Википедия:Кандидаты в хорошие статьи/4 мая 2020

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
В хорошие статьи
13 апреля
14 апреля
15 апреля
16 апреля
17 апреля
18 апреля
19 апреля
20 апреля
21 апреля
22 апреля
23 апреля
24 апреля
25 апреля
26 апреля
27 апреля
28 апреля
29 апреля
30 апреля
1 мая
2 мая
3 мая
4 мая
Предыдущий день | Следующий день
Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Статья о молекулярном докинге, ранее была номинирована на добротную, но не прошла по количеству символов. Была номинирована на хорошую. Также прошла рецензирование. Все замечания были исправлены. Evel147 (обс.)

За[править код]

Против[править код]

  • Статья напоминает слабый студенческий реферат. Информации даже меньше, чем в книжке десятилетней давности (ISBN 978-5-9963-2401-9) -- можно было бы взять и переписать своими словами, пользы было бы больше. Отсутствует структура изложения, нет иллюстраций. В преамбуле нет краткого описания методов и области применения. Нет истории. Рассуждения про "ключ-замок" не имеют отношения к проблеме. Половина статьи написана не на русском языке ("В этой аналогии партнёры докинга — жёсткие тела, что неверно для молекулярных систем"; "сканирования библиотек различных соединений, как низкомолекулярных, так и комплексных"; "молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения её доступности площади поверхности"). Постановка задачи не сформулирована. В раздел "сфера применения" навалены случайные факты, не связанные друг с другом. Раздел "подходы к моделированию" не соответствует реальности и не содержит даже самых распространённых методов (обратный образ сайта связывания, сборка лиганда в сайте, генетический алгоритм, жёсткий докинг). Для методов не изложена теория, не приведены блок-схемы алгоритмов. Затем происходит переход к виртуальному скринингу методом докинга, который вообще не имеет отношения к теме статьи: докинг -- это исключительно метод генерации способов связывания лиганда с рецептором и выбора оптимального среди них; возможность применения этого метода as is для виртуального скрининга является полезной плюшкой, но далеко не все методы докинга вообще стоит применять для виртуального скрининга. В статье регулярно употребляются жаргонизмы типа "симуляция", "стыковка", "поза", машинный перевод "цель" (на самом деле "мишень"). Оценочные функции, играющие ключевую роль в докинге, рассмотрены одним мини-абзацем, в котором упоминается только один тип из нескольких регулярно применяемых (эмпирические, статистические, на силовых полях, нейросетевые, мишень-специфичные и т.д.). Список программ приведён без каких-либо пояснений -- должны быть указаны как минимум алгоритм докинга, доступные оценочные функции, время выода первой версии, статья с описанием программы, разработчик, лицензия. Раздел про оценку алгоритмов вообще не имеет смысла -- фактор обогащения является метрикой успешности виртуального скрининга, но про другие метрики из примерно десятка базовых ни слова; словосочетание "сопоставительный анализ" не используется, методы не описываются. В общем, статья крайне сырая. (−) Отказать. Bible Black 21:11, 17 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Статья была скорректирована и доработана в т.ч. постановка задачи, подходы к моделированию. Жаргонизмы исправлены, часть терминов принятых к употреблению (симуляция и поза) оставлены. Программы потенциально можно просто удалить, в связи с их огромным количеством и постоянным изобретением новых, вряд-ли это необходимо в контексте статьи. — Эта реплика добавлена участником Evel147 (ов) 18:30, 20 мая 2020 (UTC)[ответить]
    • «Симуляция» и «поза» — не термины, а жаргонизмы. Симулируют болезни и оргазмы, в этой статье ни про то, ни про другое. В русском научном языке для перевода слов «simulation» и «docking solution» используются слова «моделирование» и «решение докинга», соответственно. Остальные замечания вообще не исправлены. Советую отвечать подробно и по пунктам — какие изменения внесены. Bible Black 18:11, 20 мая 2020 (UTC)[ответить]

Комментарии[править код]

  • В статье имеются проблемы с проверяемостью, см. запросы источников по тексту. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Ещё один подход должен использовать дескрипторную технику формы Фурье. Надо бы викифицировать этот термин или как-то пояснить. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • методы взаимозависимости формы. Несогласовано, может, метод определения взаимозависимости формы? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • узнавать о гибкости лиганда. Не по-русски, как можно узнавать о гибкости лиганда? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Множество разных стратегий поиска в конформационном пространстве были применены для моделирования лиганда и рецептора. Следующий далее список ничего не говорит несведущему читателю. Надо хотя бы в двух словах пояснить, в чем суть каждой стратегии. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Исходные структуры могут быть гораздо быстрее семплированы. Надо пояснить, что значит "семплированы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Построение раздела "Программы для молекулярной стыковки" нелогично. В конце идет длинный список без каких-либо комментариев, рядовой читатель даже не поймёт, что в нём перечислено. Ну и от accessdate в каждой ссылке рябит в глазах, думаю, его можно убрать. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • В случае малых молекул для сопоставительного анализа могут быть взяты специальные референсные наборы Надо добавить пояснение, что имеется в виду под "референсные наборы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Подраздел "Точность докинга" слишком короткий. Его нужно либо дополнить, либо слить с другими разделами. — Eruvanda (обс.) 11:36, 16 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Большое спасибо за комментарии. Все ссылки восстановлены и все замечания исправлены. Единственное, раздел "Программы для молекулярной стыковки" - был написан участниками ранее, в нем списком представлены некоторые программы для докинга. Ранее при номинировании было высказано замечание, что необходимо добавить accessdate в каждой ссылке, так как непонятно когда данные сервисы были проверены. В связи с замечанием они были добавлены. И сам список был обновлен. Evel147 (обс.)
  • Со сносками 32 и 42 какая-то беда :( — Eruvanda (обс.) 20:43, 17 мая 2020 (UTC)[ответить]
  • Спасибо, все исправлено! Evel147 (обс.)

Итог?[править код]

Плюс к работе ОА, проделанной по замечаниям, я заменила «симуляцию» и «позу», удалила раздел "См. также", которого в ХС быть не должно и потенциально бесконечный список программ. Статья достаточна как краткое введение в предмет. Статья соответствует требованиям, статус присвоен. ОА совет на будущее избегать канцеляризмов вроде "данная задача", "решению определенным способом" и т.п. Victoria (обс.) 15:42, 8 июня 2020 (UTC)[ответить]

  • Victoria, вы это серьёзно? ни одно из принципиальных возражений, на которые я указал, не исправлено. В статье вообще нет введения в предмет, это несистематизированный сборник случайных фактов, в котором нет логики изложения. Bible Black 17:53, 8 июня 2020 (UTC)[ответить]