Энциклопедия элементов ДНК: различия между версиями

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Интерактивная навигация по истории
(Показать все непатрулированные изменения)
[непроверенная версия][непроверенная версия]
← Предыдущая правкаСледующая правка →
Содержимое удалено Содержимое добавлено
ВизуальныйВики-текст
м Bot: HTTP→HTTPS (v465)
Строка 27: Строка 27:
}}
}}


'''Энциклопедия элементов [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]]''' ({{lang-en|The Encyclopedia of DNA Elements}}, '''ENCODE''') — международный исследовательский [[консорциум]], созданный в в сентябре [[2003 год в науке|2003 года]]. Организован и финансируется [[США|американским]] [[Национальные институты здравоохранения США|Национальным институтом исследований генома человека]] ({{lang-en|National Human Genome Research Institute}}, ''NHGRI'') <ref name=autogenerated2>{{cite journal | author = Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, [[Jim Kent|Kent, WJ]] | title = ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) | journal = [[Nucleic Acids Research|Nucleic Acids Res.]] | volume = 39 | issue = Database issue | pages = D871–5 | year = 2011 | month = January | pmid = 21037257 | pmc = 3013645 | doi = 10.1093/nar/gkq1017 }}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16925836?dopt=Abstract|title=EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project.|publisher=[[PubMed]]|language=en}}</ref><ref>{{статья|автор= Клещенко Е.|заглавие=ДНК без мусора |оригинал= |ссылка=http://newtimes.ru/articles/detail/57391 |автор издания= |издание=The New Times |тип= |место= |издательство= |год=2012 |выпуск= 29 (256)|том= |номер= |страницы= |isbn= |issn= |doi= |bibcode= |arxiv= |pmid= |язык= |ref= |archiveurl= |archivedate=}}</ref>. Задуманный как продолжение проекта «[[Проект «Геном человека»|Геном человека]]»,  ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов [[геном]]а человека. Все результаты, получаемые в ходе реализации проекта, публикуются в [[Медицинские базы данных|общедоступных базах данных]].
'''Энциклопедия элементов [[Дезоксирибонуклеиновая кислота|ДНК]]''' ({{lang-en|The Encyclopedia of DNA Elements}}, '''ENCODE''') — международный исследовательский [[консорциум]], созданный в в сентябре [[2003 год в науке|2003 года]]. Организован и финансируется [[США|американским]] [[Национальные институты здравоохранения США|Национальным институтом исследований генома человека]] ({{lang-en|National Human Genome Research Institute}}, ''NHGRI'') <ref name=autogenerated2>{{cite journal | author = Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, [[Jim Kent|Kent, WJ]] | title = ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) | journal = [[Nucleic Acids Research|Nucleic Acids Res.]] | volume = 39 | issue = Database issue | pages = D871–5 | year = 2011 | month = January | pmid = 21037257 | pmc = 3013645 | doi = 10.1093/nar/gkq1017 }}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16925836?dopt=Abstract|title=EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project.|publisher=[[PubMed]]|language=en}}</ref><ref>{{статья|автор= Клещенко Е.|заглавие=ДНК без мусора |оригинал= |ссылка=http://newtimes.ru/articles/detail/57391 |автор издания= |издание=The New Times |тип= |место= |издательство= |год=2012 |выпуск= 29 (256)|том= |номер= |страницы= |isbn= |issn= |doi= |bibcode= |arxiv= |pmid= |язык= |ref= |archiveurl= |archivedate=}}</ref>. Задуманный как продолжение проекта «[[Проект «Геном человека»|Геном человека]]»,  ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов [[геном]]а человека. Все результаты, получаемые в ходе реализации проекта, публикуются в [[Медицинские базы данных|общедоступных базах данных]].


5 сентября 2012 года первые результаты проекта были опубликованы в виде 30 взаимосвязанных публикаций на сайтах журналов «[[Nature]]», «{{нп5|Genome Biology}}» и «{{нп5|Genome Research}}»<ref>{{cite web|url=http://genome.ucsc.edu/ENCODE/|title=ENCODE project at UCSC|publisher=ENCODE Consortium|accessdate=2012-09-05|archiveurl=http://www.webcitation.org/6BnrEWcGF|archivedate=2012-10-30}}</ref><ref>{{cite news |title=Detailed map of genome function |first=Fergus |last=Walsh |authorlink=Fergus Walsh |url=http://www.bbc.co.uk/news/health-19202141 |newspaper=BBC News |date=2012-09-05 |accessdate=2012-09-06 |archiveurl=http://www.webcitation.org/6ASmAMpP9 |archivedate=2012-09-06}}</ref>. Эти публикации показывают, что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «[[Мусорная ДНК|мусорной]]». Однако такие поспешные выводы подвергаются критике со стороны многих учёных, которые указывают на отсутствие необходимых доказательств функциональности этих элементов<ref>{{Cite web|url = http://judgestarling.tumblr.com/|title = Dan Graur's blog|author = |date = |publisher = }}</ref>.
5 сентября 2012 года первые результаты проекта были опубликованы в виде 30 взаимосвязанных публикаций на сайтах журналов «[[Nature]]», «{{нп5|Genome Biology}}» и «{{нп5|Genome Research}}»<ref>{{cite web|url=http://genome.ucsc.edu/ENCODE/|title=ENCODE project at UCSC|publisher=ENCODE Consortium|accessdate=2012-09-05|archiveurl=http://www.webcitation.org/6BnrEWcGF|archivedate=2012-10-30}}</ref><ref>{{cite news |title=Detailed map of genome function |first=Fergus |last=Walsh |authorlink=Fergus Walsh |url=http://www.bbc.co.uk/news/health-19202141 |newspaper=BBC News |date=2012-09-05 |accessdate=2012-09-06 |archiveurl=http://www.webcitation.org/6ASmAMpP9 |archivedate=2012-09-06}}</ref>. Эти публикации показывают, что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «[[Мусорная ДНК|мусорной]]». Однако такие поспешные выводы подвергаются критике со стороны многих учёных, которые указывают на отсутствие необходимых доказательств функциональности этих элементов<ref>{{Cite web|url = http://judgestarling.tumblr.com/|title = Dan Graur's blog|author = |date = |publisher = }}</ref>.
Строка 40: Строка 40:
ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.<ref name="urlThe ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project">{{cite web | url = http://www.sciencemag.org/content/306/5696/636.full?ijkey=B97GTMHPpxEc2&keytype=ref&siteid=sci | title = The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project | author = The ENCODE Project Consortium | year = 2004 | publisher = Science }}</ref>
ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.<ref name="urlThe ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project">{{cite web | url = http://www.sciencemag.org/content/306/5696/636.full?ijkey=B97GTMHPpxEc2&keytype=ref&siteid=sci | title = The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project | author = The ENCODE Project Consortium | year = 2004 | publisher = Science }}</ref>


На сегодняшний день проект помогает в обнаружении новых регуляторных элементов ДНК, позволяя по-новому понять организацию и регуляцию наших генов и генома, а также того, как изменения в последовательности ДНК могут влиять на развитие заболеваний.<ref name="Maher_2012"/> Один из главных результатов проекта — описание того, что для 80 % человеческого генома на данный момент показана связь хотя бы с одной биохимической функцией.<ref name="pmid22955616">{{cite journal | author = Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M | title = An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome | journal = Nature | volume = 489 | issue = 7414 | pages = 57–74 |date=September 2012 | pmid = 22955616 | doi = 10.1038/nature11247 | bibcode = 2012Natur.489...57T | pmc=3439153}}</ref><ref name="url_Ars_Technica">{{cite web | url = http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/ | title = Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history | author = Timmer J | date = 2012-09-10 | work = Staff / From the Minds of Ars | publisher = Ars Technica | accessdate = 2012-09-10 }}</ref> Большинство этой некодирующей ДНК участвует в регуляции экспрессии кодирующих генов.<ref name=autogenerated1>{{cite journal | author = Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M | title = An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome | journal = Nature | volume = 489 | issue = 7414 | pages = 57–74 |date=September 2012 | pmid = 22955616 | doi = 10.1038/nature11247 |bibcode = 2012Natur.489...57T | pmc=3439153}}</ref> Кроме того, экспрессия каждого кодирующего гена контролируется множеством регуляторых участков, расположенных как вблизи, так и на расстоянии от гена. Эти результаты демонстрируют, что генная регуляция оказывается намного сложнее, чем считалась ранее.<ref name="pmid22955811">{{cite journal | author = Pennisi E | title = Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA | journal = Science | volume = 337 | issue = 6099 | pages = 1159, 1161 |date=September 2012 | pmid = 22955811 | doi = 10.1126/science.337.6099.1159 }}</ref>
На сегодняшний день проект помогает в обнаружении новых регуляторных элементов ДНК, позволяя по-новому понять организацию и регуляцию наших генов и генома, а также того, как изменения в последовательности ДНК могут влиять на развитие заболеваний.<ref name="Maher_2012"/> Один из главных результатов проекта — описание того, что для 80 % человеческого генома на данный момент показана связь хотя бы с одной биохимической функцией.<ref name="pmid22955616">{{cite journal | author = Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M | title = An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome | journal = Nature | volume = 489 | issue = 7414 | pages = 57–74 |date=September 2012 | pmid = 22955616 | doi = 10.1038/nature11247 | bibcode = 2012Natur.489...57T | pmc=3439153}}</ref><ref name="url_Ars_Technica">{{cite web | url = https://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/ | title = Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history | author = Timmer J | date = 2012-09-10 | work = Staff / From the Minds of Ars | publisher = Ars Technica | accessdate = 2012-09-10 }}</ref> Большинство этой некодирующей ДНК участвует в регуляции экспрессии кодирующих генов.<ref name=autogenerated1>{{cite journal | author = Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M | title = An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome | journal = Nature | volume = 489 | issue = 7414 | pages = 57–74 |date=September 2012 | pmid = 22955616 | doi = 10.1038/nature11247 |bibcode = 2012Natur.489...57T | pmc=3439153}}</ref> Кроме того, экспрессия каждого кодирующего гена контролируется множеством регуляторых участков, расположенных как вблизи, так и на расстоянии от гена. Эти результаты демонстрируют, что генная регуляция оказывается намного сложнее, чем считалась ранее.<ref name="pmid22955811">{{cite journal | author = Pennisi E | title = Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA | journal = Science | volume = 337 | issue = 6099 | pages = 1159, 1161 |date=September 2012 | pmid = 22955811 | doi = 10.1126/science.337.6099.1159 }}</ref>


== Проект ENCODE ==
== Проект ENCODE ==
Строка 72: Строка 72:


== Критика ==
== Критика ==
Несмотря на утверждения консорциума о том, что проект ENCODE далек от завершения, реакция на уже опубликованные статьи и освещение в прессе были положительными. Редакторы журнала [[Nature]] и авторы проекта ENCODE пишут: «… мы сотрудничали на протяжении многих месяцев, чтобы возникла эта крупнейшая новость, которая привлечет внимание не только ученого сообщества, но и широкой публики» («… collaborated over many months to make the biggest splash possible and capture the attention of not only the research community but also of the public at large»).<ref name="urlFighting about ENCODE and junk : Nature News Blog">{{cite web | url = http://blogs.nature.com/news/2012/09/fighting-about-encode-and-junk.html | title = Fighting about ENCODE and junk | author = Maher B | date = 2012-09-06 | work = News Blog | publisher = Nature Publishing Group }}</ref> Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80 % геноме человека имеет биохимическую функцию<ref name="pmid22955616"/> было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть [[Мусорная ДНК|«мусорной» ДНК]].<ref name="urlFar From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health - NYTimes.com">{{cite news | url = http://www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html?pagewanted=all | title = Far From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health | author = Kolata G | authorlink = Gina Kolata | date = 2012-09-05 | publisher = The New York Times }}</ref><ref name="urlThe ENCODE media hype machine. « Genomicron">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2012/09/the-encode-media-hype-machine/ | title = The ENCODE media hype machine | author = Gregory TR | date = 2012-09-06 | publisher = Genomicron }}</ref>
Несмотря на утверждения консорциума о том, что проект ENCODE далек от завершения, реакция на уже опубликованные статьи и освещение в прессе были положительными. Редакторы журнала [[Nature]] и авторы проекта ENCODE пишут: «… мы сотрудничали на протяжении многих месяцев, чтобы возникла эта крупнейшая новость, которая привлечет внимание не только ученого сообщества, но и широкой публики» («… collaborated over many months to make the biggest splash possible and capture the attention of not only the research community but also of the public at large»).<ref name="urlFighting about ENCODE and junk : Nature News Blog">{{cite web | url = http://blogs.nature.com/news/2012/09/fighting-about-encode-and-junk.html | title = Fighting about ENCODE and junk | author = Maher B | date = 2012-09-06 | work = News Blog | publisher = Nature Publishing Group }}</ref> Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80 % геноме человека имеет биохимическую функцию<ref name="pmid22955616"/> было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть [[Мусорная ДНК|«мусорной» ДНК]].<ref name="urlFar From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health - NYTimes.com">{{cite news | url = https://www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html?pagewanted=all | title = Far From ‘Junk,’ DNA Dark Matter Proves Crucial to Health | author = Kolata G | authorlink = Gina Kolata | date = 2012-09-05 | publisher = The New York Times }}</ref><ref name="urlThe ENCODE media hype machine. « Genomicron">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2012/09/the-encode-media-hype-machine/ | title = The ENCODE media hype machine | author = Gregory TR | date = 2012-09-06 | publisher = Genomicron }}</ref>


Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» было раскритиковано на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. Такое заключение было высказано, несмотря на общепринятую точку зрения, что множество элементов ДНК, которые [[Транскрипция (биология)|транскрибируются]], например, [[псевдогены]], тем не менее, не являются функциональными. Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству [[Ошибки первого и второго рода|ложноположительных результатов]].<ref name="pmid23431001">{{cite journal | author = Graur D, Zheng Y, Price N, Azevedo RB, Zufall RA, Elhaik E | title = On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE | journal = Genome Biol Evol | volume = 5 | issue = 3 | pages = 578–90 | year = 2013 | pmid = 23431001 | pmc = 3622293 | doi = 10.1093/gbe/evt028 }}</ref><ref name="urlSandwalk: On the Meaning of the Word Function">{{cite web | url = http://sandwalk.blogspot.com/2013/03/on-meaning-of-word-function.html | title = Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function" | author = Moran LA | date = 2013-03-15 | publisher = Sandwalk }}</ref><ref name="urlCritiques of ENCODE in peer-reviewed journals">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2013/04/critiques-of-encode-in-peer-reviewed-journals/ | title = Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron | author = Gregory TR | date = 2013-04-11 | publisher = Genomicron }}</ref> В некоторой степени произвольный выбор [[Культура клеток|клеточных линий]] и [[Факторы транскрипции|транскрипционных факторов]], так же, как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стали дополнительным поводом для серьезной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE.<ref name="pmid23818646">{{cite journal | author = White MA, Myers CA, Corbo JC, Cohen BA | title = Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 110 | issue = 29 | pages = 11952–7 |date=July 2013 | pmid = 23818646 | doi = 10.1073/pnas.1307449110 | laysummary = http://thefinchandpea.com/2013/07/17/using-a-null-hypothesis-to-find-function-in-the-genome/ | laysource = thefinchandpea.com }}</ref>
Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» было раскритиковано на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. Такое заключение было высказано, несмотря на общепринятую точку зрения, что множество элементов ДНК, которые [[Транскрипция (биология)|транскрибируются]], например, [[псевдогены]], тем не менее, не являются функциональными. Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству [[Ошибки первого и второго рода|ложноположительных результатов]].<ref name="pmid23431001">{{cite journal | author = Graur D, Zheng Y, Price N, Azevedo RB, Zufall RA, Elhaik E | title = On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE | journal = Genome Biol Evol | volume = 5 | issue = 3 | pages = 578–90 | year = 2013 | pmid = 23431001 | pmc = 3622293 | doi = 10.1093/gbe/evt028 }}</ref><ref name="urlSandwalk: On the Meaning of the Word Function">{{cite web | url = http://sandwalk.blogspot.com/2013/03/on-meaning-of-word-function.html | title = Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function" | author = Moran LA | date = 2013-03-15 | publisher = Sandwalk }}</ref><ref name="urlCritiques of ENCODE in peer-reviewed journals">{{cite web | url = http://www.genomicron.evolverzone.com/2013/04/critiques-of-encode-in-peer-reviewed-journals/ | title = Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron | author = Gregory TR | date = 2013-04-11 | publisher = Genomicron }}</ref> В некоторой степени произвольный выбор [[Культура клеток|клеточных линий]] и [[Факторы транскрипции|транскрипционных факторов]], так же, как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стали дополнительным поводом для серьезной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE.<ref name="pmid23818646">{{cite journal | author = White MA, Myers CA, Corbo JC, Cohen BA | title = Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 110 | issue = 29 | pages = 11952–7 |date=July 2013 | pmid = 23818646 | doi = 10.1073/pnas.1307449110 | laysummary = http://thefinchandpea.com/2013/07/17/using-a-null-hypothesis-to-find-function-in-the-genome/ | laysource = thefinchandpea.com }}</ref>

Версия от 21:14, 1 октября 2017

ENCODE
Изображение данных ENCODE в UCSC Genome Browser. Показаны несколько дорожек с информацией о регуляции экспрессии генов. Ген, расположенный слева (ATP2B4), экспрессируется во многих типах клеток. Ген, расположенный справа, экспрессируется только в нескольких типах клеток, в том числе, в эмбриональных стволовых клетках.
Изображение данных ENCODE в UCSC Genome Browser. Показаны несколько дорожек с информацией о регуляции экспрессии генов. Ген, расположенный слева (ATP2B4), экспрессируется во многих типах клеток. Ген, расположенный справа, экспрессируется только в нескольких типах клеток, в том числе, в эмбриональных стволовых клетках.
Содержимое
Описание Whole-genome database
Контакты
Исследовательский центр University of California Santa Cruz
Лаборатория Center for Biomolecular Science and Engineering
Авторы Brian J Raney[1]
Оригинальная публикация PMID 21037257
Дата выпуска 2010
Доступность
Сайт encodeproject.org

Энциклопедия элементов ДНК (англ. The Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE) — международный исследовательский консорциум, созданный в в сентябре 2003 года. Организован и финансируется американским Национальным институтом исследований генома человека (англ. National Human Genome Research Institute, NHGRI) [2][3][4]. Задуманный как продолжение проекта «Геном человека»,  ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов генома человека. Все результаты, получаемые в ходе реализации проекта, публикуются в общедоступных базах данных.

5 сентября 2012 года первые результаты проекта были опубликованы в виде 30 взаимосвязанных публикаций на сайтах журналов «Nature», «Genome Biology[англ.]» и «Genome Research[англ.]»[5][6]. Эти публикации показывают, что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «мусорной». Однако такие поспешные выводы подвергаются критике со стороны многих учёных, которые указывают на отсутствие необходимых доказательств функциональности этих элементов[7].

Актуальность

Геном человека по приблизительным оценкам содержит 20 000 белок-кодирующих генов (все вместе они составляют экзом), и на их долю приходится всего около 1,5 % ДНК генома человека. Первостепенная задача проекта ENCODE — определить функцию остальной части генома, большая часть которой традиционно рассматривалась как «мусор» (например, ДНК, которая не транскрибируется).

Примерно 90 % однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека (которые, как было показано с помощью полногеномного поиска ассоциаций, связаны с различными заболеваниями) найдено за пределами белок-кодирующих областей.[8]

Активность и экспрессия белок-кодирующих генов может регулироваться регуломом — различными элементами ДНК, такими как промотор, регуляторные последовательности и участки хроматина, а также модификации гистонов. Считается, что изменения в регуляторных областях могут нарушать экспрессию белка и функционирование клетки и, таким образом, приводить к заболеваниям (ENCODE Project Background). Определяя расположение регуляторных элементов и их влияние на транскрипцию, можно выяснить связь между изменением уровней экспрессии конкретных генов и развитием заболеваний.[9]

ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.[10]

На сегодняшний день проект помогает в обнаружении новых регуляторных элементов ДНК, позволяя по-новому понять организацию и регуляцию наших генов и генома, а также того, как изменения в последовательности ДНК могут влиять на развитие заболеваний.[8] Один из главных результатов проекта — описание того, что для 80 % человеческого генома на данный момент показана связь хотя бы с одной биохимической функцией.[11][12] Большинство этой некодирующей ДНК участвует в регуляции экспрессии кодирующих генов.[13] Кроме того, экспрессия каждого кодирующего гена контролируется множеством регуляторых участков, расположенных как вблизи, так и на расстоянии от гена. Эти результаты демонстрируют, что генная регуляция оказывается намного сложнее, чем считалась ранее.[14]

Проект ENCODE

Проект ENCODE реализуется в три этапа: начальная фаза, фаза развития технологии и продуктивная фаза.

В течение начальной фазы консорциум ENCODE оценивал стратегии для определения различных типов элементов генома. Цель начального этапа состояла в определении набора процедур, которые в совокупности позволили бы точно и наиболее подробно охарактеризовать большие регионы генома человека, с учетом экономической рентабельности и высокой эффективности процесса. Начальная фаза должна была выявить пробелы в наборе инструментов для определения функциональных последовательностей, а также показать, если какие-то из используемых методов окажутся неэффективными или непригодными для масштабного применения. Некоторые из этих проблем пришлось решать на этапе развития технологии ENCODE (проходящим одновременно с начальным этапом проекта), целью которого была разработка новых лабораторных и вычислительных методов, которые улучшили бы определение известных функциональных последовательностей или исследование новых функциональных элементов генома. Результат первых двух этапов на примере исследования 1 % человеческого генома определил наилучший способ анализа оставшихся 99 % с максимальной эффективностью и наименьшими затратами во время продуктивной фазы.[10]

I фаза проекта ENCODE: начальная фаза

Во время пилотной фазы проводилось исследование и сравнение существующих методов тщательного анализа определенного участка последовательности генома человека. Она была организована как открытый консорциум и объединила исследователей с различной базой и опытом, чтобы оценить достоинства каждой техники, технологии и стратегии из разнообразного набора. В то же время целью фазы развития технологии проекта была разработка новых высокоэффективных методов для определения функциональных элементов. Целью этой работы было определение набора подходов, который бы позволил наиболее точно определять все функциональные элементы в геноме человека. Во время начальной фазы была определена способность различных методов к масштабированию для анализа всего генома человека целиком и выявлены пробелы в определении функциональных элементов в последовательности генома.

Начальная фаза проекта происходила при тесном сотрудничестве экспериментаторов и теоретиков, которое позволило оценить ряд методов для аннотирования генома человека. Набор участков, составляющий примерно 1 % (30 Mb) генома человека, был выбран в качестве мишени для начальной фазы проекта и анализировался всеми участниками пилотной фазы проекта. Все данные об этих регионах, полученные участниками ENCODE, были быстро выпущены в общедоступные базы данных.[15][16]

II фаза проекта ENCODE: продуктивная фаза

Изображение данных ENCODE в UCSC Genome Browser. Показаны несколько дорожек с информацией о регуляции экспрессии генов. Ген, расположенный слева (ATP2B4), экспрессируется во многих типах клеток. Ген, расположенный справа, экспрессируется только в нескольких типах клеток, в том числе, в эмбриональных стволовых клетках.

В сентябре 2007 года началось финансирование продуктивной фазы проекта ENCODE. На этом этапе целью был анализ генома целиком и проведение "дополнительных исследований в промышленных условиях.[17]

Как и в начальной фазе, работа продуктивной фазы была организована в виде открытого консорциума. В октябре 2007 года Национальный институт исследований генома человека выделил на неё гранты общей суммой более 80 млн долларов на 4 года .[18] Во время продуктивной фазы в состав проекта вошли Центр Координирования Данных, Центр Анализа Данных и Центр Технологических Разработок.[19] В это время проект превращается в по-настоящему масштабное предприятие, включающее 440 ученых из 32 лабораторий по всему миру. В 2007 году, когда начальная стадия была закончена, проект нарастил мощности в значительной степени благодаря секвенированию нового поколения. Было обработано действительно много данных, исследователи получили около 15 терабайт сырой информации.

К 2010 году проектом ENCODE было получено более 1000 полногеномных наборов данных. Взятые вместе эти данные демонстрируют, какие участки транскрибируются, какие участки, по-видимому, контролируют экспрессию генов, используемых в клетках определенного типа, и какие участки взаимодействуют с большим набором белков. Основными биологическими испытаниями, используемыми в ENCODE являются ChIP-seq, поиск ДНКазаI-гиперчувствительных областей, RNA-seq и исследование метилирования ДНК.

Консорциум ENCODE

Консорциум ENCODE в основном состоит из ученых, которые спонсируются Национальным институтом исследований генома человека США. Другие участники проекта входят в Консорциум или Аналитическую рабочую группу.

Начальная фаза проекта состояла из восьми исследовательских групп и двенадцати групп, участвующих в фазе развития технологии проекта ENCODE (ENCODE Pilot Project: Participants and Projects). К концу 2007 года, когда пилотная фаза проекта официально завершилась, количество участников возросло до 440 ученых из 32 лабораторий, расположенных по всему миру. В настоящее время консорциум состоит из различных центров, которые выполняют различные задачи (ENCODE Participants and Projects):

  1. Производственные центры (ENCODE Production Centers)
  2. Центр координации данных (ENCODE Data Coordination Center)
  3. Центр анализа данных (ENCODE Data Analysis Center)
  4. Вычислительный анализ результатов (ENCODE Computational Analysis Awards)
  5. Технологическое развитие (ENCODE Technology Development Effort)

Критика

Несмотря на утверждения консорциума о том, что проект ENCODE далек от завершения, реакция на уже опубликованные статьи и освещение в прессе были положительными. Редакторы журнала Nature и авторы проекта ENCODE пишут: «… мы сотрудничали на протяжении многих месяцев, чтобы возникла эта крупнейшая новость, которая привлечет внимание не только ученого сообщества, но и широкой публики» («… collaborated over many months to make the biggest splash possible and capture the attention of not only the research community but also of the public at large»).[20] Заявление, выдвинутое в рамках проекта ENCODE, о том, что 80 % геноме человека имеет биохимическую функцию[11] было быстро подхвачено научно-популярными изданиями, которые охарактеризовали результаты проекта как влекущие за собой смерть «мусорной» ДНК.[21][22]

Однако вывод о том, что основная часть генома «функциональна» было раскритиковано на тех основаниях, что проект ENCODE слишком широко определяет «функциональность», а именно: все, что транскрибируется в клетке, имеет свою функцию. Такое заключение было высказано, несмотря на общепринятую точку зрения, что множество элементов ДНК, которые транскрибируются, например, псевдогены, тем не менее, не являются функциональными. Более того, в проекте ENCODE сделан акцент в пользу чувствительности, а не специфичности, что ведет к множеству ложноположительных результатов.[23][24][25] В некоторой степени произвольный выбор клеточных линий и транскрипционных факторов, так же, как недостаток необходимых контрольных экспериментов, стали дополнительным поводом для серьезной критики в адрес ENCODE, поскольку случайная молекула ДНК может имитировать такое «функциональное» поведение в интерпретации ENCODE.[26]

В ответ на эту критику было высказано мнение, что транскрибирование большей части генома и сплайсинг, которые наблюдаются у человека, являются более точным индикатором генетической функции, чем консервативность последовательности. Кроме того, большая часть «мусорной» ДНК участвует в эпигенетической регуляции и была необходимой предпосылкой для развития сложных организмов.[27] В ответ на замечания насчет определения слова «функциональный» многие отметили, что в данном случае спор касается разницы в определении, а не сути проекта, которая заключается в предоставлении данных для последующих исследований биохимической активности не белок-кодирующих участков ДНК. Несмотря на то, что определения важны, и наука заключена в рамки языка, по-видимому, ENCODE добился своей цели, поскольку в настоящее время, в большом количестве научно-исследовательских статей используются данные, полученные проектом, а не обсуждаются определения «функциональности».[28] Эван Бирни (Ewan Birney), один из исследователей ENCODE прокомментировал некоторые реакции на проект. Он отмечает, что слово «функция» было использовано прагматично для обозначения «определенной биохимической активности», которая проявляется в различных классах экспериментов различным образом: наличие РНК, модификации гистонов, ДНКазаI-гиперчувствительные области, ChIP-seq-пики факторов транскрипции, футпринтинг ДНК, участки связывания транскрипционных факторов и экзоны.[29]

Кроме того проект критиковался за высокий бюджет (около 400 млн долларов в общей сложности) и покровительство со стороны так называемой «большой науки», фундаментальных научных исследований, которые забирают деньги у более продуктивных научных разработок, которые приходится проводить за счет самих исследователей.[30] Стоимость начальной стадии проекта ENCODE оценивалась в 55 млн долларов, его расширение стоило примерно 130 млн долларов, и Национальный институт исследований генома человека США был готов выделить до 123 млн для следующего этапа проекта. Некоторые исследователи утверждают, что должной отдачи от инвестиций до сих пор не последовало. При попытке подсчитать все публикации, в которых ENCODE играет значительную роль, с 2012 года было выявлено 300 таких статей, 110 из них основывались на результатах, полученных в лабораториях без финансового участия ENCODE. Дополнительной проблемой стало то, что ENCODE не является уникальным названием, относящимся только к проекту ENCODE, поэтому слово 'encode' (кодировать) всплывает в большом количестве литературы по генетике и исследованию генома.[8]

В качестве еще одного крупного замечания высказывается мнение, что результаты не оправдали количество потраченного времени, и что проект в принципе бесконечен по своей сути. Хотя он и сравнивается с проектом «Геном Человека» и даже назван его продолжением, «Геном Человека» имеет четкое окончание, которое в настоящее время отсутствует у ENCODE.

Авторы проекта по всей видимости разделяют беспокойство научного мира и не отрицают наличие проблем, но в то же время, пытаются оправдать свои усилия, объясняя в своих интервью подробности проекта не только научному сообществу, но и средствам массовой информации. Они говорят, что потребовалось более полу века, чтобы пройти от понимания того, что ДНК — это материальная основа наследственности для жизни, к последовательности генома человека, так что их план на следующий век — понять эту последовательность.[8]

Другие проекты

В настоящее время консорциумом ENCODE участвует в нескольких дополнительных проектах со схожими целями. Некоторые из этих проектов были частью второй фазы ENCODE.

modENCODE

По аналогии с проектом ENCODE был также начат проект картирования функциональных элементов генома основных модельных объектов — Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans — англ. Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE). Преимущество данного проекта состоит в возможности проведения на модельных организмах некоторых экспериментов, которые трудно или невозможно осуществить на человеке.[31]

Проект был основан в 2007 году Национальным институтом здравоохранения США (англ. National Institutes of Health (NIH).[32][33] В 2010 году modENCODE консорциум представил ряд статей в Science по аннотации и анализу распределения функциональных элементов в геноме Drosophila melanogaster и Caenorhabditis elegans. Данные из этих публикаций доступны на сайте modENCODE.[34]

В настоящий момент, modENCODE это исследовательское объединение, состоящее из 11 начальных проектов, разделенных между исследованием D. melanogaster и C. elegans. Проект охватывает исследование следующих областей:

modERN

modERN (англ.  model organism Encyclopedia of Regulatory Networks) является ответвлением modENCODE. Проект совмещает исследования групп C. elegans and D. melanogaster и фокусируется на идентификации дополнительных сайтов связывания транскрипционных факторов. Проект был начат одновременно с третьей фазой ENCODE, завершение планируется в 2017 г. В настоящее время modERN опубликовал результаты 198 экспериментов, другие 500 приняты к публикации и обрабатываются центром координации данных ENCODE.

Genomics of Gene Regulation

Программа Геномики регуляции генов (англ.  Genomics of Gene Regulation, GGR) была запущена в начале 2015 учреждением Национальных институтов здоровья США и продлится три года. Целью программы является изучение генных сетей и путей в различных системах организма для дальнейшего углубления понимания механизмов, контролирующих экспрессию генов. Хотя проект ENCODE ведется отдельно от GGR, центр координации данных ENCODE хранит данные GGR на своем портале.

Roadmap

В 2008 учреждением Национальных институтов здоровья США был организован консорциум Разметки эпигенетической карты (англ.  Roadmap Epigenomics Mapping Consortium), чьей целью стала разработка общедоступного источника эпигенетических данных генома человека для биологических и медицинских исследований. По результатам работы в феврале 2015 консорциум выпустил статью “Integrative analysis of 111 reference human epigenomes”. Консорциум собрал and аннотировал регуляторные элементы в 127 референсных эпигеномах, 16 из которых были частью проекта ENCODE. Данные проекта Roadmap доступны на порталах Roadmap или ENCODE.

fruitENCODE

Проект fruitENCODE: энциклопедия элементов ДНК созревающих фруктов, являющийся частью ENCODE. Целью проекта является генерация датасетов: сайтов метилирования ДНК, гистонных модификаций, гиперчувствительных к ДНКазе I участков хроматина, экспрессии генов, сайтов связывания транскрипционных факторов для сочных плодов всех видов на разных стадиях развития. Предварительная дата публикации результатов размещается на портале fruitENCODE.

FactorBook

Полученные ENCODE данные по связыванию транскрипционных факторов в настоящее время доступны на Factorbook.org[36] — в базе данных, созданной на вики-движке. Первый выпуск FactoeBook содержит:

  • 457 наборов данных ChIP-seq для 119 транскрипционных факторов в некоторых культурах человеческих клеток
  • Усредненные профили гистонных модификаций и позиционирования нуклеосом вокруг участков связывания транскрипционных факторов
  • Мотивы, которыми обогащены участки связывания, а также расстояние между ними и их ориентация.[37]

См. также

Примечания

  1. ↑ Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ (January 2011). "ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D871—5. doi:10.1093/nar/gkq1017. PMC 3013645. PMID 21037257.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  2. ↑ Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ (2011). "ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D871—5. doi:10.1093/nar/gkq1017. PMC 3013645. PMID 21037257. {{cite journal}}: Неизвестный параметр |month= игнорируется (справка)Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  3. ↑ EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project. (англ.). PubMed.
  4. ↑ Клещенко Е. ДНК без мусора // The New Times. — 2012. — Вып. 29 (256).
  5. ↑ ENCODE project at UCSC. ENCODE Consortium. Дата обращения: 5 сентября 2012. Архивировано 30 октября 2012 года.
  6. ↑ Walsh, Fergus (2012-09-05). "Detailed map of genome function". BBC News. Архивировано 6 сентября 2012. Дата обращения: 6 сентября 2012.
  7. ↑ Dan Graur's blog.
  8. ↑ 1 2 3 4 Maher B (September 2012). "ENCODE: The human encyclopaedia". Nature. 489 (7414): 46—8. doi:10.1038/489046a. PMID 22962707.
  9. ↑ Saey, Tina Hesman Team releases sequel to the human genome. Society for Science & the Public (6 октября 2012). Дата обращения: 18 октября 2012.
  10. ↑ 1 2 The ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project. Science (2004).
  11. ↑ 1 2 Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M (September 2012). "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome". Nature. 489 (7414): 57—74. Bibcode:2012Natur.489...57T. doi:10.1038/nature11247. PMC 3439153. PMID 22955616.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  12. ↑ Timmer J. Most of what you read was wrong: how press releases rewrote scientific history. Staff / From the Minds of Ars. Ars Technica (10 сентября 2012). Дата обращения: 10 сентября 2012.
  13. ↑ Bernstein BE, Birney E, Dunham I, Green ED, Gunter C, Snyder M (September 2012). "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome". Nature. 489 (7414): 57—74. Bibcode:2012Natur.489...57T. doi:10.1038/nature11247. PMC 3439153. PMID 22955616.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  14. ↑ Pennisi E (September 2012). "Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA". Science. 337 (6099): 1159, 1161. doi:10.1126/science.337.6099.1159. PMID 22955811.
  15. ↑ Birney E., Stamatoyannopoulos J. A., Dutta A. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 447, no. 7146. — P. 799—816. — doi:10.1038/nature05874. — PMID 17571346. [исправить]
  16. ↑ ENCODE Program Staff. ENCODE: Pilot Project: overview. National Human Genome Research Institute (18 октября 2012).
  17. ↑ Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011.
  18. ↑ National Human Genome Research Institute - Organization. The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. Дата обращения: 5 августа 2011.
  19. ↑ Genome.gov | ENCODE Participants and Projects. The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute (1 августа 2011). Дата обращения: 5 августа 2011.
  20. ↑ Maher B. Fighting about ENCODE and junk. News Blog. Nature Publishing Group (6 сентября 2012).
  21. ↑ Kolata G (2012-09-05). "Far From 'Junk,' DNA Dark Matter Proves Crucial to Health". The New York Times.
  22. ↑ Gregory TR. The ENCODE media hype machine. Genomicron (6 сентября 2012).
  23. ↑ Graur D, Zheng Y, Price N, Azevedo RB, Zufall RA, Elhaik E (2013). "On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE". Genome Biol Evol. 5 (3): 578—90. doi:10.1093/gbe/evt028. PMC 3622293. PMID 23431001.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  24. ↑ Moran LA. Sandwalk: On the Meaning of the Word "Function". Sandwalk (15 марта 2013).
  25. ↑ Gregory TR. Critiques of ENCODE in peer-reviewed journals. « Genomicron. Genomicron (11 апреля 2013).
  26. ↑ White MA, Myers CA, Corbo JC, Cohen BA (July 2013). "Massively parallel in vivo enhancer assay reveals that highly local features determine the cis-regulatory function of ChIP-seq peaks". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110 (29): 11952—7. doi:10.1073/pnas.1307449110. PMID 23818646. {{cite journal}}: Неизвестный параметр |laysource= игнорируется (справка); Неизвестный параметр |laysummary= игнорируется (справка)Википедия:Обслуживание CS1 (множественные имена: authors list) (ссылка)
  27. ↑ Mattick JS, Dinger ME (2013). "The extent of functionality in the human genome". The HUGO Journal. 7 (1): 2. doi:10.1186/1877-6566-7-2.{{cite journal}}: Википедия:Обслуживание CS1 (не помеченный открытым DOI) (ссылка)
  28. ↑ Nature Editorial (March 14, 2013). "Form and function". Nature. 495: 141–142. doi:10.1038/495141b.
  29. ↑ Birney, Ewan ENCODE: My own thoughts. Ewan's Blog: Bioinformatician at large (5 сентября 2012).
  30. ↑ Timpson T. Debating ENCODE: Dan Graur, Michael Eisen. Mendelspod (5 марта 2013).
  31. ↑ The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE). NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008.
  32. ↑ modENCODE Participants and Projects. NHGRI website. Дата обращения: 13 ноября 2008.
  33. ↑ Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies. Lawrence Berkeley National Laboratory website (14 мая 2007). Дата обращения: 13 ноября 2008.
  34. ↑ modENCODE. The National Human Genome Research Institute.
  35. ↑ Celniker S. Unlocking the secrets of the genome. Nature (11 июня 2009).
  36. ↑ FactorBook
  37. ↑ Wang J. Factorbook.org: a Wiki-based database for transcription factor-binding data generated by the ENCODE consortium. Nucleic Acid Research (29 ноября 2012).

Ссылки

Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Энциклопедия_элементов_ДНК&oldid=88017138