Рибулозобисфосфаткарбоксилаза

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к: навигация, поиск
Рибулозобисфосфаткарбоксилаза
Rubisco.png
Модель молекулы Рубиско. Белым и серым цветами показаны большие цепи, синим и оранжевым — малые. Две большие цепи (одна белая и одна серая) объединены в димер.
Идентификаторы
Шифр КФ

4.1.1.39

Номер CAS

9027-23-0

Базы ферментов
IntEnz

IntEnz view

BRENDA

BRENDA entry

ExPASy

NiceZyme view

MetaCyc

metabolic pathway

KEGG

KEGG entry

PRIAM

profile

PDB structures

RCSB PDB PDBe PDBsum

Gene Ontology

AmiGO • EGO

Поиск
PMC

статьи

PubMed

статьи

NCBI

NCBI proteins

CAS

9027-23-0

Рибулозобисфосфаткарбоксилаза (Рибулозобисфосфаткарбоксилаза/оксигеназа, рибулёзобифосфаткарбоксилаза/оксигеназа, англ. Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase, RuBisCO) — фермент (КФ 4.1.1.39), катализирующий присоединение углекислого газа к рибулозо-1,5-бифосфату на первой стадии цикла Кальвина, а также реакцию окисления рибулозобифосфата на первой стадии процесса фотодыхания. Является одним из важнейших ферментов в природе, поскольку играет центральную роль в основном механизме поступления неорганического углерода в биологический круговорот. Рибулозобисфосфаткарбоксилаза является основным ферментом листьев растений и поэтому считается наиболее распространённым ферментом на Земле.[1]

Структура[править | править вики-текст]

У растений, цианобактерий и хемоавтотрофных протеобактерий фермент обычно состоит из двух типов белковых субъединиц:

  • Большая цепь (L, массой 55 000 Да)
  • Малая цепь (S, массой 13 000 Да)

Активный центр фермента находится на больших цепях, объединённых в димеры. Все 8 димеров больших цепей и 8 малых цепи объединены в единый комплекс массой 540 000 Да. У некоторых протеобактерий малых цепей в составе рубиско не обнаружено. При этом большие цепи кодируются в ДНК хлоропласта, а малые — в ядре и транспортируются в хлоропласт перед сборкой всего белка[2].

Для работы фермента необходимы ионы Mg2+, которые размещаются в активном центре и способствуют присоединению CO2 к остатку лизина, в ходе чего образуется карбамат[3]. Образование карбамата протекает легче в щелочной среде: роль pH и ионов магния в регуляции работы фермента описано ниже.

Каталитическое действие[править | править вики-текст]

Субстратами для рибулозобифосфаткарбоксилазы являются рибулозо-1,5-бисфосфат, углекислый газ и вода, вместо углекислого газа может быть метаболизирован молекулярный кислород.

  • В случае углекислого газа первым промежуточным продуктом выступает нестабильный шестиуглеродный фосфорилированный сахар, который сразу же распадается на две молекулы 3-фосфоглицериновой кислоты (3-фосфоглицерата). Фосфоглицерат используется для синтеза глюкозы.
  • В случае кислорода продуктами реакции являются 3-фосфоглицерат и фосфат гликолевой кислоты (ФГК). ФГК растения далее используют в процессе фотодыхания.

Реакция, проводимая ферментом, протекает относительно медленно (используются лишь несколько молекул углекислого газа в секунду) и является лимитирующей стадией всего цикла Кальвина. Константа Михаэлиса для карбоксилазной реакции рибулозобисфосфаткарбоксилазы равна 10±4 мкМ CO2, для оксигеназной 0,5 мкМ O2, для рибулозобифосфата 1,5±0,5 мкМ.

Регуляция[править | править вики-текст]

У высших растений и некоторых водорослей фермент, активирующий рибулозобисфосфаткарбоксилазу (активаза)[4] необходим для формирования карбамата на активном центре. Активаза необходима, чтобы образованием карбамата уменьшить связь между рибулозобисфосфатом и активным центром и облегчить высвобождение продукта.

2-карбокси-D-арабитинол-1-фосфат связывается с активным центром рибулозобисфосфаткарбоксилазы и является её ингибитором. На свету фермент, активирующий рибулозобисфосфаткарбоксилазу вызывает диссоциацию ингибитора от активного центра. В диссоциированном состоянии ингибитор инактивируется CA1P-фосфатазой.

Фермент, активирующий рибулозобисфосфаткарбоксилазу, требует энергии АТФ и ингибируется при повышении концентрации АДФ. Активность рибулозобисфосфаткарбоксилазы косвенно регулируется соотношением концентрацией АТР/ADP.

Изменение конформации и снижение активности рибулозобисфосфаткарбоксилазы также наблюдется при наличии фосфат-аниона.

Сильно зависит активность фермента от концентрации CO2. Растения с C4-фотосинтезом и CAM-фотосинтезом выработали механизмы её увеличения и активации рибулозобисфосфаткарбоксилазы.

Генная инженерия[править | править вики-текст]

Оксигеназная активность рибулозобисфосфаткарбоксилазы приводит к потерям углерода из цикла Кальвина в ходе фотодыхания и снижает эффективность фотосинтеза. В этой связи проводились неоднократные попытки модифицировать гены, кодирующие синтез фермента, с тем, чтобы увеличить карбоксилазную и сократить оксигеназную активности. Одним из наиболее перспективных направлений здесь представляется трансплантация генов из красной водоросли Galdieria partita, рибулозобисфосфаткарбоксилаза которой обладает естественной высокой специфичностью к CO2, в высшие культурные растения. Это, предположительно, может увеличить их урожайность. В качестве донора генов в ряде исследований также выступает пурпурная бактерия Rhodospirillum rubrum[5].

Примечания[править | править вики-текст]

  1. Cooper, Geoffrey M. 10.The Chloroplast Genome // The Cell: A Molecular Approach. — 2nd. — Washington, D.C: ASM Press, 2000. — ISBN 0-87893-106-6.
    (given that plants make up greater than 99% of the biomass on Earth.)
    Dhingra A, Portis AR, Daniell H (April 2004). «Enhanced translation of a chloroplast-expressed RbcS gene restores small subunit levels and photosynthesis in nuclear RbcS antisense plants». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (16): 6315–20. DOI:10.1073/pnas.0400981101. PMID 15067115. “(Rubisco) is the most prevalent enzyme on this planet, accounting for 30–50% of total soluble protein in the chloroplast;”
  2. См. Dhingra A, Portis AR Jr, Daniell H. Enhanced translation of a chloroplast-expressed RbcS gene restores small subunit levels and photosynthesis in nuclear RbcS antisense plants. 2004 Apr 5 [1]
  3. Harvey Lodish, Arnold Berk, S. Lawrence Zipursky, Paul Matsudaira, David Baltimore and James E. Darnell Molecular Cell Biology, 4th edition, Published by W. H. Freeman & Co. (2000) New York. Иллюстрация в книге показывает структуру активного центра и место магния в нём
  4. A. R. Portis Rubisco activase—Rubisco’s catalytic chaperone // Jr in Photosynthesis Research (2003), volume 75, pages 11-27.
  5. Whitney S. M., Andrews T. J. Plastome-encoded bacterial ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RubisCO) supports photosynthesis and growth in tobacco. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2001. — Vol. 98, no. 25. — P. 14738–14743. — DOI:10.1073/pnas.261417298. — PMID 11724961. исправитьJohn Andrews T., Whitney S. M. Manipulating ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase in the chloroplasts of higher plants. (англ.) // Archives of biochemistry and biophysics. — 2003. — Vol. 414, no. 2. — P. 159–169. — PMID 12781767. исправитьSpreitzer R. J., Salvucci M. E. Rubisco: structure, regulatory interactions, and possibilities for a better enzyme. (англ.) // Annual review of plant biology. — 2002. — Vol. 53. — P. 449–475. — DOI:10.1146/annurev.arplant.53.100301.135233. — PMID 12221984. исправитьParry M. A., Andralojc P. J., Mitchell R. A., Madgwick P. J., Keys A. J. Manipulation of Rubisco: the amount, activity, function and regulation. (англ.) // Journal of experimental botany. — 2003. — Vol. 54, no. 386. — P. 1321–1333. — PMID 12709478. исправить