cite journal}}: Явное указание et al. в: |author= (справка)
  31. ↑ Agrawal, Nishant; et al. (2014). "Integrated Genomic Characterization of Papillary Thyroid Carcinoma". Cell: 676–690. PMID 25417114. {{cite journal}}: Неизвестный параметр |Issue= игнорируется (|issue= предлагается) (справка); Неизвестный параметр |Volume= игнорируется (|volume= предлагается) (справка); Явное указание et al. в: |author= (справка)
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Атлас_ракового_генома&oldid=84831228