Википедия:Кандидаты в хорошие статьи/4 мая 2020: различия между версиями
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Содержимое удалено Содержимое добавлено
Minina (обсуждение | вклад) |
Starless (обсуждение | вклад) |
||
Строка 6: | Строка 6: | ||
=== Против === |
=== Против === |
||
* Статья напоминает слабый студенческий реферат. Информации даже меньше, чем в книжке десятилетней давности (ISBN 978-5-9963-2401-9) -- можно было бы взять и переписать своими словами, пользы было бы больше. Отсутствует структура изложения, нет иллюстраций. В преамбуле нет краткого описания методов и области применения. Нет истории. Рассуждения про "ключ-замок" не имеют отношения к проблеме. Половина статьи написана не на русском языке ("В этой аналогии партнёры докинга — жёсткие тела, что неверно для молекулярных систем"; "сканирования библиотек различных соединений, как низкомолекулярных, так и комплексных"; "молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения её доступности площади поверхности"). Постановка задачи не сформулирована. В раздел "сфера применения" навалены случайные факты, не связанные друг с другом. Раздел "подходы к моделированию" не соответствует реальности и не содержит даже самых распространённых методов (обратный образ сайта связывания, сборка лиганда в сайте, генетический алгоритм, жёсткий докинг). Для методов не изложена теория, не приведены блок-схемы алгоритмов. Затем происходит переход к виртуальному скринингу методом докинга, который вообще не имеет отношения к теме статьи: докинг -- это исключительно метод генерации способов связывания лиганда с рецептором и выбора оптимального среди них; возможность применения этого метода as is для виртуального скрининга является полезной плюшкой, но далеко не все методы докинга вообще стоит применять для виртуального скрининга. В статье регулярно употребляются жаргонизмы типа "симуляция", "стыковка", "поза", машинный перевод "цель" (на самом деле "мишень"). Оценочные функции, играющие ключевую роль в докинге, рассмотрены одним мини-абзацем, в котором упоминается только один тип из нескольких регулярно применяемых (эмпирические, статистические, на силовых полях, нейросетевые, мишень-специфичные и т.д.). Список программ приведён [[ВП:НЕКАТАЛОГ|без каких-либо пояснений]] -- должны быть указаны как минимум алгоритм докинга, доступные оценочные функции, время выода первой версии, статья с описанием программы, разработчик, лицензия. Раздел про оценку алгоритмов вообще не имеет смысла -- фактор обогащения является метрикой успешности виртуального скрининга, но про другие метрики из примерно десятка базовых ни слова; словосочетание "сопоставительный анализ" [[ВП:ОРИСС|не используется]], методы не описываются. В общем, статья крайне сырая. {{против|Отказать.}} [[U:Starless|Bible Black]] 21:11, 17 мая 2020 (UTC) |
|||
=== Комментарии === |
=== Комментарии === |
Версия от 21:11, 17 мая 2020
На этой странице обсуждаются кандидаты в хорошие статьи русской Википедии. |
Правила обсуждения
|
Статья о молекулярном докинге, ранее была номинирована на добротную, но не прошла по количеству символов. Была номинирована на хорошую. Также прошла рецензирование. Все замечания были исправлены. Evel147 (обс.)
За
Против
- Статья напоминает слабый студенческий реферат. Информации даже меньше, чем в книжке десятилетней давности (ISBN 978-5-9963-2401-9) -- можно было бы взять и переписать своими словами, пользы было бы больше. Отсутствует структура изложения, нет иллюстраций. В преамбуле нет краткого описания методов и области применения. Нет истории. Рассуждения про "ключ-замок" не имеют отношения к проблеме. Половина статьи написана не на русском языке ("В этой аналогии партнёры докинга — жёсткие тела, что неверно для молекулярных систем"; "сканирования библиотек различных соединений, как низкомолекулярных, так и комплексных"; "молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения её доступности площади поверхности"). Постановка задачи не сформулирована. В раздел "сфера применения" навалены случайные факты, не связанные друг с другом. Раздел "подходы к моделированию" не соответствует реальности и не содержит даже самых распространённых методов (обратный образ сайта связывания, сборка лиганда в сайте, генетический алгоритм, жёсткий докинг). Для методов не изложена теория, не приведены блок-схемы алгоритмов. Затем происходит переход к виртуальному скринингу методом докинга, который вообще не имеет отношения к теме статьи: докинг -- это исключительно метод генерации способов связывания лиганда с рецептором и выбора оптимального среди них; возможность применения этого метода as is для виртуального скрининга является полезной плюшкой, но далеко не все методы докинга вообще стоит применять для виртуального скрининга. В статье регулярно употребляются жаргонизмы типа "симуляция", "стыковка", "поза", машинный перевод "цель" (на самом деле "мишень"). Оценочные функции, играющие ключевую роль в докинге, рассмотрены одним мини-абзацем, в котором упоминается только один тип из нескольких регулярно применяемых (эмпирические, статистические, на силовых полях, нейросетевые, мишень-специфичные и т.д.). Список программ приведён без каких-либо пояснений -- должны быть указаны как минимум алгоритм докинга, доступные оценочные функции, время выода первой версии, статья с описанием программы, разработчик, лицензия. Раздел про оценку алгоритмов вообще не имеет смысла -- фактор обогащения является метрикой успешности виртуального скрининга, но про другие метрики из примерно десятка базовых ни слова; словосочетание "сопоставительный анализ" не используется, методы не описываются. В общем, статья крайне сырая. Отказать. Bible Black 21:11, 17 мая 2020 (UTC)
Комментарии
- В статье имеются проблемы с проверяемостью, см. запросы источников по тексту. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- Ещё один подход должен использовать дескрипторную технику формы Фурье. Надо бы викифицировать этот термин или как-то пояснить. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- методы взаимозависимости формы. Несогласовано, может, метод определения взаимозависимости формы? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- узнавать о гибкости лиганда. Не по-русски, как можно узнавать о гибкости лиганда? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- Множество разных стратегий поиска в конформационном пространстве были применены для моделирования лиганда и рецептора. Следующий далее список ничего не говорит несведущему читателю. Надо хотя бы в двух словах пояснить, в чем суть каждой стратегии. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- Исходные структуры могут быть гораздо быстрее семплированы. Надо пояснить, что значит "семплированы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- Построение раздела "Программы для молекулярной стыковки" нелогично. В конце идет длинный список без каких-либо комментариев, рядовой читатель даже не поймёт, что в нём перечислено. Ну и от accessdate в каждой ссылке рябит в глазах, думаю, его можно убрать. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- В случае малых молекул для сопоставительного анализа могут быть взяты специальные референсные наборы Надо добавить пояснение, что имеется в виду под "референсные наборы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
- Подраздел "Точность докинга" слишком короткий. Его нужно либо дополнить, либо слить с другими разделами. — Eruvanda (обс.) 11:36, 16 мая 2020 (UTC)
- Большое спасибо за комментарии. Все ссылки восстановлены и все замечания исправлены. Единственное, раздел "Программы для молекулярной стыковки" - был написан участниками ранее, в нем списком представлены некоторые программы для докинга. Ранее при номинировании было высказано замечание, что необходимо добавить accessdate в каждой ссылке, так как непонятно когда данные сервисы были проверены. В связи с замечанием они были добавлены. И сам список был обновлен. Evel147 (обс.)
- Со сносками 32 и 42 какая-то беда :( — Eruvanda (обс.) 20:43, 17 мая 2020 (UTC)