Малые интерферирующие РНК: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
Строка 30: Строка 30:
=== Побочные эффекты ===
=== Побочные эффекты ===
Сбой цели --- это еще одна трудность при использовании миРНК как инструмента для достидения нокдауна генов. Гены с неполной комплементарностью блокируются миРНК (т. е. фаутически миРНК действует как микроРНК), что приводит к трудностям в интерпретации результатов опытов и сожержит риск токсичности. Однако, этого можно избежать, организуя соответствующие контрольные опыты, и создавая алгоритмы конструирования миРНК, которые приводят к миРНК, не дающим сбоев цели.
Сбой цели --- это еще одна трудность при использовании миРНК как инструмента для достидения нокдауна генов. Гены с неполной комплементарностью блокируются миРНК (т. е. фаутически миРНК действует как микроРНК), что приводит к трудностям в интерпретации результатов опытов и сожержит риск токсичности. Однако, этого можно избежать, организуя соответствующие контрольные опыты, и создавая алгоритмы конструирования миРНК, которые приводят к миРНК, не дающим сбоев цели.
Затем можно проанализировать экспрессию генов по всему геному, например, при помощи метода микромассивов ({{lang: англ.|microarray technology}}), чтобы проверить отсутствие сбоев цели и поизвести дальнейшую настройку алгиритмов. В работе 2006 года,
Затем можно проанализировать экспрессию генов по всему геному, например, при помощи метода микромассивов ({{lang-en|microarray technology}}), чтобы проверить отсутствие сбоев цели и поизвести дальнейшую настройку алгиритмов. В работе 2006 года,
A 2006 paper from the laboratory of Dr. Khvorova implicates 6- or 7-basepair-long stretches from position 2 onward in the siRNA matching with 3’UTR regions in off-targeted genes.<ref>{{cite journal |author=Birmingham A, Anderson E, Reynolds A, Ilsley-Tyree D, Leake D, Fedorov Y, Baskerville S, Maksimova E, Robinson K, Karpilow J, Marshall W, Khvorova A |title=3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets |journal=Nat Methods |volume=3 |issue=3 |pages=199–204 |year=2006 |doi= 10.1038/nmeth854 |pmid=16489337}}</ref>
A 2006 paper from the laboratory of Dr. Khvorova implicates 6- or 7-basepair-long stretches from position 2 onward in the siRNA matching with 3’UTR regions in off-targeted genes.<ref>{{cite journal |author=Birmingham A, Anderson E, Reynolds A, Ilsley-Tyree D, Leake D, Fedorov Y, Baskerville S, Maksimova E, Robinson K, Karpilow J, Marshall W, Khvorova A |title=3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets |journal=Nat Methods |volume=3 |issue=3 |pages=199–204 |year=2006 |doi= 10.1038/nmeth854 |pmid=16489337}}</ref>


Версия от 15:41, 17 августа 2011

Малые интерферирующие РНК или короткие интерферирующие РНК (англ. siRNA, small interfering RNA) — это класс двуцепочечных РНК, длиной 20-25 нуклеотидов. Малые интерферирующие РНК принимают участие в процессах РНК-интерференции (англ. RNAi), понижая экспрессию специфических генов.

Малые интерферирующие РНК принимают участие в реакциях РНК-интерференции, например, в противовирусных реакциях и поддержании структуры хроматина. Молекулярные механизмы данных взаимодействий в настоящее время исследуются, в частности, была предложена гипотеза участия малых РНК в РНК-зависимом метилировании ДНК.[1]

История

Малые интерферирующие РНК были открыты группой Дэвида Болкомба (англ. David Baulcombe) в Великобритании, как часть пост-транскрипционного сайленсинга генов у растений (англ. PTGS, en:post-transcriptional gene silencing). Группа опубликовала полученные данные в журнале Science[2].

В 2001 году группой Томаса Тущла (англ. Thomas Tuschl) с соавторами для синтетических миРНК была показана возможность индукции РНК-интерференции в клетках млекопитающих, результаты были опубликованы в журнале Nature[3]. Это открытие привело к росту интереса к использованию РНК-интерференции для биомедицинских исследований и разработки лекарственных препаратов.

Структура

Малые интерферирующие РНК представляют собой короткие (как правило, длиной 21 нуклеотид) двуцепочечные РНК с двумя неспаренными выступающими нуклеотидами на 3' конце.

Механизм синтеза малых интерферирующих РНК

Каждая цепочка нуклеотидов имеет фосфатную группу на 5'-конце и 3'-гидроксильную группу. Такая структура siRNA образуется в результате активности фермента Dicer, субстратом которого являются длинные двуцепочечные РНК или короткие РНК, содержащие шпильки.[4] Малые интерферирующие РНК могут быть искусственно введены в клетки для нокдауна определенного гена. Экспрессия практически любого гена с известной последовательностью нуклеотидов может быть изменена при введении специфических siRNA. Данное свойство делает siRNA удобным инструментом для исследования функций генов и изучения мишеней лекарственных средств.

Индукция РНК-интерференции

Dicer protein colored by protein domain.

Трансфекция экзогенной интерферирующей РНК связана с определенными трудностями поскольку нокдаун гена имеет временный характер, особенно в быстро делящихся клетках. Один из способов преодоления этих трудностей состоит в том, чтобы создать вектором, экспрессирующий эту малую интерферирующую РНК. Между двумя цепочками добавляют петлевой участок, в результате чего образуется одноцепочечный транскрипт, которые может быть далее процессирован в рабочую малую интерферирующую РНК. Подобные транскипционные кассеты обычно используют промотор U6 или H1 РНК полимеразы III, транскрибирующей малые ядерные РНК. U6 участвует в сплайсинге генов, H1 — это компонент человеческой рибонуклеазы (РНКазы P). Предполагается (хотя это не установлено достоверно), что полученный таким образом транскрипт затем обрабатывается ферментом Dicer.

Активация РНК

Двуцепочечные РНК могут активировать экспрессию генов по механизму, называемому активацией генов малыми РНК (англ. RNAa, small RNA-induced gene activation). Показано, что двуцепочечные РНК, комплементарные промоторам генов-мишеней вызывают активацию соответствующих генов. Активация РНК при введении синтетических двуцепочечных РНК (малых активирующих РНК, англ. small activating RNA) в клетки человека. Не известно, имеется ли подобная система в клетках других организмов.[5]

Трудности: исключение неспецифических эффектов

Поскольку РНК-интерференция пересекается со множеством других цепочек реакций, не удивительно, что при экспериментальном введении миРНК могут включаться неспецифические эффекты. Когда клетка млекопитающих встречает двукцепочечную РНК, такую как мнРНК, она может принять ее за продукт вируса и запустить иммунный ответ. Кроме того, поскольку структурно связанные микроРНК модулируют экспрессию генов главным образом через взаимодействие c матричной РНК (мРНК), которая служит им целью, введение миРНК может вызвать нежелательный эффект потери цели.

Врожденный иммунитет

Введение слишком большого количества миРНК может вызвать побочные эффекты из-за того, что включается врожденный иммунный ответ. Большая часть данных на сегодняшний день говорит о том, что это вероятно происходит из-за активации протеин-киназы R, которая чувствительна к миРНК, хотя ген RIG I (англ. retinoic acid inducible gene I) тоже может участвовать. Описаны также случаи индукции цитокинов через рецептор TLR 7 (англ. toll-like receptor 7). Один из перспективных методов уменьшения побочных эффектов состоит в апеобразовании миРНК в микроРНК. МикроРНК возникают естественным образом, поэтому при использовании этого естественного механизма можно ожидать того же эффекта нокдауна генов, но при сравнительно невысокой концентрации получающихся миРНК. Это должно свести к минимуму побочные эффекты.

Побочные эффекты

Сбой цели --- это еще одна трудность при использовании миРНК как инструмента для достидения нокдауна генов. Гены с неполной комплементарностью блокируются миРНК (т. е. фаутически миРНК действует как микроРНК), что приводит к трудностям в интерпретации результатов опытов и сожержит риск токсичности. Однако, этого можно избежать, организуя соответствующие контрольные опыты, и создавая алгоритмы конструирования миРНК, которые приводят к миРНК, не дающим сбоев цели. Затем можно проанализировать экспрессию генов по всему геному, например, при помощи метода микромассивов (англ. microarray technology), чтобы проверить отсутствие сбоев цели и поизвести дальнейшую настройку алгиритмов. В работе 2006 года, A 2006 paper from the laboratory of Dr. Khvorova implicates 6- or 7-basepair-long stretches from position 2 onward in the siRNA matching with 3’UTR regions in off-targeted genes.[6]

Перспективы применения в терапии

Given the ability to knock down essentially any gene of interest, RNAi via siRNAs has generated a great deal of interest in both basic[7] and applied biology. There are an increasing number of large-scale RNAi screens that are designed to identify the important genes in various biological pathways. Because disease processes also depend on the activity of multiple genes, it is expected that in some situations turning off the activity of a gene with an siRNA could produce a therapeutic benefit.

However, applying RNAi via siRNAs to living animals, especially humans, poses many challenges. Experimentally, siRNAs show different effectiveness in different cell types in a manner as yet poorly understood: some cells respond well to siRNAs and show a robust knockdown, whereas others show no such knockdown (even despite efficient transfection).

Phase I results of the first two therapeutic RNAi trials (indicated for age-related macular degeneration, aka AMD) reported at the end of 2005 demonstrated that siRNAs are well tolerated and have suitable pharmacokinetic properties.[8] siRNAs and related RNAi induction methods therefore stand to become an important new class of drugs in the foreseeable future.

In 2008, a team of researchers from Texas Tech University and Harvard University announced the development of a siRNA-based treatment that may ultimately counteract the Human Immunodeficiency Virus (HIV). Human cells infected with HIV, injected into rats, have been cured by the experimental treatment. Clinical trials on humans are expected to begin by 2010.[9][10][11]

In 2008 a novel DNA-siRNA delivery system that could lead to more efficient and more disease-specific vaccines against infectious diseases was developed by researchers at The University of Texas at Austin. Biomaterials based micron size particles carrying both the DNA vaccine and the siRNA to immune cells show potential to divert immune response in desirable directions [12]

Примечания

  1. ↑ Галицкий В.А. (2008). "Гипотеза о механизме инициации малыми РНК метилирования ДНК de novo и аллельного исключения" (PDF). Цитология. 50(4): 277—286.
  2. ↑ Hamilton A, Baulcombe D (1999). "A species of small antisense RNA in posttranscriptional gene silencing in plants". Science. 286 (5441): 950—2. doi:10.1126/science.286.5441.950. PMID 10542148.
  3. ↑ Elbashir S, Harborth J, Lendeckel W, Yalcin A, Weber K, Tuschl T (2001). "Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells". Nature. 411 (6836): 494—8. doi:10.1038/35078107. PMID 11373684.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  4. ↑ Bernstein E, Caudy A, Hammond S, Hannon G (2001). "Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference". Nature. 409 (6818): 363—6. doi:10.1038/35053110. PMID 11201747.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  5. ↑ Li LC. Small RNA-Mediated Gene Activation // RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. — Caister Academic Press, 2008. — ISBN ISBN 978-1-904455-25-7.
  6. ↑ Birmingham A, Anderson E, Reynolds A, Ilsley-Tyree D, Leake D, Fedorov Y, Baskerville S, Maksimova E, Robinson K, Karpilow J, Marshall W, Khvorova A (2006). "3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets". Nat Methods. 3 (3): 199—204. doi:10.1038/nmeth854. PMID 16489337.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  7. ↑ Alekseev OM, Richardson RT, Alekseev O, O’Rand MG. Analysis of gene expression profiles in HeLa cells in response to overexpression or siRNA-mediated depletion of NASP. Reprod Biol Endocrinol. 2009 May 13;7:45.PMID: 19439102
  8. ↑ Tansey B (11 August 2006). "Macular degeneration treatment interferes with RNA messages". San Francisco Chronicle.
  9. ↑ "Texas Tech Researchers May Have Found AIDS Cure". KCBD. 2008-08-07. Дата обращения: 16 августа 2008.
  10. ↑ Swaminathan, Nikhil (2008-08-07). "Researchers Silence HIV in Mice Engineered to Be Like Humans". Scientific American. Дата обращения: 16 августа 2008.
  11. ↑ Researchers halt spread of HIV with RNAi. Harvard Medical School. Дата обращения: 16 августа 2008.
  12. ↑ RNA molecules, delivery system improve vaccine responses, effectiveness


Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Малые_интерферирующие_РНК&oldid=36981016