SARS-CoV-2

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Это старая версия этой страницы, сохранённая D6194c-1cc (обсуждение | вклад) в 04:04, 6 февраля 2020 (→‎Распространение вируса: Убрать информацию как незначимую, значимой в данном случае будет информация от соответствующих органов, данная же информация не основана на каких-либо статистических вычислениях, это лишь мнение). Она может серьёзно отличаться от текущей версии.
Перейти к навигации Перейти к поиску
SARS-CoV-2
Научная классификация
Группа:
Реалм:
Царство:
Класс:
Порядок:
Подпорядок:
Cornidovirineae
Семейство:
Подсемейство:
Штамм:
SARS-CoV-2
Международное научное название
2019-nCoV
Группа по Балтимору
IV: (+)оцРНК-вирусы

2019-nCoV, или уханьский коронавирус (англ. Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus[2][3]) — новый штамм коронавируса, выявленный в конце 2019 года во время вспышки пневмонии в Ухане 2019—2020 годов. Представляет собой одноцепочечный РНК-содержащий вирус, вызывающий заболевания дыхательных путей у людей[4][5].

Опасность вируса низкая, но в некоторых случаях он может вызвать острый респираторный синдром[6][⇨], тяжёлые случаи которого могут осложняться пневмонией или дыхательной недостаточностью с риском смерти[7][8]. Против болезни пока отсутствуют какие-либо специфические противовирусные средства лечения или профилактики[9]. В тяжёлых случаях применяются средства для поддержания функций жизненно-важных органов[10].

30 января Всемирная организация здравоохранения объявила вспышку эпидемии, связанную с 2019-nCoV, чрезвычайной ситуацией в области здравоохранения международного значения[11]. Всемирная организация здравоохранения также сообщает о переизбытке информации, включающем как точную, так и недостоверную, из-за чего людям сложно найти достоверные источники и надёжные руководства[12]. ВОЗ не стала объявлять пандемию, поскольку практически все случаи заболевания — в Китае[13].

Общие сведения

По оценке ВОЗ на 27 января инкубационный период может составлять от 2 до 10 дней, данные не окончательные. Пока недостаточно данных для определения периода, в течение которого больные являются заразными, в частности пока нельзя сказать, может ли распространяться инфекция в случае её бессимптомного течения[14]. По данным Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний[англ.] на 31 января инкубационный период составляет от 3 до 7 дней, но может длиться вплоть до 14, однако данные также пока неточные и могут измениться[15].

Срок в 14 дней можно считать достаточным сроком для мониторинга и отслеживания предшествующих контактов в случае обнаружения заболевшего[16]. На стадии инкубационного периода выявление заболевших тепловизорами неэффективно[17].

По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний США предполагается, что передача инфекции происходит воздушно-капельным путём, но неизвестно, может ли она происходить через прикосновения к предметам или поверхностях, на которых есть вирус, с последующим прикосновениям к рту, носу или глазам[18]. Однако в клинических рекомендациях Министерства здравоохранения Российской Федерации уже заявили, что передаётся как воздушно-капельным (при кашле, чихании и разговоре) и воздушно-пылевым путями, так и контактным[19].

Согласно известным данным о коронавирусах, они не способны долго выживать на различных объектах. В частности, нет какого-либо риска заражения при получении посылок или писем из Китая[9].

История изучения

Штамм 2019-nCoV впервые обнаружен в декабре 2019 года в результате анализа нуклеиновой кислоты у пациента с пневмонией во время вспышки пневмонии в Ухане 2019—2020 годов[20].

31 декабря 2019 года Всемирная организация здравоохранения была оповещена о нескольких случаях вирусной пневмонии, вызванной неизвестным патогеном. 7 января 2020 года информация о новом вирусе была подтверждена, а сам вирус был отнесён к коронавирусам[21]. Геном вируса первыми полностью расшифровали службы здравоохранения Китая[6], 10 января его сделали публично доступным[22]. До 12 января 5 геномов были зарегистрированы в базе данных GenBank[23][24], к 26 января их количество выросло до 28[25]. За исключением самого раннего генома, геномы находятся под эмбарго в GISAID. Филогенетический анализ доступен через Nextrain[26]. 20 января 2020 года в китайской провинции Гуандун была подтверждена передача вируса от человека к человеку[27].

Коронавирусы, к которым относится 2019-nCoV, обычно вызывают простуду, но к этому же семейству относятся опасные вирусы SARS-CoV и MERS-CoV, вызывающие тяжёлый острый респираторный синдром и ближневосточный респираторный синдром соответственно[21]. Коронавирусная инфекция является зооантропонозной, то есть возможна передача от животных к человеку. Выяснено, что источником SARS-CoV были циветы, а MERS-CoV — одногорбые верблюды[28]. Возможно, что и в случае 2019-nCoV источником инфекции являются животные — генетический анализ вируса выявил схожесть с коронавирусами, распространёнными среди подковоносых летучих мышей, однако пока достоверно не известно, являются ли они изначальным источником инфекции. Сейчас же основным способом распространения вируса является передача от человека к человеку[29][⇨].

12 января 2020 года в Шанхай приехала жительница Уханя, заболевшая дома 10 января. 15 января она обратилась в амбулаторию, была изолирована, через 6 дней выздоровела и была выписана. Это первый лабораторно-подтверждённый случай инфекции 2019-nCov в Шанхае[30].

Эпидемиология

Репродуктивное число[англ.] по данным Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний оценивается между 2 и 3, что соответствует количеству людей, которые заражаются от одного инфицированного[15], одно из исследований оценило среднее значение по состоянию на 22 января в 2.2[31]. Другое ранее проведённое исследование показывало диапазон 3,3—5,47[32]. В общем случае, значения данного числа, большие 1, означают, что эпидемия будет распространяться, а уменьшить число помогают меры противодействия распространению инфекции[31].

Распространение вируса

Карта распространения вируса на 1 февраля. Красный — подтверждённые случаи, синий — подозреваемые случаи.

Зарегистрировано 24 597 случаев заражения, из которых 24 384 зарегистрированы в Китае. Количество погибших составляет 494[33].

За пределами Китая подтверждённые случаи заражения наблюдаются у тех людей, которые либо были в Ухане недавно, либо были в непосредственном контакте с кем-то, кто путешествовал в Китай[22]. Эпицентром вспышки заболеваемости всё ещё является Ухань[34].

Файл:Comparison of 2019-nCoV with SARS.jpg
Сравнение SARS и 2019-nCoV.

На территории России подтверждено два случая заражения коронавирусом, в обоих случаях — граждане КНР[35].

Острый респираторный синдром

По состоянию на 25 января, в 18 % лабораторно подтверждённых случаев инфицирования вирусом 2019-nCoV состояние больных является тяжёлым или критическим, однако ситуация быстро развивается и показатели с течением времени могут измениться[36]. В тяжёлых случаях болезнь осложняется пневмонией или дыхательной недостаточностью, в некоторых случаях заканчивается смертью[8].

Симптомы

Инфекция, вызываемая вирусом 2019-nCoV, может протекать как бессимптомно или в лёгкой форме, так и в тяжёлой форме с риском смерти[7], но полная клиническая картина пока ещё не ясна[6].

Симптомы инфекции могут включать[19] :

  • повышение температуры тела (>90% случаев);
  • кашель (сухой или с небольшим количеством мокроты) в 80 % случаев;
  • одышку (55% случаев), наиболее тяжелая одышка развивается к 6-8-му дню от момента заражения;
  • миалгию и утомляемость (44% случаев);
  • ощущение заложенности в грудной клетке (>20% случаев);
  • головные боли (8% случаев);
  • кровохарканье (5% случаев);

В первом сообщении о клинических проявлениях инфекции отмечается, что для заболевших не характерна диарея[15]. В одном исследовании с небольшой выборкой также отмечается, что лишь небольшое число заболевших имеют симптомы инфекции верхних дыхательных путей, например, насморк, чихание или боль в горле[37].

Диагностика

Диагностика осуществляется ПЦР-тестом. Также в качестве диагностического маркера инфекции может выступать абсолютная лимфопения (см. Лейкоцитарная формула)[38]. В одном из небольших исследований показано, что у большинства больных уровень прокальцитонина[англ.] в крови был в норме, однако он был повышенным у 3-х из 4 больных, у которых была обнаружена вторичная бактериальная инфекция. В этом же исследовании отмечено, что у пациентов, попадающих в отделение интенсивной терапии в крови выше уровни IL-2, IL-7, IL-10, GCSF[англ.], IP-10[англ.], MCP1, MIP1A, and TNFα[37].

В России вирус 2019-nCoV предлагается диагностировать согласно временному алгоритму, опубликованному Минздравом[19].

Клиническая картина

Клинические варианты и проявления 2019-nCoV инфекции[19]:

Профилактика

Всемирная организация здравоохранения дала рекомендации[39] по снижению риска заражения 2019-nCoV:

  • мыть руки с мылом или дезинфицирующим средством на спиртовой основе;
  • избегать тесного контакта с людьми, у которых кашель или высокая температура тела;
  • при кашле или чихании прикрывать нос и рот согнутым локтём или одноразовой салфеткой с последующим обязательным мытьём рук;
  • при наличии лихорадки, кашля и затруднённого дыхания обратиться в медицинское учреждение за помощью с предоставлением истории предшествующих путешествий;
Файл:Памятка о коронавирусе.jpg
* Памятка Минздрава России о коронавирусе
  • избегать потребления сырых или плохо термически обработанных продуктов животного происхождения.

Общие рекомендации по профилактике респираторных вирусных инфекций также обычно включают:

  • стараться не касаться руками слизистых оболочек глаз, носа и рта;
  • проводить влажную уборку с дезинфицирующими средствами.

На текущий момент не существует каких-либо средств, способных предотвратить инфекцию в случае заражения[9].

Лечение

Против 2019-nCoV отсутствует какая-либо специфичная противовирусная терапия, доступна лишь симптоматическая. В тяжёлых случаях лечение направлено на поддержание жизненно-важных функций органов[10].

В основном, пациенты получают симптоматическую и поддерживающую терапию[40]. В январе 2020 года медики в Китае опробовали метод лечения пневмонии, вызванной коронавирусом 2019-nCoV, путём экстракорпоральной оксигенации — насыщения крови кислородом (ЭКМО)[41], который позволяет поддерживать жизнеспособность организма при дыхательной недостаточности.

Антибиотики против вирусов бесполезны и не применяются в лечении. Однако они могут быть назначены в случае обнаружения бактериальной вторичной инфекции[9].

SARS-CoV, MERS-CoV и 2019-nCoV вызывают большой выброс цитокинов. При лечении инфекций, вызванных SARS-CoV и MERS-CoV, для уменьшения повреждений лёгких, вызываемых воспалительными процессами, применялись кортикостероиды, однако результаты показывают, что они не помогали снизить смертность, но приводили к тому, что организм уничтожал вирусы в более медленном темпе. Всемирная Организация Здравоохранения не рекомендует назначать кортикостероиды в рамках рядового курса лечения инфекции, а для точного определения пользы или вреда от кортикостероидов при системном лечении требуются дополнительные исследования[37]. В одном описательном исследовании стероиды[42] рекомендуется назначать при возникновении острого респираторного дистресс-синдрома[38].

Направления исследований

Изучаются возможности применения противовирусных средств широкого действия, среди которых ремдесивир?!, ингибиторы РНК-полимеразы, лопинавир и ритонавир[англ.] и интерферон-бета. Эти средства показали некоторые результаты в экспериментах на животных против вируса MERS-CoV, есть вероятность, что они будут эффективны и против 2019-nCoV[43].

Вирусология

Предполагаемая организация генома коронавируса 2019-nCoV
Предполагаемая организация генома коронавируса 2019-nCoV

Последовательности бетакоронавируса[англ.] обнаруживают сходство с бетакоронавирусами, выявленными у летучих мышей из Китая. Однако вирус генетически отличается от других коронавирусов, которые вызывают[44]:

2019-nCoV, как и SARS-CoV, является членом линии Beta-CoV B[45]. По состоянию на 27 января выделено 26 геномов вируса 2019-nCoV, в котором уже заметны тенденции к эволюционированию. Как минимум 7 мутаций относятся к одному предку[46].

Длина РНК-последовательности коронавируса составляет около 30 000 нуклеотидов.

РНК варианта Wuhan-Hu-1[23] (номер GenBank MN908947, RefCeq NC_045512[25]) 2019-nCoV содержит 29 903 нуклеотида с нетранслируемыми участками длиной 281 и 325 нуклеотидов. Предполагаемые кодирующие области распределены по 10 белкам.

Модель поперечного сечения 2019-nCoV

Генетически вирус на 80 % идентичен Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)[47].

Структурная биология

Белковое моделирование, осуществлённое на основе расшифрованного генома вируса, показало, что рецептор-связывающий S-белок вируса может иметь достаточно высокую аффинность к белку человека ангиотензинпревращающий фермент 2 (АПФ2) и использовать его как точку входа в клетку[48]. В конце января 2020 года две группы в Китае и США независимо друг от друга экспериментально показали, что именно АПФ2 является рецептором для вируса 2019-nCoV[49][50][51], так же как и для вируса SARS-CoV[52].

Патогенез

Поскольку лишь у редких пациентов наблюдаются симптомы инфекции верхних дыхательных путей, можно предположить, что репликация вируса происходит преимущественно в нижних дыхательных путях[37]. В клетки вирус попадает через рецепторы АПФ2[48]. После заражения вирус распространяется через слизь по дыхательным путям, вызывая большой выброс цитокинов и иммунный ответ в организме. При этом наблюдается снижение количества лимфоцитов в крови, в частности Т-лимфоцитов. Некоторые исследования предполагают, что на борьбу с вирусом расходуется слишком большое количество лимфоцитов. Снижение их количества также снижает защитные способности иммунитета и может приводить к обострению заболевания[38].

Источник вируса

22 января 2020 года медицинский журнал Journal of Medical Virology[англ.] опубликовал исследование китайских учёных, в котором пять геномов вируса 2019-nCoV сопоставили с 276 известными геномными последовательностями коронавирусов, поражающих людей и различных животных. По мнению учёных, построенное филогенетическое древо коронавирусов показывает, что новые вирусы появились ориентировочно два года назад от одного общего предка, путём гомологичной рекомбинации между коронавирусом летучей мыши и, возможно, коронавирусом китайских змей — южнокитайского многополосного крайта или китайской кобры (обе разновидности змей продавались на рынке в Ухане в качестве экзотической пищи[англ.])[53][54].

Однако ряд исследователей оспаривает (публикация в журнале Nature)[55] подобный вывод китайских учёных[56] и утверждает, что, с их точки зрения, маловероятно, что в качестве источника заражения могли выступить змеи, где наиболее вероятными кандидатами на эту роль являются млекопитающие и птицы. По мнению Пауло Эдуардо Брандао, вирусолога из Университета Сан-Паулу, китайские учёные не предоставили доказательств того, что змеи могут заражаться новым коронавирусом и служат для него хозяином, в том числе поскольку нет надёжных доказательств наличия коронавирусов у хозяев, кроме млекопитающих и птиц. Цуй Цзе, вирусолог из Шанхайского института Пастера, входивший в группу, выявившую в 2017 году вирусы, связанные с атипичной пневмонией у летучих мышей, сообщает, что полевые работы после вспышки атипичной пневмонии в 2002—2003 годах обнаружили такие вирусы только у млекопитающих.

Другая группа китайских учёных предположила, что источником вируса 2019-nCoV являются летучие мыши, поскольку РНК образцов 2019-nCoV на 96 % совпала с РНК вируса, который ранее находили у азиатских подковоносов (Rhinolophus affinis). Кроме того, коронавирус 2019-nCoV на 79,5 % похож на вирус атипичной пневмонии, эпидемия которой началась в Китае в 2002 году[57].

См. также

Примечания

  1. Таксономия вирусов (англ.) на сайте Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
  2. Zhang, 2020.
  3. Wuhan seafood market pneumonia virus (англ.). Taxonomy browser. NCBI.
  4. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) : Interim guidance v2 : [англ.]. — World Health Organization, 2020. — 15 January. — 1 p. — WHO/2019-nCoV/Surveillance/v2020.2.
  5. Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China : [англ.]. — CDC USA, 2020. — 23 January. — Дата обращения: 23.01.2020.
  6. 1 2 3 CDC, Novel Coronavirus 2019 Situation Summary.
  7. 1 2 Symptoms // 2019 Novel Coronavirus, Wuhan, China. — Centers For Disease Control and Prevention (CDC).
  8. 1 2 Novel Coronavirus(2019-nCoV). Situation Report - 8. World Health Organization (20 января 2020).
  9. 1 2 3 4 Novel Coronavirus (2019-nCoV) advice for the public: Myth busters (англ.). World Health Organization. Дата обращения: 30 января 2020.
  10. 1 2 Prevention, Treatment of Novel Coronavirus (2019-nCoV) (англ.). CDC (29 января 2020). Дата обращения: 29 января 2020.
  11. Novel Coronavirus(2019-nCoV) Situation Report - 11. World Health Organisation (31 января 2020).
  12. Novel Coronavirus(2019-nCoV) : Situation Report 13 : [англ.]. — World Health Organization, 2020. — 2 February. — 7 p.
  13. Воронин, Николай. Ученые: вакцина от атипичной пневмонии может остановить новый коронавирус. — BBC, 2020. — 4 февраля.
  14. Novel Coronavirus(2019-nCoV). Situation Report - 7. World Health Organisation (27 января 2020).
  15. 1 2 3 European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, Novel coronavirus (2019-nCoV) infections, p. 2.
  16. European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, ECDC risk assessment for the EU/EEA, General assessment, p. 3.
  17. Снять «корону»: в РФ создают тест для выявления «китайской» пневмонии.
  18. [Transmission of Novel Coronavirus (2019-nCoV) (амер. англ.). U.S. CDC (31 января 2020). Дата обращения: 1 февраля 2020.
  19. 1 2 3 4 Временные методические рекомендации. Минздрав России (29 января 2020).
  20. New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan : expert : [англ.] // News. — Xinhua. — Дата обращения: 09.01.2020.
  21. 1 2 WHO, Novel Coronavirus (2019-nCoV).
  22. 1 2 European Centre for Disease Prevention and Control, Event background, p. 2.
  23. 1 2 Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome (англ.). — 2020-01-23.
  24. Novel 2019 coronavirus genome (амер. англ.). Virological (11 января 2020). Дата обращения: 1 февраля 2020.
  25. 1 2 2019-nCoV Sequences (Wuhan coronavirus). www.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 1 февраля 2020.
  26. Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID. nextstrain.org. Дата обращения: 1 февраля 2020.
  27. Associated Press. China confirms human-to-human transmission of new coronavirus (англ.). CBC News (20 января 2020). Дата обращения: 21 января 2020.
  28. WHO, Coronavirus.
  29. Questions and Answers on 2019novel-Coronavirus. Scientific expertise (англ.). OIE. World Organisation for Animal Health. Дата обращения: 26 января 2020.
  30. 上海发布. 快讯!上海首例新型冠状病毒感染的肺炎确诊病例治愈出院 (кит.). ThePaper.cn (24 января 2020). Дата обращения: 24 января 2020.
  31. 1 2 Qun Li, Xuhua Guan, Peng Wu, Xiaoye Wang, Lei Zhou. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia // New England Journal of Medicine. — 2020-01-29. — Т. 0, вып. 0. — С. null. — ISSN 0028-4793. — doi:10.1056/NEJMoa2001316.
  32. Zhao, Shi; Ran, Jinjun; Musa, Salihu Sabiu; Yang, Guangpu; Lou, Yijun; Gao, Daozhou; Yang, Lin; He, Daihai. Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (англ.) // biorxiv. — 2019. — 24 января.
  33. Geographical distribution of 2019-nCov cases globally.
  34. European Centre for Disease Prevention and Control, Third update, Risk for travellers, importation and further spread in the EU/EEA, p. 4.
  35. Брифинг Татьяны Голиковой. Правительство РФ (31 января 2020).
  36. CDC, Novel Coronavirus 2019 Situation Summary, Novel coronavirus (2019-nCoV) infections, p. 8.
  37. 1 2 3 4 Chaolin Huang, Yeming Wang, Xingwang Li, Lili Ren, Jianping Zhao. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China (англ.) // Lancet (London, England). — 2020-01-24. — 24 January. — ISSN 1474-547X. — doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5. — PMID 31986264.
  38. 1 2 3 Nanshan Chen, Min Zhou, Xuan Dong, Jieming Qu, Fengyun Gong. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study (англ.) // The Lancet. — 2020-01-30. — Т. 0, вып. 0. — ISSN 1474-547X 0140-6736, 1474-547X. — doi:10.1016/S0140-6736(20)30211-7.
  39. WHO, Novel Coronavirus (2019-nCoV) advice for the public.
  40. Главное о китайском коронавирусе. Есть ли опасность массового заражения жителей России. Телеканал 360°, 22 января 2020.
  41. В Китае выявили метод лечения нового коронавируса. «Известия», 23 января 2020.
  42. В оригинальном исследовании для лечения ОРДС стероидами указан метилпреднизолон в расчёте 1–2 мг/кг в день.
  43. Catharine I. Paules, Hilary D. Marston, Anthony S. Fauci. Coronavirus Infections-More Than Just the Common Cold (англ.) // JAMA. — 2020. — 23 January. — ISSN 1538-3598. — doi:10.1001/jama.2020.0757.
  44. Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses. nextstrain. Дата обращения: 18 января 2020.
  45. Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses. nextstrain. Дата обращения: 18 января 2020.
  46. Nextstrain.
  47. Redacción (2020-01-25). "Cómo se compara el actual coronavirus con el SARS y qué aprendió China de la mortífera epidemia de hace 17 años". BBC News Mundo. Дата обращения: 27 января 2020.
  48. 1 2 Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission (англ.) // SCIENCE CHINA Life Sciences : journal. — doi:10.1007/s11427-020-1637-5.
  49. Letko, Michael; Munster, Vincent. Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV (англ.) // BiorXiv : journal. — 2020. — 22 January. — P. 2020.01.22.915660. — doi:10.1101/2020.01.22.915660.
  50. Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin (англ.) // BiorXiv : journal. — 2020. — P. 2020.01.22.914952. — doi:10.1101/2020.01.22.914952.
  51. Gralinski, Lisa E.; Menachery, Vineet D. Return of the Coronavirus: 2019-nCoV (неопр.) // Viruses. — 2020. — Т. 12, № 2. — С. 135. — doi:10.3390/v12020135.
  52. European Centre for Disease Prevention and Control, Novel coronavirus (2019-nCoV) infections, p. 8.
  53. Wei Ji, 2020, с. 1—29.
  54. Китайский коронавирус оказался гибридом вирусов змеи и летучей мыши.
  55. Callaway, 2020.
  56. Snakes?! The Slippery Truth of a Flawed Wuhan Virus Theory. One paper advanced a controversial theory about the disease's origin. Other scientists aren't biting.
  57. Zhou, 2020.

Литература

Ссылки