Rosetta@home

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Rosetta@home
Rosetta@home - логотип.gif
Разработчик

Baker laboratory, Вашингтонский университет, Rosetta Commons

Операционная система

Кроссплатформенное программное обеспечение

Первый выпуск

6 октября 2005

Аппаратная платформа

BOINC

Последняя версия

• Rosetta Beta: 5.98,
• Rosetta Mini: 3.46

Состояние

Активное

Лицензия

Free for academic and non-profit use, proprietary license available for commercial use[1]

Сайт

https://boinc.bakerlab.org/rosetta

Rosetta@home
Платформа

BOINC

Объём загружаемого ПО

48 МБ

Объём загружаемых данных задания

2,5 МБ

Объём отправляемых данных задания

6—150 КБ

Объём места на диске

130 МБ

Используемый объём памяти

255 МБ

Графический интерфейс

есть

Среднее время расчёта задания

0,5—10 часов (возможно управление временем)

Deadline

10 дней

Возможность использования GPU

нет

Схематичное изображение процесса вычислений, направленный на решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии — вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей.

Rosetta@Home — проект добровольных вычислений, направленный на решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии — вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершённому проекту «Геном человека» известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, несуществующих белков. Хотя большая часть проекта ориентируется на фундаментальные исследования в области улучшения точности и надежности методов протеомики, Rosetta@home также способствует прикладным исследованиям для борьбы с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями[2]. Foldit — это видеоигра от Rosetta@Home, которая стремится достигать целей проекта с краудсорсинг подходом.

Результаты вычислений Rosetta@Home не доступны напрямую. Так же, нельзя использовать результаты вычислений собственного компьютера.[3] Однако они используются для большого количества научных публикаций.[4]

По сути Rosetta — это компьютерная программа, основными задачами которой являются:

  • поиск структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности для предсказания структуры белка;
  • решение обратной задачи — поиск аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры;
  • расчёт взаимодействия комплекса белок-белок.

В данном проекте используется обратная связь по прогнозированию и полученным результатам, чтобы улучшать потенциальные функции и алгоритмы поиска.

Robetta[править | править вики-текст]

Университетом Вашингтона так же поддерживается проект Robetta. На сайте проекта любой может запустить расчёт белков. Робетта использует тот же софт, что и Rosetta@home, но не использует ресурсы участников (это планируется в будущем)[5]. Результаты расчётов доступны для скачивания не только запустившему задачу, но и любому желающему, однако хранятся на сервере всего неделю.[6]

Результаты, полученные проектом Робетта на данный момент могут быть использованы только в образовательных и исследовательских целях. Для коммерческого использования (например, для изготовления лекарств)[7] предлагается лицензировать rosetta и запускать на собственном оборудовании.

Примечания[править | править вики-текст]

См. также[править | править вики-текст]

Ссылки[править | править вики-текст]