SMC6

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
SMC6
Идентификаторы
ПсевдонимыSMC6, SMC-6, SMC6L1, hstructural maintenance of chromosomes 6
Внешние IDOMIM: 609387 MGI: 1914491 HomoloGene: 41575 GeneCards: SMC6
Расположение гена (человек)
2-я хромосома человека
Хр.2-я хромосома человека[1]
2-я хромосома человека
Расположение в геноме SMC6
Расположение в геноме SMC6
Локус2p24.2Начало17,663,812 bp[1]
Конец17,800,242 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
12-я хромосома мыши
Хр.12-я хромосома мыши[2]
12-я хромосома мыши
Расположение в геноме SMC6
Расположение в геноме SMC6
Локус12|12 A1.1Начало11,315,887 bp[2]
Конец11,369,786 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
  • secondary oocyte

  • corpus epididymis

  • right lobe of liver

  • minor salivary glands

  • stromal cell of endometrium
Наибольшая экспрессия в
  • primitive streak

  • seminiferous tubule

  • saccule
Дополнительные справочные данные
BioGPS
Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Молекулярная функция
Компонент клетки
Биологический процесс
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez

79677

67241

Ensembl

ENSG00000163029

ENSMUSG00000020608

UniProt

Q96SB8

Q924W5

RefSeq (мРНК)

NM_001142286
NM_024624

NM_025695
NM_001324476
NM_001361252

RefSeq (белок)

NP_001135758
NP_078900

NP_001311405
NP_079971
NP_001348181

Локус (UCSC)Chr 2: 17.66 – 17.8 MbChr 12: 11.32 – 11.37 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Логотип Викиданных Информация в Викиданных
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

SMC6 или белок структурной поддержки хромосом номер шесть (англ. Structural maintenance of chromosomes protein 6) — это белок, который у человека кодируется геном SMC6[5][6].

Участвует в альтернативном удлинении теломер, которое приводит к образованию раковых клеток[7].

Длина полипептидной цепи белка составляет 1091 аминокислотных остатков, а молекулярная масса — 126326 Да[8].

Структура[править | править код]

Здесь показано расположение белков Nse в комплексе SMC5/6 у почкующихся и делящихся дрожжей. Это изображение не включает Nse2, поскольку его положение в комплексе в настоящее время не известно.

SMC6 был впервые обнаружен у делящихся дрожжей под названием RAD18 (SMC6). Он образует гетеродимерный комплекс с белком Spr18 (SMC5)[9][10]. У дрожжей комплекс SMC5/6 имеет субъединицы, состоящие из SMC5, SMC6 и шести белков неструктурного поддержания хромосом (NSE). Субъединицы Nse1-Nse3-Nse4 соединяют головки Smc5 с Smc6 и обеспечивают связывание ДНК[11][12][13].

Субъединицы Nse[править | править код]

Субъединицы Nse1-Nse3-Nse4 соединяют головки белков Smc5 и Smc6 и позволяют комплексу связывать молекулу ДНК. Nse5 и Nse6 образуют субкомплекс, который локализуется на головке комплекса SMC5/6 у почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae и на петлях комплекса SMC5/6 у дрожжей деления Schizosaccharomyces pombe. Субкомплекс Nse5/6 необходим для репликации S. cerevisiae, но не был охарактеризован как важный для S. pombe. Ортологичные Nse5-Nse6 белки существуют и у других эукариот, а именно ASAP1-SNI1 у Arabidopsis thaliana и SLF1-SLF2 у человека, которые, как полагают, выполняют функции, сходные с их аналогами Nse. Локализация SLF1 и SLF2 в комплексе SMC5/6 человека неизвестна[14][15].

Локализация[править | править код]

Комплекс Smc5/6 имеет способы локализации, которые не являются в значительной степени консервативными. У человека комплекс локализуется на вирусных последовательностях ДНК с помощью факторов локализации SMC5/6 1 и 2 (SLF1 и SLF2), что способствует устойчивости к вирусам[16]. У растения A. thaliana этот гетеродимер может быть локализован на двуцепочечных разрывах для гомологичной рекомбинации с помощью комплекса SWI3B пути SWI/SNF[17]. После локализации на ДНК комплекс SCM5/6 неспецифически связывается с ~ 20 парами оснований ДНК[18].

Роль в рекомбинации и мейозе[править | править код]

Белки Smc6 и Smc5 образуют гетеродимерную кольцеподобную структуру и вместе с другими не-SMC элементами формируют комплекс SMC-5/6. У червя Caenorhabditis elegans этот комплекс взаимодействует с хеликазой HIM-6(BLM), способствуя промежуточному процессингу мейотической рекомбинации и созреванию хромосом[19]. Комплекс SMC-5/6 в ооцитах мыши необходим для формирования сегрегационных компетентных бивалентов во время мейоза[20]. У дрожжей Saccharomyces cerevisiae SMC6 необходим для устойчивости к повреждениям ДНК, а также для индуцированной повреждениями межхромосомной и сестринской хроматидной рекомбинации[21]. У людей синдром поломки хромосом, характеризующийся тяжёлым заболеванием лёгких в раннем детстве, связан с мутацией в одном из компонентов комплекса SMC-5/6[22]. В клетках пациентов наблюдаются хромосомные перестройки, микроядра, чувствительность к повреждениям ДНК и дефектная гомологичная рекомбинация.

Примечания[править | править код]

  1. ↑ 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000163029 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020608 - Ensembl, May 2017
  3. ↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ↑ Wiemann S., Weil B., Wellenreuther R., Gassenhuber J., Glassl S., Ansorge W., Bocher M., Blocker H., Bauersachs S., Blum H., Lauber J., Dusterhoft A., Beyer A., Kohrer K., Strack N., Mewes H.W., Ottenwalder B., Obermaier B., Tampe J., Heubner D., Wambutt R., Korn B., Klein M., Poustka A. Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs (англ.) // Genome Res  (англ.) (рус. : journal. — 2001. — March (vol. 11, no. 3). — P. 422—435. — doi:10.1101/gr.GR1547R. — PMID 11230166. — PMC 311072.
  6. ↑ Entrez Gene: SMC6 structural maintenance of chromosomes 6. Архивировано 5 декабря 2010 года.
  7. ↑ Potts P.R., Yu H. The SMC5/6 complex maintains telomere length in ALT cancer cells through SUMOylation of telomere-binding proteins. (англ.) // Nat. Struct. Mol. Biol. : journal. — 2007. — Vol. 14, no. 7. — P. 581—590. — doi:10.1038/nsmb1259. — PMID 17589526.
  8. ↑ UniProt, Q96SB8 (англ.). Дата обращения: 19 декабря 2023. Архивировано 19 декабря 2023 года.
  9. ↑ Fousteri MI, Lehmann AR (April 2000). "A novel SMC protein complex in Schizosaccharomyces pombe contains the Rad18 DNA repair protein". The EMBO Journal. 19 (7): 1691—702. doi:10.1093/emboj/19.7.1691. PMC 310237. PMID 10747036.
  10. ↑ Lehmann AR, Walicka M, Griffiths DJ, Murray JM, Watts FZ, McCready S, Carr AM (December 1995). "The rad18 gene of Schizosaccharomyces pombe defines a new subgroup of the SMC superfamily involved in DNA repair". Molecular and Cellular Biology. 15 (12): 7067—80. doi:10.1128/mcb.15.12.7067. PMC 230962. PMID 8524274.
  11. ↑ Palecek J, Vidot S, Feng M, Doherty AJ, Lehmann AR (December 2006). "The Smc5-Smc6 DNA repair complex: bridging of the Smc5-Smc6 heads by the KLEISIN, Nse4, and non-Kleisin subunits". The Journal of Biological Chemistry. 281 (48): 36952—36959. doi:10.1074/jbc.M608004200. PMID 17005570.
  12. ↑ Zabrady K, Adamus M, Vondrova L, Liao C, Skoupilova H, Novakova M, Jurcisinova L, Alt A, Oliver AW, Lehmann AR, Palecek JJ (February 2016). "Chromatin association of the SMC5/6 complex is dependent on binding of its NSE3 subunit to DNA". Nucleic Acids Research. 44 (3): 1064—1079. doi:10.1093/nar/gkv1021. PMC 4756808. PMID 26446992.
  13. ↑ Vondrova L, Kolesar P, Adamus M, Nociar M, Oliver AW, Palecek JJ (June 2020). "A role of the Nse4 kleisin and Nse1/Nse3 KITE subunits in the ATPase cycle of SMC5/6". Scientific Reports. 10 (1): 9694. Bibcode:2020NatSR..10.9694V. doi:10.1038/s41598-020-66647-w. PMC 7297730. PMID 32546830.
  14. ↑ Yan, Shunping; Wang, Wei; Marqués, Jorge; Mohan, Rajinikanth; Saleh, Abdelaty; Durrant, Wendy E.; Song, Junqi; Dong, Xinnian (2013-11-21). "Salicylic Acid Activates DNA Damage Responses to Potentiate Plant Immunity". Molecular Cell (англ.). 52 (4): 602—610. doi:10.1016/j.molcel.2013.09.019. ISSN 1097-2765. PMC 3863363. PMID 24207055.
  15. ↑ Diaz, Mariana; Pecinka, Ales (2018-01-12). "Scaffolding for Repair: Understanding Molecular Functions of the SMC5/6 Complex". Genes (англ.). 9 (1): 36. doi:10.3390/genes9010036. ISSN 2073-4425. PMC 5793187. PMID 29329249.
  16. ↑ Oravcová, Martina; Nie, Minghua; Zilio, Nicola; Maeda, Shintaro; Jami-Alahmadi, Yasaman; Lazzerini-Denchi, Eros; Wohlschlegel, James A; Ulrich, Helle D; Otomo, Takanori; Boddy, Michael N (2022-11-14). Chiolo, Irene E; Tyler, Jessica K (eds.). "The Nse5/6-like SIMC1-SLF2 complex localizes SMC5/6 to viral replication centers". eLife. 11: e79676. doi:10.7554/eLife.79676. ISSN 2050-084X. PMC 9708086. PMID 36373674.
  17. ↑ Jiang, Jieming; Mao, Ning; Hu, Huan; Tang, Jiahang; Han, Danlu; Liu, Song; Wu, Qian; Liu, Yiyang; Peng, Changlian; Lai, Jianbin; Yang, Chengwei (2019-07-23). "A SWI/SNF subunit regulates chromosomal dissociation of structural maintenance complex 5 during DNA repair in plant cells". Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). 116 (30): 15288—15296. Bibcode:2019PNAS..11615288J. doi:10.1073/pnas.1900308116. ISSN 0027-8424. PMC 6660752. PMID 31285327.
  18. ↑ Yu, You; Li, Shibai; Ser, Zheng; Kuang, Huihui; Than, Thane; Guan, Danying; Zhao, Xiaolan; Patel, Dinshaw J. (2022-06-07). "Cryo-EM structure of DNA-bound Smc5/6 reveals DNA clamping enabled by multi-subunit conformational changes". Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.). 119 (23): e2202799119. Bibcode:2022PNAS..11902799Y. doi:10.1073/pnas.2202799119. ISSN 0027-8424. PMC 9191643. PMID 35648833.
  19. ↑ Hong Y, Sonneville R, Agostinho A, Meier B, Wang B, Blow JJ, Gartner A (2016). "The SMC-5/6 Complex and the HIM-6 (BLM) Helicase Synergistically Promote Meiotic Recombination Intermediate Processing and Chromosome Maturation during Caenorhabditis elegans Meiosis". PLOS Genet. 12 (3): e1005872. doi:10.1371/journal.pgen.1005872. PMC 4807058. PMID 27010650.
  20. ↑ Hwang G, Sun F, O'Brien M, Eppig JJ, Handel MA, Jordan PW (2017). "SMC5/6 is required for the formation of segregation-competent bivalent chromosomes during meiosis I in mouse oocytes". Development. 144 (9): 1648—1660. doi:10.1242/dev.145607. PMC 5450844. PMID 28302748.
  21. ↑ Onoda F, Takeda M, Seki M, Maeda D, Tajima J, Ui A, Yagi H, Enomoto T (2004). "SMC6 is required for MMS-induced interchromosomal and sister chromatid recombinations in Saccharomyces cerevisiae". DNA Repair (Amst.). 3 (4): 429—39. doi:10.1016/j.dnarep.2003.12.007. PMID 15010319.
  22. ↑ van der Crabben SN, Hennus MP, McGregor GA, Ritter DI, Nagamani SC, Wells OS, Harakalova M, Chinn IK, Alt A, Vondrova L, Hochstenbach R, van Montfrans JM, Terheggen-Lagro SW, van Lieshout S, van Roosmalen MJ, Renkens I, Duran K, Nijman IJ, Kloosterman WP, Hennekam E, Orange JS, van Hasselt PM, Wheeler DA, Palecek JJ, Lehmann AR, Oliver AW, Pearl LH, Plon SE, Murray JM, van Haaften G (2016). "Destabilized SMC5/6 complex leads to chromosome breakage syndrome with severe lung disease". J. Clin. Invest. 126 (8): 2881—92. doi:10.1172/JCI82890. PMC 4966312. PMID 27427983.
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=SMC6&oldid=135891184